仿刺参体壁、肠和呼吸树全长cDNA文库的构建及部分ESTs初步分析     

周遵春  赫崇波  杨爱馥  陈仲  高祥刚  姜北  胡景杰 《水产科学》2009,28(2)

利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库.检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%,插入片段平均长度均大于1 kb.证明所建cDNA文库的质量符合要求.对随机选取的6240个克隆进行5'端测序,得到5913条有效序列(体壁,2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100 bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589 bp.经过软件拼接.共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列.通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类.为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选莫定了基础.  相似文献   

仿刺参铁蛋白ferritin基因的序列分析及表达     

杨爱馥  周遵春  孙大鹏  董颖  姜北  汪笑宇  陈仲  关晓燕  王摆 《水产学报》2010,34(6):710-717

通过构建仿刺参cDNA文库,获得铁蛋白全长cDNA序列。该基因序列全长792 bp,5′非翻译区长133 bp,开放阅读框长522 bp,编码173个氨基酸,3′UTR长137 bp;预测蛋白分子量为20 ku。5′UTR具有一个高度保守的铁离子应答元件。仿刺参ferritin氨基酸序列具备脊椎动物ferritin的亚铁氧化酶活性中心所特有的保守结构。该序列与海参的同源性最高,达84%,与其它无脊椎动物如:海星、鲍、牡蛎、海葵、线虫、小龙虾和果蝇的同源性为74%~34%;与脊椎动物ferritin重链亚基同源性高于轻链亚基。系统进化分析表明,仿刺参的ferritin与大部分无脊椎动物聚为一支。利用半定量RT-PCR检测,ferritin mRNA在仿刺参未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、五触手幼体、稚参11个发育阶段和幼参的体壁、体腔细胞、肠道和呼吸树中均表达。Quantitative real-time PCR结果显示, ferritin mRNA在未受精卵至原肠期表达量低,从小耳状幼体至稚参表达量显著增高;在幼参的不同组织中,ferritin mRNA在呼吸树中的表达量显著低于其他3种组织;幼参注射LPS后,4种组织中ferritin mRNA表达量与注射前无显著差异。  相似文献   

毛白杨碱性/中性转化酶基因PtoNIN1的克隆与功能研究     

杨宁  杨雄  李国雷  陈仲 《北京林业大学学报》2023,(5):35-46

【目的】蔗糖转化酶作为植物蔗糖代谢过程中的关键酶，在植物生长发育过程中发挥着重要作用。本研究对毛白杨碱性/中性转化酶基因PtoNIN1进行同源基因克隆、生物信息学分析、基因表达分析和遗传转化研究，以期为进一步揭示毛白杨蔗糖代谢调控过程奠定基础。【方法】基于毛果杨同源基因PtrNIN1对毛白杨碱性/中性转化酶成员PtoNIN1进行同源克隆和生物信息学分析，采用实时荧光定量PCR的方法对不同组织部位（根、茎、叶和成熟叶）和不同发育时期下雌雄花芽中PtoNIN1的基因表达量进行分析，同时构建过表达载体，并对模式植物拟南芥开展遗传转化研究。【结果】PtoNIN1的编码区长度为2 073 bp，共编码690个氨基酸，蛋白分子量为77.80 kDa，含有糖苷酶超家族100(glycosyl-hydrolase-100 superfamily)的特征结构域，类属于线粒体型的转化酶成员，在根、茎、叶以及成熟叶和雌雄花芽中均具有明显表达，且随着雌雄花芽的发育呈现先下降后保持稳定的表达趋势。拟南芥遗传转化研究表明：PtoNIN1的过表达显著增加了转基因植株莲座叶、茎及角果的鲜质量，提高了茎及角果中蔗糖的含...  相似文献   

常见海洋动物皂苷生物活性的研究进展     

姜苹哲  高杉  蒋经伟  肖瑶  张高华  赵亮  陈仲  徐永平  李淑英  周遵春 《水产科学》2023,(2):339-346

<正>皂苷是一类甾体或三萜的糖苷类化合物，以疏水性三萜或甾醇为主链，亲水性碳水化合物链是皂苷的特征^[1]。皂苷主要可以分类为甾体皂苷、三萜皂苷、螺甾皂苷和呋甾皂苷^[2]。皂苷广泛分布于高等植物中，许多中草药如人参、甘草、柴胡和桔梗等的主要有效成分都含有皂苷^[3]，由于皂苷具有多种生物活性，其在制药、食品和营养保健品等行业领域占有重要地位^[4-6]。对于皂苷的认识及研究目前多数源自于植物皂苷^[7]，在动物界很少发现皂苷，仅存在于海星和海参中，  相似文献