香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定     

张红辉  黄世会  牛熙  李升  冉雪琴  王嘉福 《中国畜牧杂志》2023,(8):228-236

皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12～18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个：AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及...  相似文献   

基于全基因组填充重测序关联分析鉴别影响苏山猪初生体尺与乳头数性状的遗传位点     

张昌政  李德森  黄敏  方晓敏  赵为民  任守文  董焕声  任军  周李生 《畜牧兽医学报》2023,54(1):88-102

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。  相似文献   

郏县红牛和安格斯牛18月龄背最长肌差异表达基因的筛选与分析     

张格阳  李玉龙  朱肖亭  张志杰  翟亚莹  牛欣然  黄永震  曾滔  张子敬  施巧婷  王二耀  吕世杰 《畜牧与兽医》2023,(5):14-20

旨在通过转录组学分析筛选出影响牛肌肉发育的候选基因。对5头18月龄的郏县红牛背最长肌进行转录组测序,获得转录组数据后与3头18月龄安格斯牛背最长肌的转录组数据(GSE57327)进行联合分析。结果：与安格斯牛相比,郏县红牛背最长肌中4 945个基因表达显著上调(FDR<0.05), 2 186个基因显著下调(FDR<0.05)。GO功能富集分析显示差异基因主要富集在与代谢相关生物学过程中。KEGG信号通路分析显示差异表达的基因主要富集到氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)等通路上。从氧化磷酸化通路中筛选出两品种间差异表达最显著的20个基因,通过反刍动物基因组数据库(ruminant genome database, RGD)查看该20个基因的组织表达情况,其中泛素-细胞色素c还原酶复合物Ⅲ亚基Ⅺ(UQCR11)、细胞色素c氧化酶亚基7A1(COX7A1)、细胞色素c铜伴侣蛋白(COX17)、NADH氢酶辅酶Q铁硫蛋白5(NDUFS5)和线粒体ATP酶合成体ε亚基(ATP5F1E)这5个基因在牛骨骼肌组织中的表达量高于其他组织,推测这5个基因在牛的...  相似文献   

基于脾脏转录组筛选北京油鸡和广明白鸡抗热应激相关功能基因     

王子渲  王巧  张锦  Astrid Lissette Barreto Sánchez  郑麦青  李庆贺  崔焕先  安炳星  赵桂苹  文杰  李和刚 《畜牧兽医学报》2023,(5):1905-1914

旨在通过对北京油鸡(BY)和“广明2号”白羽肉鸡B系(广明白鸡,GM)在热应激和正常饲养条件下的脾脏转录组进行分析,鉴定两鸡种在应对热应激时的差异表达基因和信号通路,解析不同鸡种耐热性能差异的分子调控机制。试验动物采用相同饲养条件下的25日龄北京油鸡和广明白鸡,测定异嗜性粒细胞与淋巴细胞的比值(H/L)、超氧化物歧化酶(SOD)和总抗氧化能力(T-AOC)等表型数据,采集脾脏组织进行转录组测序(RNA-Seq)。基于RNA-Seq数据,结合表型进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),筛选出与性状相关性较高的模块与基因。脾脏转录组测序结果表明,热应激组相比于对照组,北京油鸡中共鉴定到313个差异表达基因,其中169个上调表达,144个下调表达;广明白鸡中鉴定到235个差异表达基因,其中152个上调表达,83个下调表达。利用WGCNA分析,在北京油鸡中筛选出2个与H/L相关性较高的模块,在广明白鸡中筛选出4个与H/L和T-AOC强相关的模块。通过筛选模块中的Hub基因,发现两品种中均存在TRIM29基因,说明该基因可能在抗热应激方面发挥重要作用。本研究通过转录组分析,揭示了不同鸡种在热应...  相似文献   

牦牛高原适应的生理与遗传分子机制     

倪彬  朱莉  高乐程  尼玛仓决  普布曲珍  苟潇  孔小艳  巴桑珠扎 《黑龙江畜牧兽医》2023,(23):13-20+130

牦牛(Bos grunniens)主要分布在海拔3 000 m以上的高寒低氧地区,具有“高原之舟”的美称。经过长期的适应性进化,牦牛在生理结构及遗传分子方面表现出高原适应性特征,随着组学技术的广泛应用,进一步揭示了牦牛高原适应机制。文章对牦牛遗传背景、形态、生理高原适应性进化的改变、相应分子遗传和调控机制进行综述,以期为牦牛及其他高原动物低氧适应的研究和高原缺氧疾病的预防和治疗提供新思路。  相似文献   

河北省猪星状病毒4型全基因组测定及遗传进化分析     

王晶  陈少杰  张帅  刘莹  赵云环  王传文  李妍  左玉柱  范京惠 《中国兽医学报》2023,(1):10-15

为了解河北省流行的猪星状病毒(PAstV)遗传特性和重组现象,设计了7对特异性扩增引物,利用RT-PCR方法进行全基因组序列扩增;应用DNAStar软件和MEGA 7.0软件对扩增得到的序列进行拼接和核苷酸同源性分析,并建立基于全基因组和ORF2基因的系统进化树;利用生物学分析软件对全基因组序列结构特点和重组现象进行分析。结果显示,成功扩增得到1株PAstV4 HB-SJZ全基因组序列;全基因组遗传分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性显著高于其他基因型毒株,为74.2%～81.0%,与匈牙利4型毒株WBAstV-1同源性最高(81.0%);基于ORF2基因分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性为64.8%～68.9%,与日本毒株PoAstV-VIRES-GX03-C3遗传关系最近(68.9%);重组分析显示,HB-SJZ株的ORF1基因与JPN Bu5 2014株和JPN Mol2-3 2015株存在重组现象。这一研究提示河北省流行的PAstV4是同物种重组毒株,为该病的流行病学调查提供科学依据,也为该病的防控提供理论基础。  相似文献   

植物表达载体pGMAR-BADH的构建   总被引：1，自引：0，他引：1  

朱永兴  许兴  陈受宜 《中国农学通报》2007,23(11):49-51

将甜菜碱醛脱氢酶基因BADH和植物表达载体pGMAR通过内切酶BamHI和KpnI双酶切,T4连接酶进行连接反应。重组质粒在大肠杆菌菌株DH5α内扩增,提取并纯化质粒。经鉴定,基因BADH已被完整、正确的插入到pGMAR载体中,并成功将BADH插入到载体pGMAR的两个MAR序列之间。  相似文献   

在新座位引起朝鲜籼稻品种和爪哇稻品种间杂种不育的复等位基因     

万建民  李素华 《国外作物育种》1994,(3):5-7

  相似文献   

湖北棉区棉花品种改良方向   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵世春  姚曲峋 《中国种业》2005,(1):13-14

棉花是重要的经济作物,商品率高、涉及行业多、产业链条长,在国民经济中占有重要地位.湖北省地处长江中下游棉区,常年棉花种植面积在 500万亩左右,棉花生育期间的光照、热量充足,棉花纤维品质较优,是国家的优质棉基地.半个世纪以来,湖北棉花品种改良取得了辉煌成就,培育了 40多个优良棉花品种,为湖北棉花生产做出了杰出贡献.但面对当前棉花市场的新情况,湖北棉花品种仍然存在纤维品质单一、产量徘徊不前等不足.因此对湖北棉区棉花品种改良方向和对策进行探讨,对提高湖北棉花生产的核心竞争力具有重要意义.  相似文献   

优质出口花生新品种高产栽培措施     

姚中有  陈新民  李世丁  孙凤云  岳振国 《中国种业》2003,(7):45-45

花生是我国加入WTO后为数不多的具有强劲国际竞争力的大宗净出口创汇农产品,是小麦、玉米、大豆、油菜等许多其它作物所无法比拟的。为加快优质高产大果出口专用型花生新品种GS豫花9号、濮花16号的推广应用速度,充分发挥其高产潜力,促进花生产业化发展,增强我国花生产品国际市场竞争力,浚县种子公司与濮阳农科所对其高产潜力攻关及其配套栽培技术进行了研究。同时总结各地许多667m2产500kg以上的高产典型经验,形成了一套熟化完整的品种、栽培、土肥、植保高产高效综合配套技术体系。1产量构成因素花生单位面积产量取决于果数和果重。果数…  相似文献