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旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响，探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础，以重测序数据为“原材料”构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3 400K 4个SNP面板，利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明：1)利用芯片SNP标记分析的观察杂合度(observed heterozygosity,HO)(0.385 9 vs. 0.320 0～0.324 1)、期望杂合度(expected heterozygosity,HE)(0.381 3 vs. 0.333 5～0.334 6)、遗传距离(0.305 7 vs. 0.279 8～0.280 6)等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板，利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同，这可能是由于芯片设计中倾向于选... 相似文献
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枣庄黑盖猪核心群种猪主要从不同农户搜集而来,个体之间亲缘信息不详。该研究利用全基因组范围内高密度的SNP标记,对枣庄黑盖猪核心群进行亲缘关系分析和分子系谱构建。结果表明,枣庄黑盖猪个体对亲缘系数分布很不均匀,部分个体对的亲缘系数较大,选配时需要格外注意避开。基于系统发生树和公猪的分布情况,把枣庄黑盖猪划分成8个家系。家系内个体对亲缘系数(0.140 0～0.340 7)明显大于群体内个体对亲缘系数(0.103 2),特别是家系4(0.340 7)和家系1(0.323 6)的亲缘系数较高。制定配种计划时,应让不同家系间个体交配,避免同一家系内的个体交配。文章从基因组水平揭示了枣庄黑盖猪群体结构、构建了分子系谱,为枣庄黑盖猪种群保护及下一步选育利用提供了分子水平的参考。 相似文献
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广东省现有5个地方猪种基于SNP芯片的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性低于西方商业猪种以及粤东黑猪和梅花猪;广东省地方猪与亚洲野猪遗传距离较近,与西方猪种遗传距离较远;作为大花白猪一个类群的梅花猪与大花白猪遗传距离较远,主成分分析以及Structure分析表明梅花猪与大花白猪遗传差异较大,梅花猪具有独特的遗传结构并存在西方猪血液的渗入;粤东黑猪与西方猪种遗传距离较近,粤东黑猪也存在西方猪种血液的渗入。综上所述,两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性较低,梅花猪和粤东黑猪存在西方猪种血液的渗入。 相似文献
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基于SNP芯片监测通城猪的保种效果 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2020,(2)
为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.260 4±0.025 2),26头种公猪的遗传距离为(0.263 3±0.023 7)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity, ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 相似文献
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为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 相似文献
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枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 AG位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。 相似文献
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旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据... 相似文献
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陆川猪是我国优良的地方品种,但由于非洲猪瘟的影响导致其养殖量急剧下降,对其进行种质资源保护刻不容缓。本研究旨在通过SNP芯片分析陆川猪遗传结构和遗传多样性,为该群体后续保种策略提供一定的参考。本研究基于269头能繁公母猪SNP芯片信息,分析该群体遗传结构、亲缘关系、家系划分以及近交系数。结果显示,该群体部分个体遗传关系较近,IBS遗传距离在0.09～0.31,平均值为0.25;通过聚类分析和G矩阵结果,将269头陆川猪分为3个家系,分别有9、3、6头公猪,母猪在家系间存在交叉;ROH分析发现该群体平均ROH长度为（503.77±8.89）Mb,主要分布在388～475 Mb,FROH主要分布在0.13～0.23,其平均FROH为0.21±0.004。研究表明,该群体陆川猪家系较少,ROH数量多且较长,近交风险较大,急需引入外源血统丰富其遗传多样性,并根据芯片结果,合理规划配种策略,降低群体近交水平。 相似文献
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深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。 相似文献
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旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度... 相似文献
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运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵和分析连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），采用Gmatix软件构建G矩阵，分析保种群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析保种群体的家系结构。结果显示，39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点，平均基因型检出率为0.980 1；通过质控的SNPs位点有28 859个，其中72.4%具有多态性，该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4，多态信息含量为0.412，最小等位基因频率为0.258，表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富；平均观察杂合度为0.354 1，平均期望杂合度为0.349 9，说明马身猪保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.284 2，其中公猪为0.285 2，IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系；ROH共有8 131个，其中46.15%的长度在400～600 Mb之间，平均近交系数为0.237，说明保种群体的近交程度高；群体进化树结果表明，马身猪保种群体来源于3个家系，各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富，但近交程度高，家系少，各家系的个体数量差异大，容易引起遗传多样性的丢失，因此，需从原种场引入新的血统，扩大保种群体数量，降低近交系数。 相似文献
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10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
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旨在解析太湖流域地方猪品种内部遗传结构,鉴定梅山猪亚群间、二花脸群体间和米猪群体间体重体尺性状差异的候选基因。试验采集440头猪样本(代表太湖流域地方猪最全面血统)进行基因芯片分型,并使用该基因分型数据集进行多种群体遗传学分析,明确太湖流域地方猪品种内部的遗传结构,并鉴定梅山猪亚群间、以及二花脸和米猪群体间体重体尺性状差异的候选SNP位点和候选基因。结果显示:在太湖流域地方猪种内部,二花脸猪与米猪间的亲缘关系最接近,其遗传距离小于梅山猪两个亚群间的遗传距离,并且拥有最为一致的进化路线。太湖流域地方猪各品种及梅山猪品种内两个亚群间都达到高度分化水平,Fst值均大于0.25,ADMIXTURE分析表明,包括梅山猪两个亚群在内的8个群体的群体结构不完全一致,在K=8时,各自展现出完全不同的祖先血统组成。通过梅山猪亚群间Fst分析、以及米猪和二花脸猪间Fst分析,在猪1、3和6号等染色体上,共鉴定到24个位点在两个分析中都表现出受选择状态,并在这些位点上下游50 kb范围注释到20个基因,其中有8个基因被报道与体重体尺性状相关。此外,受选择位点形成的选择区域与多个猪体重体尺相关QTLs重叠。试验确定了太湖流域地方猪种内部遗传结构,初步解析了这些猪种体重体尺性状差异的遗传基础,为进一步保护和利用这些种群奠定了良好的理论基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2015,(7)
采用微卫星DNA标记对白洗猪、从江香猪等贵州5个地方猪品种的18个微卫星标记的等位基因进行检测,分析贵州5个地方猪品种的遗传多样性及亲缘关系。结果表明:5个猪品种的平均等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量、Shannon指数分别为3.0000~3.6667、1.7377~2.6471、0.4042~0.5228、0.7941~1.0367;观察杂合度和期望杂合度分为0.3997~0.5633、0.4647~0.6146,表明贵州5个地方猪品种的遗传多样性较国内大多数地方猪品种低;群体间的遗传分化系数在0.0623~0.2556,表明群体变异主要来源于群体内的遗传变异;基因交流在0.7280~5.0637,表明群体间有一定的基因交流。5个猪品种之间的遗传距离为0.2015~0.3723;聚类结果显示,5个猪品种被分为Ⅰ(宗地花猪)和Ⅱ(白洗猪、黔北黑猪、糯谷猪、从江香猪),Ⅱ支又分为Ⅱ1(白洗猪和黔北黑猪)和Ⅱ2(糯谷猪和宗地花猪)。 相似文献
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应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析.从38个10 bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47.11%、58.40%;两群体内个体间平均遗传距离分别为0.174 5、0.1963,群体间遗传距离为0.250 3.研究表明:因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大. 相似文献
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为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
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本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。 相似文献