鲤饲料转化率性状的关联分析及优异等位变异挖掘     

张晓峰  李超  鲁翠云  曹顶臣  孙效文 《水产学杂志》2017,(3):11-18

饲料转化率是鲤养殖重要的亟待改良的经济性状之一。本研究利用分布于鲤全基因组的1 536个SNP标记,分析68尾全同胞家系镜鲤Cyprinus carpio的基因分型,采用TASSEL软件的GLM和MLM模型检测与饲料转化率性状紧密关联的标记位点,发掘相关位点内的优异等位变异。本研究共获得17个与饲料转化率性状显著关联(P0.05)的SNP标记,贡献率在6.4%~16.6%之间,分布于鲤基因组第2、6、11、16、20、32、33、41,和42染色体以及Scaffold1032、1078和2323上,注释了一批饲料转化率相关的候选基因。从显著关联的标记位点内发掘了16种优异等位变异,其平均表型效应值较群体均值高6.2%,较非优势等位变异高12.5%。其中,SNP0919、SNP0167和SNP1016 3个标记的优异等位变异增减效差异最大,暗示这些标记对性状的选择效果明显。本研究发掘的饲料转化率相关的标记及优异等位变异可为鲤饲料转化率性状的分子标记辅助选择及分子设计育种提供依据。  相似文献   

鲤脂肪酸合成酶基因的克隆与表达分析     

孙志鹏  吕伟华  匡友谊  曹顶臣  佟广香  孙效文  郑先虎 《水产学杂志》2017,(4):1-6

脂肪酸合成酶(FASN)是动物体内脂肪酸合成的关键酶。本研究利用逆转录PCR和RACE技术获得鲤Cyprinus carpio FASN全长cDNA序列为8 927bp,开放阅读框7 533bp,编码2 511个氨基酸。FASN蛋白质相对分子量274 145.67D,理论等电点(PI)为6.10。氨基酸同源性分析结果显示:鲤FASN基因与其他鱼类同源性为75.13%~95.34%,与人同源性为61.81%。系统进化树结果显示:鲤FASN氨基酸序列与金线鲃Sinocyclocheilus grahamia聚为一支,同源性最高。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测结果表明:FASN基因鲤脑组织中表达量最高,肝脏次之,血液中最低。鲤FASN基因的获得为进一步深入研究鲤脂肪酸的合成途径及脂肪发育分子调控机制奠定了基础。  相似文献   

磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA   总被引：1，自引：0，他引：1  

曹柱  鲁翠云  郑先虎  储志远  张天奇  赵元凤  孙效文 《淡水渔业》2011,41(1):22-28

通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio (Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记.结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.5...  相似文献   

鲤四种经济性状的微卫星标记分析     

吕伟华  赵元凤  匡友谊  郑先虎  温晓曦  孙效文 《水产学杂志》2011,24(4):43-49

获得与经济性状相关的分子标记或基因是开展该性状分子育种的先决条件。本文利用300个微卫星标记检测了以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F2代1个家系、92个个体的基因型,回归分析了其体长、体厚、体高和体重4种经济性状的GLM单标记。Permutation检验结果显示：有23个标记分别与体长、体厚、体高和体重具有显著相关性（P...  相似文献   

转大麻哈鱼生长激素基因鲤食用安全——生殖毒性分析     

梁利群  王静  常玉梅  王晓军  闫学春  曹顶臣  孙效文 《水产学杂志》2011,24(1):1-7

以转大麻哈鱼生长激素基因鲤和普通鲤鱼肉(受试物)作为小鼠的饲料基础蛋白成分,以10%、5%、2.5%的比例掺入饲料喂饲小鼠,并以常规大鼠饲料为阴性对照,采用二代繁殖试验法观察受试物对实验动物生殖周期全过程的影响,检测转基因鲤作为食物对实验动物小鼠生殖过程的毒性作用.结果表明,对各代各剂量组试验小鼠全部生殖毒性指标的检测...  相似文献   

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）   总被引：77，自引：15，他引：77       下载免费PDF全文

孙效文  梁利群 《中国水产科学》2000,7(1):1-5

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个,鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个,鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个,斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个,鲤鱼基因标记９１个,共有标记２６２个;图谱有５０个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。  相似文献   

利用EST—SSR座位对鲤鱼4种生长性状的单标记回归分析     

徐美佳  张研  鲁翠云  张晓峰  刘继红  孙效文 《鲑鳟渔业》2009,(1):15-18

获得与经济性状连锁的分子标记或基因是开展该性状分子育种的工作基础。本研究以大头鲤／荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体为试验材料,利用Windows Map Manager2．0的标记回归法进行QTL单标记定位分析,从70个微卫星座位对吻长、头长、尾长、眼间距性状的标记回归研究中,共得到5个标记与性状相关。其中HLJE190、HLJE217、HLJE268与吻长相关,HLJE1与头长、尾长、眼间距相关;C88433与头长、眼间距相关。将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵（ATPase）的基因相关。  相似文献   

镜鲤体重相关分子标记与优良子代的筛选和培育   总被引：8，自引：3，他引：5  

孙效文  鲁翠云  曹顶臣  梁利群 《水产学报》2009,33(2):177-181

根据性状相关分子标记的QTL分析结果进行品种培育是分子标记用于水产育种研究的重要方向之一。本研究利用镜鲤与体重相关的3个基因座(HLJ302、HLJ338、HLJ343)作为快速生长的标记,筛选出一批镜鲤亲本进行繁殖,对得到的子代进行基因分型,并将基因分型结果与检测的最大10尾个体与最小10尾个体进行比较,结果表明最大10尾具有优势基因型为每尾1.7个,最小10尾具有优势基因型为每尾0.7个,生长速度快群体与生长速度慢群体在体重相关基因型的富集上呈现显著性差异。同时选出具有富集体重相关优势基因型的子代且生长速度快的群体一个,2008年生产出子二代。综合性状好生长速度更快的镜鲤新品系正在培育之中。  相似文献   

银鲫与普通鲫群体遗传结构的比较分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

孙效文  杨彦豪  鲁翠云  曹顶臣  雷清泉 《淡水渔业》2009,39(4)

利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群体间的相似性。结果表明,银鲫与普通鲫存在着明显的遗传物质交流,较高的遗传相似性不仅与传统的银鲫起源于普通鲫的观点一致,也暗示银鲫与普通鲫存在经常性地遗传物质交流。  相似文献   

虾夷扇贝微卫星标记的分离及其养殖群体的遗传结构分析   总被引：17，自引：4，他引：13  

李春艳  丁君  常亚青  孙效文 《中国水产科学》2009,16(1)

采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析.获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记.虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.000 0～8.857 3之间;期望杂合度在0.0211～0.9111之间;观测杂合度在0.000 0～0.877 8之间.表明这几个群体遗传多样件水平较高.群体间遗传相似系数在0.929 1～0.962 4,相似性较高.聚类分析显示,黑石礁群体与小长山岛群体遗传距离最小,亲缘关系最近.基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验表明3个群体均在一定程度上偏离了平衡.本研究所获得的微卫星位点可以为虾夷扇贝的群体遗传多样性分析和遗传图谱的构建等研究提供参考,群体的遗传结构分析对虾夷扇贝的养殖和遗传育种具有一定的指导意义.[中国水产科学,2009,16(1):39-46]  相似文献