基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化     

周昱行  胡承哲  周群  王何欣  董沙沙  刘娟  张丹丹  任玉鹏  张斌 《畜牧兽医学报》2020,51(1):109-119

最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。  相似文献   

羊IL-1Ra基因全长cDNA克隆及生物信息学分析     

水一鸣  刘楠楠  郭兴  邹德颖  翟菲菲  王路鹿  鞠丹迪  张士军  胡盼  李岩松  卢士英  周玉  柳增善  李兆辉  任洪林 《中国畜牧兽医》2018,45(3):598-603

试验旨在对羊白介素1受体颉颃因子（interleukin-1 receptor antagonist，IL-1Ra）基因进行全长cDNA克隆及生物学分析。根据布鲁氏菌感染羊白细胞层SSH cDNA文库中的IL-1Ra基因序列信息及已知核苷酸序列（GenBank登录号：KC425613.1）设计引物，利用RT-PCR结合RACE方法扩增并克隆IL-1Ra基因，对其进行序列及相关分子特性分析。结果表明，羊IL-1Ra基因全长为1 228 bp，可编码174个氨基酸，含有1个完整的IL-1保守结构域和1个IL-1Ra结构域（PHA02651结构域）。IL-1Ra分子质量为19 765.8 u，等电点（pI）为5.72，其分子式为C₈₈₅H₁₃₈₅N₂₃₅O₂₅₆S₁₁，且含有信号肽。二级结构分析显示，IL-1Ra分子存在较多的β折叠及受体结合位点，与三级结构预测结果一致，且与人/鼠IL-1Ra分子的空间结构相似度极高，达到90%以上。羊IL-1Ra有IL-1特有的三叶草结构，其酶结合结构域位于TYR⁴⁷至GLU⁶⁶之间。将羊IL-1Ra与牛、虎鲸、宽吻海豚、猪、家犬、人、鼠等14个物种进行蛋白质同源性比对，发现在各物种间存在5个高度同源的半胱氨酸位点。系统进化树分析发现，羊IL-1Ra基因全长cDNA所编码的氨基酸序列同山羊、牛单独形成一个分支。本研究结果为今后深入研究IL-1Ra基因的生物学功能奠定了基础。  相似文献   

酸性土壤中决明属牧草高效根瘤菌的分离及筛选     

杨庆  王义祥  李欣欣  翁伯琦  廖红 《草地学报》2020,28(6):1519-1526

为提高豆科决明属（Chamaecrista spp.）牧草的结瘤能力和固氮效率，促进决明属牧草在酸性土壤中的应用及推广，本研究以圆叶决明（Chamaecrista rotundifolia）和羽叶决明（Chamaecrasta nictitans）为试验材料，通过分离、纯化、nodA基因鉴定等方法，从酸性土壤里决明属牧草的根瘤中分离到10株候选根瘤菌株系。16S rDNA测序及系统发育树分析表明，这10株根瘤菌均属于慢生型根瘤菌。回接试验表明，上述10株根瘤菌均能与圆叶决明共生，形成根瘤。与不接种的对照相比，其固氮酶活性为0.08~4.65 μmol·g^-1·h^-1，植株干重、SPAD值和氮含量分别提高了99.17%~372.14%，399.27%~789.05%，235.00%~1043.33%。其中，4株根瘤菌TXR2，TXN1，WYSR1，JYN6对圆叶决明氮营养贡献最大，并且TXN1与宿主共生形成的根瘤数目最多，而JYN6的固氮酶活性最高。说明本研究分离鉴定到4株决明高效根瘤菌，具有较好的应用前景。  相似文献   

响应曲面法优化草莓汁花色苷促溶技术的研究     

祁岩龙  冯怀章  任向荣  宋芳芳  徐艳文  张亿洁  王立鹏 《黑龙江农业科学》2015,(5)

为了加速溶出草莓汁中的花青毒,以哈尼草莓为试验材料,原花青素含量为检测指标,依据中心组合响应面设计,研究果胶酶处理对草莓中色素物质溶出的影响。结果表明:果胶酶处理的最佳工艺条件为果胶酶添加浓度为(质量比)1.70‰,45℃处理2.87h;方差分析结果表明模型高度显著(P=0.0002),失拟性不显著(P0.1)。该模型可进行草莓汁加工中花青素溶出的分析及预测。通过该技术处理,可以得到花青素含量高、颜色较好的草莓汁。  相似文献   

牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨勇  王顺利  薛璟祺  任秀霞  李丹丹  杨若雯  曾秀丽  张秀新 《园艺学报》2016,43(2):307-313

利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。  相似文献   

Ultrastructural impairment of islet microvascular endothelial cells in STZ-induced type 1 diabetic mice     

ZHANG Xu  LIU Ming-ming  CHENG Ming  XU Jin  WANG Shu-he  WANG Hui  REN Ya-li  XIU Rui-juan  WANG Su-xia 《园艺学报》2015,31(8):1520

AIM: To investigate the ultrastructural changes of islet microvascular endothelial cells in STZ-induced type 1 diabetic mice. METHODS: BALB/c mice were randomly divided into diabetic group and control group. The expression of insulin and platelet-endothelial cell adhesion molecule-1 (CD31) in islet microvessels was detected by immunohistochemical staining. The ultrastructural changes of islet β cells and islet microvessels were observed under transmission electron microscope. RESULTS: Compared with control group, the number of islet β cells, ratio of β cells/α cells, average number of secretory granules in β cells and insulin expression area per islet in diabetic group were significantly decreased (P<0.01). Besides, diabetic group had fewer microvessels with lower expression of CD31 (P<0.01). Mitochondria in islet microvascular endothelial cells and pericytes in diabetic group were swelling. The basement membrane of islet microvessels became thicker in diabetic group (P<0.01). CONCLUSION: Islet microvascular endothelial cells were impaired in type 1 diabetic mice.  相似文献   

基因组Ⅰ型和Ⅴ型传染性胰脏坏死病毒的分离与鉴定     

段凯越  赵景壮  任广明  邵轶智  卢彤岩  何保全  徐黎明 《大连海洋大学学报》2021,36(5):736-744

为调查造成中国西北某虹鳟Oncorhynchus mykiss养殖场幼鱼出现持续性死亡的病因,采用组织病理切片观察及分子鉴定的方法对患病虹鳟进行了鲑鳟常见病毒筛查,同时采用系统发育分析、电镜观察、滴度测定及人工回归感染等方法对分离获得的毒株进行了基因型分析、显微结构观察及毒力特性分析等研究.结果表明:患病虹鳟的肝、脾及肾组织细胞发生广泛性坏死,并伴随空泡化及溶解等现象;由病鱼内脏组织制备的组织匀浆悬液均能够感染CHSE-214细胞并产生典型细胞病变(CPE);从该养殖场的不同养殖区域共分离到3株传染性胰脏坏死病毒(infectious pancreatic necrosis virus,IPNV),其中IPNV-F1和IPNV-W2属于基因组Ⅰ型,分别与IPNV中国分离株WZ2016(KX355401)和ChRtm213(KX234591)同源性最高,VP2基因片段序列一致性分别为100％和98.5％,IPNV-W1属于基因组Ⅴ型,与意大利毒株IPNV/O.mykiss/I/PN/208/Mar88(MG543567)同源性最高,二者的VP2基因片段序列一致性为99.1％;接种病毒后的CHSE-214细胞内存在大量呈晶格状排列的无囊膜病毒粒子,3株IPNV分离株在CHSE-214细胞上的平均滴度分别为107.43 TCID50/0.1 mL(IPNV-F1)、107.30 TCID50/0.1 mL(IPNV-W1)和107.29 TCID50/0.1 mL(IPNV-W2);分别以0.1 mL/尾的剂量向健康虹鳟幼鱼腹腔注射各IPNV分离株,在攻毒后60 d内虹鳟未出现死亡,攻毒后30 d时,病毒在组织中的平均滴度分别为104.50 TCID50/0.1 g组织(IPNV-F1)、105.38 TCID50/0.1 g组织(IPNV-W1)和104.13 TCID50/0.1 g组织(IPNV-W2),攻毒后60 d时,病毒在组织中的平均滴度下降为103.43 TCID50/0.1 g组织(IPNV-F1)、104.50 TCID50/0.1 g组织(IPNV-W1)和103.21 TCID50/0.1 g组织(IPNV-W2).研究表明,该发病养殖场同时存在基因组Ⅰ型和Ⅴ型的IPNV,本研究首次从同一养殖场分离到两种基因型的IPNV,可为中国传染性胰脏坏死病(IPN)的防控提供参考.  相似文献   

气候智慧型农业科技创新与潜在挑战研究     

柏振忠  任然  胡婉玲  王红玲 《黑龙江农业科学》2020,(1):129-134

  相似文献   

紫荆属（Cercis L.）种质资源情况及研究进展     

李进宇  赵爽  王茂良  王永格  任春生 《西北林学院学报》2021,36(6):145-152

紫荆属植物是一种具有观赏价值和潜力的植物类群，具有很广阔的园林应用前景。研究综述了紫荆属种质资源的分类、调查与引进情况，从植物系统进化、繁殖技术、分子生物学角度阐述了其相关的研究进展，并分析了紫荆属植物的园林应用形式。提出目前紫荆属植物研究与应用存在的问题，并进行了展望，为我国紫荆属植物资源的开发和利用提供了参考。  相似文献   

‘品丽珠’葡萄不同营养系酚类物质差异分析     

史红梅  张正文  王哲  韩晓梅  王咏梅  任凤山  宫磊 《园艺学报》2020,47(8):1541-1551

筛选山东蓬莱产区酿酒葡萄‘品丽珠’黄烷醇、花色素苷含量较高的优良营养系，以期为发挥其酿酒性能提供理论依据。以蓬莱产区品丽珠母本及3个芽变营养系（214、327、623）为试材，采用分光光度计法分析葡萄果皮和种子中总酚、总单宁、总花色素含量，利用高效液相色谱法分析酚酸类、黄酮醇类、黄烷醇类、花色苷单体及白藜芦醇含量。研究结果表明，黄烷醇是种子和果皮中主要的单体酚，其中儿茶素含量最高；二甲花翠素葡萄糖苷是果皮中主要的花色苷。在相同的栽培管理条件和自然条件下，品丽珠不同营养系间的酚类物质差异较明显，相同营养系不同年份间也有显著差异。其中营养系623果皮和种子的总酚、种子的单宁和黄烷醇以及果皮和种子中的酚酸类、单体花色苷含量显著高于其他营养系和母本。  相似文献