凤仙花坏死斑病毒的RT-PCR和巢式PCR检测   总被引：2，自引：1，他引：1  

张巧萍  丁元明  王云月  李旻  周剑  段禄华  白永华  孙兵绍 《华中农业大学学报》2009,28(1)

根据凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot tospovirus,INSV)S RNA上的核衣壳蛋白(N)基因序列(登录号为AB109100)保守区设计了3对特异性引物.应用常规RT-PCR和巢式PCR方法从表现同心圆症状的文心兰植株上检测得到了预期DNA片段,且巢式PCR检测灵敏度比常规PCR高.序列分析结果表明,该病毒的N基因序列和已经发表的凤仙花坏死斑病毒(登录号为AB109100、AB207803、DQ425096)核苷酸序列同源性为99%,确定表现同心圆症状的文心兰上携带了凤仙花坏死斑病毒.  相似文献   

灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成     

刘林  李成云  杨静  业艳芬  李进斌  周晓罡  王云月  朱有勇 《西南农业学报》2006,19(1):131-135

本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。  相似文献   

云南糯稻遗传多样性的SSR分析   总被引：6，自引：1，他引：5  

杨慧  陆春明  贾亦飞  韩光煜  李利国  段琳  王云月 《分子植物育种》2008,6(6)

用24对单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物分析云南省63个糯稻品种的遗传多样性,结果显示云南糯稻总体遗传多样性水平较高。24个SSR位点共检测到153个等位基因,均为中度或高度多态位点。总群体平均香农指数为1．4493,平均Nei’s基因多样性指数为0．7187。滇西南、滇南和滇东南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。AMOVA分析表明糯稻的遗传变异主要存在于地区内品种间（79％）,只有5％遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占16％,保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。聚类分析显示Nei’s遗传相似系数为0．22时云南糯稻品种分为籼糯和粳糯2个类群,但是不能区分地理组。  相似文献   

多样性混合间栽对水稻根际细菌群落结构与功能的影响     

唐文强  张文龙  朱晓乔  董必正  李勇成  杨楠  张耀  王云月  韩光煜 《作物学报》2023,(4):1111-1121

为了明确水稻多样性混合间栽对稻瘟病防治及根际细菌群落结构和功能的影响,利用Illumina Hiseq测序技术,对筛选的高防治效果(E=54.48%)组合(汕优63||黄壳糯)和低防治效果(E=14.12%)组合(合系39||黄壳糯)分别在间栽和净栽下进行水稻根际土壤细菌16SrRNA测序分析。结果表明,多样性间栽系统中水稻根际共检测到土壤细菌37门116纲244目384科689属,绿弯菌门(Chloroflexi)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota)为主要细菌优势类群,相对丰度均在15%以上。Alpha多样性分析显示,高防效组合在间栽条件下可显著提高水稻根际细菌群落香农指数和Chao1指数(P<0.05),而低防效组合无差异(P>0.05)。ANOSIM及PCoA分析发现,净栽条件下各品种根际细菌群落结构差异显著(r=0.48,P<0.01),间栽后高防效组合和低防效组合根际细菌群落结构无显著差异(P>0.05),即间栽增加了组配品种间细菌群落结构的相似性。细菌优势类群组成结果表明,与净栽相比高防效组合中汕优...  相似文献   

水稻品种与稻瘟病菌分子指纹聚类互作分析初探          下载免费PDF全文

范静华  汪安云  陈建斌  王云月  孙鹰  王宗华  朱有勇 《中国农业大学学报》1998,(Z1)

本试验进行了41个水稻品种的 GRA-PCR 和15个稻瘟病菌的 REP-PCR 分子指纹扩增和聚类分析;完成了品种和病菌互作人工接种试验。结果表明,供试品种的 GRA-PCR 指纹聚类后,以0.56遗传相似距离点划分时,供试的41个品种可分为两个遗传相似组,其中一组的19个品种大多数为云南省地方老品种,另一组的23个品种多数为近年来生产上的栽培品种。病菌 REP-PCR 指纹聚类后,在不同的相似距离划分时,获得不同的遗传相似组,当以0.08相似距离划分时,各遗传相似组的致病性与供试品种之间有一定的互作关系。  相似文献