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1.
瘤背石磺肌肉生长抑制素基因的克隆及组织表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为探究石磺由海洋向陆地进化过程中肌肉生长和发育的分子机制,实验以石磺科贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到MSTN cDNA的全长并做了相应的组织表达分析。结果显示,瘤背石磺MSTN基因cDNA全长2667 bp,包括1650 bp的开放阅读框,374 bp的5′端非翻译区,643 bp的3'端非翻译区,共编码549个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质原子总量为8776,分子式为C2774H4331N783O862S26,分子质量约为63.27 ku,理论等电点为6.02,信号肽预测结果显示,N端具有21个氨基酸长度的信号肽。瘤背石磺MSTN具有MSTN的共同特征,包括蛋白酶水解位点RSRR和C端多肽生物活性区以及9个保守的半胱氨酸残基。通过进化树分析,瘤背石磺MSTN与加州海兔MSTN的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MSTN基因在各个组织中均有表达;含肌纤维组织中的表达量低于内脏器官的表达量,在肝胰腺中的表达量最高,腹足表达量最低。MSTN基因一级结构具有很高的保守性,说明该基因在进化上的限制性和功能的重要性;同时该基因在石磺非肌肉组织中表达,表明该基因不仅有抑制肌肉生长的作用,还参与其他生命活动的调节。 相似文献
2.
泥鳅肌肉生长抑制素基因片断的克隆及其表达 总被引：2，自引：1，他引：1
肌肉生长抑制素（myostatin，MSTN）是动物肌肉生长发育的负调控因子。以泥鳅肌肉cDNA为模板，采用RT-PCR法克隆了泥鳅MSTN基因的主要片段,其长度为815 bp，编码271个氨基酸残基。泥鳅MSTN具有MSTN的共同特征，有蛋白酶水解位点RIRR和保守的半胱氨酸残基。RT-PCR分析表明该基因在肌肉中显著表达，在眼中也有微弱表达，而在其他所检测组织（脑、鳃、心脏、肝脏、肠、精巢、卵巢）未见表达。此结果表明泥鳅MSTN基因除对肌肉生长发育有调控作用以外，还可能在眼的发育中有一定作用 相似文献
3.
肌肉生长抑制素(MSTN)是动物肌肉发育和生长过程中的负调控因子。为了明确淇河鲫MSTN基因序列及其在肌肉生长发育中的调控功能,本研究利用RACE方法克隆淇河鲫MSTN全长c DNA序列,q RT-PCR分析其在不同组织和胚胎发育阶段的表达情况。结果显示,淇河鲫MSTN c DNA序列全长2094 bp(no.KC851952.1),包含86 bp 5′非编码区、880 bp 3′非编码区和1128 bp开放阅读框,编码375个氨基酸残基,前22个氨基酸残基为信号肽,34~256位氨基酸残基为TGF-β前肽域,281~375是TGF-β结构域,具蛋白酶水解位点RIRR和C端生物活性区的9个保守半胱氨酸残基。蛋白同源分析发现淇河鲫MSTN与鲤形目鱼类相似性较高,与哺乳动物和鸟类的相似性最低。系统进化分析显示,淇河鲫MSTN与鲫、鲤、鳡等鲤科鱼类亲缘关系较近。实时定量PCR分析表明,淇河鲫MSTN基因在各个组织中均有表达,脑中表达量最高,其次为肌肉和肝脏,肠道表达量最低。淇河鲫胚胎发育的各阶段MSTN基因均有表达,受精卵表达量最高,其次为囊胚期,神经胚期表达量最低。推测MSTN与淇河鲫肌肉发育生长具有一定的相关性,可能参与"双背鲫"特征的形成。 相似文献
4.
鳡肌肉生长抑制素(MSTN)基因的克隆及其组织特异性表达分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以鳡肌肉总RNA为模板,采用RTPCR和RACE的方法,获得了鳡肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的3个重叠片段,测序后拼接得到2 177 bp全长cDNA序列,其包含了5′端非翻译区的89个核苷酸和3′端非翻译区1 052个核苷酸以及1 125个核苷酸的开放性阅读框,翻译编码375个氨基酸,其中前22个氨基酸为鳡MSTN的信号肽。鳡MSTN具有MSTN的共同特征,有蛋白酶水解位点RIRR和在C端生物活性区含9个保守的半胱氨酸残基。核苷酸和氨基酸同源性分析发现鳡MSTN与厚颌鲂、草鱼和鲤等鲤形目鱼类的同源性较高,与鲈形目的同源性较低,与哺乳动物和鸟类的同源性最低;系统发育分析表明鳡MSTN与厚颌鲂亲缘关系最近。 半定量RT-PCR分析表明,该基因在肌肉和脑中表达量最高,在心肌中也有较高表达,在肝脏、肠、鳃和肾等组织中未见明显表达,此结果表明鳡MSTN基因除对肌肉生长发育有调控作用以外,可能还有其他功能。 相似文献
5.
肌肉生长抑制素(MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子。为了解MSTN基因在九孔鲍中的功能,本研究采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍右侧壳肌中获得了MSTN基因c DNA全长,并运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了MSTN在各组织和发育时期的表达水平。结果显示,九孔鲍c DNA全长3 755 bp,其中5′非编码区(5′UTR)324 bp,3′非编码区(3′UTR)1 985 bp,开放阅读框(ORF)1 446 bp,编码481个氨基酸,分子质量为54.96 ku,理论等电点p I为9.41;具有N端信号肽(1~17 aa)、TGF-β前肽区域(157~367 aa)和成熟肽区域(379~481 aa),以及蛋白酶水解位点RRPR(364~368 aa)和C端生物活性区9个保守的半胱氨酸残基,符合TGF-β超家族蛋白典型结构特征,且预测到2个新的蛋白酶水解位点RQRR(120~124 aa)、RYRR(235~239 aa)。系统进化树结果显示,九孔鲍MSTN基因和红鲍MSTN基因聚为一支。q RT-PCR结果表明,九孔鲍MSTN基因在检测的6个组织中均表达,且在足、右侧壳肌、外套膜中高表达,在鳃、性腺、肝脏中低表达;在检测的7个发育时期均表达且在受精卵、原肠胚、稚鲍时期高表达,在卵、4细胞期、8细胞期、幼鲍时期表达量较低。研究表明MSTN基因可能在九孔鲍肌肉生长中具有重要作用。 相似文献
6.
团头鲂 HSP70 cDNA 的克隆、序列分析以及热应激对其 mRNA 表达的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆出团头鲂(Megalobrama amblycephala)肝脏热休克蛋白70(HSP70)基因全长cDNA序列,共2 224 bp,包括135 bp5'非翻译区、1 932 bp阅读框以及157 bp 3'非翻泽区[不包括Poly(A)].阅读框共编码643个氨基酸,分子量计算值为70.53 kD,理论等电点为5.25.该HSP70基因在翻译区不含内含子,符合诱导型HSP70的特征.团头鲂HSP70氨基酸序列中含有HSP70家族的3个签名序列以及细胞质特异性调控基序EEVD等.同源性分析表明,团头鲂HSP70氨基酸序列与斑马鱼等脊椎动物的相似性高达84.0%以上,与无脊椎动物果蝇的相似性也高达73.4%.生物信息学分析显示,团头鲂HSPTO基因所编码的蛋白质以亲水性区域为主,具有丰富的B细胞抗原位点,无信号肽,无跨膜区域,为非分泌型蛋白;同时还含有众多的蛋白激酶C磷酸化位点、N-肉豆蔻酰化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号转导与调控中发挥重要作用.该蛋白含有2个部分重叠的双向核定位序列,二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,空间结构包括N端ATPase功能域和C端多肽结合功能域.应用实时定量PCR研究高温(34℃)应激对团头鲂HSP70 mRNA表达的影响.结果表明,在热应激过程巾肝脏HSP70 mRNA水平呈先升高后下降的变化趋势,说明该基因的表达受热应激调控,本实验克隆的序列为诱导型HSP70 cDNA. 相似文献
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脂肪酸合成酶(FASN)是动物体内脂肪酸合成的关键酶。本研究利用逆转录PCR和RACE技术获得鲤Cyprinus carpio FASN全长cDNA序列为8 927bp,开放阅读框7 533bp,编码2 511个氨基酸。FASN蛋白质相对分子量274 145.67D,理论等电点(PI)为6.10。氨基酸同源性分析结果显示:鲤FASN基因与其他鱼类同源性为75.13%~95.34%,与人同源性为61.81%。系统进化树结果显示:鲤FASN氨基酸序列与金线鲃Sinocyclocheilus grahamia聚为一支,同源性最高。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测结果表明:FASN基因鲤脑组织中表达量最高,肝脏次之,血液中最低。鲤FASN基因的获得为进一步深入研究鲤脂肪酸的合成途径及脂肪发育分子调控机制奠定了基础。 相似文献
8.
采用同源克隆、生物信息学方法及荧光定量PCR(Real-time PCR)对缩骨鲫(Carassius auratus sogu var.)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因进行克隆,分析和组织表达状况研究。结果显示:缩骨鲫基因组MSTN基因全长4 737 bp,含有两个内含子和三个外显子;编码区长度为1 128 bp,编码375个氨基酸,包括信号肽(1aa~23aa),TGF-β前肽保守区域(34aa~256aa),TGF-β功能区(281aa~375aa),保守的RXXR蛋白酶酶切位点以及C-端活性区域9个保守的半胱氨酸残基,这与其他物种MSTN相似。此外,缩骨鲫与鲫鱼(Carassius auratus)的MSTN氨基酸序列同源性最高,达到96.1%。以β-actin为内参基因,荧光定量PCR分析表明,MSTN在肌肉中表达量最高;脑、眼、心脏中次之;在肝胰脏、卵巢、肠和肾脏中微量表达。 相似文献
9.
利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途中多种信号的调控。该基因的成功克隆及生物信息学分析不仅为DMRT1基因的分子进化和相似性比较研究提供了新的材料,而且对进一步研究其编码蛋白的结构与功能以及其在鱼类性别调控中的作用具有重要意义。[中国水产科学,2007,14(1):23-31] 相似文献
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根据GenBank上其他物种的PPARγ基因序列设计兼并引物,从鲈肝脏cDNA中扩增得到鲈PPARγ基因cDNA序列1 588 bp,分析表明该基因的开放阅读框为1 569 bp,编码522个氨基酸,理论等电点6.06,分子量59.02 ku。将鲈PPARγ氨基酸序列比对后发现与欧洲鲈同源性最高,为93.1%;与金头鲷的同源性为92.3%,与人同源性也达到为61.8%。用RT-PCR分析该基因组织表达模式,结果表明,鲈PPARγ主要分布于肝脏、鳃和脂肪组织。将鲈PPARγ开放阅读框1 569 bp序列克隆至原核表达载体pET-28a(+)构成pET-28a-PPARγ1569重组体,并转化大肠杆菌BL21(DE3),以终浓度1 mmol/L的IPTG对其进行诱导表达4 h,SDS-PAGE电泳分析表明,pET-28a-PPARγ1569菌株在66 ku 处有1条特异的蛋白带,Western-blotting 检测表明该蛋白为鲈PPARγ融合蛋白。用镍离子亲和柱纯化的鲈PPARγ融合蛋白免疫小鼠得到其多克隆抗体。用间接ELISA法检测鲈PPARγ抗体的抗体效价约为1∶16 000。实验结果为进一步研究鲈PPARγ蛋白的生物学特性及功能奠定了基础。 相似文献
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为促进肉食性鱼类人工配合饲料开发的理论基础研究,分析鱼类脂肪代谢的机制,实验克隆了大口黑鲈2个脂蛋白脂肪酶基因LPLtype1和LPLtype2的cDNA。序列分析表明,LPLtype1基因cDNA序列全长2 156 bp,编码516个氨基酸;LPLtype2基因cDNA序列全长1 710 bp,编码346个氨基酸。大口黑鲈LPLtype2与LPLtype1氨基酸序列之间的同源性为43.5%。系统进化分析表明,大口黑鲈LPLtype1和鳜LPL聚为一支,大口黑鲈LPLtype2和大麻哈鱼LPLtype2紧密聚为一支。预测分析发现,大口黑鲈LPLtype1和LPLtype2基因编码蛋白的活性中心位点、N-糖基化位点、二聚体形成的保守疏水残基位点、肝素结合域等主要功能域与硬骨鱼类和其他脊椎动物对比都比较保守。运用实时定量PCR方法检测脂蛋白脂肪酶mRNA的组织分布,发现LPLtype1和LPLtype2都在肝脏中表达量最高,推测这与肝脏是最主要的营养诱导性储脂部位有关。 相似文献
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Kyoung Sun Kim Young‐Ji Kim Jeong Min Jeon Yang Soon Kang Young Shil Kang Chul Woong Oh Hyun‐Woo Kim 《Aquaculture Research》2010,41(11):e862-e871
Myostatin is one of the transforming growth factor (TGF)‐β family members and plays inhibitory roles in the development and growth of muscle in mammals. Mammalian myostatins have been studied intensively, considering its medical and industrial potential use. Still, limited information is available about myostatin homologues in crustaceans. In the present study, we isolated for the first time cDNA that encodes for myostatin‐like protein (Pj‐MSTN) from Morotoge shrimp, Pandalopsis japonica. The putative mature peptide of Pj‐MSTN was composed of 109 amino acids, which contains an additional amino acid residue compared with mammalian myostatins. Pj‐MSTN exhibited 32% amino acid sequence identity and 52% similarity to human myostatin. Multiple sequence alignment analysis indicated that Pj‐MSTN shared the conserved proteolytic cleavage site (RXXR) for its maturation and nine cysteine residues for disulphide bridges. These results suggest that Pj‐MSTN has conserved the three‐dimensional structure of TGF‐β family members in vertebrates. Phylogenetic analysis suggests that Pj‐MSTN is a primitive form of vertebrate myostatin and GDF11. The expression of Pj‐MSTN was not just identified in muscular tissues, suggesting that Pj‐MSTN functions differently from mammalian myostatin. Ablation of the X‐organ/sinus gland complex significantly reduced the expression of Pj‐MSTN in most tissues, suggesting its potential association with moulting. 相似文献
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Qin Li Yaoguo Li Xiande Huang Maoxian He 《Journal of the World Aquaculture Society》2014,45(6):638-651
Myostatin (MSTN or growth differentiation factor‐8) is considered a negative regulator of muscle growth and development. In this study, we cloned and characterized the full‐length MSTN cDNA from Pinctada fucata, and named it as the Pf‐MSTN cDNA. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) in Pf‐MSTN cDNA were then screened and genotyped. The full‐length Pf‐MSTN cDNA was 2644 bp, including an open reading frame of 1248 bp encoding 415 amino acids which contained typical structural characteristics shared by all members of the transforming growth factor‐β (TGF‐β) superfamily including an N‐terminal signal peptide, a propeptide domain, and a TGF‐β superfamily bioactive domain. The Pf‐MSTN mRNA was detected in all tested tissues, with the highest mRNA levels observed in the adductor muscle, indicating that Pf‐MSTN may play a major role in this tissue. Furthermore, by sequencing and alignment, 32 SNP loci were identified in Pf‐MSTN cDNA. Genotyping 50 individuals from a common breeding stock revealed that 21 of these 32 loci were polymorphic. The minor allele frequency was in the range of 0.0400–0.4800, and the polymorphism information content value varied from 0.0739 to 0.3750. The observed and expected heterozygosity ranged from 0.0200 to 1.0000 and from 0.0776 to 0.5051, respectively. These SNPs identified in Pf‐MSTN will be useful for future studies investigating their utility in marker‐assisted selection for P. fucata breeding. 相似文献
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Yan Tan Kiyoshi Osatomi Yukinori Nozaki Tadashi Ishihara Kenji Hara 《Fisheries Science》2006,72(1):185-194
ABSTRACT: We purified cathepsins B1 and B2 from the ordinary muscle of carp Cyprinus carpio . The N-terminal amino acid sequences (12 residues) of 29 kDa bands of cathepsins B1 and B2 are the same and showed high homology of 75% and 83%, respectively, with the heavy chain of rat and human cathepsins B. Based on conserved sequences of other cathepsins B and the N-terminal amino acid sequences of 29 kDa bands, we cloned carp cathepsin B cDNA. The nucleotide sequence of carp cathepsin B cDNA consists of 1470 bp including a 993 bp open reading frame, encoding a deduced protein of 330 amino acids. The deduced amino acid sequence of carp cathepsin B has similarity of 80% to rainbow trout cathepsin B and of 76–78% to other vertebrate cathepsins B. The sequence of its isoform was also determined during molecular cloning, which has 94.8% similarity with first cloned cathepsin B. They are completely same in N-terminal amino acid sequence of heavy chain, active site and potential N-glycosylation site. This indicates there are at least two kinds of cathepsin B functioning in vivo in carp. 相似文献
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采用电子显微镜观察和细胞培养等技术, 从湖北黄陂某养殖场患病大口黑鲈(Micropterus salmoides)体内发现并分离到一株蛙病毒。患病大口黑鲈的临床症状主要表现为体表出血、溃疡, 肝脏发白。将病鱼内脏组织匀浆超微滤液接种鳜脑细胞系(mandarin fish brain, MFB)细胞能产生典型细胞病变效应(cytopathic effect, CPE), 病毒滴度达到 108.36±0.15 TCID50/mL。细胞培养病毒的超薄切片电镜观察结果显示, 细胞质中存在大量直径约为 150 nm 左右的正六边形病毒粒子, 呈晶格排列。细胞培养病毒的人工感染大口黑鲈试验结果显示, 7 d 内试验鱼死亡率高达 100%, 其临床症状与自然发病鱼相似。采用大口黑鲈病毒(largemouth bass virus, LMBV)的特异性 PCR 检测方法对患病鲈组织样品和细胞培养病毒样品进行检测, 均能扩增出 241 bp 的单一目的条带。进一步根据 GenBank 中 LMBV 主衣壳蛋白(major capsid protein, MCP)基因序列设计特异性引物, 均能从上述样品中扩增出 1392 bp 的 MCP 基因开放阅读框(open reading frame, ORF)全长。将 MCP 氨基酸全序列进行比对, 结果显示其与 Santee-Cooper 蛙病毒、孔雀鱼病毒 6 型及大口黑鲈溃疡综合征病毒的 MCP 氨基酸序列同源性高达 100%。系统进化结果显示, 与感染鱼类的虹彩病毒科蛙病毒属病毒, 如鳜鱼蛙病毒、Santee-Cooper 蛙病毒、孔雀鱼病毒 6 型和大口黑鲈溃疡综合征病毒等聚成一支。这些结果证明, 该分离株为虹彩病毒科蛙病毒属的成员, 暂命名为大口黑鲈蛙病毒(largemouth bass ranavirus, LMBRaV)湖北株 LMBRaV-HB001。病毒敏感细胞系筛选试验结果表明, 病毒 LMBRaV-HB001 感染鲤上皮瘤细胞(epithelioma papulosum cyprinid, EPC)、草鱼性腺细胞(grass carp ovary, GCO)、大鲵肌肉细胞(giant salamander muscle, GSM)和鲫脑组织细胞(gibel carp brain, GiCB)均能产生典型 CPE, 病毒滴度可达 108.0 TCID50/mL 以上。本研究首次在湖北省养殖大口黑鲈体内分离与鉴定了 LMBRaV 病毒, 建立了病毒的细胞培养方法, 为进一步研究该病毒的传播、诊断和防控技术提供了重要参考。 相似文献
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Nutritional amino acid requirements of varying size classes of largemouth bass were estimated using A/E ratios. Nutrient and amino acid contents of roe and carcass of the different size classes were determined and compared to results of selected, classic works related to the concept of ideal protein and relationship between the contents of individual, essential amino acids and the total contents of essential amino acids – A/E ratios. Protein content in the roes of the largemouth bass were higher in comparison to the carcass, but the content of lipids of the roes and of the carcass didn’t present significant difference (P<0.05). Largemouth bass showed higher muscle protein content in comparison to other species. Although some authors report variation in the contents of some amino acids in the carcass of selected species, differences observed in this study regarding carcass amino acid contents of tilapia, speckled catfish and largemouth bass were not significant (P<0.05), values of the ratio A/E followed the same trend. Results, herein presented, indicate that the amino acid profile of largemouth bass could be used as complementary tool for balancing amino acids in formulated feed for the species, and in the validation of amino acid requirements determined in performance studies. 相似文献
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采用同源克隆和末端快速扩增（RACE）方法,得到1330bp的军曹鱼（Rachycentroncanadum）MHC-Ⅰα全长cDNA片段。该序列包括76bp的5’末端非编码区（UTR）,189bp的3’UTR及1065bp的开放阅读框（ORF）,编码354个氨基酸,预测其蛋白质分子量约40．10kDa,等电点5．70。构建MHC-Ⅰα氨基酸序列的系统进化树并进行氨基酸相似性比对,结果表明,军曹鱼和已知鱼类及人类（Homosapiens）MHC-Ⅰα氨基酸的同源性在27．9％～67．1％之间。所推测的蛋白序列具有一些重要特征,包括前导肽、α1、α2、α3区、CP／TM／CYT区和保守的半胱氨酸等。Real—timePCR检测结果显示,MHC-Ⅰα基因在各个正常军曹鱼组织中均表达,但表达量各有不同,其中较强的表达于头肾;中等程度表达于鳃、脾和肠;在心、脑和肌肉中表达较弱。 相似文献
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基于大口黑鲈(Micropterus salmoides)全长转录组数据, 克隆测序获得大口黑鲈 MsDmrt3cDNA 序列, 其开放阅读框为 1245 bp, 共编码 474 个氨基酸, 含有高保守的 DM 结构域和 DMA 结构域, 且 DM 结构域有 2 个保守的锌指样结合位点。蛋白三维预测结构与人(Homo sapiens)和青鳉(Oryzias latipes)的 DMRT3 相似。结合大口黑鲈基因组数据分析显示, MsDmrt3 位于基因组 7 号染色体上, 基因序列 3353 bp, 由 2 个外显子与 1 个内含子组成。进化树聚类分析显示, MsDMRT3 属于 DMRT3 家族, 且可能与低等节肢动物 Dmrt93B 起源于共同的原始 DMRT。对大口黑鲈 14 种组织以及 8 个发育时期的 MsDmrt3 基因的表达情况进行定量分析, 结果显示 MsDmrt3 基因在成熟个体的脊髓中高表达, 精巢和眼次之, 但在卵巢和肝脏几乎不表达; MsDmrt3 在各发育时期均有表达, 在 6 dpf 前呈逐渐上调趋势, 之后逐渐下调至最低水平。本研究表明, MsDmrt3 基因序列与结构具有高保守性, 且具有显著的性别表达二态性, 推测其与性别决定和分化有关。同时, 根据 MsDmrt3 基因在脊椎和胚胎发育早期的高表达, 推测其可能在神经系统和胚胎早期生长发育中发挥作用。本研究旨在为下一步大口黑鲈性别决定与性别分化分子机制的深入研究奠定基础。 相似文献