共查询到18条相似文献，搜索用时 196 毫秒
1.
H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对3株H1N2亚型猪流感病毒(SIV):Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素(HA)、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因进行克隆和序列分析.结果显示:3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91.3%～98.0%、98.4%～98.8%、97.4%～98.3%、98.8%～99.8%和98.1%～98.4%.遗传进化分析显示:分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV具有较近的亲缘关系;在HA、NP、M和NS基因进化树中,3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群,在NA基因进化树中,3株分离毒株则位于人流感病毒群.HA和NA基因推导氮基酸序列分别与代表毒株古典H1N1 SIV A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1)和人H3N2流感病毒A/Buenos Aires/4459/96(H3N2)比较分析显示:HA(95.4%～96.1%)和NA(96.6%～97.2%)具有较高的氨基酸同源性;糖基化位点、抗原位点和受体结合位点(HA)处氨基酸存在一定的差异,这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究. 相似文献
2.
6株猪流感病毒分离株HA部分基因的克隆和序列分析 总被引：9，自引：0，他引：9
从6株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA，用RT-PCR法扩增了其HA基因的部分cDNA片段，克隆后测定其核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。结果表明，扩增的6，株SIV HA部分基因长度均为1005个核苷酸，共编码335个氨基酸，氨基酸序列同源性在98．2％～100％之间。HA部分基因核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的经典H1亚型毒株相近，核苷酸和氨基酸序列同源性均在95％以上，同属H1亚型，系统发育分析表明6个SIV分离株均属于经典H1亚型，与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远，其HA1、HA2之间切割位点序列均为PSIQSR↓G，从分子水平推论，均属于非高致病力毒株；其HA2氨基端的14个氨基酸残基均为GLFGAIAG—FlEGGW，且高度保守。从分子流行病学角度证实经典H1亚型WIV毒株在广东多个猪场猪群存在。 相似文献
3.
H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究 总被引：10，自引：0，他引：10
对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系. 相似文献
4.
本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋... 相似文献
5.
目前流行的甲型H1N1流感病毒是一个复杂的基因重配病毒。对病毒的分子生物学研究,尤其是病毒囊膜蛋白血凝素（haemagglutini,HA）基因和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的研究,为控制和预防H1N1流感病毒具有重要的意义。本研究对中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因与疫苗株A/California/07/2009（H1N1）,以及不同国家和地区的病毒株进行核苷酸和氨基酸序列分析。从NCBI的GenBank数据库下载所需要毒株的序列,采用Lasergene 6.0软件包中的EditSeq和MegAlign进行序列分析,进化树分析采用MEGA4.1软件。进化分析表明,中国流行的2009 H1N1流感病毒与疫苗株的核苷酸同源率分别在98.8%~99.7%和98.6%~99.6%之间;裂解位点处为I/VPSIQSR↓G,不具备高致病性流感病毒的特征;有1株NA抗性病毒。尽管与疫苗株相比,中国流行株2009甲型H1N1猪源流感病毒的HA和NA基因有部分突变,但这些突变并不是重要的。本研究首次详细分析了中国流行的2009甲型H1N1猪源流感病毒株与疫苗株的HA和NA基因的分子特征,对实时监测流感病毒HA和NA基因的变化具有重要意义。 相似文献
6.
从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004.根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因序列,设计1对引物,运用RT-PCR方法扩增四株病毒的HA基因,并进行测序和分析.同源性分析和遗传进化分析表明本实验的4株H3N2亚型SIV HA基因核苷酸序列同源性为99.8%～99.9%,在遗传进化树中均位于同一分支上.与参考毒株的比较分析表明,4个毒株与WHO推荐的2001-2004年北半球H3N2亚型流感疫苗株A/Moscow/10/99 HA基因的核苷酸序列同源性最高为99.4%～99.5%,4个毒株与A/Moscow/10/99 HA基因在遗传进化树中位于同一个小分支上.氨基酸序列比较发现,4个毒株HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为PEKQTR↓G,4个毒株推导的氨基酸序列中均有11个糖基化位点,4个毒株HA蛋白226位受体结合位点(RBS)处氨基酸均为异亮氨酸(Ⅰ).4个毒株HA基因的氨基酸序列、受体结合位点以及糖基化位点均与A/Moscow/10/99相应的氨基酸序列一致.本试验的4株H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因属于以A/Moscow/10/99为代表的近代类人H3N2亚型流感病毒,在一定程度上揭示了广东省H3N2亚型猪流感病毒HA基因进化与流行情况. 相似文献
7.
对南京市首例甲型H1N1(2009)病毒进行细胞分离,获得一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Nanjing/1/2009。在全基因组测序的基础上,对分离株的血凝素基因(haemagglutinin,HA)的遗传特征进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Nanjing/1/2009HA蛋白的有5个氨基酸发生了突变,其中一个位于Ca抗原位点208位氨基酸(R→K),这一突变虽然还不会影响抗原性的改变,但预示了新甲型H1N1(2009)抗原漂移的启动。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1病毒的特点。与禽H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的190(E→D)和225(G→D)位点发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究对南京市早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2016,(7):1140-1144
从山西省某些鸡场采集疑似病料,接种SPF鸡胚后分离病毒,采用A型流感病毒通用引物进行HA基因的扩增,并连接T载体克隆后进行序列测序和遗传进化分析。结果显示:获得4株H9亚型禽流感病毒完整HA序列,开放阅读框1 683nt,编码560个氨基酸,各自之间核苷酸同源性较高,达95.5%~99.6%,且推导的氨基酸同源性介于92.0%~99.6%之间;遗传进化分析结果显示该4株属4.2.5分支,与国内常用疫苗株4.2.3分支存在一定差异,但仍属于4.2大分支;HA蛋白的裂解位点氨基酸顺序为RSSR↓GLF,为低致病性禽流感病毒,并且含有7个潜在的N-糖基化位点以及8个受体结合位点。结果表明:本试验分离的H9亚型禽流感病毒与近年来流行毒株HA基因同源性及蛋白关键位点相似性较高。 相似文献
9.
为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。 相似文献
10.
为了解山东省H9N2亚型禽流感的流行情况, 2017年从山东省不同地区分离并鉴定16株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)株,并对其血凝素(HA)基因进行扩增、克隆和测序,将所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,2017年分离的16株病毒之间HA基因的核苷酸序列同源性为91.2%~99.8%,氨基酸同源性为93.6%~100.0%。系统进化树显示,16株病毒均属于H9.4.2.5分支,表明H9.4.2.5分支毒株仍是山东省H9N2亚型AIV主要流行株。重要氨基酸位点研究显示,16株病毒的HA蛋白的裂解位点仍是K/RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的特征;16株病毒的234受体结合位点多为L,除198位受体结合位点存在变异外,其他受体结合位点均保守;16株病毒的潜在糖基化位点有7个~8个,其中7个位点较保守,而218位糖基化位点均缺失,其中3株病毒分别在145位、206位和285位新增糖基化位点。总之,山东省分离的H9N2亚型AIV在分子生物学上发生了部分新的遗传进化,但与临床上病毒的致病性与流行规律的关系还有待于进一步研究。 相似文献
11.
本研究于2011年－2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株 H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的 HA 基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的 HA 基因开放阅读框全长均为1683 bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以 HK/Y280/97株为代表的 H9．4．2谱系,并明显分成2个亚分支(H9．4．2．5和 H9．4．2．6)。分离株 HA 基因核苷酸同源性在87．1％~100％之间,与疫苗株 SH/F/98株、GD/SS/94株和 SD/6/96株核苷酸同源性在89．4％~92．5％之间。对 HA 基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN?LY 形式,受体结合位点左沿为 NGLM/QGL 形式,右沿均为 GTSKA 形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来 H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以 H9．4．2．5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。 相似文献
12.
根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%～98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%～99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。 相似文献
13.
H1N1猪流感广东株血凝素基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：1，他引：6
用RT-PCR方法扩增H1N1亚型猪流感病毒广东分离株A／Swine／GuangDong／711／2001HA基因，对其进行了克隆和测序。结果显示，HA基因全长1771bp．共编码579个氨基酸。A／Swine／Guang Dong／711／2001HA基因编码的氨基酸序列中有8个糖基化位点，5个位于HAl基因的第27、28、40、104和287位点，3个位于HA2基因的21、153和213位点。与H1N1亚型猪流感经典毒株比较后发现，血凝素糖基化位点并不是高度保守的。将A／Swine／Guang Dong／711／2001与自Gen Bank读取的1918年人流感毒株A／South Carolina／1／18、1991年人流感毒株A／MD／12／91和1997年猪流感毒株A／Swine／Wisconsin／238／97等进行核苷酸同源性比较分析，A／Swine／Guang Dong／711／2001与A／SouthCarolina／1／18、A／MD／12／91和A／Swine／Wisconsin／238／97等毒株的核苷酸同源性分别为93．9％、94．7％和93．9％。从系统发生树来看，A／Swine／Guang Dong／711／2001与A／South Carolina／1／18和A／Swine／Wisconsin／238／97的亲缘关系相近。 相似文献
14.
为探究两广地区H9N2亚型禽流感病毒（avianinfluenzavirus,AIV）的变异情况及分子流行规律,于2011-2012年从该地区发病鸡群中共分离到16株H9N2亚型A1V,并对分离株HA基因进行测序与进化分析。结果表明,分离株HA基因开放阅读框全长均为1683bp,编码560个氨基酸;HA基因核苷酸同源性为88．7％～99．6％,编码氨基酸同源性为91．8％～99．5％。本试验分离毒株与国内疫苗株（GD-SS、SH—F和SD-6）的核苷酸同源性在90．1％～92．6％之间,推导的氨基酸序列同源性在91．6％～94．8％之间。进化分析显示分离株可分为Group1和Group2两个亚分支,与疫苗株均属于欧亚谱系的Y280分支,但亲缘关系较远。分离株HA蛋白裂解位点附近序列有3种形式：PARSSR＋GLF、PSRSSR＋GLF和PARLSR0GLF,均无连续碱性氨基酸的插A,符合低致病性AIv的特征。本试验发现分离株GD4、GX2在HA1的127、295位分别增加一个潜在的糖基化位点;除分离株GD5和GD6外,其余分离株在HAl的216位发生Q216L氨基酸突变,表明其存在感染人的可能性。 相似文献
15.
为了解中国目前H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)血凝素(HA)基因的遗传变异情况,对中国不同地区分离的10株H9N2亚型AIV的HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所获得的HA全序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,10个分离株的裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;10个分离株有7~9个潜在糖基化位点,由于基因突变有些HA基因出现了新的糖基化位点;与参考株相比,发现了4个抗原表位的突变,这些表位的突变可能引起病毒致病性的改变;受体结合位点除198位有变异外,其他位点均较保守;6株病毒234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特征;10个分离株HA基因与国内疫苗株的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为90.4%~99.2%和92.2%~98.7%;10个分离株同属于欧亚谱系中的A/duck/Hong Kong/Y280/97群,但差异显著,为此本试验又将其分为4个不同的亚群。人工感染排毒试验结果表明,BJ15和NJ17分离株在鸡体内具有较强的复制能力,排毒周期较长且排毒量也较大,而S145N的漂变导致在145-147位氨基酸多出1个糖基化位点NGT,可能是分离株复制能力增强的原因。 相似文献
16.
建立了H5N1亚型禽流感病毒（AIV）蚀斑克隆方法，用不加中性红的营养琼脂为覆盖层，在倒置显微镜下挑斑，对3株H5N1亚型AIV鸡胚分离毒株进行了蚀斑克隆纯化，从同一鸡胚分离毒株中纯化得到了蚀斑大小和形态均存在显著差异的毒株，共获得13株蚀斑克隆纯化株。研究结果表明，当小牛血清浓度为2%时，加入终浓度50 μg/ml的胰酶可明显促进和刺激蚀斑的形成，蚀斑的直径和PFU/ml均有显著的增加。通过TCID50、EID50和LD50测定发现，来自同一鸡胚分离株的不同蚀斑克隆纯化株中，蚀斑大、毒力强的克隆毒株占优势，而且蚀斑较大的，其毒力也较强。对得到的13株蚀斑克隆毒株的全基因组各片段序列分析表明，蚀斑克隆纯化株在HA蛋白裂解位点附近的氨基酸序列均符合高致病性通报性禽流感病毒的分子特征。 相似文献
17.
旨在了解上海地区猫杯状病毒（feline calicivirus,FCV）VP1基因与致病性,采用常规方法分离鉴定出13株FCV,经RT-PCR和测序获得分离株VP1的基因序列,与参考株VP1基因进行同源性和遗传演化分析,对2株分离株进行动物致病性试验。结果显示,13株上海地区分离株VP1基因核苷酸序列相互间相似性为74.3%~99.8%,与参考株核苷酸序列和氨基酸序列相似性也较低,符合FCV易突变的特征;进化树分析表明,上海地区FCV流行株主要来自国内北方地区,少数毒株来自国外地区;通过对宿主临床症状、VP1进化树和VS-FCV特征性氨基酸位点进行分析,筛选出7株FCV强毒株;动物致病性试结果验表明,FCV-SH202101株和FCV-SH202113株可导致感染猫发病和死亡,潜伏期为1~2 d,接种后第3天即可检测到排毒,不同年龄段猫的病程不一致,可导致幼猫5 d后死亡,成年猫病程可持续11~18 d,2株分离株在致病性方面均符合VS-FCV特征。本研究丰富了中国FCV的分子流行病学资料,为VS-FCV毒株的筛选提供了有力的证据,也为FCV疫苗的研究提供了技术支持。 相似文献
18.
为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考. 相似文献