安氏隐孢子虫ITS-1序列的PCR扩增、克隆及分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

周荣琼  李国清  肖淑敏  郭远忠  夏艳勋  林瑞庆  朱兴全 《中国预防兽医学报》2005,27(5):369-372

通过对国内三株安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)即GD株、HN株和AH株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS_1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS_1是否可作为C.andersoni分子分类的遗传标记。结果表明:GD株、HN株和AH株的ITS_1序列基本一致,仅AH株有三个碱基的差异;但与GenBank注册的C.muris和C.parvum存在种间差异,而且差异显著。说明ITS_1可作为C.andersoni种的遗传标记,从而为隐孢子虫属的种间鉴定以及进一步的分子流行病学调查和分子诊断学研究奠定了基础。  相似文献   

基于18S rRNA和HSP70基因序列的隐孢子虫种系发育分析     

王进产  菅复春  张龙现  宁长申  闫文朝  孙铭飞  仇书兴  卢庆斌 《畜牧兽医学报》2007,38(9):947-953

为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征,以阐明隐孢子虫病的分子流行病学特点。通过18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列分析,其结果：河南人源隐孢子虫分离株为Cryptosporidium parvum鼠基因型;河南鹿源隐孢子虫分离株为C. parvum鹿基因型;河南猪源隐孢子虫的2个分离株均为C. parvum猪基因I型,即C. suis;河南鹌鹑源的隐孢子虫2个分离株分别为C. baileyi和C. meleagridis;河南乌鸡源隐孢子虫和鸵鸟源隐孢子虫分离株均为C. baileyi;河南牛源隐孢子虫分离株为C.andersoni。  相似文献   

用CPN60基因序列研究隐孢子虫种系发育关系     

王进产  张龙现  娄飞  宁长申  菅复春  卢庆斌 《畜牧兽医学报》2007,38(11):1230-1234

本试验以编码线粒体功能性蛋白Chaperonin 60(CPN60)的核基因作为研究对象,对隐孢子虫分离株CPN60基因进行扩增测序,用Clustal X1.81对扩增序列与GenBank相关参考序列进行比对,然后用PAUP4.0程序中邻接法(Neighbor-joining,NJ)、最大简约法(Parsimony,MP)构建基因树,同时用TREEPUZZLE程序Version4.1构建最大似然树(Maximum likelihood,ML),以确定不同隐孢子虫虫株之间的进化关系,并以18S rRNA和HSP70基因构建的进化树作参照,评价CPN60是否更适合作为隐孢子虫基因分型和进化关系的分子标记。结果显示:基于CPN60构建的进化树将隐孢子虫分为两大类:C.baileyi和C.meleagridis处于一个分枝,C.hominis、C.suis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个分枝上。不同隐孢子虫之间的同源性介于96%~100%,能有效区分隐孢子虫不同基因型。因此,CPN60基因序列也可作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记。  相似文献   

保定地区奶牛源隐孢子虫的分离与基因鉴定     

《黑龙江畜牧兽医》2017,(15)

为了解保定地区奶牛源隐孢子虫感染情况,从当地3个奶牛场随机采集145份奶牛粪便经饱和蔗糖溶液漂浮后直接镜检和抗酸染色后镜检,阳性样品采用PCR方法扩增18S rRNA基因,同时将扩增出的目的片段进行克隆和序列分析,并将分离株与其他11个隐孢子虫参考株的18S rRNA序列进行比对和遗传距离比较。结果表明:有10份粪便样本为隐孢子虫阳性,感染率为6.9%(10/145),不同奶牛场、年龄段奶牛隐孢子虫感染率有显著性差异(P0.05)。10份粪便样品采用PCR方法扩增后有7份为18S rRNA基因阳性,扩增出的18S rRNA部分基因片段长528 bp。保定地区隐孢子虫分离株扩增的基因序列与牛源隐孢子虫18S rRNA基因序列(Gen Bank登录号为HQ179571)同源性最高,确定保定地区分离到的奶牛源隐孢子虫为牛隐孢子虫。  相似文献   

猪源隐孢子虫Hsp70基因的测定与种系发育关系分析     

王进产  闫文朝  张龙现  宁长申  朱惠丽  梁楠  王海燕  王荣军 《中国兽医杂志》2007,43(4):6-9

从河南两个地区猪的粪便中分离纯化了猪源隐孢子虫卵囊。参考隐孢子虫Hsp70基因属特异性引物,用PCR分别扩增了卵囊基因组DNA大小均为1 948 bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列和推测出的氨基酸序列分别用ClustalX软件与已报道的相应序列比对,用DNASTAR中的MegAlign分析其同源性,并用PAUP绘制系统发育进化树。序列分析结果显示河南猪源隐孢子虫两个分离株Hsp70 DNA序列的同源性为99.9%,与其他隐孢子虫相应序列同源性介于81.9%~99.8%之间,其中与猪隐孢子虫(Cryptosporidium suis,AF221533)同源性最高分别为99.8%,97.9%;与安氏隐孢子虫(C.andersoni,AY954592)同源性最低。两个分离株推导Hsp70氨基酸序列的同源性为100%,同其他隐孢子虫相关序列的同源性在92.8%~99.8%之间。本研究为隐孢子虫诊断及流行病学研究打下了良好基础。  相似文献   

PCR-RFLP鉴定隐孢子虫种类研究   总被引：15，自引：2，他引：15  

张龙现  蒋金书  刘群  宁长申  赵金凤  刘红英 《畜牧兽医学报》2004,35(5):555-559

为快速、准确鉴别人畜隐孢子虫种类，建立了巢式PCR扩增隐孢子虫18S rRNA基因的特殊区域，扩增片段测序结果表明：安徽牛源分离株(Cryptosporidium muris)781bp；北京鸡源分离株(C.baileyi)776bp；北京牛源分离株(C.muris)781bp；河南牛源分离株(C.muris)725bp；长春牛源分离株(C.muris)776bp；宁夏鸡源分离株(C.baileyi)725bp.该片段位于18SrRNA全序列271～1103bp之间。使用Ssp I限制性内切酶消化发现C.muris产生418～420bp和305～363bp两个片段，C.baileyi产生544～545bp和185～231bp两个片段。所检测的6个分离株可以显著区分为C.muris和C.baileyi两个种，所建立的PCR-RFLP可以有效鉴别隐孢子虫种类。  相似文献   

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析     

《中国畜牧兽医》2015,(12)

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。  相似文献   

河北省奶牛场犊牛安氏隐孢子虫的分离鉴定     

《中国兽医学报》2019,(7):1325-1329

本研究从河北省奶牛场有腹泻症状2月龄左右的犊牛粪便中分离卵囊,进行病原分离与虫株鉴定。采集腹泻犊牛的新鲜粪便24份,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和抗酸染色法检测隐孢子虫卵囊,观察卵囊形态、大小。提取卵囊基因组DNA,进行18S rRNA基因PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测。对扩增片段进行序列测定及分析,进一步确定分离虫株隐孢子虫的种类/基因型,根据18S rRNA基因核苷酸序列构建系统发育进化树,确定虫株亲缘关系。结果显示,5份样品检出隐孢子虫卵囊,感染率为20.83%。形态学观察卵囊呈长圆形或椭圆形,大小为(5.0～8.2)μm×(4.2～6.3)μm,平均大小为6.6μm×5.3μm,卵囊指数为1.24,鉴定分离虫株为安氏隐孢子虫。PCR扩增出预期大小为1 188 bp的特异性片段,序列分析和同源性分析结果表明,分离株与安氏隐孢子虫AB089285.2株、AB513856.1株、AY954885.1株的同源性为98.7%～98.8%,进一步表明分离的隐孢子虫虫株为安氏隐孢子虫。在种系进化关系上,分离株与安氏隐孢子虫AB513856.1株亲缘关系最近。本研究为揭示河北省奶牛隐孢子虫病的流行特征,实施有效防制措施提供了科学依据。  相似文献   

猪源隐孢子虫卵囊的分离及基因型鉴定     

陈甫  黄克和 《中国兽医学报》2011,31(2)

应用RT-PCR方法对南京、上海和合肥猪源隐孢子虫卵囊SSU rRNA部分序列进行扩增,产物测序后提交GenBank,收录号为DQ855266、DQ855267;用BLAST和DNAStar软件与GenBank参考序列进行比较,分析其同源性,绘制系统发育进化树,结合卵囊形态学观察和对小鼠、大鼠、兔、山羊和鸡的传染性试验确定隐孢子虫种类或基因型。结果表明,3地区猪源隐孢子虫分离株与微小隐孢子虫(C.parvum)同源性达94%~100%,与C.parvummouse型有99.8%~100%的同源性,并处于进化树的同一分支。因此,3地区猪源隐孢子虫是C.parvummouse型,提示猪和鼠之间存在交叉传播的可能。  相似文献   

安氏隐孢子虫PCR检测方法的建立   总被引：1，自引：1，他引：1  

向飞宇  李国清  肖淑敏  林瑞庆  朱兴全 《中国预防兽医学报》2004,26(3):231-233,237

经BLAST检索,以HSP70基因设计一对引物(5'-CAATCGAATTGGATTCTTTGTC-3'和5'-CACCTTCAAAT-ACTTGAATAAGT-3')对奶牛安氏隐孢子虫进行了PCR试验.结果显示所建立的PCR检测方法只能特异扩增隐孢子虫GD株DNA,而对照样本如微小隐孢子虫、弓形虫、圆孢子虫、纤毛虫、肝片吸虫、血矛线虫、莫尼茨绦虫、牛粪便以及大肠杆菌均为阴性;通过对6个浓度梯度的虫体DNA进行PCR反应,结果表明当样本中含有445个隐孢子虫卵囊的DNA时,即可扩增产生清晰可辩的条带.测得该序列长度为494bp,序列分析为牛型C.andersoni.表明该引物能特异扩增C.andersoni,敏感性较高,适合于奶牛安氏隐孢子虫的检测.  相似文献