民猪从头组装（de novo）的基因组序列特征分析     

张冬杰  何鑫淼  汪亮  刘娣 《吉林农业大学学报》2023,(5):600-608

利用Hiseq 2000测序平台对1头雌性民猪采用从头组装（de novo）策略，绘制了其完整的基因组序列。测序深度达116.91×，N50 contig为57.3 kb,N50 scaffold为4.91 Mb，最终组装的基因组大小为2.64 Gb。组装的基因组中重复序列共占基因组大小的41.14%，其中占比最多的为长散在重复序列（Long interspersed nuclear elements,LINE），但存在1.22 Mb大小的缺失序列。共发现12 079 623个单核苷酸多态性（SNP）及1 854 337个插入缺失突变（InDels），检测到38 867个缺失型结构变异（SV）和6 867个插入型SV，以及575个倒位（INV）型变异。其中，缺失序列长多为60～300 bp，插入序列长多集中在1～8 bp,90%的插入片段长在1～30 bp。与11个其他猪种比较筛选后，发现民猪存在12个特异的SV位点，这些位点的形成机制以逆转录转座子元件的插入为主。预测到20 853个基因，其中20 651个基因有功能注释，占预测总数的99.03%。鉴定出22个基因受到正选择，包括与脂...  相似文献   

民猪耐寒基因目标风险最小特征搜索          下载免费PDF全文

杨月莹  刘娣 《西北农业学报》2013,22(10):15-21

面对小样本海量特征的基因芯片数据，准确高效地筛选分类特征基因是数据分析的重要工作。通过制备常温状态和低温状态两类地方民猪样本的基因芯片数据，以抗寒性状相关基因筛选为目的，提出目标风险最小特征搜索算法，通过设定目标参数筛选出抗寒性状相关的基因集合。这些抗寒性状相关基因对两类样本分类效果非常好，通过与经典的分类方法相比较，多种方法都获得稳定高效的分类准确率，该特征筛选过程获得的抗寒相关基因具有较强的分类效能。通过基因功能生物学注释，得到特征基因所在的功能结点信息，这些已知基因的功能为进一步研究特征基因集合中未知基因的功能提供了试验设计依据。目标风险最小特征搜索的同时可以进行样本分类和重要分类特征的筛选，适用于基因表达谱数据的统计分析。  相似文献   

猪FASN基因功能性单核苷酸多态性的生物信息学分析     

王芳  马红  张冬杰  付博  郭镇华  汪亮  李忠秋  刘娣 《黑龙江畜牧兽医》2023,(11):62-66+137

为了筛选出猪FASN基因中具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms, nsSNPs)位点，试验采用生物信息学方法对FASN基因的nsSNPs位点进行了研究。首先利用Ensembl数据库分析FASN基因nsSNPs位点的相关信息，然后利用SIFT、Polyphen2和Provean三种方法预测nsSNPs位点的有害性，再利用ConSurf server、I-Mutant 3.0、Mupro、BDM-PUB、SUMO plot^TM、NetPhos 2.0 Server等在线软件对nsSNPs位点的进化保守位点、蛋白质稳定性、泛素化位点、磷酸化位点进行预测，SOPMA和MutPred2在线软件分析nsSNPs位点对FASN蛋白二级结构和三级结构的影响，最后使用Phyre2和VMD软件预测和构建野生型和突变型FASN蛋白的空间结构。结果表明：FASN基因有2个转录子，共38个nsSNPs位点，其中有7个位点被SIFT、Polyphen2和Provean三种方法均预测为有害突变位点，分...  相似文献   

微生物组-转录组联合分析肠道菌群对SPF鸡的调节作用     

尹海畅  万德财  王含琼  姚婉岐  李忠秋  刘娣 《黑龙江畜牧兽医》2023,(15):57-63+134-135

为了探究肠道菌群对SPF鸡的作用，试验采用广谱抗生素(ABX)鸡尾酒法构建肠道菌群削减SPF鸡模型(ABX鸡),并以SPF鸡为对照，应用微生物组测序技术分析鸡肠道菌群变化情况，转录组测序技术分析鸡回肠和气管差异基因表达情况，同时评估肠道菌群对鸡体重和Ⅰ型干扰素(IFN-Ⅰ)表达的影响，并通过计算Spearman相关系数分析肠道微生物组变化与SPF鸡转录组变化之间的功能相关性。结果表明：与SPF鸡相比，ABX鸡肠道菌群的物种多样性和丰度明显降低；从ABX鸡肠组织共获得156个差异表达基因，其中79个基因上调表达，77个基因下调表达；从气管组织共获得779个差异表达基因，其中176个基因上调表达，603个基因下调表达。气管组织共比对到3 152个GO功能条目，回肠组织共对比到1 202个GO功能条目。气管组织转录组显著富集的KEGG信号通路分别为补体和凝血级联、金黄色葡萄球菌感染、类风湿关节炎、自身免疫性甲状腺疾病，回肠组织转录组显著富集的KEGG信号通路分别为Ⅰ型糖尿病、类固醇生物合成、移植物抗宿主病、同种异体排斥等。从广谱抗生素处理的第11天开始，ABX鸡和SPF鸡的体重差异显著(P&...  相似文献