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用设计的特异性引物,采用RT-PCR技术特异性地扩增到丝羽乌骨鸡β-防御素基因Gal-1(Gallinacin-1),Gal-1(a)(Gallinacin-1(a)),Gal-2(Gallinacin-2),Gal-4(Gallinacin-4)～Gal-13(Gallinacin-13)基因共13个基因编码区全长片段。通过克隆、测序获得13个基因的cDNA核苷酸序列,并提交到GenBank,丝羽乌骨鸡β-防御素Gal-1,Gal-1(a),Gal-2,Gal-4～Gal-13基因的登录号为:DQ677632￣DQ677644。将丝羽乌骨鸡13种β-防御素Gal-1～Gal-13基因分别与GenBank中收录的防御素基因比对分析,其氨基酸序列的相似性均在95.5%～100%之间。利用DNAStar软件对所获得的13种丝羽乌骨鸡β-防御素基因进行系统发育树分析,结果Gal-1、5、12在同一分支上,Gal-1(a)、4、8在同一分支上,Gal-1、2、9在同一分支,Gal-6、7在同一分支,Gal-13独在一分支上。 相似文献
12.
对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从三地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显著(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3024、3027、3024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%~97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%~96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。 相似文献
13.
用设计的特异性引物,采用RT-PCR方法扩增到广西黄鸡β-防御素基因gallinacin-1(简称Gal-1)-galllnacin-13(简称Gal-13).通过克隆、测序获得这13个基因的cDNA核苷酸序列,并提交到GcnBank(Gal-1-Gal-13基因的注册号为:DQ858297～DQ858310).比较分析广西黄鸡13种β-防御素Gal-1-Gal-13基因分别与GenBank中注册的防御素基因氨基酸序列的相似性,其氨基酸的相似性均在95.5%～100%之间.利用DNAStar软件对所获得的13种广西黄鸡β-防御素基因进行系统发育树分析,结果Gal-1与Gal-5、Gal-12、Gal-2在同一分支上,Gal-6、Gal-7、Gal-9、Gal-8在同一分支上,Gal-10、Gal-11、Gal-4在同一分支,Gal-13独自为一分支.同样用RT-PCR方法分析了广西黄鸡β-防御素Gal-1-Gal-13基因在不同组织中的分布,结果发现:Gal-1、Gal-2、Gal-4、Gal-5、Gal-6、Gal-7、Gal-10的表达分布非常广泛,Gal-3、Gal-8、Gal-9、Gal-11、Gal-12、Gal-13的分布较少. 相似文献
14.
根据Genbank收录的I型鸭肝炎病毒(DHV-I)的VPI基因保守序列,设计合成特异性引物,建立了检测DHV-I的RT-PCR方法.并确定了该方法的特异性与灵敏性;对DHV-I分离毒株进行RT-PCR检测均得到阳性扩增结果.而作为阴性对照的常见4种鸭病病原如鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、番鸭呼肠孤病毒、鹅副粘病毒均未成功扩增;对DHV-I临床病料进行RT-PCR检测,检测结果与病毒分离结果一致.结果表明,建立的DHV-I的RT-PCR技术具有快速、特异、灵敏的特点. 相似文献
15.
[Objective] The study aimed to lay a foundation for the further studies on function mechanism of NS1 protein in the interspecies transmission of waterfowl influenza virus. [Method] Using the serologic assay and the specific RT-PCR method, some strains of H9 subtype waterfowl influenza virus were isolated from the 12 to 20 day-old muscovy duck flocks without any clinical symptoms in different areas of Guangdong Province. Four of these strains, including A/duck/ZQ/303/2007(H9N2) (A3 for short), A/Duck/FJ/301/2007(H9N2) (C1 for short), A/Duck/NH/306/2007(H9N2) (D6 for short), A/duck/SS/402/2007(H9N2) (E2 for short), and a strain named A/duck/ZC/2007(H9N2) (L1 for short) from a muscovy duck died of avian influenza virus (AIV), were used for NS1 gene cloning and sequencing. Subsequently, the obtained NS1 gene sequences were compared with other NS1 sequences registered in GenBank, and the phylogenetic analysis was also conducted. [Result] When compared with the H9N2 AIV NS1 sequences in GenBank, the NS1 genes of the four AIV strains A3, C1, D6 and E2 displayed homologies ranging from 99% to 100% at nucleotide level, and 95% to 100% at amino acid level; while the NS1 gene of L1 strain displayed homology ranging from 94% to 97% at nucleotide level, and 93% to 98% at amino acid level. The phylogenetic tree demonstrated that A3, C1, D6 and E2 were highly resemblant, and L1 was closest to AY66473 (chicken, 2003). By comparison with the NS1 gene sequences of L1, AF523514 (duck), AY664743 (chicken) and EF155262.1 (quail) using DNAstar, A3, C1, D6 and E2 presented nucleotide variations at site 21(R→Q), 70, 71(KE→EG), 86 (A→S), 124 (V→M) and 225 (S→N), and amino acid variations at site 21, 70, 71 and 86 in dsRNA-dependent protein kinase (PKR) binding domain of NS1 gene, which induced the evident variations of antigenic determinant and surface probability plot of NS1 protein. [Conclusion] This study suggested that the amino acid sequence variation in PKR binding domain of NS1 protein had something to do with the virus pathogenicity. 相似文献
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用设计的特异性引物，采用RT-PCR技术扩增到胡须鸡β-防御素基因Gallinacin-1（Ga1-1）-Gallinacin-13（Ga1-13）共13个基因编码区全长片段。通过克隆、测序获得13个基因的cDNA核苷酸序列，GenBank登陆号为：DQ858311-DQ858323。比较分析胡须鸡13种β-防御素Ga1-1（a）-Ga1-13，Ga1-1基因与GenBank中注册的防御素基因氨基酸序列的同源性，均在96．5％-100％之间。利用Clustax软件对所获得的13种胡须鸡β-防御素基因进行系统发育树分析，结果显示Ga1-1、Ga1-1（a）、Ga1-2、Ga1-3、Ga1-4、Ga1-5、Ga1-6、Ga1-7、Ga1-8、Ga1-12和Ga1-13在同一大的分支上；Ga1-9和Ga1-10在同一分支；Ga1-11独在一分支上。用RT-PCR方法分析胡须鸡β-防御素Ga1-1－Ga1-13基因在不同组织中的分布，结果发现：Ga1-1、Ga1-2、Ga1-4、Ga1-5、Ga1-6、Ga1-7和Ga1-10的表达分布非常广泛，Ga1-3、Ga1-8、Ga1-9、Ga1-11、Ga1-12和Ga1-13的分布少。 相似文献
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逆转录环介导等温扩增技术检测H3亚型猪流感病毒 总被引：5，自引：2，他引：3
基于环介导等温扩增技术(RT-LAMP),建立了一种用于快速检测H3亚型猪流感病毒的方法。根据GenBank中收录的H3N2亚型猪流感病毒(SIV)HA基因保守区的序列,设计一组对应HA序列6个区域的4条特异性引物,建立RT-LAMP反应体系;经优化,确定了最佳的LAMP反应条件。扩增后产物形成的焦磷酸离子和溶液中的镁离子结合而形成焦磷酸镁沉淀,结果可视。同时用特异性内切酶HhaⅠ对所获得的产物进行酶切鉴定,所得的酶切产物大小与理论值完全符合。用已建立的RT-LAMP技术检测临床样品,检测结果与RT-PCR方法符合率均达到100%。结果表明,本研究建立的RT-LAMP检测猪流感病毒方法,操作简单,灵敏度高,特异性强,是一种适用于现场诊断的检测技术。 相似文献
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猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。 相似文献