鳙鱼微卫星分子标记的筛选   总被引：22，自引：2，他引：22  

鲁翠云  孙效文  梁利群 《中国水产科学》2005,12(2):192-196

采用常规方法从鳙鱼(Aristichthys nobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件Primer Premier 5．0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。  相似文献   

斑节对虾基因组微卫星分离及其序列特征研究     

夏军红  朱彩艳  苏天凤  周发林  江世贵 《南方水产》2006,2(6):1-7

采用(CA)_(12)(AG)_(12)及(TA)_(16)生物素标记探针及磁珠富集法构建了斑节对虾Penaeus monodon基因组微卫星富集文库。随机挑选254个克隆进行PCR筛选,得到51个候选克隆(20．1%)。其中,32个克隆来源于CA-文库,另19个克隆来源于AG-文库。测序发现48个克隆含有微卫星重复单元,通过序列比对,最终获得40个具有特异微卫星序列的阳性克隆。微卫星(GA/CT)_N及(CA/GT)_n 2碱基重复序列分别占所有分离的微卫星数目的20．7%及60．4%。此外,还检测到其它多种微卫星重复类型,如(AT)_n、(GC)_n、(TGG)_n、(AAG)_n、(AAT)_n、(GAA)_n、(GTGC)_n、(GCGT)_n、(GGTTA)_n、(GTGCGT)_n,占检测到的微卫星数目的18．9%。获得的微卫星序列中属于完全型序列的有76条(68．5%),不完全型序列的有22条(19．8%),另有13条属于复合型序列(11．7%)。微卫星(GT/CA)_n 2碱基重复次数(3～52次)要远大于(GA/CT)_n 2碱基次数(3～27次)。获得的微卫星序列长度大小范围为129～601 bp,平均为286 bp。研究为进一步开展斑节对虾分子育种及资源评价分析提供了基础资料。  相似文献   

豇豆叶绿体微卫星标记的开发及其在近缘种的通用性研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

潘磊  李依  郭瑞 《长江蔬菜》2014,(6):9-15

从公共数据库中下载豇豆叶绿体基因组,对其进行全序列分析,揭示豇豆cpSSR的分布特点和基序特征,进一步研究豇豆cpSSR在豆类植物中的通用性。研究结果表明,豇豆叶绿体基因组上共有52个微卫星,主要分布于LSC区,且以A/T为单碱基重复基序的微卫星为主;从豇豆的52个叶绿体微卫星中筛选出8对多态性豇豆cpSSR引物,在豌豆、利马豆和菜豆中均成功扩增,表明这些豇豆cpSSR引物在其豆类近缘种中具有较好的通用性。  相似文献   

从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究   总被引：25，自引：2，他引：25       下载免费PDF全文

徐鹏 《水产学报》2003,27(3):213-218

利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选，共发现微卫星序列229个，占整个ESTs数据库的2．19％，其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个，分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63．76％，和25．33％，大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测，在有扩增产物的16对引物中，首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记，并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明，在8个微卫星位点上，等位基因的数目从5到15不等，等位基因长度从：165～305bp，期望杂合度和多态性信息含量分别为0．59到0．89和0．56到0．88，表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。  相似文献   

人工控制自然交尾条件下中国对虾父本的微卫星识别   总被引：6，自引：0，他引：6  

高焕  孔杰  于飞  王伟继  罗坤  孟宪红  刘萍  张天时 《海洋水产研究》2007,28(1):1-5

人工控制自然交尾条件下,在保持中国对虾雌、雄5∶1的交配比率下,获得了两尾交尾并产生子代的雌虾,同时有4个疑似父本需要识别.利用3个微卫星引物及其组成的三重PCR技术对4个疑似父本进行了鉴别,准确的找到了相应的与雌虾交尾的雄虾.这为建立半同胞家系提供了一种新的技术和思路.  相似文献   

Molecular Mapping of a Stripe Rust Resistance Gene YrH9020a Transferred from Psathyrostachys huashanica Keng on Wheat Chromosome 6D     

LIU Ze-guang YAO Wei-yuan SHEN Xue-xue CHAO Kai-xiang FAN Yu LI Min-zhou WANG Bao-tong LI Qiang JING Jin-xue 《中国农业科学(英文版)》2014,(12):2577-2583

Stripe rust （yellow rust）, caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici （Pst）, is one of the most devastating diseases of wheat throughout the world. H9020-1-6-8-3 is a translocation line originally developed from interspeciifc hybridization between wheat line 7182 and Psathyrostachys huashanica Keng and is resistant to most Pst races in China. To identify the resistance gene（s） in the translocation line, H9020-1-6-8-3 was crossed with susceptible cultivar Mingxian 169, and seedlings of the parents, F1, F2, F3, and BC1 generations were tested with prevalent Chinese Pst race CYR32 under controlled greenhouse conditions. The results indicated that there is a single dominant gene, temporarily designated as YrH9020a, conferring resistance to CYR32. The resistance gene was mapped by the F2 population from Mingxian 169/H9020-1-6-8-3. It was linked to six microsatellite markers, including Xbarc196, Xbarc202, Xbarc96, Xgpw4372, Xbarc21, and Xgdm141, lfanked by Xbarc96 and Xbarc202 with at 4.5 and 8.3 cM, respectively. Based on the chromosomal locations of these markers and the test of Chinese Spring （CS） nullitetrasomic and ditelosomic lines, the gene was assigned to chromosome 6D. According to the origin and the chromosomal location, YrH9020a might be a new resistance gene to stripe rust. The lfanking markers linked to YrH9020a could be useful for marker-assisted selection in breeding programs.  相似文献   

曼氏无针乌贼微卫星DNA富集文库构建与鉴定     

张川  ;郭宝英  ;吴常文 《浙江水产学院学报》2014,(6):483-487

曼氏无针乌贼是我国四大海产之一,开发其微卫星标记具有重要的科研与应用价值。本研究采用FIASCO法（Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats）构建了曼氏无针乌贼的（CA）n微卫星富集文库,通过PCR检测出640个阳性克隆,占所有克隆的87%,从阳性克隆中随机选取118个进行测序,序列分析发现,103个克隆含有7次以上的重复序列,其中完全的为67（65%）个,不完全的23个（22.3%）,复合的为13（12.7%）个,重复次数范围为7~59次,平均为38次。在103个序列中共42条可以设计引物,所筛选出的引物可以用于评估曼氏无针乌贼种质资源遗传多样性、遗传结构、亲子鉴定以及放流效果评估等。  相似文献   

微卫星分子标记鉴别羊肉真伪方法的建立及应用     

王可  张玉玉  崔绪奎  高淑霞  黄保华 《山东农业科学》2014,(6):16-18

根据动物种间特异性的原则,筛选出1对微卫星引物,建立了一种鉴别羊肉真伪的PCR检测技术。应用该方法,检测不同品种的羊肉样本(山羊、绵羊、杂交羊等)均能特异扩增出220~247 bp的目的片段,而猪、牛、鸡、鸭、兔等动物样本均呈阴性。该方法对羊肉的检测敏感度达10-10。应用该方法对山东省内屠宰场生产线、超市、市场中的各种畜禽鲜肉样品进行鉴定,羊肉的检出率为100%。  相似文献   

微卫星分析中样本量和性别对群体遗传多样性的影响   总被引：1，自引：0，他引：1  

张跟喜  丁馥香  赵秀华  王金玉  金崇富  张丽 《畜牧与兽医》2011,43(6)

以边鸡29个微卫星标记的遗传多样性分析数据为例,分析样本量和性别对群体遗传多样性指标的影响。结果表明:当样本量超过30时,平均期望杂合度趋于稳定,样本量与平均期望杂合度无显著相关,与平均多态信息含量和平均等位基因数呈正相关。在微卫星分析中性别对遗传多样性指标无显著影响。在运用微卫星标记进行群体遗传遗传多样性研究时以30～40个样本较为合适。  相似文献   

基于SSR标记技术的南丰柑橘种质资源亲缘关系研究     

《果树学报》2017,(6)

【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。  相似文献