牛流行热病毒分离株HN1/2012的全基因组序列测定及演化分析     

高闪电  王积栋  独军政  郑福英  田占成  殷宏 《畜牧兽医学报》2018,(10)

旨在解析我国牛流行热病毒(BEFV)分离株HN1/2012的基因组特征,为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据。根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息,设计引物,以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段,克隆至pGEM T-easy载体,分别进行测序,利用DNAStar软件进行序列拼接获得HN1/2012株的全基因组序列。根据BEFV编码基因的转录起始(TI)和转录终止/多聚腺苷酸化(TTP)序列分析获得各基因序列及其开放阅读框(ORF),与参考毒株比对序列相似性,并以G基因序列构建系统发生树,分析其遗传演化关系。结果显示:HN1/2012株基因组全长为14 899nt,包含前导序列(50nt)、N基因(1 328nt)、P基因(858nt)、M基因(691nt)、G基因(1 896nt)、GNS基因(1 785nt)、α1α2基因(638nt)、β基因(459nt)、γ基因(400nt)、L基因(6 470nt)和尾随序列(70nt)。病毒9个基因分别由26、43、47、53、37、39、30、-21nt的基因间隔区(IGR)连接。在全基因组水平,HN1/2012株与我国2002年浙江分离株JT02L的相似性最高,但G基因与同期分离株LYC11、LS11相似性最高。重组分析表明HN1/2012株未发生基因重组。HN1/2012株的演化可能与免疫选择压力导致的基因突变有关。本研究测定了HN1/2012株的基因组序列,为我国BEFV分离株的全基因组分子演化研究奠定了基础。  相似文献   

锥体科寄生原虫赖以生存的机制及其应用前景     

田占成  刘光远  白启 《动物医学进展》2005,26(7):27-30

锥体科寄生原虫病在一些国家和地区造成巨大的人力和物力损失,如非洲睡眠病和枯氏锥虫病以及利什曼原虫病(黑热病)等,如不加以治疗,致死率可达100％。为了探索防治寄生虫感染的手段,以锥体科寄生原虫为模型研究寄生虫赖以生存的机制,免疫逃避、耐药性和抑制宿主细胞凋亡等机制成为科研工作者研究的热点。文章以寄生虫赖以生存的机制为切入点,展望了我国预防寄生虫感染和研制寄生虫疫苗的发展趋势。  相似文献   

1株牛病毒性腹泻病毒分离毒株的基因组特征   总被引：3，自引：3，他引：0  

高闪电  王锦明  田占成  独军政  张忠辉  王建东  康晓冬  李有全  关贵全  刘光远  罗建勋  殷宏 《畜牧兽医学报》2020,51(8):1913-1922

旨在从宁夏某奶牛群持续感染牛分离牛源牛病毒性腹泻病毒（BVDV）,并解析其基因组特征,为研究我国不同地区BVDV分离株遗传演化规律提供理论依据。利用BVDV抗原检测试剂盒检测宁夏回族自治区银川市某示范区的240头高产奶牛间隔两周的双份抗凝血,筛选持续感染牛,分离血液淋巴细胞制备裂解液接种牛肾细胞（MDBK）,分离鉴定获得BVDV株,克隆测序获得全基因组序列,比较分析其遗传演化关系。从该示范区高产奶牛筛选获得2头持续感染牛,分离获得1株非致细胞病变型BVDV,命名为NX2019/01。测序获得基因组全序列（12 107 nt）,其中ORF长11 703 nt,编码3 898个氨基酸。在基因组水平,NX2019/01株与我国SD-15、ZM-95、XC、LN-1等1m亚型分离株相似性较高（92.17%~93.84%）,但E^rns、E1以及E2基因存在较大差异。示范区同群牛急性感染BVDV时,毒株E2蛋白N端编码区核苷酸突变可导致第9位或第67位氨基酸变异。重组分析表明,NX2019/01株E2基因179—288位核苷酸区段以及ZM-95株E1基因168位—E2基因332位核苷酸区段存在相似的重组信号,可能由主要亲本SD-15株与次要亲本LN-1株重组形成,表明NX2019/01株、ZM-95株在演化进程中与SD-15株以及LN-1株或早期流行的高度相似毒株存在密切关联。本研究从持续感染高产奶牛分离获得了牛源BVDV-1m亚型毒株,在基因组水平厘清了BVDV-1m亚型毒株的进化关系,并首次发现同亚型BVDV毒株基因同源重组,为进一步研究BVDV在我国的演化规律奠定了基础。  相似文献   

长角血蜱雌蜱唾液腺cDNA表达文库的构建     

谢俊仁  刘光远  田占成  李知新  贾宁 《甘肃农业大学学报》2007,42(6):13-17

为了克隆和研究具有免疫原性的长角血蜱基因,应用建库试剂盒成功构建了长角血蜱雌蜱唾液腺cD-NA表达文库.在无Rnase污染的环境下摘取半饱血长角血蜱雌蜱唾液腺,并从中提取RNA,进而纯化mRNA,利用oligo(dT)引物反转录合成双链cDNA,并在其两端加EcoRⅠ/HindⅢ定向接头并酶切,过柱分级分离后,将cD-NA分子定向连接到具有EcoRⅠ/HindⅢ粘性末端的λSCREEN载体中.经体外包装转染E.coliERl647宿主菌,进行文库容量测定和扩增.以扩增文库的DNA为模板,利用载体通用引物检测cDNA文库中插入片断的大小和质量.经检测,所构建长角血蜱cDNA文库的基础库容量约为4.2×106pfu/mL,插入片段主要集中在300~2 000 bp之间,说明文库质量高、代表性强.  相似文献   

表达鸡γ-干扰素和传染性支气管病毒S1基因的重组鸡痘病毒疫苗对鸡外周血T淋巴细胞动态分布影响的研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

孙永科  田占成  王云峰  刘胜旺  童光志  智海东  王玫 《中国预防兽医学报》2006,28(5):539-543

机体的免疫应答是一个复杂的生物学过程，它以体液和细胞免疫为主，二者相互影响，相互作用，而构成了一个动态整体。本研究通过FACS技术检测SPF鸡接种共表达IBVS1基因和鸡γ-干扰素基因的重组鸡痘病毒疫苗后外周血中CD4^＋、CD8^＋和TCRδγ^＋三种亚类T淋巴细胞的数量的变化，初步探讨了干扰素对鸡外周血中T淋巴细胞亚类动态分布的影响。结果表明，含有干扰素基因的重组鸡痘病毒能显著增高机体特异性的CD8^＋和TCRδγT淋巴细胞水平，CD4^＋T淋巴细胞比例则要低于其他的疫苗免疫组。  相似文献   

羊尤氏泰勒虫病的病理学观察     

李有全  罗建勋  关贵全  马米玲  高金亮  刘志杰  党志胜  刘爱红  任巧云  刘军龙  鲁炳义  陈怀涛  白启  魏永红  牛庆丽  田占成  殷宏 《畜牧兽医学报》2008,39(11)

对尤氏泰勒虫人工感染的绵羊进行了病理学观察。主要的组织病变：淋巴结充血、出血及淋巴窦网状内皮细胞增生;肺脏出血,间质淋巴细胞和网状细胞增生,肺泡隔增厚;肾小球内皮细胞、血管内皮细胞增生,淋巴网状细胞灶状积累,甚至形成结节;心肌细胞变性、坏死,染色不均;肠道固有膜明显充血、出血;肝细胞颗粒变性,有散在细胞坏死,汇管区和小叶间有淋巴网状细胞增生;瘤胃黏膜下层有散在性出血,肌层见灶状出血。  相似文献   

基于Hsp70基因的马梨形虫分类学定位分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

罗金  刘光远  田占成  谢俊仁  张萍  沈辉  党根生 《中国农业科学》2011,44(17):3694-3700

 【目的】为了进一步确定马泰勒虫的分类学定位。【方法】根据GenBank上登录的马巴贝斯虫Hsp70基因序列（AB248743.1）,设计引物TeHsp70F, TeHsp70R,以马泰勒虫基因组DNA为模板进行扩增,获得全长为1 920 bp的核酸片段。将该基因序列与GenBank中23种已知虫种的相应序列进行分析比较。【结果】该片段编码639个氨基酸,其疏水性氨基酸达到208个,极性氨基酸167个。同一性分析显示,该基因片段与报道的马巴贝斯虫Hsp70基因（B. equi  BAF02625.1）亲缘关系最近,其次是小泰勒虫(T. parva  XP764717.1)和环形泰勒虫(T. annulata AAA30130.1),而与感染马属动物的另一个虫种驽巴贝斯虫(B. caballi BAF02619.1)亲缘关系较远。【结论】马泰勒虫Hsp70基因的克隆及系统发育分析显示,之前被定名为马巴贝斯虫（B. equi）的虫种隶属于泰勒虫虫种。本试验为马巴贝斯虫正确更名为马泰勒虫（T. equi）的分类地位提供了又一佐证。  相似文献   

驽巴贝斯虫病PCR检测方法的建立和应用     

罗金  刘光远  谢俊仁  田占成  沈辉  王芳芳  孙晓林  陈荣贵  王海军 《中国畜牧兽医》2011,38(7):193-195

根据驽巴贝斯虫(Babesia caballi)18S rRNA基因序列设计1对特异性引物,扩增出452 bp核苷酸片段,建立了检测驽巴贝斯虫病的PCR方法。敏感性试验结果表明,该方法最低能检出0.01 fg/μL驽巴贝斯虫DNA模板。特异性试验结果显示,在被检测的6个巴贝斯虫株中,仅驽巴贝斯虫株能扩增出特异性片段,马泰勒虫、双芽巴贝斯虫、莫氏巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫、大巴贝斯虫的扩增结果均为阴性。对45份马属动物血样进行检测,本研究建立的PCR方法测得驽巴贝斯虫病的阳性率为26.67%(12/45),与显微镜检测方法进行了比较,结果显示PCR检测方法可显著提高驽巴贝斯虫的检出率。  相似文献   

亚洲璃眼蜱成蜱不同发育期miR-451与MIF表达谱的动态分析     

罗金  袁小松  郝佳伟  田占成  谢俊仁  陈泽  任巧云  殷宏  罗建勋  刘光远 《中国农业科学》2015,48(21):4366-4373

【目的】microRNA （miRNA）作为一类内源性的非编码RNA,仅有18-25 nt,其广泛存在于动植物细胞中,可诱导生物基因沉默,参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。以亚洲璃眼蜱为研究对象,对miR-451及其靶基因（巨噬细胞游走因子, MIF）在相互作用关系进行分析。【方法】参考miR-451成熟体序列（AAA CCG UUA CCA UUA CUG AGU UU）来自研究单元亚洲璃眼蜱高通量测序所获得的结果。根据该成熟体序列设计stem-loop及PCR引物,RT-PCR扩增获得蜱源性miR-451序列;并对不同物种来源的miR-451序列特征进行分析。基因合成方法获得抑制miR-451的dsRNA序列,用于亚洲璃眼蜱饥饿成蜱体内注射。参考美洲钝眼蜱MIF基因（登录号：AF289543.2）,设计亚洲璃眼蜱的特异性实时荧光定量引物,以β-actin作为内参基因,采用SYBR Green real-time RT-PCR方法检测注射dsRNA后亚洲璃眼蜱饥饿成蜱不同发育时间点MIF基因的表达水平,以及miR-451的表达谱特征。【结果】琼脂糖凝胶电泳检测miR-451的PCR产物条带与预期大小一致,为72 nt。不同物种来源的miR-451具有较高的保守性,特别是种子序列极度保守,仅在短尾负鼠miR-451成熟体的19位点处存在A→U的突变。miR-451的RNA干扰实验证实,0-30 h miR-451表达逐渐上调,6 h达到最高值,其拷贝数为1.0×108。随后表达丰度逐渐降低。30 h其表达水平与PBS对照组相同。48-60 h miR-451再次出现一个表达上调微小变化过程。而miR-451抑制后的MIF直到30 h才有表达的上调,42 h达到峰值（拷贝量仅为9.0×103）,此后其表达规模受到抑制,48 h时与PBS对照组水平一致。84 h后表达才逐渐上调,直到90 h达到峰值,并呈现正态分布趋势。【结论】利用RT-PCR获得亚洲璃眼蜱成蜱阶段miR-451序列,生物信息学方法分析了miR-451序列在不同物种间具有较高保守性。miRNA的保守性决定其靶标基因的特异性,因此,以上结果提示miR-451在动物细胞中可能扮演重要的生物学功能,是MIF功能发挥的一个重要调控因子。MIF作为miR-451靶标基因,其功能的实现可能受该miRNA的调控。基于此类推测qPCR及RNA干扰分析表明,miR-451参与了MIF的表达调控。且是一种负调控作用。当miR-451表达量升高时,MIF表达量明显下调。此研究首次证实miR-451在亚洲璃眼蜱成蜱发育阶段的表达是一种普遍现象,且对MIF存在负调控作用。这一研究为后期miR-451参与蜱的免疫应答及miR-451与靶标基因的相互作用机制提供了参考。同时证明,miRNA参与基因功能的调控具有一定的特异性和时序性。  相似文献   

五种寄生虫基因组研究进展     

张萍  刘光远  田占成  罗金  谢俊仁 《动物医学进展》2011,(8):74-79

对近年来疟原虫、血吸虫、锥虫、环形泰勒虫和小泰勒虫等几种寄生虫基因组研究进展进行了简单概述,包括基因组测序、遗传图谱和物理图谱的构建、测序后结果的分析及筛选的功能基因与虫体致病的关系,并对基因组测序结果的应用前景进行了展望.以期从基因组水平上了解这几种寄生虫的生物学特性,从而为发现一些与致病性相关的基因及研制相应的抗虫...  相似文献