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1.
浙江三门湾日本蟳群体线粒体16Sr RNA基因序列多态性 总被引：2，自引：0，他引：2
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.2%~2.68%。16SrRNA构建的NJ系统发育树表明,梭子蟹属的远洋梭子蟹和青蟹属的拟穴青蟹亲缘关系较近,与蟳属的日本蟳亲缘关系较远,与形态和RAPD研究结果一致。 相似文献
2.
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。 相似文献
3.
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658 bp核苷酸序列.62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53％、22.63％、27.30％、18.53％和58.83％,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似.通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析.AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P＜0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州湾群体与海洲湾群体之间的遗传分化系数最低.另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,同时由NCBI下载同源序列,探讨了长臂虾亚科几个种的系统进化关系,用NJ法构建的系统树显示,脊尾白虾不同单倍型先与长臂虾属和小长臂虾属聚为一支,然后与沼虾属聚为一支. 相似文献
4.
利用通用引物对5个栉江珧野生群体(山东长岛、山东日照、山东文登、广东湛江和海南海口) 28S rRNA 和COI 基因片段进行扩增测序,分别得到983bp和623bp的片段,基于28S rRNA序列分析系统发生的结果表明,栉江珧与Atrina vexillumju具有较近的遗传关系。基于COI基因序列的遗传多样性分析结果显示,山东文登群体具有最高的遗传多样性水平。AMOVA分析显示,群体遗传分化系数为0.132 3(P<0.001),说明栉江珧遗传变异主要来源于群体内的变异。由28S rRNA和COI基因聚类分析结果推测,由于地理隔离,我国栉江珧南北方群体可能早已分化为不同亚种。这些数据为我国栉江珧种质资源保护和利用补充了分子生物学资料。 相似文献
5.
本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。 相似文献
6.
4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究 总被引：3，自引：0，他引：3
对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cyt b)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异.通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539 bp(16S rRNA)、601 bp(COI)和385 bp(Cyt b),其基因片段的A+T含量都较高.4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cyt b＞ COI ＞16S rRNA.Cyt b 基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene).根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远. 相似文献
7.
为探究中国辽东半岛海域(辽宁群体)、长江口及其两翼海域(江苏群体)、台湾海峡西部海域(福建群体)、珠江口及其两翼海域(广东群体)、北部湾海域(广西群体)以及日本伊势湾海域(三重群体)6个不同海域文蛤(Meretrix meretrix)地理群体的亲缘关系,采用18S rRNA基因、线粒体细胞色素氧化酶c亚基Ⅰ(COⅠ)及16S rRNA基因3种分子标记进行序列测定与分析。测序结果显示,3种基因序列长度分别在1 854、658、596 bp左右;18S rRNA基因碱基组成无偏异,序列较为保守;COⅠ与16S rRNA基因A+T平均含量明显大于G+C含量,符合线粒体基因组成特征。通过Meg Align软件比对6个地理群体文蛤,序列相似百分比分别为99.7%~100.0%(18S)、91.7%~99.8%(COⅠ)、90.2%~99.8%(16S),其中三重文蛤序列差异最大;以文蛤属的帘文蛤(Meretrix lyrata)作外群,采用MEGA 5.03软件中相邻连接法(NJ)构建系统发育树显示,我国沿海5个文蛤群体聚为一枝且与日本三重文蛤分开,自展值分别为67%(18S)、99%(COⅠ)、98%(16S);我国沿海5个文蛤群体中,辽宁、江苏、福建文蛤群体首先聚在一起,其次是广西文蛤群体,最后是广东文蛤群体。研究结果表明,辽宁、江苏、福建文蛤群体同源性较高,亲缘关系最近;广西文蛤群体、广东文蛤群体与我国其它文蛤群体间遗传差异较大,地理遗传分化明显;而日本三重文蛤与我国沿海文蛤可定为文蛤的2个地理亚种。 相似文献
8.
三疣梭子蟹野生群体同工酶遗传多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
三疣梭子蟹野生群体同工酶的遗传多态性分析=Isozyme polymorphism in Portunus trituberculatus from wild population ［刊，中］/高保全（中国海洋大学生命科学与技术学部，青岛266003）,刘萍,李健,戴芳钰//水产学报，—2007，31(1).-1～6
采用聚丙烯酰胺不连续凝胶垂直电泳技术对三疣梭子蟹野生群体的同工酶进行检测。分析了48个样本的11种同工酶在三疣梭子蟹肌肉中的表达情况。11种同工酶(MDH、LDH、ME、SOD、 EST、SDH、IDH、ADH、POD、CAT、AAT)共检测出20个基因座位，其中Me-2、Sod-3、Cat-3、Ldh-2共4个座位呈多态(P0.99)，多态座位百分数P为20%。平均每个座位的有效等位基因数目Ae为1.230，预期杂合度He为0.094，实际杂合度Ho为0.175。同时还分析了三疣梭子蟹4个多态座位的Hardy-Weinberg遗传偏离指数d。与日本绒螯蟹、中华绒螯蟹等相比，三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较高，种质资源还处于较好的状态。图1表3参22
关键词：三疣梭子蟹；野生群体；同工酶；多态性
E-mail：liuping@ysfri.ac.cn 相似文献
9.
基于线粒体控制区序列的三疣梭子蟹增殖放流亲蟹遗传多样性研究 总被引：4，自引：3，他引：1
为研究山东沿海三疣梭子蟹增殖放流亲蟹群体的遗传多样性状况,实验采用536 bp的线粒体DNA控制区片段作为分子标记,对4个亲蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,301个三疣梭子蟹个体共检测到155个单倍型,4个群体的单倍型多样度为0.972 3~0.993 0,核苷酸多样度为0.021 2~0.023 6,表现出丰富的遗传多样性。AMOVA分析和Fst分析结果均显示,4个三疣梭子蟹亲蟹群体间遗传分化微弱,未形成明显的遗传结构,NJ系统树中未出现与各群体相对应的的谱系分支。研究表明,4个增殖放流亲蟹群体的遗传多样性丰富,且其遗传结构与放流海域的野生群体间没有明显分化,种质资源质量较好。此外,群体历史动态分析显示,渤海南部和黄海北部的三疣梭子蟹历史上曾经历过群体扩张事件。 相似文献
10.
紫蛤属(Sanguinolaria)贝类具有很高的经济价值,长期以来却存在着物种鉴定错误、种名使用混乱、同物异名等一系列问题,关于其系统分类和演化问题的研究较少。为探究中国沿海紫蛤属的系统发育关系,本研究利用两个线粒体基因(COI和16S rRNA),以及两个核基因(H3和28S rRNA)的部分序列,对采自中国沿海紫蛤属3亚属9种紫蛤61个个体进行系统发育分析。基于4个基因片段联合数据集T12(剔除COI第三位密码子位置)构建系统发育树。结果表明,两个线粒体基因片段GC含量明显低于AT含量,表现出对AT偏斜,两个核基因表现出对GC的偏斜。4个基因片段(COI、16S rRNA、H3和28S rRNA)的颠换与转换比值分别为5.073、3.042、1.564和1.480,均远高于系统分析的临界值0.4,能够提供有效的系统发育信息。基于4个基因片段的遗传多样性分析表明,9种紫蛤均具有较高的核苷酸多样性(Pi0.05)与单倍型多态性(Hd0.5)。基于COI基因片段的紫蛤属种内遗传距离为0~0.016,种间的平均遗传距离为0.087~0.331,其中卵紫蛤(Sanguinolaria ovalis)与中国紫蛤(Sanguinolaria chinensis)遗传距离最小,仅为0.087。利用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建的系统发生树拓扑结构一致,分化为3大支,与形态学分类的三个亚属分别对应。中国紫蛤和卵紫蛤在系统树上首先聚为一支,表明其亲缘关系最近。本研究结果阐明了中国沿海紫蛤属贝类的遗传多样性及其系统演化关系,为紫蛤属贝类种质资源的保护及可持续利用提供了科学依据。 相似文献
11.
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。 相似文献
12.
为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。 相似文献
13.
采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶Ⅰ基因,COⅠ)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究.形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异.经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COⅠ基因序列,2个群体的COⅠ基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8％)明显高于G+C的含量(35.2％).28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825.单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COⅠ基因单倍型聚为2个明显分支.分子方差分析(AMOVA)结果显示,Fst=0.21736 (P＜0.01),21.74％的变异来自群体间,78.26％的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化.研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护. 相似文献
14.
Niraj Kumar Wazir S Lakra Kshitish C Majumdar Mukunda Goswami & Kondadhasula Ravinder 《Aquaculture Research》2007,38(8):862-869
Genetic diversity in the Indian population of the tiger shrimp Penaeus monodon was determined by using partial sequence data of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (D‐loop) and the 16S rRNA gene. Eight populations from different geographical locations (Mumbai, Kochi, Mangalore, Kakinada, Gopalpur, Chilika, Paradeep and Andaman) were collected and analysed. The amplified polymerase chain reaction products of size 577 bp for the control region and 472 bp for 16S rRNA were sequenced in both directions and data were analysed through clustal , arlequin , mega and phylip . A significant genetic structure was found among the Indian populations. The mtDNA control region proved to be a powerful marker in comparison with 16S rRNA for population studies of this species. The east coast population was more genetically diverse than the west coast. The Andaman population was found to be the most diverse among all the populations. The populations on the west coast were found to be genetically more structured and differentiated than the populations on the east coast. The results revealed a high level of genetic diversity and also distinct population structuring of P. monodon, suggesting great possibilities of genetic improvement for growth and other economic traits. 相似文献
15.
In order to provide baseline information for the genetic resources, genetic variation in wild and cultured Pinctada fucata martensii from southern Korea and Japan was studied using nucleotide sequence analysis of 379 base pairs (bp) in the mitochondrial
cytochrome oxidase subunit I gene (COI). The study included three hatchery stocks from Korea (Tongyeong) and Japan (Mie and
Tsushima) and one wild stock from Korea (Geoje). A total of 3 haplotypes were identified in hatchery stocks of 78 individuals,
of which 63 individuals shared 1 haplotype. Overall, nucleotide diversity (π) was low, ranging from 0.000 to 0.002, and haplotype diversity (h) ranged from 0.000 to 0.541. Considerably low haplotype and nucleotide diversities in hatchery stock indicated that low effective
population size and consecutive selective breeding of P. fucata martensii could be responsible for the reduction in genetic variation. The wild stock exhibited low haplotype diversity (0.507 ± 0.039)
with two shared haplotypes. The results of the present study with first record of wild pearl oyster in Korea support the possibility
that the transplanted pearl oyster for overwintering experiments could have survived in winter. In order to enhance and/or
maintain genetic diversity in the hatchery stock, further research should be directed toward genetic monitoring and evaluation
of the hatchery and wild pearl oysters. 相似文献
16.
DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。 相似文献