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山东省禽源致病性大肠杆菌质粒介导喹诺酮类药物耐药基因的检测 总被引:2,自引:0,他引:2
为了解山东省禽源致病性大肠杆菌质粒介导喹诺酮类药物耐药基因分布情况,对2004~2011年间分离的230株禽源致病性大肠杆菌进行了qnrA、qnrB、qnrS基因的PCR检测,结果发现未检出qnrA和qnrB,qnrS基因的检出率为25.22%(58/230)。对部分检出的qnrS基因测序后发现假阳性率较高(8/24),为了提高检测的特异性,建立了检测qnrS基因的套式PCR,测序结果表明该方法检出准确率为100%,使用该方法检出230株细菌中qnrS基因的携带率为16.52%(38/230),表明含qnrS基因的耐药质粒在山东省禽源致病性大肠杆菌中分布较为广泛。 相似文献
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为建立水貂阿留申病毒(AMDV)微滴式数字PCR (ddPCR)检测方法,本研究根据AMDV VP2基因的保守区设计特异性引物和探针,通过PCR扩增AMDV VP2基因并克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒p MD19-T-AMDV,并经PCR和测序鉴定后利用该质粒标准品作为模板,通过各反应条件的优化,初步建立了检测AMDV的ddPCR方法。分别以AMDV、水貂肠炎细小病毒、犬瘟热病毒、犬细小病毒、水貂流感病毒基因组为模板,按照本研究建立的ddPCR方法检测,评估其特异性;将1.43×107拷贝/μL~1.43×100拷贝/μL的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR和文献中的荧光定量PCR (qPCR)检测,评估该方法的敏感性;分别以不同浓度的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR分别进行批内和批间重复性试验,以变异系数(CV)评估该方法的重复性。优化结果显示,该方法的最佳引物终浓度为400 nmol/L (1.2μL)、探针终浓度为200 nmol/L (0.6μL)、退火温度为60℃。特异性试验结果显示,该方法仅可检... 相似文献
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广东地区鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及双重PCR检测方法的建立 总被引:2,自引:0,他引:2
对来自广东地区疑似鸭疫里默氏杆菌病的病鸭组织进行了病原菌的分离培养和生化鉴定,确定得到20株鸭疫里默氏杆菌,动物回归试验结果表明,分离的鸭疫里默氏杆菌具有很强的致病性.对这20株鸭疫里默氏杆菌进行的药敏试验表明,分离株已广泛产生耐药性.参照已经发表的2对引物以细菌全菌体为模板建立双重PCR方法,结果均能扩增出2条目的片段,经测序证实为鸭疫里默氏杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门菌和鸭源葡萄球菌的扩增结果均为阴性.说明建立的双重PCR方法能快速、准确的检测出鸭疫里默氏杆菌,并具有高度特异性,可用于鸭疫里默氏杆菌的快速鉴定和快速诊断. 相似文献
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根据GenBank中流感病毒H3N2亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H3N2济南株(SW/SD/JT/07(H3N2))HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T栽体,进行测序分析.结果显示,SW/SD/JT/07(H3N2)HA基因长度约为1701 bp,编码566个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.2%~81.8%;HA0切割位点序列为PENQTR↓G,属非高致病性毒株;SW/SD/JT/07(H3N2)HA蛋白有7个糖基化位点,由于碱基突变缺少了1个糖基化位点,表明其抗原性及其生物学特性发生变化.SW/SD/JT/07(H3N2)与所有参考毒株HA蛋白上的受体结合位点的氨基酸很保守,即98、134、136、138、226位分别为Tyr、Gly、Ser、Ala、Asn.SW/SD/JT/07(H3N2)NA基因长为1413 bp.编码470个氨基酸,与参考毒株的同源性为65.1%~91.8%,NA基因系统发生分析表明SW/SD/JT/07(H3N2)与禽流感病毒H3N2亚型亲缘关系最近.SW/SD/JT/07NA(H3N2)NA蛋白与参考毒株的颈区63、64、65位置均无氨基酸缺失现象,可推测其对病毒的复制能力不会有很大影响.SW/SD/JT/07(H3N2)NP基因长为1565 bp,编码498个氨基酸.与参考毒株的同源性为79.8%~87.8%,NP基因系统发生树分析结果表明,2002年、2004年暴发的西班牙流感同源性较高,亲缘关系较近,而与中国内地广东株同源性小,亲缘关系较远. 相似文献
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为获得鸡C3d基因的eDNA,从鸡肝细胞提取总RNA,通过RT—PCR扩增出C3d基因的eDNA,脂糖凝胶电泳鉴定后直接克隆到pMD18-T载体,构建C3d—pMD18-T重组质粒,转化大肠杆菌,酶切鉴定后进行序列测定。通过琼脂糖凝胶电泳证明有1.0kb左右的PCR扩增片段,序列测定表明为C3d基因的cDNA。通过RT—PCR法从鸡肝细胞RNA中成功地扩增到鸡C3d基因的cDNA,为进一步构建基于C3d基因内佐剂的疫苗奠定了基础。 相似文献
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为了解鸭乙型肝炎病毒(duck hepatitis B virus,DHBV)在我国鸭群中的感染状态,从我国养鸭业比较集中的山东、江苏2个省份10个鸭群采集临床有发病症状的150只病死鸭的心、肝、脾、肺、肾等5种脏器,以提取的组织DNA为模板通过PCR方法检测DHBV的感染情况,并进行了2株DHBV野毒SD-01和SD-02的全基因组序列测定及同源性和进化树的分析。结果显示,DHBV的群体阳性率为100.0%,个体阳性率为41.3%。被检测的器官中,肝脏的阳性率达100.0%,其他器官从高到低依次是心脏、脾脏、肺脏和肾脏,分别为77.4%,71.0%,67.7%,66.1%。SD-01和SD-02的全基因组全长分别为3 027bp和3 021bp,与其他15株GenBank已发表的全基因组序列同源性在89.6%~99.2%;全基因组核苷酸序列及S蛋白氨基酸序列进化树分析表明,SD01株与4株中国分离株位于同一进化分支上,而SD-02则与中国分离株DHBV-XY株以及9株美国、加拿大、德国、南非以及印度分离毒株处于同一分支。结果表明,我国目前樱桃谷鸭群中携带的DHBV毒株可能有不同的来源。 相似文献
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为了解鸭圆环病毒(Duck circovirus,DuCV)在我国鸭群中的感染状态,从我国养鸭业比较集中的山东、江苏、四川、福建、广东5个省份36个鸭群采集临床有发病表现的343只病、死鸭的病理组织样品,以提取的组织DNA为模板通过特异性斑点杂交和PCR方法检测DuCV的感染情况.结果显示上述5个省份的鸭均检出了DuCV,病、死鸭中DuCV的个体阳性率为81.63%(280/343),群体阳性率为94.44%(34/36).结果表明我国鸭群中已普遍存在DuCV的感染. 相似文献