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高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ 基因序列多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。 相似文献
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为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(Fst)为0.06199(P<0.01),两两群体间的Fst显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 相似文献
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为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703,分化程度较高,种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002,短颌鲚种群内为0.001,而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005,湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离,也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示,湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群,但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示,湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化,Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。 相似文献
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为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位点3个,单一位点4个。153尾个体共定义9个单倍型,单倍型多样性为0.580±0.022(0.050±0.047～0.361±0.103),核苷酸多样性为0.001 06±0.000 07(0.000 08±0.000 07～0.000 62±0.000 20),呈现出较低的单倍型多样性和核苷酸多样性的特点。4个群体间的遗传距离为0.000 12～0.001 83。AMOVA分子方差分析表明,太湖新银鱼群体间的遗传差异(76.84%)大于群体内遗传差异(23.16%),遗传变异主要来自群体间。种群间遗传分化系数统计检验表明,太湖和洪泽湖群体及高邮湖和骆马湖群体之间差异不显著。中性检验和歧点分布分析表明,4个太湖新银鱼种群偏离中性进化,历史上经历过种群扩张。研究可为太湖新银鱼种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。 相似文献
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为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s Fs中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。 相似文献
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《渔业科学进展》2017,(6)
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。 相似文献
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珠江水系光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop序列多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河种群的保护。 相似文献
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文章对内蒙古达里湖和岗更湖东北雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了896 bp的同源基因序列,得到的同源基因片段中A、T、C和G碱基的平均含量,达里湖群体为32.0%、32.2%、21.3%和14.5%;岗更湖群体为32.0%、32.2%、21.4%和14.5%;达里湖和岗更湖鱼群D-loop基因CG含量相当,未见明显差异。2个群体内和群体间都存在丰富的序列多态性,两湖群体的D-loop基因896个位点中存在可变位点33个,其余位点较为保守;达里湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变位点21个,11个单倍型;岗更湖30尾鱼D-loop基因含有多态性位点/突变体位点31个,17个单倍型;岗更湖鱼群D-loop基因多样性高于达里湖。遗传距离计算显示,岗更湖和达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 0;达里湖鱼群之间的平均遗传距离为0.003 6;岗更湖鱼群之间的平均遗传距离为0.007 4。岗更湖鱼群D-loop基因的平均遗传距离大于达里湖鱼,前者群体D-loop基因进化速度大于后者。 相似文献
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以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。 相似文献
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基于Cytb基因的滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区3种鲌鱼的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究滆湖鲌类国家级水产种质资源保护区主要保护对象的种质遗传状况,通过PCR和测序技术,获得保护区翘嘴鲌(Culter alburnus)、达氏鲌(Culter dabryi)、蒙古鲌(Culter mongolicus)等3种鲌属鱼类的细胞色素b(Cytb)基因序列,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示,3种鲌鱼的Cytb基因全长为1 141 bp,碱基组成相似,均表现为A+T的含量(56.4%)高于G+C的含量(43.6%)。翘嘴鲌的Cytb基因有16个变异位点,定义14种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.907和0.002 4;蒙古鲌的Cytb基因有8个变异位点,定义6种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.863和0.002 4;达氏鲌的Cytb基因有10个变异位点,定义7种单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.573和0.001 2。整体来看,3种鲌鱼均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传多样性模式,暗示3种鲌鱼群体在历史上经历过种群扩张,与中性检验结果和歧点分布图分析结果相一致。翘嘴鲌和蒙古鲌的种内遗传距离为0～0.006,达氏鲌的种内遗传距离为0～0.004,... 相似文献
11.
使用mtDNA作为分子标记,基于1022 bp和1322 bp左右的部分序列分析刀鲚(Coilia nasus)、湖鲚(C.nasus taihuensis)、七丝鲚(C.grayii)及凤鲚(C.mystus)成鱼之间的遗传关系。结果显示,刀鲚和湖鲚间的遗传距离分别为0.0036±0.0008和0.0038±0.0008,凤鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.1215±0.0111、0.1228±0.0111(Cyt b)和0.1075±0.0108、0.1067±0.0107(D-loop),七丝鲚与刀鲚、湖鲚的遗传距离分别为0.0342±0.0056、0.0351±0.0057(Cyt b)和0.0527±0.0069、0.0529±0.0070(D-loop),七丝鲚和凤鲚间的遗传距离分别为0.1158±0.0111和0.1123±0.0111。用Kimura双参数模型构建的2种序列的NJ分子系统树均显示,湖鲚和刀鲚不能形成独立的分支,而是混合聚在一起形成1个分支;七丝鲚和凤鲚则形成另外2个分支。首先根据采样点不同可初步断定未知仔幼鱼为刀鲚,稚鱼为湖鲚,而后对未知种仔幼鱼、稚鱼和刀、凤鲚鱼卵的2种序列的分析发现,不同采集点内部的这些早期生活个体间的遗传距离分别为0.0024~0.0032和0.0025~0.0082。在Kimura双参数模型构建的NJ分子系统树中,未知种仔幼鱼、稚鱼、刀鲚鱼卵与刀鲚、湖鲚聚为一类,凤鲚鱼卵与凤鲚聚为一支。由此可见,Cyt b基因序列和D-loop序列作为分子标记,虽然可以区分刀鲚、凤鲚以及七丝鲚的仔幼、稚鱼及鱼卵,但不能有效区分湖鲚和刀鲚的早期生活个体。 相似文献
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实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。 相似文献
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长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。 相似文献
14.
采用PCR技术对乌克兰鳞鲤、德国镜鲤、框鳞镜鲤、红镜鲤和州河鲤共97尾个体的线粒体DNA D-loop及邻近区段进行了扩增,经测序后获得碱基顺序排列清晰的DNA片段,长度分别为1342、1343、1344 bp。共得到8种单倍型(GenBank序列号为MG786481~MG786483,MG786485~MG786487,KC292935,KC292936)。使用Mega 6.0软件计算出5个群体的组内及组间遗传距离,并构建邻接系统树。线粒体DNA D-loop及邻近区段、单独D-loop区段的碱基序列分析结果表明,单倍型Ⅰ至Ⅳ为欧洲血统,碱基差异位点数较多,变异程度较高;单倍型Ⅴ至Ⅷ为亚洲血统,碱基差异位点数较少,变异程度较低。在线粒体DNA D-loop及邻近区段内,德国镜鲤组内平均遗传距离为0.00462,核苷酸多样性指数为0.00458,平均核苷酸差异性为6.150,遗传多样性最大;州河鲤组内的平均遗传距离为0.00065,核苷酸多样性指数为0.00065,平均核苷酸差异性为0.870,遗传多样性最低。 相似文献
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为探讨长江流域大眼鳜(Siniperca kneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素 b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对 4 个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计 79 尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长 1141 bp 的 Cyt b 基因全序列,共检测到 26 种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为 0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为 0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在 0.002~0.003。(2)获得了长度为 834~840 bp 的 D-loop 全序列,在 79 尾个体中共检测到46 种单倍型。单倍型多样性指数为 0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为 0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在 0.005 (CS)~0.014 (YC),群体间遗传距离在 0.008~0.012,提示 4 个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。 相似文献
16.
采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.0000~0.5435、0.00000~0.00176,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(He)=0.396~0.516、PIC=0.320~0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数FST上存在差异,分别为0.4035(D-loop)和0.0445(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。 相似文献
17.
采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护. 相似文献