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对不同猪的AIDA基因编码区进行扩增、测序、拼接,采用生物信息学方法对撒坝猪AIDA编码蛋白进行功能和性质分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪不同组织中的表达水平。PCR扩增测序表明:该基因在撒坝猪的编码区序列没有发生错义突变,序列长921 bp,编码306个氨基酸。AIDA蛋白属于亲水蛋白,没有跨膜结构和信号肽,含有两个卷曲螺旋结构,有1个糖基化位点和29个磷酸化位点,无CpG island;二级结构是以无规卷曲为主的混合型蛋白;AIDA基因在大白猪的背最长肌和背脂中表达量要高于撒坝猪,而撒坝猪AIDA基因在胰脏中的表达量最高,其他组织中的表达量依次为脾脏、背脂、肾脏、肺、大脑、肝脏、心脏和背最长肌。 相似文献
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本研究克隆了撒坝猪MCUR1基因,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR检测其在撒坝猪、大白猪不同组织中的表达水平。根据GenBank上公布的猪的MCUR1基因序列(登录号:XM_003128183.4)设计引物,通过PCR扩增及测序获得撒坝猪MCUR1基因CDS序列,该序列全长1 095 bp,编码364个氨基酸;MCUR1蛋白的分子式C1787H2949N533O503S14,相对分子质量40.398 ku,理论等电点(pI)10.27,不稳定系数55.70,脂肪指数95.99,平均亲水性为-0.213,属于亲水蛋白;MCUR1蛋白没有信号肽和跨膜结构,含有2个螺旋卷曲结构,主要在细胞质中发挥生物学功能;含有32个磷酸化位点;含有一个CpG island;二级结构由58.24%的α-螺旋,4.12%的β-转角,30.22%的无规则卷曲,7.42%的延伸链构成;猪MCUR1基因编码区序列与牛、鸡、狗、山羊、人、猴、鼠、绵羊的同源性分别为85.3%、68.0%、83.6%、87.9%、84.4%、80.3%、76.8%、88.2%,与绵羊、山羊、牛的亲缘关系较近,与鸡的关系较远;在肝脏中的表达量最多,肺脏中的表达量最少。在大白猪的背最长肌中MCUR1的表达量高于撒坝猪的背最长肌(P<0.01)。 相似文献
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旨在筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段、不同部位脂质代谢差异的关键基因。本研究选择胎次相同、出生日期相近、体重10 kg左右的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组,相同条件育肥,分别在平均体重达40、80和120 kg时屠宰,测定胴体性能,每组采集3头猪的背脂和腹脂进行高通量转录组测序,测序数据经拼接、比对,筛选与脂质代谢相关的显著差异基因并进行GO、KEGG分析、基因互作网络分析。结果表明,40、80和120 kg大型迪庆藏猪腹脂vs.背脂分别筛到486、765和339个差异表达显著基因,随机挑选的EGR2、SOD3等5个差异表达显著基因的qPCR结果与转录组测序结果一致,差异表达显著基因主要富集在肌肉收缩、细胞黏附、间充质细胞增殖正调节等GO条目,心肌收缩、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路等KEGG通路;40 kg组EGR2、RARRES2、TMOD4和SFRP2基因位于网络核心,EGR2、RARRES2、SFRP2在腹脂上调,TMOD4下调;80 kg组THBS1、PPARA、NRIP1和LPL基因位于网络核心,4个核心基因均在腹脂上调;120 kg组HTRA1、TSHR、LR... 相似文献
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为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系，本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA，使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系，TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因，对靶基因进行GO和KEGG富集分析，构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。结果显示：以|log2fold change|≥1且Padj<0.05筛选到27个差异表达circRNA，在撒坝猪中上调7个，下调20个；GO和KEGG富集分析显示，靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程；circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示，novel＿circ＿0003253上调，靶向miR-148a-3p和miR-182下调，靶基因ROCK1和SNAP23表达上调，促进脂肪生成相关基因表达，可能导致脂肪沉积速率增加，脂肪生成增多，脂滴和脂肪细胞直径增大；novel＿circ＿0002314下调，靶向miR-29b上调，靶基因SPARC下调，可能促进皮下脂肪细胞增殖。随... 相似文献
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迪庆藏猪与野藏杂交猪肌肉全谱游离氨基酸味道强度值比较 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究旨在探明迪庆藏猪与野猪×迪庆藏猪（野藏杂交猪）肌肉全谱游离氨基酸（FAA）味道强度值（TAV）的差异。选择胎次相同、出生日期相近、体重20 kg左右的迪庆藏猪和野藏杂交猪各12头（公、母各半）,以迪庆藏猪为对照,采用相同饲粮在相同饲养条件下直线育肥,100 kg左右屠宰,采集背最长肌,沸水蒸30 min后,用高效液相色谱-四级杆离子阱串联质谱仪检测其全谱游离氨基酸,计算呈味氨基酸TAV并比较其差异。结果显示,与迪庆藏猪相比,野藏杂交猪肌肉游离氨基酸总鲜味TAV降低16.27%（P<0.05）,总甜味、酸味和苦味TAV分别降低3.50%、11.68%和1.50%,但差异均不显著（P>0.05）;野藏杂交猪肌肉谷氨酰胺（Gln）鲜味TAV、甜味TAV均降低22.89%（P<0.05）,缬氨酸（Val）甜味、苦味TAV均增加36.32%（P<0.05）;天冬氨酸（Asp）、甘氨酸（Gly）、谷氨酸（Glu）与组氨酸（His）等其他游离氨基酸的鲜味、甜味、酸味和苦味TAV与迪庆藏猪间均差异不显著（P>0.05）。以上结果表明,与野猪杂交会降低迪庆藏猪肌肉鲜味TAV,降低Gln的鲜味、甜味TAV,提高Val甜味、苦味TAV,该结果可为迪庆藏猪的开发利用提供依据。 相似文献
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据Gerbens(2001)等报道,肌内脂肪(IMF)含量与肉质及口感呈正相关,可影响肉质的嫩度、风味和多汁性。当肌束和肌纤维间沉积一定脂肪时,肉的断面大理石状评分较高,不仅鲜嫩,而且柔软多汁,是理想的鲜食肉品。众多研究认为,2.5%~3%IMF含量是新鲜猪肉产品的理想标准。近20年来,IMF含 相似文献
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为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。 相似文献
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利用八世代835头后备宣和猪的生长发育性能数据,对70日龄体重(X_1)、4月龄体重(X_2)、6月龄体长(X_3)、6月龄体高(X_4)、6月龄胸围(X_5)和6月龄体重(Y)6个性状进行了相关和通径分析,并在此基础上采用逐步回归法建立了估计6月龄体重的最优回归方程。结果表明:宣和猪的生长性能经过8个世代的选育后已达到较高水平;各生长性状间在表型值上都存在不同程度的相关,其中以6月龄体长与6月龄体高之间的相关程度最高(r=0.8753),6月龄体长与6月龄胸围之间的相关程度次之,相关系数为0.8708,而70日龄体重与6月龄体重间的相关程度最低(r=0.2614);本研究分析的6个性状间都呈正相关;估计6月龄体重的最优回归方程为:Y=3.1448-0.2583X_1+0.4296X_2+0.3767X_3+0.6026X_4-0.2275X_5。 相似文献