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[目的] 检测隆林猪的全基因组拷贝数变异。[方法] 采集33头隆林猪的耳组织样本,通过酚-氯仿法提取DNA后,使用猪中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,得到的原始数据通过Genomestudio软件和Linux系统进行处理,使用CNVPartition和PennCNV软件分别检测拷贝数变异（copy number variation,CNV）,并利用Bedtools软件将CNV合并为拷贝数变异区域（copy number variation region,CNVR）,使用Biomart对CNVR进行基因定位,利用David网站对定位到的基因进行GO和KEGG富集分析,使用猪QTL数据库对共同CNVR进行QTL注释。[结果] CNVPartition软件共检测到260个CNVs,合并为47个CNVRs,其中缺失型40个、获得型5个、混合型2个,共定位到84个基因,显著富集到13条信号通路;PennCNV软件共检测到96个CNVs,合并为15个CNVRs,其中缺失型9个、获得型1个、混合型5个,共定位到8个基因,显著富集到8条信号通路;2个软件检测结果定位到的基因主要富集在嗅觉相关通路和G-蛋白偶联相关通路中,其中INPP5B、NEURL1和GAPDHS基因显著富集到精子活力通路;2个软件获得了3个共同CNVRs,其中缺失型、获得型和混合型均为1个,共定位到8个基因,显著富集到涉及嗅觉感官知觉的化学刺激检测通路、嗅觉受体活性通路、嗅觉转导通路、G-蛋白偶联受体活性通路、G-蛋白偶联受体信号通路、膜整体组件通路和质膜通路共7条信号通路;共有130个QTLs与3个共同CNVRs重叠,其中与背膘厚、肉质和乳头数相关的QTLs分别有11、9和6个。[结论] 隆林猪CNV可能与嗅觉功能、繁殖性能、背膘厚、肉质和乳头数性状相关。 相似文献
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本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。 相似文献
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肠道是机体重要的消化与免疫器官,维持肠道健康对猪的生长发育和疾病预防具有十分重要的意义。高通量测序技术的发展极大地促进了人们对肠道微生物功能的认知,猪肠道微生物组的研究正逐步成为热点。目前,尽管对某一生长阶段猪的肠道微生物组已有较为深入的理解,但仍缺乏有关商品猪整个生命周期范围内肠道微生物组动态变化的全面纵向研究。而从出生到出栏,猪在整个生长周期内的肠道微生物组并不是一成不变的,是一个动态的发育过程。作者综述了猪哺乳期、断奶期、育肥期和妊娠期等从出生到育肥过程中不同阶段肠道微生物组的纵向变化及其主要影响因素：一方面,肠道微生物群落结构的显著变化主要发生在断奶期;另一方面,虽然肠道微生物组成随着时间始终在不断变化,但仍有一部分优势菌是一直存在的,这部分优势菌被称为核心菌群,而只在特定时期才出现的菌只是胃肠道中的"过客",也最易受外界因素影响。肠道微生物组与多种因素相关,如年龄、饮食、环境、抗生素使用等,其中饮食对塑造肠道微生物起到至关重要的作用。本文可为理解猪在不同生长发育阶段肠道微生物的动态变化规律及改善猪生长性能和健康水平的微生物技术手段提供理论参考。 相似文献
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本文对不同饲料利用效率大白猪的肉质性状进行测定，同时利用实时荧光定量PCR检测背最长肌和皮下脂肪中与肉质、脂肪沉积性状相关基因的转录水平，分析FASN和PPARγ基因表达量与肉质性状的相关性，结果表明：不同饲料利用效率大白猪肉品质中pH24h值为5.63～5.81;L24h值为48.43～50.02;b24h值为6.90～7.82;48h滴水损失为3.62～3.99；肌内脂肪为1.59～2.21。实时荧光定量PCR测定结果显示，在不同饲料利用效率大白猪背最长肌中，PPARγ和FASN基因的mRNA表达水平分别为差异显著和极显著，二者与肌内脂肪含量呈正相关；肉质性状相关性分析及肉质性状与基因表达量相关性分析中，高饲料利用效率(High Feed Efficiency,HFE)大白猪的肉色L值与pH值呈显著负相关；HFE大白猪背最长肌中FASN基因mRNA表达量与L值呈显著正相关，在低饲料利用效率(Low Feed Efficiency,LFE)大白猪背最长肌中PPARγ基因mRNA表达量与L值呈极显著正相关。 相似文献
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【目的】 分析大白猪溶质载体30A （ZnT）基因家族成员的生物学特性,并检测其在猪不同组织中的表达水平,为研究ZnT基因家族调控锌的代谢提供科学依据。【方法】 使用多种生物信息学软件对猪ZnT基因家族10个成员（ZnT1~ZnT10）进行序列分析,包括基序、保守结构域、跨膜结构域、进化树、蛋白相互作用分析;使用实时荧光定量PCR方法检测ZnT基因家族在6月龄大白猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、乳腺中的表达差异。【结果】 ZnT1~ZnT10基因定位到猪的8条染色体上,分子质量在41.61~85.30 ku之间;等电点介于6.27~9.30之间,其中ZnT6等电点最高为9.30,ZnT1等电点最低为6.27。ZnT基因家族中,除ZnT3外都属于稳定蛋白,除ZnT5、ZnT9外都含有6层跨膜结构域,除ZnT6、ZnT9外所含基序顺序均一致,Cation-efflux是ZnT基因家族共有的保守结构域。ZnT6与ZnT2、ZnT3、ZnT7、ZnT9蛋白关联程度最高,ZnT1与ZnT3蛋白关联程度最高,ZnT8与其他家族成员间关系较远。ZnT基因家族序列在哺乳动物进化过程中相对保守。ZnT基因家族的10个基因在大白猪肺脏中相对表达量较高,在心脏中相对表达量较低,除ZnT5、ZnT7、ZnT9外的ZnT基因家族的其他成员在肌肉中几乎不表达。【结论】 ZnT家族属于跨膜结构蛋白,所含基序顺序基本一致,Cation-efflux是ZnT基因家族共有的保守结构域。ZnT基因家族多数成员在大白猪肺脏中表达量最高,在心脏和肌肉中相对表达量较低。 相似文献
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试验数据来源于2018年测定的广西某种猪场栏内444头长白猪使用自动喂料系统（FIRE）的采食情况,每日记录长白猪生长育肥阶段（90～160日龄）的采食量和采食行为。分析长白猪随日龄变化的采食行为规律,以及性别、胎次、气候因素对猪采食行为和饲料利用效率的影响,以期为育肥猪采食行为性状选育、提高经济效益及科学高效养殖提供理论依据。结果表明:①公猪和母猪采食行为区别不大,但在每日采食次数上表现出差异;②在生长育肥阶段,公猪的生长性能高于母猪;③较冷环境下的育肥猪平均每日采食量更多、平均日增重更高、采食速度更快。 相似文献
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提高猪饲料转化率是目前猪育种工作的重点,本研究对384头三元杂交母猪的FCR值进行排序,从中选取两端高饲料转化率(HFCR组)和低饲料转化率(LFCR组)猪各10头,采集粪便进行微生物16S rRNA基因测序分析。结果表明,LFCR组的Richness指数、Chao1指数、ACE指数均极显著高于HFCR组(P<0.01)。通过LEfSe分析,在属水平上筛选两组间具有显著差异的微生物,其中,在LFCR组筛选LDA>3的微生物主要是Prevotella＿1、Treponema＿2、Prevotellaceae＿NK3B31＿group、Eubacterium＿coprostanoligenes＿group、p-1088-a5＿gut＿group、Prevotella＿9、阿克曼菌属、Prevotellaceae＿UCG＿009、Ruminococcaceae＿UCG-014、Ruminococcaceae＿NK4A214＿group,在HFCR组LDA>3的微生物主要是巨球藻属、小类杆菌属、链型杆菌属、假丁酸弧菌属、柯林斯氏菌、Solobacterium、罕见小球菌属、链... 相似文献
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为了解湖北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况和分子流行病学情况,从湖北地区某猪场采集疑似病料进行处理,接种Marc-145细胞,待细胞发生病变后收获病毒,提取病毒总RNA,应用RT-PCR法对PRRSV nsp2部分基因进行扩增,经序列测定,并与美洲株VR-2332、欧洲株Lelystad virus及国内各PRRSV分离株进行核苷酸及其推导的氨基酸进行同源性比较,并绘制系统进化树。结果表明,经RT-PCR扩增获得了PRRSV湖北分离株(命名为HDZZ1)的nsp2基因,核苷酸序列分析显示,获得的nsp2核苷酸与VR-2332的同源性为77. 7%,与Lelystad virus的同源性为44. 3%。其氨基酸与VR-2332的同源性为64. 58%,与Lelystad virus的同源性为13. 93%。证明所获得PRRSV仍为美洲型。与我国分离的高致病性PRRSV毒株07BJ、BJ0708、GD、GDYC、HEB1、Henan-1、HN-HW、HPBEDV、HUB1、HUN4、JXA1、SX-1、SX2009核苷酸同源性高达97. 3%~98. 8%,氨基酸同源性为96. 40%~98. 8%,氨基酸序列分析结果显示,Nsp2蛋白在222位和274-302位两处出现了30个氨基酸的不连续缺失,其Nsp2蛋白的抗原表位发生了改变。系统发生树结果表明,HDZZ1株与高致病性PRRSV毒株位于同一大分支中,与欧洲代表株(Lv)、美国NADC30株和国内NADC30-like HNjz15株处于不同分支中。由此断定,HDZZ1毒株为高致病性PRRSV毒株。 相似文献
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