感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

邹双霞  金澄艳  鲍建军  王悦  陈炜昊  吴天弋  王利宏  吕晓阳  高雯  王步忠  朱国强  戴国俊  师东方  孙伟 《中国农业科学》2019,52(6):1090-1101

【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌（ETEC）感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】 本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌 F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher's exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】 绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO 数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。利用Miranda分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,发现6个circRNA、5个miRNA和8个mRNA之间存在一定的靶标关系,用q-PCR验证mRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。【结论】 探究了对于不腹泻和腹泻羔羊脾脏中circRNA的表达谱,进一步了解其在绵羊抗病发生过程中的调控作用。发现了不腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的circRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。  相似文献   

F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化     

黄赛男  金澄艳  鲍建军  王悦  陈炜昊  吴天弋  王利宏  吕晓阳  高雯  王步忠  朱国强  戴国俊  孙伟 《中国农业科学》2019,52(7):1282-1294

【目的】通过筛选对大肠杆菌（E.coli）F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology（GO）和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组（P<0.05）,同时腹泻组羔羊空肠黏膜组织出现不同程度的损伤,色泽暗沉,小肠绒毛部分脱落。笔者利用RNA-seq在非腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出34个差异表达的（DE）lncRNA,703个的DE mRNA,随机选择一共12个DE lncRNA和DE mRNA,用q-PCR验证它们在非腹泻型和腹泻型羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。通过Gene Ontology（GO）和KEGG Pathway富集分析,将DE lncRNA与GO 数据库进行比对的结果表明一共有34条lncRNA被注释和分类到302个功能亚类中,绵羊蛋白质结合（GO：0005515）,细胞核（GO：0005634）,poly（A）RNA结合（GO：0044822）,细胞质（GO：0005737）,组织重塑（GO：0048771）,内肽酶活性的调节（GO：0052548））,6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-双磷酸酶复合物（GO：0043540）,磷脂酰肌醇磷酸化（GO：0046854）,果糖-2,6-二磷酸2-磷酸酶活性（GO：0004331）,钙依赖性磷脂酶C活性（GO：0050429）等10 个功能亚类的lncRNA较多,而其余的功能亚类的lncRNA分布较少。将DE lncRNA与KEGG 通路数据库进行比对的结果表明,一共有34条lncRNA被注释和归类到149个KEGG 通路中,绵羊甲状腺激素信号通路（路径：ko04919）,Spliceosome（路径：ko03040）,白细胞跨内皮迁移（路径：ko04670）,神经营养因子信号通路（路径：ko04722）,溶酶体（路径：ko04142）,MAPK信号通路 - 途径（路径： ko04011）,鞘脂信号通路（路径：ko04071）,吞噬体（路径：ko04145）,氧化磷酸化（路径：ko00190）等9 个KEGG 通路的lncRNA较多,而其余的KEGG 通路的lncRNA分布较少。 通过lncRNA-mRNA相互作用网络分析,发现6个共表达基因：MYO1G、TIMM29、CARM1、ADGRB1、SEPT4、DESI2。【结论】探究了对于腹泻产生非腹泻和腹泻型羔羊脾脏中lncRNA的表达谱,发现了非腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的lncRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。  相似文献   

金黄色葡萄球菌对奶牛乳腺上皮细胞Wnt/β-catenin信号通路和相关修复因子的影响     

王亨  祝启成  毕崇亮  周钰奇  王建强  崔璐莹  孟霞  朱国强  李建基 《中国兽医学报》2019,(10):1947-1952

采用金黄色葡萄球菌侵袭原代奶牛乳腺上皮细胞,观察该病原菌对乳腺上皮细胞Wnt/β-catenin信号通路关键蛋白和相关修复因子EGFR、TGF-β3和VEGF基因mRNA表达的影响。金黄色葡萄球菌以MOI=1∶1的比例接种奶牛乳腺上皮细胞,分别作用0,15,30,45,60,120,240 min,采用Western blot法检测乳腺上皮细胞β-catenin、Cyclin D1及c-Myc蛋白表达水平;免疫荧光法检测β-catenin的表达及核易位;荧光定量PCR检测EGFR、TGF-β3和VEGF基因mRNA表达。结果显示,β-catenin蛋白在45,60,120 min表达量升高,与0 min相比差异显著(P<0.05);Cyclin D1蛋白在45,60,120和240 min表达量升高,差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01);c-Myc蛋白在15,30,60,120,240 min表达量升高,差异极显著(P<0.01)。修复相关因子EGFR、TGF-β3和VEGF基因mRNA的表达量在30 min均出现极显著升高(P<0.01),且VEGF基因mRNA在45,60,120和240 min均呈现极显著升高(P<0.01),EGFR基因mRNA表达量在30,45和60 min时表达量极显著升高(P<0.01)。结果表明,金黄色葡萄球菌侵袭奶牛乳腺上皮细胞后,诱导Wnt/β-catenin信号通路的转导和修复因子EGFR、TGF-β3和VEGF基因转录,该信号通路和修复因子可能参与金黄色葡萄球菌导致的炎症和细胞损伤的修复过程。  相似文献   

基因2型牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立和初步应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

任敏  焦海宏  蒋颖  刘振华  王传彬  朱国强 《中国预防兽医学报》2008,30(9)

根据已发表的牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)和2型(BVDV-2)5非编码区(5-UTR)的序列,分别设计了针对BVDV-1型、BVDV-2型以及针对BVDV-1和BVDV-2两型的特异性引物和通用引物,以标准参考株BVDV-1 NADL株和BVDV-2890 株为对照,建立了分别能检测BVDV-1、BVDV-2和BVDV-1/BVDV-2的RT-PCR 检测方法.在此基础上,进一步对疑似BVDV-2感染牛的临床病料组织(脾、淋巴结、心肌、血液等)检测结果表明,在所检测的18份样品中,BVDV-2阳性8份(44%).经RT-PCR鉴定为阳性的组织病料,进一步通过MDBK 细胞进行病毒分离,病毒分离率为100%;结合感染细胞病变观察,间接免疫荧光试验RT-PCR和序列测定鉴定,所分离的病毒均为BVDV-2.上述研究表明,该RT-PCR检测方法敏感、特异;并证实我国牛群已存在BVDV-2的污染或感染.  相似文献   

猪源益生菌EP株突变株EP△asd的构建和初步应用     

金铎  原志伟  单玉平  区炳明  羊扬  朱军  朱国强 《中国预防兽医学报》2018,(1)

为研制更加安全的大肠杆菌疫苗株,并将其开发为新型活疫苗载体,本研究采用电转化将氯霉素抗性基因片段转化至益生菌EP株。采用同源重组技术使氯霉素抗性基因的PCR产物通过其两侧asd基因序列与益生菌EP基因组中的asd基因发生同源重组。通过氯霉素抗性平板筛选得到阳性克隆,对筛选得到的阳性克隆再导入编码Flp重组酶的质粒p CP20以去除抗性基因,从而构建成EP△asd突变株。该缺失突变株可以与表达链球菌asd基因的质粒形成功能性互补,转化有上述质粒的EP△asd突变株可长时间定居于仔猪肠道。本研究为进一步开发以益生菌EP△asd为染色体—质粒平衡致死系统宿主菌的用于预防仔猪肠道性传染病的细菌活载体疫苗研究奠定基础。  相似文献   

鸡传染性腺胃病病原T95株的分离与鉴定   总被引：2，自引：0，他引：2  

严维巍  朱国强  周继宏  庄国宏  田慧芳  王永坤 《中国兽医杂志》1999,25(3):10-10

自某疫区的鸡腺胃病鸡群中分离到Ｔ９５毒株,在ＳＰＦ鸡胚稳定传代至８代,具有规律性死亡和典型胚胎病变特征,Ｔ９５株感染鸡胚尿囊液提纯的病毒液经负染后电镜观察：病毒粒子大小为８０￣１６０ｎｍ,有囊膜,表面具纤突,呈典型冠状病毒形态。病毒对热和氯仿敏感,耐酸,能抵抗１％胰酶,无直接血凝性,但经卵磷脂酶Ｃ处理后能凝结鸡红细胞。经单抗介导的ＥＬＩＳＡ检测,Ｔ９５株与ＩＢＶ有密切的血清学关系。  相似文献   

CD14沉默的猪小肠上皮细胞系的建立及其对大肠杆菌黏附能力的变化分析     

戴超辉  甘丽娜  钦伟云  孙寿永  朱国强  吴圣龙  包文斌 《农业生物技术学报》2016,(3):323-331

白细胞分化抗原14(cluster of differentiation antigen 14,CD14)在先天性免疫和适应性免疫反应中都发挥重要调控作用,本研究旨在构建猪(Sus scrofa)CD14基因的短发夹RNA (short hairpin RNA,shRNA)干扰载体,包装成慢病毒,转染猪小肠上皮细胞,在细胞水平上进行相关功能探讨.本研究参照CD14基因(GenBank登录号:EF626695.1)全长编码区序列,设计4个靶向猪CD14基因的shRNA干扰序列,将其克隆至慢病毒表达载体质粒中,分别命名为pGLV3-CD14-1、pGLV3-CD14-2、pGLV3-CD14-3和pGLV3-CD14-4,以及阴性对照pGLV3-CD14-NC.包装成功后转染猪小肠上皮细胞系IPEC-J2,利用qRT-PCR检测其干扰效率.选择干扰效率最高的慢病毒进行药筛,获得CD14基因稳定沉默的猪小肠上皮细胞系.大肠杆菌(Escherichia coli)黏附实验检测大肠杆菌F18ab和F18ac对CD14基因沉默小肠上皮细胞黏附能力的变化.结果表明,本研究成功构建4个shRNA表达载体,包装成的慢病毒均能降低猪CD14mRNA表达水平,其中pGLV3-CD14-3慢病毒的干扰效果最好,其干扰效率达到94.6％;CD14基因沉默后F18ab对小肠上皮细胞的黏附能力显著增强,而F18ac虽然也有上调,但并未产生显著性差异.研究结果表明,CD14基因沉默后的小肠上皮细胞对大肠杆菌F18ab的黏附能力显著增强,CD14基因可能在小肠上皮细胞抵御大肠杆菌F18ab感染过程中发挥了重要的调控作用.慢病毒介导的CD14沉默的猪小肠上皮细胞系的建立,不仅为在细胞水平研究CD14基因功能提供了有效模型,也为进一步探究其所在的Toll样受体/白介素-1受体(toll-like receptors/interleukin-1 receptor,TLRs/IL-1 R)信号通路在猪肠道病原微生物引起的免疫反应和抵御病原入侵的调控机制奠定了基础.  相似文献   

猪BPI蛋白重组载体的构建及真核表达     

殷学梅  夏日炜  孙丽  朱国强  包文斌  吴圣龙 《中国畜牧兽医》2015,42(4):847-851

试验旨在构建猪BPI真核表达载体,获得猪源BPI重组蛋白.根据GenScript's CloneEZ^® PCR Cloning Kit试剂盒,将BPI编码序列克隆至pUC57载体上,酶切与测序鉴定无误后,将重组质粒pUC57-BPI转染293-6E细胞,并利用SDS-PAGE和Western blotting方法检测其表达水平.结果显示,本试验成功构建了猪源BPI蛋白真核表达载体pUC57-BPI,并在293-6E细胞培养上清中检测到猪源BPI重组蛋白的表达.该猪源BPI重组蛋白体外表达系统的建立为今后深入研究猪BPI的生物学功能以及猪抗菌蛋白的制备提供了试验基础.  相似文献   

猪胸膜肺炎放线杆菌致病性生物Ⅰ型PCR诊断方法的建立     

张志妮  顾万军  黄良宗  朱军  姚丰华  朱国强 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2010,31(1)

根据已发表的猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)apxⅣ毒素基因序列的保守区域设计1对特异性引物,建立检测致病性APP 1~12血清型标准菌株的PCR方法。在双盲试验中,血清1型(2株)、3型、5型和7型临床分离株与致病性APP 1~12血清型标准菌株一样,均能扩增出预期大小为876 bp的apxⅣ片段,可检出最低活菌数为2×102cfu.mL-1,最低检出DNA含量为9 pg.μL-1。检测疑似传染性胸膜肺炎感染猪的10份病变肺组织样品,阳性6份,与细菌分离鉴定结果一致。而副猪嗜血杆菌1~15型(缺失8型)、猪放线杆菌、猪源多杀性巴氏杆菌、猪霍乱沙门氏菌、奇异变形杆菌、猪源支气管败血波氏菌、猪丹毒杆菌的PCR检测结果都为阴性。结果表明:该PCR方法可用于致病性APP生物Ⅰ型的快速特异性检测和诊断。  相似文献   

海安县鸡大肠杆菌病病原的分离鉴定及药敏试验     

刘明生  甘辉群  徐小琴  陆桂平  周建强  徐勇  朱国强 《江苏农业科学》2010,(4)

从海安县兽医站门诊及12个大型养殖场剖检具有疑似大肠杆菌病的252羽病死鸡中,分离鉴定出大肠杆菌226株,定型198株,共测出23个血清型,其中O78(32株)、O18(26株)、O2(21株)、O88(17株)、O1(13株)、O11(10株)6种血清型占定型菌株的60.1%,为海安县优势血清型.药敏试验结果表明,所分离的大肠杆菌对头孢噻呋、头孢噻肟、阿米卡星、氧氟沙星、环丙沙星、沙拉沙星高度敏感,对诺氟沙星、多黏菌素B、氟苯尼考、强力霉素、恩诺沙星、阿莫西林、林可霉素中度敏感,对四环素、庆大霉素、链霉素、复方新诺明、头孢氨苄不敏感.  相似文献