民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释   总被引：1，自引：0，他引：1  

张冬杰  刘娣  汪亮  何鑫淼  王文涛 《畜牧兽医学报》2013,44(2):181-187

为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.  相似文献   

三个猪种POU1F1基因第四外显子的PCR-RFLP分析     

郭权和  张冬杰  刘娣 《黑龙江畜牧兽医》2008,(10)

垂体转录因子（POU domain class 1 transcrip 2tionfactor 1,POU1F1）基因是POU基因家族的成员之一,是重要的组织特异性转录因子。POU1F1基因在胚胎分化和生长激素、催乳素、促甲状腺素细胞系的发育中发挥着重要作用。  相似文献   

猪黑素皮质素受体4基因的单倍型检测与分析     

张冬杰 《黑龙江农业科学》2011,(12):14-15

黑素皮质素受体4（melanocortin 4receptor,MC4R）是G蛋白耦联受体超家族的一个成员,在人和许多动物的体重、能量稳态和采食量的调控中发挥重要作用。现采用直接克隆测序的方法对23头长白猪、25头大白猪、19头民猪和7头野猪的MC4R基因进行了测序与分型。共检测到SNP位点72个,其中发生频率在2次以上的SNP位点有6个,有3个为错义突变,引起了多肽链氨基酸的替代;6个SNP位点共组成了14种单倍型,其中H1、H3、H5、H6、H7、H9、H11和H14为首次发现的单倍型。  相似文献   

四环素诱导的猪黑素皮质激素受体-4基因真核表达载体的构建     

解宇  汪亮  张冬杰  刘娣  孙亚蒙 《中国畜牧兽医》2013,40(1):13-16

猪黑素皮质激素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因是影响猪生长肥育的主效基因之一,为了进一步研究MC4R基因的生物学功能,制备高成活率转基因猪,通过采用条件性诱导表达载体系统,PCR方法扩增了猪MC4R基因完整编码区,四环素诱导表达系统(Tet-on)的启动子调控区与转录调节元件。采用双酶切和连接等方法将上述元件连接到pcDNA3.1(+)上,构建了重组质粒pcDNA3.1(+)-rtTA-P_Tight-MC4R。经双酶切和测序鉴定,结果显示片段正向连接且片段全长测序正确。试验成功构建了四环素诱导的pcDNA3.1(+)-rtTA-P_Tight-MC4R真核表达载体, 并能在时间特异性方面调控MC4R基因的表达。  相似文献   

冷诱导下胰岛素样生长因子(IGFs)系统基因的表达变化   总被引：1，自引：0，他引：1  

张冬杰  刘娣  汪亮  杨国伟 《中国畜牧兽医》2012,39(2):16-19

本研究采用Real-time PCR的方法检测了分析了民猪的IGF-Ⅰ、IGF-Ⅱ、IGF-ⅠR和IGFBP-3基因在骨骼肌中冷诱导前后的表达变化。结果表明,IGF-Ⅰ基因表达水平极显著上调(P＜0.01),IGF-Ⅱ和IGF-ⅠR基因表达水平极显著下调(P＜0.01),而IGFBP-3冷诱导前后表达变化差异不显著(P＞0.05)。  相似文献   

民猪FoxN1基因的克隆及生物信息学分析     

李苓  张冬杰  汪亮  王鑫鑫  曹越  刘娣 《中国畜牧兽医》2016,43(4):928-933

试验旨在对民猪FoxN1基因的结构和功能进行初步探索。利用常规PCR技术对民猪FoxN1基因进行克隆,利用生物信息学手段对所获得FoxN1基因完整编码区序列进行分析,对民猪和大白猪的FoxN1基因序列进行比对,并构建分子进化树。结果显示,民猪FoxN1基因完整编码区长1 941 bp,编码646个氨基酸,分子质量为68.64 ku,理论等电点为5.81。FoxN1蛋白位于细胞核内,不存在信号肽,不是分泌性蛋白,不存在跨膜区,在第269-347氨基酸处有1个叉头结构域,该蛋白在不同的物种间有高度的保守性。克隆发现了3种转录剪切变异体,与变异体1相比,变异体2在第124-387核苷酸位置处发生缺失,变异体3在581-582处发生GCA插入。民猪与大白猪的FoxN1基因序列相比,存在4个突变位点,其中3个是同义突变,1个是错义突变,导致第108位的氨基酸发生了改变。由分子进化树得知,民猪与偶蹄目动物亲缘关系较近。上述结果表明FoxN1基因结构复杂,对其生物信息特性的探究将为进一步揭示民猪FoxN1基因的功能提供依据。  相似文献   

种公牛耳组织成纤维细胞的分离与培养   总被引：1，自引：0，他引：1  

李忠秋  马红  郭镇华  张冬杰  孙金艳  吴赛辉  刘赫  刘娣 《中国兽医杂志》2010,46(2)

哺乳动物细胞培养始于20世纪50年代,发展至今已成为生物、医学研究和应用中广泛采用的技术方法.近年来,体细胞克隆技术得到迅速发展,不同细胞类型供体的克隆动物相继产生.  相似文献   

民猪磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)基因部分片段的克隆与分析     

谢雨彤  张冬杰  张晓卉  刘娣 《黑龙江畜牧兽医》2010,(1)

试验采用比较基因组学结合克隆测序的方法首次获得了民猪的磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9,10,12内含子序列,并对测序结果进行了比对。结果表明:磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9内含子存在2个点突变(120 G→C和185 C→G),后者造成NlaⅢ酶切位点的缺失;第10内含子存在1个点突变(129 T→C),该点突变造成AceⅠ酶切位点的缺失;第12内含子处没有发现突变位点。  相似文献   

民猪HB-EGF基因第4内含子的克隆与分析     

张晓卉  谢雨彤  张冬杰  刘娣 《黑龙江畜牧兽医》2010,(2)

为了研究民猪肝素结合EGF样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor,HB-ECF)第4内含子的序列及其突变位点,试验采用PCR鉴定及基因克隆测序的方法对民猪HB-EGF基因第4内合子序列进行克隆与分析.结果表明:在民猪的HB-EGF基因第4内含子序列中共发现3个点突变,即第27个碱基处插入1个T,78A→78G,101T→101C;第27个碱基处插入的T造成了NlaⅢ酶切位点的改变.  相似文献   

民猪种质资源特点及研究现状     

张冬杰  刘娣 《黑龙江农业科学》2019,(2)

民猪是中国优秀的地方猪种之一,具有繁殖力高、抗逆性强、肉质好、耐寒等种质特性。在杜洛克、长白猪、大白猪等国外商品猪大量涌入我国之前,一直是东北地区的当家品种。建国后,尤其是改革开放以后,由于人们对猪肉数量需求的猛增,民猪因其生长速度慢,瘦肉率低、料肉比高、养殖效益低、不适合规模化饲养等问题,逐渐退出了生猪市场。但进入21世纪后,人们的消费习惯再次发生了变化,不再单纯追求数量,而更注重品质,因此,民猪再次回归到大众视野。本文概述了民猪的种质资源特点、遗传特性以及目前的开发利用情况,以期使民猪这一宝贵的地方猪种质资源能够得到更为广泛的了解、保护和利用。  相似文献