贵州香猪IGF 1基因的克隆及组织分布     

冉雪琴  李景  王嘉福 《山地农业生物学报》2009,28(1)

应用RT-PCR技术从香猪肝脏克隆到胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor 1,IGF-1)基因,共612bp,包含完整的开放读码框,与已知猪种的核苷酸相似性为99%~100%,编码的153个氨基酸包括信号肽、前体肽、B、C、A、D、E区,成熟肽仅由B到D区组成(70aa).香猪IGF-1的氨基酸序列与长白猪完全一样,与淞辽黑猪相差一个氨基酸(E区);与人、犬、牛、马等的差异主要集中在信号肽、前体肽和E区,成熟肽完全相同;与小鼠的差异最大,成熟肽区有4个氨基酸不同,其他区域还有11个氨基酸不同.对香猪IGF-1成熟肽的三维结构分析结果显示,蛋白有3个α-螺旋,3对二硫键分别联系α-螺旋的N端和C端.对香猪IGF-1基因的组织分布研究结果显示,IGF-1基因在肝脏、脾、脂肪、软骨、肌肉、子宫组织中均有表达,其中肝脏的表达量最高;脊髓、肺中未检测到表达,提示IGF-1的旁分泌作用具有组织特异性.  相似文献   

下司犬线粒体DNA的遗传多样性研究     

张嘉伟  冉雪琴  王嘉福 《山地农业生物学报》2009,28(2)

为调查下司犬种群的遗传资源,采用PCR扩增和测序方法获得10只下司犬线粒体D-loop序列,发现其D-loop 5' 端高变区Ⅰ 582bp碱基序列的A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的反G偏倚.并于下司犬高变区Ⅰ序列检测到11个多态位点,构成7种单倍型,单倍型多样性为0.867,说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富,但其高变区Ⅰ的核苷酸多样性(Pi=0.00519)和平均核苷酸差异(k=3.002)却提示,下司犬的遗传多样性较低.聚类分析结果显示,中国家犬有3个母系来源,下司犬起源于Clade Ⅰ并与藏獒的亲缘关系最近,因此藏獒可用于对下司犬的选育和复壮.  相似文献   

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析     

黄世会  冉雪琴  王嘉福  潘华  李蓉蓉 《中国畜牧兽医》2016,43(3):730-737

为了探究拷贝数变异(copy number variation,CNV)在不同猪品种间的多态性,本试验根据猪SNP60芯片检测结果,以大白猪、香猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪为主要研究对象,采用实时荧光定量PCR方法,对5个猪品种基因组中3个CNV区域(CNVR91、CNVR92和CNVR143)的拷贝数进行测定。结果显示,香猪的CNVR91以拷贝数缺失为主,其他4个猪品种的拷贝数以正常为主;香猪、大白猪、柯乐猪、荣昌猪的CNVR92以拷贝数缺失为主,糯谷猪以拷贝数正常为主;香猪和糯谷猪的CNVR143以拷贝数增加为主,其他3个猪品种以拷贝数正常为主。表明3个拷贝数变异区在5个猪品种之间具有多态性,可能通过剂量效应影响香猪、糯谷猪和柯乐猪等相关基因的表达和生理功能。  相似文献   

香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究     

王洋  梅子凌  喻昌燕  牛熙  谢玲玲  牛秋锦  仇志浪  王嘉福  冉雪琴 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1294-1301

为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。  相似文献   

可乐猪乳头数性状全基因组关联分析     

谢健  喻昌燕  许瑶  牛熙  冉雪琴  王嘉福 《中国畜牧兽医》2016,43(11):2866-2872

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个（P<2.06E-5）;染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。  相似文献   

罗汉松内生真菌的抑菌活性研究     

冉雪琴  何映霞  孙端方  叶静  王嘉福 《中国畜牧兽医》2014,41(8):219-223

为了研究药用植物内生真菌的次生代谢产物是否具有抑菌活性,以96株罗汉松内生真菌为研究材料,将菌丝及其培养液经氯仿-甲醇抽提后,采用杯碟法测定了全部菌株的抑菌活性。罗汉松内生真菌中49%的菌株具有抑菌作用,其中菌株LHS18、LHS42、LHS67、LHS92和LHS93抽提物经100倍稀释后对金黄色葡萄球菌仍有强的抑菌作用,菌株LHS30抽提物的100倍稀释溶液对大肠杆菌的生长有强烈的抑制作用。对抑菌活性较强的6株菌根据其ITS序列相似性进行了分子鉴定。菌株LHS18和LHS42鉴定为烟曲霉（Aspergillus fumigatus）,LHS92为四孢脉孢菌（Neurospora tetrasperma）,LHS30为丝枝霉（Aphanocladium sp.）,LHS67为拟茎点霉（Phomopsis liquidambari）,LHS93未能鉴定出种属。研究结果提示,罗汉松内生真菌中49%菌株具有抑菌活性,其中6株菌对动物和人类的病原菌有强列的抑制作用,是挖掘高效抑菌物质的重要资源。  相似文献   

从江香猪基因组甲基化修饰与体重之间的相关性研究     

林如涛  冉雪琴  王嘉福 《中国畜牧兽医》2015,42(4):973-979

为了探索从江香猪生长慢的表观遗传学机理,本试验应用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplifying polymorphism,MSAP)技术,将60头20 d从江香猪分为高体重组和低体重组,研究血液和肝脏基因组DNA中胞嘧啶的甲基化程度,并测定差异的甲基化片段核苷酸序列.结果发现,MSAP分析得到5 977条带;与低体重组相比,高体重组的血液和肝脏总甲基化水平较低,两组的血液半甲基化水平均较肝脏中的高,全/总甲基化水平较低.提示香猪血液和肝脏基因组的总甲基化程度随体重的增加而下降.经克隆测序得到5条有差异的甲基化条带A1-A5,其中A1和A2源自血液,A3-A5来自肝脏;A1和A4片段为高体重组特有,其余3条片段为低体重组特有;A3片段未找到相关基因,其他4个片段处于代谢或免疫相关的基因内部或5'侧翼区.提示从江香猪基因组的甲基化水平存在个体差异,并与20 d体重相关;得到的4条甲基化片段,将有助于香猪甲基化调控机制的研究.  相似文献   

江口萝卜猪和梅山猪的猪应急综合征主效基因RYR1的PCR-RFLP检测     

朱锋钊  杜秀园  冉雪琴 《贵州畜牧兽医》2011,35(2):1-4

猪兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因是导致猪应激综合征、影响猪肉质的主效基因.试验采用RFLP方法,以大白猪、2个杂交猪群(杜洛克×长白猪×大白猪和长白猪×大白猪)为对照,检测了江口萝卜猪与引入的梅山猪群RYR1基因的分布类型.结果表明,对照组中,外三元、外二元杂交猪和大白猪中均检测到...  相似文献   

香猪3种组织环状RNA的表达及其功能分析     

张晓  冉雪琴  牛熙  黄世会  王嘉福 《中国畜牧兽医》2020,47(12):3870-3881

本研究旨在探索环状RNA（circular RNA，circRNA）在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法，分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达，对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析，对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测。从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6 483个circRNAs，皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4 575、5 180、5 219个circRNAs，其中特异性表达的分别有83、234、586个；circRNAs在染色体上分布广泛，主要来源于外显子，少数来源于内含子和基因间隔区；多数circRNAs表达量较低；皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程，其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关，可能以circRNAs的形式发挥作用，其中亲本基因MAPK1中的circRNA（circ-MAPK1）可结合miR-18a、miR-132、miR-411等，可能参与调控胶原蛋白的形成；皮下脂肪特有circRNAs的亲本基因富集于脂肪细胞生长、发育及癌症等信号通路，ABHD5、PTPN11等亲本基因与脂肪代谢有关，circ-PTPN11结合的miR-103、miR-107、miR-199a-5p等参与调控脂肪细胞增殖、分化及脂质沉积；背最长肌特有的circRNAs亲本基因富集于癌症、感染、肌肉发育等过程，ROCK2、PPP1CC等基因与肌细胞分化及肌肉收缩相关，circ-PPP1CC结合的miR-339、miR-181a、miR-181b等参与调控肌细胞分化、增殖及生长。综上，本研究筛选出的circRNAs及其结合的miRNAs可能参与皮肤胶原蛋白形成、脂肪沉积、肌细胞分化成熟等生物学过程。  相似文献   

猪水肿病PCR快速检测测试剂盒的研制     

李升  冉雪琴  王嘉福  杨莉 《贵州畜牧兽医》2009,33(3)

实验在大肠杆菌产生的志贺样毒素2型变异体(Shiga-like toxin Ⅱ e,Stx2e)研究的基础上,设计了一对特异性引物,通过优化,建立了以PCR为基础,高效快速检测猪水肿病的PCR试剂盒.该试剂盒扩增的阳性条带为172 bp的特异性DNA片段,最低检出菌体量为120 CFU,在-20℃至少可保存12个月,重复性良好.应用猪水肿病PCR快速检测试剂盒对22份新鲜样本进行了检测,结果显示,其中的5个样本含Stx2e阳性大肠杆菌,PCR检测结果与剖检、细菌学和生化检验结果相一致.  相似文献