广灵驴分子系谱的建立及群体遗传结构分析     

牛晓艳  曹亮  明世清  李燕平  詹海杰  姜志广  卫顺生  张元庆 《畜牧兽医学报》2022,53(2):391-401

旨在对广灵县优种驴场保种群体进行调查的基础上构建分子系谱,并对其种群的遗传结构进行分析。本研究采集保种群成年、体况良好的广灵驴（体重350~400 kg）颈静脉血10 mL（n=107）,其中公驴13份,母驴94份,抗凝处理后提取全血DNA。采用12个微卫星标记进行荧光PCR扩增后,用ABI3730测序仪进行分型。分型结果采用Cervus 2.0和Pedigraph 2.4软件构建分子系谱,同时采用STRUCTURE2.3和Fstat软件计算群体遗传参数,采用R语言的hclust函数绘制7头公驴及其后代的系统发生NJ树（邻接树）。结果,对107头种驴进行了分子系谱构建,找到了30头子代的父亲和7头子代的母亲,系谱可靠性>90%;微卫星标记的平均观测杂合度（H_Obs）和多态信息含量（PIC）分别为0.676 5和0.593 9,标记遗传多样性较高;NJ树对7个公驴家系进行了聚类;群体分化系数（F_ST）为0.184,群体平均近交系数（F_IT）为0.033,群体内近交系数（F_IS）为-0.238,且群体处于哈代-温伯格平衡状态,存在很弱的近交。本研究建立了广灵驴保种群可靠性较高的分子系谱并对其遗传结构进行了分析,证明该群体遗传多态性较高,群体近交系数较低,处于较好的保种状态,具有较大的品种资源开发潜力。  相似文献   

利用微卫星标记分析长白山中华蜜蜂遗传多样性     

《中国蜂业》2015,(7)

利用21对微卫星标记对吉林长白山中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到39个等位基因,等位基因数目从1~5不等。平均等位基因数为1.8571;所有位点的平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)值分别为0.2068和0.1679。表明长白山中华蜜蜂群体遗传多样性较低。  相似文献   

卷丹百合远缘杂交及杂种后代的鉴定     

舒珂  李建红  陈璐  傅海燕  蔡维  刘李晨  李玉帆 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2022,48(5)

为培育抗性强、观赏性优良的卷丹百合新种质,采用液体培养基悬滴法测定3个观赏百合品种‘Black stone’‘Tresor’‘Sorbonne’ 的花粉生活力;用蕾期授粉、正常授粉、延迟授粉、切割柱头授粉方式分别与母本卷丹百合进行杂交,对获得的杂交后代进行胚珠培养及增殖扩繁,采用SSR分子标记的方法鉴定杂种的真实性。结果表明：‘Sorbonne’的花粉萌发率总体高于‘Black stone’和‘Tresor’;蕾期授粉的结实率最高,为14.44%;卷丹בBlack stone’ 组合获得蒴果数量最多,共得到了17个蒴果;对杂交蒴果进行胚珠培养,得到9株F1代杂种苗;筛选杂种苗增殖扩繁的较适培养基为MS+30 g/L蔗糖+0. 1 mg/L NAA+1 mg/L 6–BA+8 g/L琼脂;鳞茎膨大生根较适培养基为MS+80 g/L蔗糖+0.1 mg/L NAA+ 0. 05 mg/L 6–BA+0.75 g/L活性炭+6.5 g/L琼脂,最适培养环境为黑暗培养;通过4对引物鉴定证实卷丹בTresor’的2个杂种株系为真实杂种。  相似文献   

绍兴鸭小群保种效果的分子生物学监测     

刘莉君  章晓炜  马敏彪  陆建定  王珍珍  卢立志  刘雅丽 《浙江农业科学》2021,62(10):2091-2094

为监测绍兴鸭小群保种效果,研究利用28个微卫星对绍兴鸭核心群两个世代的120只鸭在分子水平的遗传参数进行检测分析。利用SPSS 17.0检测27、28世代间的群体遗传参数。结果表明,在分子水平上,两个世代的等位基因数、有效等位基因频率、多态信息含量、期望杂合度、表观杂合度差异均不显著;对每个世代每个座位进行哈代-温伯格检验表明,两个世代Nei氏相似性系数极高,Nei氏遗传距离极低,符合遗传规律;该保种场有效保种群体数量为182只,每代近交增量为0.27%,符合家禽每世代近交系数的增量不超过0.50%的原则。结果表明,绍兴鸭的小群保种在分子水平均无显著性变化,小群保种能够有效地保存绍兴鸭的品种特征,对水禽采用这种保种方法是可行的,可以作为监管部门保种监测的辅助手段。  相似文献   

基于微卫星标记的不同种质资源罗氏沼虾遗传多样性研究     

许珊华  章嘉淇  卢婷  符圆  唐潇  唐琼英  夏正龙  蔡缪荧  高权新  李景芬  杨国梁 《江苏农业科学》2021,49(6):45-51

为探究江浙地区不同罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)群体的遗传多样性和遗传结构,利用16个微卫星标记对潮丰(CF)、蓝天(LT)、源泉A(YQA)、源泉B(YQB)、嘉丰(JF)、南太湖(NTH)等6个江浙地区养殖群体和1个泰国正大(ZD)引进群体进行遗传变异分析.结果显示,16个微卫星位点均为高度多态位点;7个群体均为较高的遗传多样性,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均大于0.7,遗传多样性大小排序为ZD>YQA>YQB>JF>LT>NTH>CF;遗传分化指数(Fst)分析结果显示,泰国正大与江浙地区各群体间存在中等程度的遗传分化,Fst介于0.10145～0.12348之间;江浙地区群体除NTH与CF群体间为中等程度遗传分化(Fst=0.05098)外,其余群体间的遗传分化程度较低,Fst介于0.01571～0.04099之间.AMOVA分析结果显示,遗传变异主要发生在个体内和群体内个体间,群体间遗传变异仅占2.10％.依据Nei's遗传距离构建的非加权组平均法(UPGMA)系统进化树显示,泰国正大群体独占一支,江浙地区6个群体聚为另一支.Structure分析结果显示,所有样本被划分为2个理论群,江浙地区6个群体为一个集群,泰国正大群体为一个集群.该研究不但揭示了江浙地区罗氏沼虾养殖群体的遗传多样性现状,而且也为罗氏沼虾种质资源的保护、利用以及优良品种的选育提供了参考信息.  相似文献   

放疗后复发鼻咽癌微卫星不稳定和杂合性缺失改变的研究     

曾华  ;丁伟斌  ;赵毅  ;姚运红  ;胡新荣 《湛江医学院学报》2014,(3):282-286

目的比较放疗后复发鼻咽癌（NPC）与初诊NPC中染色体微卫星不稳定（MSI）和杂合性缺失（LOH）发生情况。方法选择1p、3p、3q、4q、9q、11q、13q、14q的12个微卫星多态性位点,显微切割分离22例初诊和18例放疗后复发NPC组织和正常组织,提取DNA,经PCR扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色,进行MSI及LOH分析研究。结果（1）8个位点发生了LOH：复发癌与初诊癌相比,LOH发生率在D1S2697位点为28.6%比20.0%,在D13S133位点为30.0%比20.0%,在D9S1682位点为7.7%比9.1%;D5S433和D14S65位点只在复发癌中发生LOH,分别为33.3%和6.7%;D13S263、D4S350、D14S258位点只在初诊癌发生LOH,分别为20.0%、33.3%、16.6%。（2）11个位点发生了MSI：4个位点在复发癌和初诊癌中都发生MSI,4个位点只在复发癌中发生MSI,3个位点只在初诊癌中发生MSI。结论 D1S2697、D13S133、D5S433位点可能含有与放疗后复发NPC相关的肿瘤抑制基因,放疗后复发NPC中MSI发生率呈增高趋势,提示部分放疗后复发NPC与原发癌可能属不同细胞克隆起源。  相似文献   

鳙鱼微卫星分子标记的筛选   总被引：22，自引：2，他引：22  

鲁翠云  孙效文  梁利群 《中国水产科学》2005,12(2):192-196

采用常规方法从鳙鱼(Aristichthys nobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件Primer Premier 5．0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。  相似文献   

豇豆叶绿体微卫星标记的开发及其在近缘种的通用性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

潘磊  李依  郭瑞 《长江蔬菜》2014,(6):9-15

从公共数据库中下载豇豆叶绿体基因组,对其进行全序列分析,揭示豇豆cpSSR的分布特点和基序特征,进一步研究豇豆cpSSR在豆类植物中的通用性。研究结果表明,豇豆叶绿体基因组上共有52个微卫星,主要分布于LSC区,且以A/T为单碱基重复基序的微卫星为主;从豇豆的52个叶绿体微卫星中筛选出8对多态性豇豆cpSSR引物,在豌豆、利马豆和菜豆中均成功扩增,表明这些豇豆cpSSR引物在其豆类近缘种中具有较好的通用性。  相似文献   

Molecular Mapping of a Stripe Rust Resistance Gene YrH9020a Transferred from Psathyrostachys huashanica Keng on Wheat Chromosome 6D     

LIU Ze-guang YAO Wei-yuan SHEN Xue-xue CHAO Kai-xiang FAN Yu LI Min-zhou WANG Bao-tong LI Qiang JING Jin-xue 《中国农业科学(英文版)》2014,(12):2577-2583

Stripe rust （yellow rust）, caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici （Pst）, is one of the most devastating diseases of wheat throughout the world. H9020-1-6-8-3 is a translocation line originally developed from interspeciifc hybridization between wheat line 7182 and Psathyrostachys huashanica Keng and is resistant to most Pst races in China. To identify the resistance gene（s） in the translocation line, H9020-1-6-8-3 was crossed with susceptible cultivar Mingxian 169, and seedlings of the parents, F1, F2, F3, and BC1 generations were tested with prevalent Chinese Pst race CYR32 under controlled greenhouse conditions. The results indicated that there is a single dominant gene, temporarily designated as YrH9020a, conferring resistance to CYR32. The resistance gene was mapped by the F2 population from Mingxian 169/H9020-1-6-8-3. It was linked to six microsatellite markers, including Xbarc196, Xbarc202, Xbarc96, Xgpw4372, Xbarc21, and Xgdm141, lfanked by Xbarc96 and Xbarc202 with at 4.5 and 8.3 cM, respectively. Based on the chromosomal locations of these markers and the test of Chinese Spring （CS） nullitetrasomic and ditelosomic lines, the gene was assigned to chromosome 6D. According to the origin and the chromosomal location, YrH9020a might be a new resistance gene to stripe rust. The lfanking markers linked to YrH9020a could be useful for marker-assisted selection in breeding programs.  相似文献   

曼氏无针乌贼微卫星DNA富集文库构建与鉴定     

张川  ;郭宝英  ;吴常文 《浙江水产学院学报》2014,(6):483-487

曼氏无针乌贼是我国四大海产之一,开发其微卫星标记具有重要的科研与应用价值。本研究采用FIASCO法（Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats）构建了曼氏无针乌贼的（CA）n微卫星富集文库,通过PCR检测出640个阳性克隆,占所有克隆的87%,从阳性克隆中随机选取118个进行测序,序列分析发现,103个克隆含有7次以上的重复序列,其中完全的为67（65%）个,不完全的23个（22.3%）,复合的为13（12.7%）个,重复次数范围为7~59次,平均为38次。在103个序列中共42条可以设计引物,所筛选出的引物可以用于评估曼氏无针乌贼种质资源遗传多样性、遗传结构、亲子鉴定以及放流效果评估等。  相似文献