猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用     

贾谮  孙颖杰  袁文泽  徐立秋  李艳武  张瑞  简中友  苏永生 《中国动物检疫》2009,26(7):26-28

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR Green I随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μ1浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985.该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测.用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符.  相似文献   

巢式PCR和SYBR Green Ⅰ实时PCR检测转基因大豆方法的研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

彭新凯  宋涛平谭舸 陈娜胡朝晖  杨丽霞 《中国农学通报》2012,28(15):233-237

为了建立转基因大豆检测技术,采用巢式PCR和SYBR Green Ⅰ实时PCR技术,检测转基因大豆外源基因(CaMV35S、CP4EPSPS)。结果表明,利用巢式PCR可检测出1 ng/μL转基因含量1%的大豆中的CaMV35S基因,而第一轮PCR的检测限为100 ng/μL;利用SYBR Green Ⅰ染料能结合双链DNA的特点,应用实时PCR技术可检测到CaMV35S、CP4EPSPS基因扩增所产生的信号,通过扩增产物的熔解曲线能有效地区分特异性产物,CaMV35S基因的检测限为0.1 ng/μL。同时利用该方法对黄豆、炒黄豆、豆干等样品进行检测,样品中未检出CaMV35S基因成分。巢式PCR方法明显提高了PCR的检测限,SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR方法能有效、快速检测CaMV35S转基因成分。  相似文献   

三种分子检测体系的比较及柑橘果园黄龙病监测   总被引：5，自引：5，他引：0  

林亚玉  殷幼平  陈世钦  王中康 《植物保护学报》2012,39(6):503-507

为了评价3种PCR分子检测体系对柑橘黄龙病(citrus huanglongbing,HLB)大田诊断效果,综合比较了常规PCR、巢式PCR和SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR(SG Ⅰ-qPCR)方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度、特异性和准确度等参数,并用SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR监测广西柑橘园疑似HLB样品425个,比较了2种检测体系的阳性检出率。基于CQULA04F/CQULA04R引物对的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR的灵敏度可达10 ag/μL;而巢式PCR灵敏度为100 ag/μL,巢式PCR较常规PCR检测灵敏度高104倍。疑似样品的HLB病原SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR检出率分别为46.6%、40.0%。各检测体系的灵敏性、特异性、符合度依次为SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR>巢式PCR>常规PCR。研究表明,SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR可作为果园大规模HLB早期诊断和监测的首选,而在缺乏定量检测仪器时,巢式PCR也可用于HLB的检测,但需注意避免空气污染导致的假阳性。  相似文献   

猪瘟石门系强毒株SYBR Green-I染料法实时荧光定量PCR方法的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

王伟  邹月红  李雪松  陈欣  郎越坤  田华斌  符芳  李曦  李集临 《中国畜牧兽医》2011,38(3)

为了能快速、准确地诊断猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)石门系强毒,根据登录在GenBank上23株Shimen毒株的全基因组序列,利用DNASIS软件进行序列分析,设计1对特异的荧光定量引物.建立猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法.试验结果表明,本方法最低可检测到的Shimen病毒cDNA含量为100拷贝/μL,敏感度至少是普通PCR的100倍;猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、牛流行腹泻病毒Ⅰ工型( BVDV-1)和猪瘟病毒C株均无特异性扩增,证明本方法具有很强的特异性;通过批内和批间重复试验,其变异系数<0.7%,结果显示本方法具有很好的重复性.本研究建立了猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法,为猪瘟的预防与控制提供了有效的技术手段,并为猪瘟强毒试剂盒的研发奠定了基础.  相似文献   

抗草甘膦转基因大豆PCR定量检测研究   总被引：15，自引：1，他引：15  

朱元招尹靖东  李德发王凤来 《中国农业大学学报》2005,10(3):25-29

试验建立大豆中转基因成分的定量测定方法。采用双链DNA SYBR Green I结合染料实时荧光定量PCR技术，扩增编码大豆凝集素的内参照基因lec和抗草甘膦转基因大豆中的外源花椰菜花叶病毒CaMV35s基因。绘制2种基因扩增的循环数一拷贝数标准曲线图，根据标准曲线方程计算样品中的转基因含量；并作重现性和熔解曲线分析。结果表明，lec和CaMV35s基因标准曲线方程线性好，R^2值分别达到0．9997和0．9992。不同转基因含量的标准及模拟大豆样品定量显示，实测值与实际值接近，相对偏差5％～11％。SYBR Green I实时定量PCR方法可用于定量测定大豆中转基因品种的含量。  相似文献   

伪狂犬病病毒gB基因荧光定量PCR检测方法的建立     

杨红杰  于长青  林树伯  于红欣  周双海  李继良 《北京农学院学报》2015,30(3):48-51

用PCR方法扩增伪狂犬病病毒(PRV)的gB基因片段,构建含有gB基因片段的重组质粒,以不同浓度的PRV-gB基因重组质粒为模板应用SYBR Green I方法来建立检测PRV-gB基因载量的荧光定量PCR方法。结果显示:在(8.6×107~8.6×101)copies/μL范围内,回归方程为y=-3.5604x+41.165,其决定系数为0.9993,显示出优良的线性关系;扩增产物的熔解曲线仅有一个特异性单峰。该方法对猪圆环病毒、猪细小病毒、猪细环病毒等常见猪源DNA病毒进行检测时均没有扩增曲线,重复性试验的变异系数小于2%,表明建立了特异性强、重复性好、灵敏性高的PRV-gB基因SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。用该方法检测8种商品伪狂犬病弱毒活疫苗的每头份剂量的病毒载量,结果显示不同商品伪狂犬病弱毒活疫苗之间的病毒载量存在明显差异,与其标识剂量基本一致,表明该荧光定量PCR检测方法可用于疫苗剂量检测。  相似文献   

海南黑山羊CAST基因的时空表达分析     

管凇  周汉林  侯冠彧  王东劲  徐铁山 《家畜生态》2013,(9):13-16,21

采用SYBR Green实时荧光定量PCR技术检测了CAST基因在1、2、3、4月龄和12月龄海南黑山羊骨骼肌、心肌、肝脏和脂肪组织中mRNA表达差异和发育规律,为揭示CAST基因的生物学功能及其对肉质的表达调控机理提供参考依据.结果表明,CAST基因在未成年羊的骨骼肌中mRNA表达量极显著高于其他组织（P＜0.01）,且在2月龄时达到最高水平;成年后在心肌、肝脏和脂肪中的表达量极显著升高（P＜0.01）,在骨骼肌中的表达量次之,但在脂肪中的表达量始终相对较低;该基因在3、4月龄各组织中的mRNA表达量相对较低,且四种组织在3、4月龄间表达差异不显著（P＞0.05）.  相似文献   

海南黑山羊MSTN基因的表达差异与发育性变化研究     

管凇  周汉林  侯冠彧  王东劲  徐铁山 《家畜生态》2013,(11):15-19

采用SYBR Green实时荧光定量PCR技术检测了MSTN基因在2、3、4月龄和12月龄海南黑山羊腿肌、腰肌和背肌组织中mRNA表达发育性变换规律,为揭示MsTN基因的生物学功能及其对肉质的表达调控机理提供参考依据。结果表明,在海南黑山羊的四个生长阶段,MSTN基因均在背肌里的表达量最高,腿肌里的表达量较低,表达模式为：背肌〉腰肌〉腿肌;腿肌和腰肌在2月龄时,表达量较低,3月龄时极显著升高（P〈0．01）,4月龄时又极显著下降（P〈0．01）,12月龄时又极显著升高（P〈0．01）;表达模式为：12月龄〉3月龄〉4月龄〉2月龄;背肌在2月龄时表达量也较低,3月龄时极显著升高（P〈0．01）,达到最高水平,4月龄时又极显著下降（P〈0．01）,12月龄时有所上升,但差异不显著（P〉0．05）,表达模式为：3月龄〉12月龄〉4月龄〉2月龄。  相似文献   

HeLa细胞Ⅰ型干扰素效应因子实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用   总被引：1，自引：1，他引：0  

刘纪玉  杜以军  刘星  吴家强  李俊  丛晓燕  赵新华  徐绍建  孙文博  时建立  单虎  王金宝 《中国畜牧兽医》2013,(5):1-7

本试验旨在建立一种用SYBR GreenⅠ荧光染料检测HeLa细胞Ⅰ型干扰素效应因子ISG15、ISG56、Mx1、OAS和PKR mRNA表达水平的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并在口蹄疫病毒(FMDV)L蛋白抑制Ⅰ型IFN发挥效应的信号通路中进行初步应用。利用TRIzol法提取总RNA,经Oligo d(T)15进行反转录,利用PCR扩增各段目的基因,并克隆至pMD18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,经鉴定为阳性的重组质粒作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR标准曲线和熔解曲线,并进行灵敏性、特异性和重复性试验。根据建立的实时荧光定量RT-PCR方法,检测FMDV L蛋白对Ⅰ型IFN效应因子的抑制效果。HeLa细胞在转染FMDV L蛋白真核表达质粒,并受到Ⅰ型IFN刺激后ISG15、ISG56、Mx1、OAS和PKR的相对表达量较转染空载体或表达GST的真核表达质粒明显降低。本试验建立了HeLa细胞Ⅰ型IFN效应因子的实时荧光定量RT-PCR检测方法,为在mRNA水平上对HeLa细胞Ⅰ型IFN效应因子的定量分析奠定了基础,并成功地初步应用于FMDV L蛋白抑制Ⅰ型IFN发挥效应的信号通路的研究中。  相似文献   

新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

袁远华  吴志新  王俊峰  黄兴国  贺东生  黄淑坚 《中国预防兽医学报》2013,35(9)

为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法.  相似文献