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对14个物种的全基因组序列进行比对,识别其基因组中的同源区域,进而鉴定牛和山羊基因组的共同加速进化区域(以下简称加速区域),并对加速区域进行注释及组蛋白修饰位点的富集分析;运用生物信息学方法,筛选编码区出现加速进化的基因,并对其进行GO和KEGG通路分析。结果表明:在牛和山羊基因组中共检测到44 794个加速区域;加速区域在基因区与非基因区均有分布,分别占总数的54.80%与45.20%;加速区域显著富集了25个不同的组蛋白标记;鉴定出2703个候选基因的编码区出现了加速区域;GO条目分析发现,候选基因主要富集的生物过程包括轴突形成、腺体发育、肌肉组织发育等,细胞组成包括突触膜、轴突部分、突触后致密等;KEGG通路分析发现,这些候选基因参与了cAMP信号通路、轴突导向、钙离子信号通路、Rap1信号通路、神经活性配体–受体互作等信号通路。这揭示在牛角形成过程中,突触和轴突的产生可能发生了独特的变化,影响信号传递与神经结构组成并导致转录调控和基因表达发生变化,从而导致牛科动物出现形态特异的洞角。 相似文献
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旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测,挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头,取背最长肌组织用于RNA测序,测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明,以雷琼牛为对照组,两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达,46个下调表达;差异表达的miRNAs共有13个,其中7个上调表达,6个下调表达;差异表达的mRNAs共有599个,其中155个上调表达,444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示,与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO... 相似文献