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旨在对牛蛋白质相互作用网络进行研究,除了为牛的后基因组学提供研究基础外,其研究成果还可运用到牛的生产实践中.本研究通过系统发育谱法,利用线虫、酵母和人的蛋白相互作用数据对牛的蛋白相互作用进行预测.结果,得到了一个包含2 953个蛋白、3 034对相互作用关系的牛蛋白相互作用网络.分析表明该网络具有scale-free属性,同时对预测出的ENSBTAP00000011562等23个未知功能蛋白进行了诠释.通过结合已有的生物学知识和蛋白的已知功能信息对脂代谢相关蛋白的局部网络进行分析,进一步认识了脂代谢相关机理,为改进牛奶质量和提高牛奶产量提供了有效信息. 相似文献
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【目的】 获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】 采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析。【结果】 通过测序共获得14467420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8 544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了8 475条Unigenes;KEGG数据库注释了1721条Unigenes;KOG数据库注释了6 572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8491条Unigenes;GO数据库注释了7 725条Unigenes;Pfam数据库注释了8 162条Unigenes。此外,经鉴定或预测,还获得了943个转录因子、8544个编码区片段、3596个SSR位点和1 825个可变剪接事件。【结论】 本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。 相似文献
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采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分析山谷型藏山羊、安哥拉山羊、F1乳中的LDH、as-CN、β-CN、β-Lg、SA等基因座。结果表明,乳LDH出现三条带(A)、两条带(B)、一条带(C)3种类型;as-CN有3种表型(AA、AB、BB),由A基因和B基因控制;在β-CN和β-lg中以AB型为主,其余类型很少;乳SA为单态,定为AA型。分析乳as-CN多态性与6个主要经济性状(体重、体直长、体高、胸围、管围、自然毛长)的关系发现,山谷型藏山羊as-CNAA、AB型体直长显著大于BB型体直长(P<005),F1as-CNAA型胸围显著大于AB型。 相似文献
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干旱胁迫下赖草抑制性消减文库的构建与分析 总被引:1,自引:1,他引:0
用根际水分胁迫对赖草(Leymus secalinus)植株进行干旱胁迫,利用抑制消减技术,以干旱胁迫处理为tester,正常生长对照组为driver,构建了包含576个克隆的赖草消减cDNA文库。通过斑点杂交筛选,得到16个EST序列,大小居于100~310 bp。Blast比较发现,这些序列与大麦(Hordeum vulgare)和小麦(Triticum aestivum)干旱诱导下表达的序列、甜菜碱醛脱氢酶核酸序列、植物热激蛋白hsp70核酸序列、1,5 二磷酸核酮糖羧化酶氨基酸序列、植物遍在蛋白缀合酶氨基酸序列、植物50S核糖体蛋白L20基因序列等相关抗旱基因具有较高的同源性。以上结果说明,本研究得到了部分赖草抗旱相关基因片段,可为赖草抗旱机理的研究以及抗逆基因的克隆奠定一定的基础。 相似文献
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竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion,简称Indel)进行精准分型,被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。KASP与其他分型技术相比,支持低、中、高通量SNP检测,具备成本低、特异性好、准确性高等优势,可通过分子检测手段对家畜功能基因进行准确分型,从而达到优良性状的定向改良育种目标。目前,KASP技术已在牛功能基因相关SNP检测、疾病分型等方面应用起来,本文对近年来KASP技术及其在牛SNP基因分型中的应用研究进展进行概述,以期为该技术在牛的产乳、产肉等性状的改良应用方面提供借鉴。 相似文献
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为了鉴定牦牛乳脂肪滴形成和分泌相关的黄嘌呤脱氢酶(XDH)、嗜乳脂蛋白亚家族成员1(BTN1A1)基因全泌乳期的表达状况,产犊前15天和产犊后第1,15,30,60,120,240天采集5头麦洼牦牛乳腺组织样品,运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术分析XDH、BTN1A1基因全泌乳期表达变化以及它们与牦牛泌乳的关系。结果表明:牦牛乳腺BTN1A1基因在泌乳的第30天和第120天有2个表达峰,最大峰值出现在产犊后的第30天;XDH基因在泌乳的第30天出现峰值。XDH、BTN1A1基因在产犊后30~120 d的表达水平与产犊前15天相比差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01),说明XDH、BTN1A1基因在牦牛产犊后30~120 d维持较高水平并稳定表达。 相似文献
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AFLP分子标记在牦牛遗传分析中的初探 总被引:7,自引:1,他引:6
利用扩增片段长度多态性(amplification fragment length polymorphism简作AFLP)分子标记技术研究了30头麦洼牦牛的遗传多样性,从40对AFLP引物中筛选出了4对多态性高,分辨率强的引物,利用AFLP数据进行聚类分析。结果表明,AFLP在分析牦牛遗传多样性中的应用是可行的。 相似文献
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