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1.
为了建立鉴别欧洲型和美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的荧光定量RT-PCR方法,根据欧洲型和美洲型PRRSV的M基因保守序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和扩增条件,建立了能够鉴别欧洲型和美洲型PRRSV的双重双色荧光定量RT-PCR方法。该方法的重复试验表明其组内和组间的变异系数最高分别为1.30%和1.96%;灵敏性及特异性试验表明其检测下限为1×101copies/μL,而且与其他一些猪源病毒无交叉反应,具有良好的特异性。该检测方法的建立为不同型别的PRRSV快速诊断提供了有效手段,能够应用于临床样品检测。 相似文献
2.
猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型RT-LAMP检测方法建立 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型ORF6基因的6个区域,利用2对引物建立检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的RT-LAMP快速检测方法,该方法具有高灵敏度,高特异性的优点,在2小时左右即可得出结果,其灵敏度与PRRSV荧光RT-PCR检测方法相近,高于普通RT-PCR检测方法。将灭活的猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型培养物作10倍系列稀释,结果显示建立的荧光RT-PCR的检测极限可达10-7,RT-PCR检测方法的检测极限为10-5,RT-LAMP检测方法达到10-8,表明建立的RT-LAMP检测方法非常灵敏,可用于检测猪组织样本中的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒。 相似文献
3.
为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的快速鉴别检测方法,本研究针对PRRSV基因序列设计3对特异性引物,即第1对通用引物扩增美洲型和欧洲型病毒株ORF7基因(433 bp/398 bp)、第2对引物扩增美洲型经典病毒株和高致病性变异株(HP-PRRSV)Nsp2基因(338 bp/248 bp)、第3对引物扩增欧洲型病毒株ORF5基因(614 bp)。经过反应条件的优化,建立了能够同时检测并区分美洲型经典病毒株、HP-PRRSV株以及欧洲型病毒株的多重RT-PCR检测方法。该方法可以特异扩增3种病毒的基因,其重组质粒标准品的检出下限均为1.67×103拷贝;而与猪的其它重要病原均无交叉反应。应用该方法检测176份临床疑似病料样品,结果 PRRSV阳性45份,其中美洲型变异病毒株41份、经典病毒株4份,未检测到欧洲型病毒株。表明本研究建立的多重RT-PCR检测方法可以用于PRRSV的快速鉴别诊断和流行病学调查。 相似文献
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根据猪瘟病毒(CSFV)以及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因组序列特点,设计3对特异性引物和3条TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了能同时检测并区分CSFV以及美洲型、欧洲型PRRSV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法。该方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可以特异扩增CSFV和PRRSV,而与猪的其它常见病毒无交叉反应;对CSFV及美洲型、欧洲型PRRSV3种重组质粒标准品的检出下限均为2.68拷贝/μL;组内及组间重复试验的变异系数均小于1.5%。应用该方法对253份临床疑似样品进行检测,结果病原阳性106份,其中20份为CSFV阳性,86份为美洲型PRRSV阳性,11份为CSFV和美洲型PRRSV混合感染,未检测到欧洲型PRRSV。试验表明,研究建立的多重qRT-PCR方法可用于CSFV和PRRSV的快速鉴别检测及流行病学调查。 相似文献
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根据GenBank中已登录的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)在Nsp7基因中的保守区域设计合成了1对特异性引物,通过反应条件的优化,建立了检测美洲型PRRSV的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法,同时与商品化荧光定量PCR试剂盒进行比对分析。结果表明,该方法特异性强,灵敏度高,能很好的区分美洲型猪繁殖与呼吸道综合征病毒和其他病毒。使用该方法对14份临床样品进行检测,阳性率85.7%,与商品化试剂盒符合率100%。 相似文献
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对PRRSV快速分型的多重RT-PCR方法的建立与应用 总被引：4，自引：2，他引：2
根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)欧洲株、美洲经典株与高致病性Nsp2变异株的Nsp2基因间的差异,设计3对特异性扩增引物,建立快速检测PRRSV欧洲株、美洲经典株和高致病性Nsp2变异株的多重RT-PCR方法。利用PRRSV欧洲株、经典株和高致病性Nsp2变异株及其他相关病毒株进行敏感度和特异性试验。结果显示,所建立的多重RT-PCR对欧洲株、美洲经典株与高致病性Nsp2变异株的RNA最小检出量分别为0.050 2、0.055 4、0.056 4ng,与CSFV、TGEV、JEV、SIV的核酸均无交叉反应。用该方法检测病料76份,结果PRRSV欧洲株、美洲经典株和高致病性Nsp2变异株的阳性率分别为0、7.89%和53.9%,未发现3型病毒间有混合感染的情况。检测结果与单一RT-PCR及RT-PCR检测试剂盒检测结果一致,高于病毒分离。 相似文献
7.
根椐GenBank中已发表的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)2种病毒基因序列,分别设计2对引物。在建立2种病毒单项一步法RT-PCR检测方法的基础上,优化一步法二重RT-PCR反应条件,建立了2种病毒的一步法二重RT-PCR检测方法,用这2对引物对同一样品中的美洲型PRRSV、欧洲型PRRSV核酸模板进行一步法二重RT-PCR扩增,结果可同时扩增美洲型PRRSV的265 bp和欧洲型PRRSV的451 bp的特异性片段,而对其他4种猪病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该方法能检出10 Pg的美洲型PRRSV和10 pg的欧洲型PRRSV模板。通过对175份临床病料检测,将建立的一步法二重RT-PCR技术和单项一步法RT-PCR方法进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法二重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对美洲型和欧洲型PRRSV的同时检测和鉴别诊断。 相似文献
8.
根椐GenBank 中已发表的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)2 种病毒基因序列,分别设计2 对引物。在建立2 种病毒单项一步法RT-PCR 检测方法的基础上,优化一步法二重RT-PCR 反应条件,建立了2 种病毒的一步法二重RT-PCR 检测方法,用这2 对引物对同一样品中的美洲型PRRSV、欧洲型PRRSV 核酸模板进行一步法二重RT-PCR 扩增,结果可同时扩增美洲型PRRSV 的265 bp 和欧洲型PRRSV 的451 bp 的特异性片段,而对其他4 种猪病原的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该方法能检出10 pg 的美洲型PRRSV 和10 pg 的欧洲型PRRSV 模板。通过对175 份临床病料检测,将建立的一步法二重RT-PCR 技术和单项一步法RT-PCR 方法进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。表明建立的一步法二重RT-PCR 检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对美洲型和欧洲型PRRSV 的同时检测和鉴别诊断。 相似文献
9.
高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank上猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株的核苷酸序列与古典美洲株的核苷酸序列,设计一对高致病性PRRSV特异性引物,结合快速的RNA抽提试剂和一步法RT-PCR,建立高致病性PRRSV快速RT-PCR检测体系。通过测序和同类试剂盒检测效果比对,证实该体系检测结果准确,体系特异性和灵敏度试验结果显示,该体系对猪瘟病毒、普通PRRSV、禽流感病毒无扩增产物,至少能检测经10万倍稀释后的临床阳性样品。该方法可直接对可疑组织样品进行检测,操作简单、快速、价廉、受环境因素污染概率小,适合临床样品的检测。 相似文献
10.
为了建立一种快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒并且能够区分普通毒株和高致病性毒株的荧光PCR方法,根据GenBank已经公布的国内发表的高致病性PRRSV NSP2基因序列,针对Nsp2缺失区设计一对引物和探针,在结合PRRSV通用检测引物探针进行荧光定量PCR,对反应条件进行优化,用已知PRRSV普通株和高致病性株及其他病毒进行试验.结果表明,该方法可以特异检测并区分高致病性株和普通株.将该方法用于临床标本的检测,通过对32份样本检测,通用阳性为28份,阳性率为87.5％.高致病性株为17份,阳性率为59.38％.表明建立的方法可以用于PRRSV的快速检测,并且可以区分普通株和高致病性株. 相似文献
11.
本文根据遗传学中基因传递规律及概率论中贝叶斯定理 ,假定某座位一对等位基因处于哈代 -温伯平衡状态时 ,由后代基因型估计亲代基因型的原理和方法 相似文献
12.
本试验扩增了波尔山羊、南江黄羊和承德无角山羊3个品种113个个体的Callipyge基因长度为493 bp的片段。 经测序，发现一个SNP位点，第184 bp处C→T。对Callipyge限制性酶切位点（Fok I）的PCR-RFLP的多态性进行分析，在波尔山羊和南江黄羊两个品种中表现多态性，得到CC、CT和TT 3种基因型，波尔山羊群体中基因型频率分别为0.6571、0.3143、0.0286，南江黄羊群体中基因型频率分别为0.8947、0.1053、0.0000，而承德无角山羊全部为CC基因型。研究结果提示184C→T可能与山羊双肌性状有关。 相似文献
13.
旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本。本试验选用了3 761头约160日龄,110 kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体。再从剩余群体中,分别随机抽取800、2 000、3 600个个体作为参考群体,使用Beagle 4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片,重复10次,以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性。结果表明,10K和50K芯片平均连锁不平衡（r2）程度为0.227和0.258,相差不大。最小等位基因频率（MAF）为0.05是基因型填充准确性的拐点,剔除掉MAF<0.05标记后,填充准确性明显升高。填充准确性随参考群体规模增大而上升,参考群由800头扩大到3 600头,填充准确性从0.90提高到0.95,10次重复的标准差也从0.006下降到0.002。对于较小的参考群体规模,染色体基因型填充准确性波动较大,随着参考群体规模增大,每条染色体填充准确性相差不大。本研究结果表明,猪液相芯片从10K填充到50K是可行的,可以大规模用于基因组选择,降低基因组选择育种成本。 相似文献
14.
Genomic data is more and more widely used in livestock breeding. Genotype imputation is an important tool to handle missing values in genotypic data, and the quality of imputation results directly affects the subsequent analysis. To obtain good imputation results, a comprehensive imputation strategy needs to be formulated. We studied on the effects of several factors on genotype imputation by simulation. The factors included reference population size, genetic relationship (distance) between the target population and the reference population, the number of target sites (proportion), the minimum allele frequency (MAF), and the imputation algorithm. The results showed that the number of target sites was the main factor affecting the genotype imputation, and it showed significantly positive correlation with the quality of imputation(P<0.05). The reference population size was the main factor affecting the imputation error rate in Beagle5.1. Correspondingly, the number of target sites was the main factor affecting the imputation error rate in Minimac4. Genetic distance between the target population and the reference population had a more significant effect on the imputation quality of Beagle5.1 than Minimac4. In general, the imputation error rate increased as the increases of MAF in a site. When the number of individuals in the reference population was small and the number of target sites was large, the speed of Minimac4 was superior to Beagle5.1, but there was a reverse trend as the reference population size increased. On the premise of ensuring the imputation quality, Beagle5.1 had relatively lower requirements for the above factors. In contrast, when the number of target sites was low and reference population size was large, the imputation effect of Beagle5.1 was better, while Minimac4 was more suitable for the imputation of a small reference population size and a higher number of target sites. In this study, different strategies were formulated for different imputation purposes, and the study results would provide a reference for genotype imputation. 相似文献
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基因型填充策略研究 总被引：1，自引：1，他引：0
基因组数据在畜禽遗传育种中的应用越来越广泛，基因型填充作为基因组数据处理的重要工具，填充结果的好坏直接影响后续分析，为了得到好的填充结果，需要制定完善的填充策略。本研究通过模拟数据探讨参考群体大小、目标群体与参考群体间遗传关系（距离）远近、目标位点数目（比例）、最小等位基因频率以及填充算法等因素对基因型填充效果的影响。结果表明，目标位点数目与填充效果呈显著的正相关（P<0.05），是影响基因型填充准确性的主要因素；参考群体大小是影响Beagle5.1填充错误率的主要因素，目标位点数目是影响Minimac4填充错误率的主要因素；目标群体和参考群体的遗传距离对Beagle5.1填充效果的影响较Minimac4更为显著；一般情况下，最小等位基因频率越高的位点填充错误率越高；在参考群体个体数量少且目标位点数目多的情况下，Minimac4的填充速度优于Beagle5.1，但随参考群体个体数目增加有逆趋势。在保证填充质量的前提下，Beagle5.1对本研究中几种因素的标准要求相对较低。相对地，当目标群体位点数目较低，参考群体个体数目较多时，Beagle5.1的填充效果更好，而Minimac4更适合参考群体个体数目较少，目标群体位点数目较高的填充中。本研究针对不同的填充目的制定了不同策略，为基因型填充标准提供了参考。 相似文献
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4个绵羊品种双肌臀基因基因型的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
绵羊的双肌臀(Callipyge, CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处存在1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNP CLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNP CLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,分别以引进的纯种陶塞特羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊和美利奴羊作为研究样本,进行了SNP CLPG位点的PCR检测。获得了预期的493 bp扩增片段,并检测到CLPG基因型特征性的SNP CLPG突变(A→G)。 相似文献
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为了对宁夏地区患有呼吸系统疾病的舍饲牛进行病原鉴定,试验主要利用RT-PCR方法对样品进行牛副流感3型病毒(BPIV3)M基因序列扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中进行亚克隆。通过氨苄青霉素平板筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定并利用分子生物学软件与GenBank上参考序列进行同源性比对。测序结果表明,从样品中分离到了1株BPIV3,并命名为NX49,其M基因全长为1056bp;进化分析表明,NX49隶属于BPIV3C基因型,其M基因与中国山东C型分离株SD0835具有较高同源性,核苷酸同源性为99.4%;理化分析表明,该毒株对温度、酸及有机物均敏感,高温孵育下Mg2+对该病毒无保护力;血凝试验表明,NX49对豚鼠红细胞凝集效价仅为1∶4,且仅在4℃孵育时出现凝集反应。本研究成功分离得到一株BPIV3C型毒株,这将有助于中国BPIV3分子进化规律及病毒流行特点的进一步研究。 相似文献
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RAN Xu-hua ZHANG Yao CAO Si LU Yuan-he ZHANG Ling-ling LIU Yang-yang NI Hong-bo ZHU Zhan-bo WEN Xiao-bo 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1368-1373
To identify the infection agents from Ningxia Hui Autonomous region, where feedlot cattle indicated bovine respiratory disease complex (BRDC), the M gene of the bovine parainfluenza virus type 3 was amplified by RT-PCR.The PCR product was ligated to pMD18-T vector and cloned to E.coli DH5α.The positive clones were sequenced and compared with the reference strains in GenBank by the molecular biology software.Sequence alignment results showed that a BPIV3 strain was isolated from the samples and named NX49, the M gene of NX49 included 1 056 nucleotides.Evolutionary analysis showed that the NX49 belonged to BPIV3 C genotype and shared 99.4% nucleotide identity with that of the SD0835 isolated in Shandong province.The characterization of the NX49 demonstrated that it was sensitive to temperature, acid and organic matter.The presence of Mg2+ showed no protection against the treatment at high temperature.The HA test suggested that the NX49 enables to agglutinate the guinea pig RBC at 4 ℃ and the titer was 1∶4.The study isolated a BPIV3 genotype C strain successfully, which facilitate the study of molecular evolution and epidemiology of BPIV3 in China. 相似文献