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1.
通过探针杂交筛选斑点叉尾(Ictalurus punctatus)BAC基因组文库,利用引物步移的方法对阳性克隆BAC047 K12进行序列测定,得到2 815 bp的SCYA126基因组序列。序列分析表明,SCYA126基因由2个外显子和1个内含子组成;外显子拼接的序列与SCYA126cDNA序列完全一致,编码92个氨基酸,在N端含有2个相邻的半胱氨酸(CC)和2个不相邻的半胱氨酸,为典型的CC趋化因子亚家族成员;其上游调控序列包含TATA框启动子序列和一些与免疫相关的转录因子结合位点。另外,根据与GenBank接收号为BM029630的EST序列的比较分析,发现SCYA126基因组中的内含子没有被剪接,导致翻译后可能产生N端部分缺失的SCYA126蛋白。在胰脏和肝脏中确认了高表达的包含内含子的mRNA的存在,而且其表达量要明显高于正常剪接的SCYA126mRNA。[中国水产科学,2007,14(1):1-7] 相似文献
2.
CC趋化因子（CC Chemokine）是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族，是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。趋化因子也是当今国际鱼类分子免疫学研究的热点之一。本研究通过比较基因组学和生物信息学的方法，分析了虹鳟（Oncorhynchus mykiss）、牙鲆（Paralichthys olivaceus）和斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）等重要经济鱼类的CC趋化因子基因结构特点和功能，并采用Clustal X的NJ法对所有新的CC趋化因子和先前发表的鱼类趋化因子与其他动物的CC趋化因子进行系统进化分析，建立了3个独特的包含非鱼类OC趋化因子的直向进化同源组。第1个直向进化同源组建立于人的CCL27和CCL28，有丽鱼科（Cichlidae）Melanochromis auratus和Pamlabidochromis chilotes的SCYA101、SCYA101a、大西洋鲑（Salmo salar）的CB510320、斑马鱼（Danio rerio）的B1839410、虹鳟的CK11、斑点叉尾鮰的BM027974和BM029630；第2个直向进化同源组是以人类C／2L20建立的，包括虹鳟的CK8a、CK8b、斑点叉尾鮰的SCYA112和鸡（Callusgallus）从K84434，其中鸡的序列与人的CCL20最相近（与其他鱼类CC趋化因子相比）；第3个直向进化同源组是以鸡的XP-424980和蓝鮰（Ictalurus furcatus）的SCYA109建立的。所有其他鱼类CC趋化因子都没有归类到非鱼类CC趋化因子的同源组中。为了进一步分析鱼类CC趋化因子和哺乳类CC趋化因子间的关系，采用Clustal W的非自举检验（Bootstrapping）启发式搜索（heuristic search）比对法对这些OC趋化因子进行归类分析，结果得到7个潜在的直向进化同源组，包括含有4个鱼类OC趋化因子的CCL20直向进化同源组、5个鱼类CC趋化因子的CCL24直向进化同源组、8个鱼类CC趋化因子的CCL22直向进化同源组、4个鱼类CC趋化因子的CCL17直向进化同源组、15个鱼类CC趋化因子的CCL25直向进化同源组，7个鱼类CC趋化因子的CCL27／CCL28和17个鱼类CC趋化因子的CCL19／CCL21直向进化同源组。趋化因子的研究将有助于更好地了解鱼类抗病性与天然免疫性的关系。 相似文献
3.
虾青蛋白(Crustacyanin,CRCN)在甲壳动物脂类代谢及低氧胁迫应激调控等方面具有重要的功能。为获取虾青蛋白在克氏原螯虾(Procambarus clarkii)性腺发育和低氧胁迫应答中的作用,本研究在克氏原螯虾肝胰腺组织中鉴定出1个类虾青蛋白PcCRCN-L基因的c DNA序列,分析了PcCRCN-L基因的结构特征和进化模式,研究了PcCRCN-L基因在不同组织与性腺不同发育时期的表达特征,探讨了Pc CRCN-L在低氧–复氧胁迫下的表达响应模式。结果显示,PcCRCN-L基因c DNA序列长2 700 bp,其开放阅读框(ORF)长度为1 587 bp,编码528个氨基酸残基;DNA序列长6 130 bp,位于克氏原螯虾基因组的第12号染色体,包含5个外显子和4个内含子,内含子/外显子剪接方式符合GT-AG规则。Pc CRCN-L具有1个完整的lipocalin结构域,包含典型的序列保守区Ⅰ(SCR1)序列G-X-W、保守区Ⅱ(SCR2)序列T-D-Y和保守区Ⅲ(SCR3)序列精氨酸R。多序列比对与系统进化分析结果显示,PcCRCN-L独立于传统虾青蛋白A和C亚族,单独聚... 相似文献
4.
从分子水平上探讨了鳜解偶联蛋白1、2 (UCP1, 2)基因结构、组织表达水平及与产热、脂肪代谢等生理机能的关系。通过与脊椎动物UCP1、UCP2基因序列进行比对,设计简并引物与特异引物进行PCR和RACE扩增、测序、拼接序列,获得UCP1、UCP2的基因组序列和内含子/外显子结构。基因组步行法克隆鳜肝脏UCP1、UCP2 基因5′侧翼序列。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在其指数期增长的范围内得到鳜不同组织UCP1、UCP2的相对表达水平。结果表明,UCP1基因组全序列为3 146 bp, 5′侧翼调控区为1 333 bp,含有5个内含子和6个外显子,开放阅读框(ORF)长942 bp,编码一个大小为313个氨基酸的蛋白质。UCP2基因组全序列为2 890 bp, 5′侧翼调控区为1 800 bp,含有7个内含子和8个外显子,ORF长939 bp,编码一个大小为312个氨基酸的蛋白质。UCP1、UCP2间隔外显子的内含子皆符合“GT-AG”规则,内含子的数目与哺乳动物一致。系统进化分析表明,鳜UCP1、UCP2氨基酸序列分别与鱼类UCP1、UCP2氨基酸序列聚为一支,且与UCP3、UCP4、UCP5分支区分明显。鳜UCP1、UCP2基因不同组织表达水平的高低可能与鳜本身的生态习性及各器官在产热、脂质代谢中的作用相关,但明确的分子机制尚待进一步研究。 相似文献
5.
牙鲆肌肉生长抑素(MSTN)基因克隆 总被引：1，自引：1，他引：0
采用同源克隆及基因组步移的方法，分离克隆了牙鲆肌肉生长抑素（MSTN）基因。经过序列分析及cDNA验证，牙鲆MSTN基因具有3个外显子和2个内含子，编码377个氨基酸。5`侧翼区含有8个TATA框，一个CAAT框，6个E框；3`侧翼区含有加尾信号。通过同源分析，牙鲆MSTN C末端含有9个保守半胱氨酸残基和一个RVRR蛋白酶酶切位点；通过进化树分析，牙鲆MSTN与鱼类MSTN基因聚为一支。RT-PCR分析表明，牙鲆MSTN在胚胎发育中不表达或表达量较低，说明MSTN在牙鲆胚胎发育中并不起重要作用；其在各组织中的表达，随个体和环境的不同而有差异，暗示MSTN的表达受外界因素调控。 相似文献
6.
利用PCR技术克隆唐鱼（Tanichthys albonubes）β-actin基因。所克隆的β-aetin基因片段为1464bp，包含长为1374bp的启动调控区和90bp的部分开放阅读框。启动调控区包括105bp的β-actin基因上游调控序列、第一个外显子和第一个内含子。上游调控序列中含有对转录起重要作用的CAAT Box、TATA Box、CArG Box等元件。将唐鱼β-actin启动调控区克隆到红色荧光表达载体pDsRed2-1上，并显微注射到唐鱼受精卵中，荧光显微镜观察红色荧光蛋白（RFP）的表达。结果表明，RFP在转基因唐鱼中的表达阳性率较高，最高可达51．8％，且RFP的表达水平较高。PCR检测转基因唐鱼的部分器官组织，在被检组织器官中均能检测到外源RFP基因；而RT-PCR以及Southern blot验证显示RFP mRNA的表达有所不同；Southern blot检测肌肉组织基因组DNA，可见比阳性载体大的杂交条带。说明所检测的组织中已发生外源基因RFP的整合，但有些组织存在表达水平较低或者不表达的现象。本实验分离到的β-actin基因启动子序列具有有效的驱动功能，可启动外源基因在唐鱼体内的高效表达，从而为下一步进行功能基因的转化研究奠定基础。 相似文献
7.
类胰岛素生长因子结合蛋白(IGFBP)是IGF系统的一部分,主要参与IGF的运输、定位和生物活性调节。本研究采用RACE技术和长PCR技术,克隆了缢蛏IGFBP基因的cDNA和DNA全长序列,应用荧光定量PCR技术分析了缢蛏不同发育时期和不同组织中IGFBP mRNA的表达特征,并进一步筛选了IGFBP基因与生长性状相关的SNP位点。序列分析表明,缢蛏IGFBP cDNA序列全长631 bp,包括5'端非编码区60 bp,3'端非编码区136 bp和开放阅读框435 bp,编码144个氨基酸。该基因含有保守的IGFBP-N端,包含12个半胱氨酸残基,其中1～18个氨基酸为信号肽,属于分泌型蛋白。IGFBP DNA全长3 122 bp,其中包含1个内含子(2 687 bp)和2个外显子(200和235 bp)。荧光定量PCR结果显示,IGFBP mRNA在消化腺组织中表达量最高;在缢蛏的稚贝期,IGFBP mRNA呈现高表达,而在其他发育时期表达量低。在IGFBP基因中筛选到4个SNP位点,其中1个SNP位点与缢蛏的壳长和体质量呈显著相关。 相似文献
8.
通过对牙鲆（Paralichthys olivaceus）MHC II B基因内含子1和外显子2直接测序的方法,从83个抗病牙鲆个体中共得到了85个等位基因,其中76个为新发现的等位基因。在扩增得到的263bp的外显子2中,共发现了60个多态性位点,其中33个是新发现的。不同的等位基因均以较低的频率出现,基因频率范围从0.006到0.069,基因型频率范围从0.012到0.169。通过序列分析,共发现了6种内含子1,其中4种是新发现的。内含子1中均包含了一个12bp的重复单元,其3＇端含有一个富含CT/GT的区域。牙鲆MHC II B基因的高多态型和低频率揭示了牙鲆群体MHC基因资源的丰富性,为选择育种提供了可能。 相似文献
9.
斜带石斑鱼IgM、IgZ和IgD重链基因的克隆 总被引：1，自引：1，他引：0
应用RACE方法获得斜带石斑鱼膜结合型免疫球蛋白M(membrane-bound immu-noglobulin M,mIgM),膜结合型免疫球蛋白D(mIgD),分泌型免疫球蛋白Z(secretory immu-noglobulin Z,sIgZ)的重链基因。斜带石斑鱼膜结合型IgM重链恒定区包含3个恒定区结构域(μ1,μ2,μ3)以及两个跨膜外显子(TM1,TM2),TM1外显子与μ3结构域末端相连接。氨基酸序列相似性分析结果显示,斜带石斑鱼mIgM各恒定区与牙鲆mIgM恒定区相似性最高,为53%~78%。mIgD的cDNA全长为3 375 bp,开放阅读框包含3 006 bp,其恒定区由1个μ1外显子,7个δ外显子以及跨膜区组成。斜带石斑鱼IgD恒定区与鳜IgD各恒定区氨基酸序列相似性最高,δ1~δ7的相似性分别为75.5%、75.8%、65.4%、76.6%、88.1%、90.6%、82.8%,TM结构域为82.7%。sIgZ的基因结构与其他硬骨鱼类sIgZ的结构相似,包括4个外显子和3个内含子,内含子长度分别为222、129和458 bp。利用半定量PCR分别检测了这3种基因在斜带石斑鱼各器官/组织中的表达,发现mIgM在头肾、肾脏、脑、脾脏、肠、鳃、心脏和胸腺中均有表达;mIgD的mRNA在头肾、肾脏以及胸腺中有较高的表达,在肠中表达量较低;sIgZ mRNA主要分布于淋巴组织如头肾、肾及脾脏中,而在鳃、心脏和胸腺中的丰度较低。 相似文献
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大口黑鲈MyoD基因结构和单核苷酸多态性位点的筛选 总被引：6，自引：0，他引：6
本研究采用PCR技术和基因组步移技术从大口黑鲈基因组DNA中扩增得到MyoD基因及其5’调控区序列。该基因序列全长3797bp,其中5’调控区长1077bp,MyoD基因转录区由3个外显子（分别为591bp、81bp和78bp）和2个内含子（分别为1077bp和486bp）组成。5’调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E box、肌细胞增强因子2（MEF2）、肌肉特异性金属硫蛋白结合位点（MTBF）及一些转录反应调控元件（TATA box 、OCAAT box、OCT1、PRE、AP4、Pit1）。运用PCR-SSCP技术和直接测序法进行大口黑鲈MyoD基因SNP位点筛选,结果表明MyoD基因序列中存在7个突变点,均位于内含子上。养殖群体中这7个突变点分析结果显示突变比例范围在0.042～0.353之间。本研究结果为SNPs位点与大口黑鲈生长性能关联分析奠定了基础。 相似文献