利用中芯一号SNP芯片检测隆林猪全基因组拷贝数变异     

路玉洁  莫家远  朱思燃  杨丽丽  陈奎蓉  吕冬玲  李月月  刘笑笑  梁靓  兰干球  梁晶 《中国畜牧兽医》2022,49(1):23-31

[目的] 检测隆林猪的全基因组拷贝数变异。[方法] 采集33头隆林猪的耳组织样本,通过酚-氯仿法提取DNA后,使用猪中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,得到的原始数据通过Genomestudio软件和Linux系统进行处理,使用CNVPartition和PennCNV软件分别检测拷贝数变异（copy number variation,CNV）,并利用Bedtools软件将CNV合并为拷贝数变异区域（copy number variation region,CNVR）,使用Biomart对CNVR进行基因定位,利用David网站对定位到的基因进行GO和KEGG富集分析,使用猪QTL数据库对共同CNVR进行QTL注释。[结果] CNVPartition软件共检测到260个CNVs,合并为47个CNVRs,其中缺失型40个、获得型5个、混合型2个,共定位到84个基因,显著富集到13条信号通路;PennCNV软件共检测到96个CNVs,合并为15个CNVRs,其中缺失型9个、获得型1个、混合型5个,共定位到8个基因,显著富集到8条信号通路;2个软件检测结果定位到的基因主要富集在嗅觉相关通路和G-蛋白偶联相关通路中,其中INPP5B、NEURL1和GAPDHS基因显著富集到精子活力通路;2个软件获得了3个共同CNVRs,其中缺失型、获得型和混合型均为1个,共定位到8个基因,显著富集到涉及嗅觉感官知觉的化学刺激检测通路、嗅觉受体活性通路、嗅觉转导通路、G-蛋白偶联受体活性通路、G-蛋白偶联受体信号通路、膜整体组件通路和质膜通路共7条信号通路;共有130个QTLs与3个共同CNVRs重叠,其中与背膘厚、肉质和乳头数相关的QTLs分别有11、9和6个。[结论] 隆林猪CNV可能与嗅觉功能、繁殖性能、背膘厚、肉质和乳头数性状相关。  相似文献   

一例双角犀鸟创伤性腹膜炎     

张建荣  陈蓉  陈楠  王国栋  程家球  章小小 《野生动物》2014,(3):349-351

双角犀鸟是中国亚洲热带地区体形最大的犀鸟。中国南京红山森林动物园犀鸟园1只1岁大的双角犀鸟突发食欲下降,伴有呕吐,隔离3 d后死亡。剖解发现其肝脏坏死,心肌出血,肌胃内有一长5.3 cm的发夹样异物导致肌胃穿孔,穿孔部位有炎性组织包裹,肠道出现弥漫性出血炎症。细菌培养结果发现,肝脏和心脏存在大肠杆菌感染。对其进行肝脏和心脏病理切片观察,结果显示肝脏纤维性炎症;心脏存在炎性反应,并存在脂肪浸润和心力衰竭细胞的现象。本文首次报道了双角犀鸟因吞入发夹样异物导致创伤性腹膜炎,为饲养犀鸟提出新的要求,也为诊断犀鸟疾病提供新的诊断思路。  相似文献   

Characterization of the DNA nucleotide sequences in the genome of red sea bream iridoviruses isolated in Korea     

Joon Bum Jeong  Lyu Jin Jun  Min Ho Yoo  Myong Sug Kim  Jack L. Komisar  Hyun Do Jeong   《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》2003,220(1-4):119-133

The nucleotide sequences of DNA fragments amplified by polymerase chain reaction (PCR) from four different genomic regions of nine red sea bream iridoviruses (RSIVs) isolated from different species of fish, different areas and in different years in Korea were compared with the reported reference sequences. One isolate, RSIV Namhae, showed 100% homology to the reference sequences, while the other eight isolates, which appeared to contain identical nucleotide sequences, showed 96.6–98.9% homology with reference sequences depending upon the target regions of PCR gene amplification. However, differences in nucleotide sequences were not apparent between the RSIVs isolated in different locations, in different years or in different host species. We also cloned and sequenced the 3′ end flanking region (K1) of the DNA polymerase (DPOL) gene using the cassette ligation-mediated PCR method. This sequence was 4436-bp long and possessed two open reading frames (ORF-1 and ORF-2) oriented in opposite directions. The putative proteins encoded by these two ORFs could not be characterized by comparison with the proteins of other species in the data banks. The presence of the ribonucleotide reductase small subunit (RNRS) gene at the 3′ end of the K1 region allowed us to determine that these two genes, RNRS and DPOL, are separated 5508 bp and oriented in the same direction in the genome of RSIV. Moreover, it is of interest that a PstI-restriction fragment, of which the sequence but not the location within the RSIV genome had previously been reported, is located at nucleotide positions from 1096 to 2054, extending from within the ORF-1 region, spanning the intervening sequence between ORF-1 and ORF-2, and extending into the ORF-2 region. Various repeating sequences up to 86 bp were present at the 3′ ends of ORFs, especially within the nucleotide sequences at the 3′ terminus of ORF-2. No similarities were detected when the DNA sequences of the K1 region were compared to the DNA sequences of a repetitive element in the genome of other iridoviruses.  相似文献   

抽水蓄能电站建设期水土流失及其次生灾害风险评价     

马萧萧  朱安平  余蔚青  刘新  李璇 《水土保持通报》2022,42(2):157-165

[目的]对抽水蓄能电站建设期水土流失及其次生灾害风险进行评价,对涉及的要素特征进行筛选分析,为提高工程建设期绿色安全施工水平提供科学支持。[方法]采用层次分析法结合模糊综合评价法,从3个维度共选取了8个一级指标和34个二级指标进行分析评价。[结果]构建了抽水蓄能电站建设期水土流失及其次生灾害风险评价模型,并划分为5个风险等级,将模型应用于安徽省绩溪抽水蓄能电站的研究表明该电站在建设期水土流失风险灾害等级为3级,属一般安全等级。结合该工程建设期的实情,验证了模型的可行性。[结论]抽水蓄能电站选址在很大程度上决定着工程建设期水土流失及其次生灾害风险等级。采用该方法评价风险等级为3级及以下的工程,可在确保工程水土保持措施按照要求落实建设的基础上,增强建设期水土保持监测水平。应重点关注建设期弃渣堆置不合规及取弃土过程中的潜在土壤流失量,防微杜渐,避免水土流失及其次生灾害现象的发生。  相似文献   

基于InVEST模型的祁连山国家公园碳储量时空分布研究   总被引：2，自引：2，他引：0  

邓喆  丁文广  蒲晓婷  吕泳洁  王亚丽 《水土保持通报》2022,42(3):324-334,396

[目的] 研究祁连山国家公园碳储量及其时空分布,分析土地利用变化对陆地生态系统碳储量的影响,为提升国家公园生态价值、调整生态工程及土地管理政策提供科学依据。[方法] 结合土地利用变化动态指数和土地转移矩阵分析国家公园生态破坏和生态恢复前后的土地利用变化,然后基于InVEST模型Carbon模块,以土地利用遥感影像和碳密度为模型运行数据,计算土地利用变化导致的碳储量变化。[结果] ①祁连山国家公园1980,1990,2000,2010,2018年的碳储量分别为9.07×10⁸,9.07×10⁸,9.07×10⁸,9.16×10⁸,9.17×10⁸ t,呈现“先减后增”的趋势,累计增加9.86×10⁶ t。②碳储量空间分布与土地利用类型有一定联系。碳储量较高的地区主要集中在公园东段和中段东侧,以林地为主;碳储量较低的地区主要集中公园西段和中段西侧,以未利用地为主。③1980—2018年生态正向演变下的土地利用变化（耕地、草地和未利用地转为林地,耕地和未利用地转为草地,未利用地转为水域）是国家公园碳储量增加的主要原因。[结论] 巩固实施生态工程,着重保护草地资源、调整土地管理政策等方式能够有效促进生态系统正向演变,优化土地利用结构,有利于祁连山国家公园陆地生态碳储量的增加。  相似文献   

基于功能分区与多聚类算法集成的耕地细碎化评价及整治     

李希明  黄秋昊  吕剑成  李满春  陈振杰  李飞雪 《农业工程学报》2022,38(6):274-282

基于图斑尺度的耕地细碎化评价及整治有利于耕地布局优化,促进农业规模化与集约化发展。该研究以耕地图斑为基本评价单元,引入聚合分析来量化图斑间空间位置关系,围绕耕地细碎化内涵选取评价指标;运用热点分析和二步聚类算法来对研究区功能分区,在功能分区基础上,基于带轮廓系数的k-means聚类算法,评价耕地图斑的细碎化程度。结果表明：1）根据功能分区的聚类结果,新北区被划分为不显著区、连片规整区、离散复杂区;2）评价结果将新北区耕地图斑分为3类：类别一,离散破碎类,包含图斑17 332块,平均图斑面积过小,连片度低,图斑面积集中在0～10 000 m2,面积占比21.98%,连片度集中在1～4,主要分布在新北区中心区域;类别二,形状复杂类,包含图斑4 535 块,图斑形状复杂不规整,面积占比9.65%,形状指数集中在1.5～2.5,均匀分布在全区;类别三,连片规整类,包含图斑4 091 块,图斑集中连片、形态规整,面积占比68.37%,连片度集中在5～10,形状指数集中在1～1.5,主要分布在外围区域;并基于各类别耕地细碎化属性差异,提出相应的优化模式和整治意见。研究结果可以为耕地细碎化整治提供一定参考。  相似文献   

时空尺度对灰色系统理论预测秸秆折标煤量的影响研究     

陈浩  赵兵舰  杨柳叶  田永兰  田旺  吕玮  张化永 《农业工程学报》2022,38(13):241-252

能源供给潜力的准确预测对秸秆生物质资源开发具有重要意义,数据的时空尺度对预测精度有重要的影响。在不同的时间尺度（7、10、12和15a）下研究了灰色系统理论Grey Model（1,1）模型及其拓展形式对全国、京津冀、河北三个空间尺度上秸秆折标煤量的预测精度,确定各空间尺度上的最优模型和数据时间尺度,分析影响可收集秸秆折标煤量的主要因素,并得到2021-2030年的预测结果。结果表明,灰色Verhulst模型的预测效果整体最好,10a时间尺度下的预测精度要明显高于7a、12a和15a,全国地区的预测精度为99.69%和99.72%,高于京津冀和河北省地区的预测精度;全国主要农作物和粮食农作物可收集秸秆折标煤量主要受到播种面积和单位面积产量双因素的影响,而京津冀和河北地区的主要农作物和粮食农作物可收集秸秆折标煤量则主要受单位面积产量的影响;2021-2030年的预测结果表明,全国主要农作物和主要粮食作物的可收集秸秆折标煤量基本稳定,而京津冀和河北地区的秸秆可收集折标煤量呈增加趋势,且主要粮食农作物的秸秆折标煤量的增速高于主要农作物秸秆折标煤量的增速。研究结果反映了京津冀协同发展对京津冀地区尤其是河北现代化农业格局发展和秸秆生物质资源量的影响,得到了不同空间尺度上影响秸秆折标煤量的关键因子,对灰色系统理论预测秸秆生物质资源潜力、推动能源格局转变有理论意义。  相似文献   

基于Sentinel-2A的棉花种植面积提取及产量预测   总被引：1，自引：1，他引：0  

王汇涵  张泽  康孝岩  林皎  印彩霞  马露露  黄长平  吕新 《农业工程学报》2022,38(9):205-214

及时、准确预测棉花产量在棉田经营管理、农业决策制定等方面具有重要的价值和意义。为了提高棉花产量预测精度并确定估产的最佳生育时期,该研究利用谷歌地球引擎（Google Earth Engine,GEE）获取2020年Sentinel-2A的3个时间段影像,采用随机森林（Radom Forest, RF）、支持向量机（Support Vector Machine, SVM）、决策树（Classification and Regression Tree, CART）进行棉花种植区域提取,利用顺序向前选择（Sequential Forward Selection, SFS）和偏最小二乘算法（Partial Least Squares Regression, PLSR）确定棉花产量预测最佳生育时期,最终形成莫索湾垦区棉花产量预测分布图。结果表明,1）RF分类效果最佳,农田与非农田分类总体精度为0.94,Kappa 系数为0.89;棉田与非棉田分类总体精度为0.92,Kappa 系数为0.83。2）红边波段（B6）在3个生育时期中与产量相关性较好,相关系数随着生育时期的递进而增加,分别为0.37、0.47、0.53。3）基于PLSR构建的产量预测模型中,铃期预测效果最佳（决定系数R2=0.62,均方根误差RMSE=625.5 kg/hm2,相对误差RE=8.87%）,优于吐絮期（R2=0.51,RMSE=789.45 kg/hm2,RE=11.06%）和花期（R2=0.48,RMSE=686.4 kg/hm2,RE=9.86%）,铃期为棉花产量预测的最佳生育时期。该研究利用GEE和Sentinel-2A影像数据,为新疆莫索湾垦区棉花种植面积提取及产量预测提供一种新的思路,可为合理水肥配置、精准种植、农作物生长过程监测提供数据支撑。  相似文献   

基于MGWR的渭河流域TRMM降水产品空间降尺度分析     

黎扬兵  张洪波  杨天增  吕丰光  王雨巍  姚聪聪 《农业工程学报》2022,38(23):141-151

高分辨率降水数据有助于刻画降水的时空分异特性,对流域水文、气象和生态等过程的精准模拟具有重要作用,因此对低分辨率降水产品开展空间降尺度,提高其分辨率十分必要。鉴于此,本文在充分考虑热带降雨测量卫星（Tropical Rainfall Measuring Mission,TRMM）降水产品在渭河流域适用性的基础上,引入归一化差分植被指数（Normalized Difference Vegetation Index,NDVI）、数字高程模型（Digital Elevation Model,DEM）、坡度、坡向和经纬度等地理环境因子,构建了多尺度地理加权回归（Multi-scale Geographically Weighted Regression,MGWR）模型用以分析不同因子对渭河流域降水空间格局影响的尺度差异;进一步提出了一种针对TRMM降水产品的空间降尺度方法,并透过精度评价验证了降尺度结果的可靠性。结果表明：1）TRMM降水产品数据相较于站点实测数据存在一定精度误差,年尺度上R2=0.807,BIAS=2.909%,RMSE=83.477 mm,表现较好;季尺度上秋季R2最高,为0.847,夏季RMSE最大,为62.393 mm,四季的BIAS均较低;月尺度R2为0.456～0.815,BIAS介于±0%～8%之间,多数月份为正值,RMSE值域范围为3.019～37.841 mm,精度较好;总体而言,TRMM降水产品数据在年、季和月尺度上均表现出良好的整体适用性。2）不同因子在干湿年份对降水空间分异格局的影响呈现出不同的尺度特征,其中湿润年的DEM、NDVI、坡向和经纬度对降水呈现局部影响,坡度影响具有全局性,而干旱年各因子均表现为局部影响。3）流域和站点尺度上,降尺度TRMM数据相较于降尺度前产品数据精度得到一定改善,其中流域尺度上,R2整体提升3%,RMSE降低1mm;站点尺度上,各站点统计指标变化各异,但降尺度后统计指标整体优于降尺度前,并且由于时间尺度上的误差累积,站点年尺度数据精度相比月尺度数据稍差（R2由0.8～0.91变为0.4～0.95,RMSE从11～17变为32～150）。4）降尺度TRMM数据相比于降尺度前产品数据,空间分布更细腻,细节特征表现更好,且在年、月时间尺度上均具有较高的精度,可为渭河流域资料短缺地区的水文设计提供数据支撑。  相似文献   

Mathematical model and its validation of coupled heat and moisture transfer for multilayer wall     

Huang Jian''en  Lyu Henglin  Feng Wei 《保鲜与加工》2015,(1):18-22

Its rationality of temperature and water vapor partial pressure as driving potential for coupled heat and moisture transfer was demonstrated based on non-equilibrium thermodynamics. As water vapor partial pressure is a function of moisture content and temperature, mathematical model of coupled heat and moisture transfer for multilayer wall were established according to the theory of total differential. The approximate expressions between humidity content and relative humidity of air used in Budaiwi method could be avoided. The coefficients of mathematical model were simplified and could improve efficiency of solution. Its validation was illustrated by contrasting and analyzing the simulation results of a multilayer wall.  相似文献