基于BLUP和GGE双标图的华北落叶松家系区域试验分析     

郑聪慧  张鸿景  王玉忠  代剑锋  党磊  杜子春  刘建婷  高运茹 《林业科学》2019,(8):73-83

【目的】为综合评价华北落叶松参试家系的速生丰产性、稳定性及各试验地点的区分力和代表性,利用基因型主效加基因型-环境互作效应(GGE)双标图对2017年度华北落叶松区域试验中参试家系的生长数据进行分析。【方法】基于冀北地区4个试验地点26个华北落叶松家系的胸径数据,首先拟合3个线性混合效应模型,各个模型均具有相同的固定效应(“地点”和“地点中的区组”)和残差方差结构(行、列自回归AR1×AR1,以进行空间分析),其中,模型1为随机效应中包含2个公因子的因子分析模型(FA模型),模型2、3分别为随机效应里不含测量误差以及包含测量误差的非结构化矩阵模型(US模型);基于AIC信息准则选出一个最优模型,之后利用最佳线性无偏预测(BLUP)法得到各家系在各地点的胸径BLUP数据;基于胸径BLUP数据做GGE双标图分析,对华北落叶松家系和试验地点进行评价。【结果】基于AIC信息准则,模型3(空间变异结合包含测量误差的非结构化矩阵模型(US模型))被选为最优模型;基于胸径BLUP数据的GGE双标图的前2个主成分的方差解释百分比之和为92.4%,表明结果可靠;4个试验地点被分成2组,地点L1(张家口赤城马营沟)、地点L3(张家口沽源柳条沟)和地点L4(承德围场查字)为一组(以111号家系的胸径最大),地点L2(承德围场御道口)为一组(以78号家系的胸径最大),相对而言,地点L3(张家口沽源柳条沟)能更有效地选择速生丰产且稳定的家系;各家系在不同试验地点上的表现有所不同,总体而言,26个华北落叶松家系中,111号的胸径(产量)最大,接着是78、72、82、76、59、100、77、56、86、96等系号,胸径(产量)最小的是1号,97、116、53、35、46、66和49号等家系的胸径(产量)也较低,68和42号家系的胸径(产量)接近总体均值;96、86、100和76号是速生丰产且稳定的家系,速生丰产家系111、72、56号的稳定性居中,速生丰产家系78、82和77号的稳定性中等偏下,而速生丰产家系59号则不稳定。【结论】模型3(空间变异结合包含测量误差的非结构化矩阵模型(US模型))较另外2个模型而言,结果更为可靠。地点L3(张家口沽源柳条沟)既具高区分力,又具高代表性,能更有效地评价家系。家系96、86、100和76号兼具速生性、丰产性和稳定性,可被广泛推广。基于BLUP的GGE双标图能有效应用于华北落叶松家系及试验地点的评价,本研究可为冀北地区华北落叶松的家系选择和应用提供决策支持。  相似文献   

Multiple trait genetic evaluation of ewe traits in Icelandic sheep     

T. Árnason  J.V. Jónmundsson 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2008,125(6):390-396

The prolificacy of the ewes was measured as the number of lambs born per ewe mated (NLB) when the ewes were 1–4 years of age. The ewe productivity related to the same age interval was measured by special ewe production indices (EPI). The genetic parameters for these traits were estimated by a series of bivariate REML analyses using animal models. The material used for the genetic analysis contained records on 193 213 ewes. The heritability estimates for NLB were h² = 0.17, 0.13, 0.11, 0.10 for the four respective age classes. Corresponding estimates for EPI were h² = 0.16, 0.17, 0.17, 0.15. The genetic correlations among NLB at different ages ranged from 0.63 to 0.98 and among EPI from 0.82 to 0.99. The genetic correlations between NLB and EPI were generally low. The material used for estimating the breeding values by the MT‐BLUP Animal Model consisted of 1.5 million individuals in the pedigree file. In total 815 782 ewes had records for the NLB and 763 491 ewes had production index (at least 1 year). The records were registered in the years 1990–2006. All possible missing patterns were present in the data. In the iteration process expected values for missing traits were generated and solutions were obtained on canonical transformed scale. The genetic evaluations were run independently for NLB and EPI for computational convenience given the correlations between these traits were negligible.  相似文献   

福瑞鲤选育家系不同养殖阶段的生长差异分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

王兰梅  朱文彬  董在杰  苏胜彦  傅建军  阎明信  刘念 《南方水产科学》2017,(1):43-49

为了进一步观察最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction,BLUP)家系选育方法在福瑞鲤(Cyprinus carpio)继代选育中的潜力,该研究测量了继续选育第2代家系群体不同养殖阶段的体质量和形态性状。结果表明,生长快速家系群福瑞鲤早期(4月龄)生长速度较慢,到后期则生长加快,其体质量增长表现出明显的优势。在体型方面,随着养殖时间的延长,福瑞鲤各选育家系群的体厚/体长增加,体高/体长降低,逐渐呈现其体型修长的特征;同时2个越冬期的成活率均达到了94%以上。结果表明通过BLUP家系选育对福瑞鲤长期选育是可行的。在此基础上,通过主成分分析发现,福瑞鲤生长性状第一主成分是体质量;对不同生长时期的体质量进行相关性分析,发现9月龄、14月龄、21月龄鱼的体质量与24月龄的相关系数均达到极显著水平(P0.01),分别为0.851、0.897和0.957。因此,在福瑞鲤继续选育过程中,进行早期个体选择值得尝试。  相似文献   

基于BLUP和GGE双标图的林木多地点试验分析     

程玲  张心菲  张鑫鑫 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2018,46(3):87-93

【目的】建立基于无偏预测值(BLUP)与基因型主效加基因型-环境互作效应(GGE)双标图的分析模型,以提高林木多点试验数据分析的准确性。【方法】以火炬松36个基因型在6个试验地(S1~S6)的种子产量为基础数据,利用ASReml软件对实测数据进行空间变异结合因子分析法的模型拟合,以获取各地点下每个基因型的BLUP值;从试验地划分、试验地评估和林木基因型评估3个方面,对原始数据、BLUP数据进行GGE双标图分析与比较。【结果】BLUP数据具有明显的空间变异,比原始数据具有更高的产量变异解释能力;原始数据和BLUP数据的试验地分组结果一致,均分为2组,但BLUP数据的试验地点间的相关关系变弱;原始数据的理想试验地为地点S5,而BLUP数据为地点S1;原始数据和BLUP数据的最理想基因型均为21,但2种数据高产和稳产基因型的一致性比较低。【结论】基于BLUP与GGE双标图相结合的模型,可用于林木多点试验分析,其比原始数据的GGE双标图分析结果更为可靠。  相似文献   

不同牙鲆群体遗传力和育种值分析     

刘峰陈松林  王磊田永胜  刘寿堂孙德强 邓寒 《中国水产科学》2013,20(4):691-697

以牙鲆(Paralichthys olivaceus)抗病群体(RS)、RS(♂)与从日本引进的日本群体(♀)交配建立的群体(RJ)、日本群体(♂)与RS(♀)交配建立的群体(JR)、以及韩国群体(KS)为基础群体, 通过随机交配建立牙鲆家系, 研究了4个群体作为亲本的育种性能。待所建立的家系生长至19月龄左右时, 测量家系生长性状, 包括全长和体质量, 测量所得数据用SPSS及DMU软件中的REML算法和BLUP方法进行分析。结果显示, 从表型参数可以看出KS(♂)×RJ(♀)杂交后代表现出明显的生长优势。19月龄牙鲆全长和体质量的遗传力分别为0.301、0.295, 都属于中等遗传力。因此, 牙鲆群体具有较好的遗传改良潜力。全长、体质量育种值与其表型值的相关系数分别为0.838和0.827, 且呈极显著相关(P<0.01), 表明个体育种值的预测结果具有较高的准确性。对父母本分别进行育种值比较可知, 父本中KS的育种值最高, 母本中RJ的育种值最高, 因此选用KS(♂)和RJ(♀)杂交可培育出生长迅速的牙鲆新品种。本研究通过比较4个资源群体牙鲆生长性状的育种性能, 并以此作为筛选优良亲本群体的重要依据, 旨在为牙鲆新品种的成功选育奠定理论基础, 同时为牙鲆的进一步遗传改良提供重要的科学依据。

  相似文献   

Genetic evaluation of laying performance in the Zatorska goose: contribution to the conservation programme     

M. Graczyk  K. Andres  E. Kapkowska 《British poultry science》2017,58(4):366-372

1. The aim of the study was to estimate the heritability of the laying performance in the cumulative and partial production of eggs and predict the breeding values of native Zatorska geese in a conservation programme using Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) methodology. Second, the trajectory of the egg production curve was examined.

2. The data contain information about the laying performance of 1831 individuals in the first year of laying. To describe the trajectory of the laying performance, 10 mathematical models were tested. For the genetic parameter estimation of egg production, data from 1038 birds were used with a production higher than 20 eggs during the first season of laying.

3. The analysis of egg production was based on single and multi-trait models. Heritability, genetic and phenotypic correlations between phases of the laying performance as well as breeding values were estimated.

4. The best adaptation to the goose egg laying curve was the Ali and Schaeffer model. The estimates of heritability were 0.20 (0.06 SE) using the single-trait model and ranged from 0.12 to 0.24 using the multi-trait model.

5. The results suggest that the BLUP method can support the conservation programme.  相似文献   

动物模型BLUP法估计内蒙古白绒山羊育种值的研究     

李玉荣  李金泉  高佃平  张立岭  周欢敏  安玉君  乌兰巴特尔  汪彬  张永斌 《畜牧与饲料科学》2010,(6)

应用动物模型BLUP法估计了阿尔巴斯白绒山羊种羊场1989-1998年共10个年度3 981只个体的抓绒量和体重的单性状育种值,以及这两个性状的综合育种值.在模型中考虑的固定效应有年龄效应和性别-群体-年度效应、随机效应有个体的加性效应和个体永久性环境效应.比较育种值选择与表型值选择的结果表明:①公羔依据断乳重选择与依据育种值选择的结果差异较大;②育成母羊依据表型值选择与依据综合育种值选择的结果差异极显著(P<0.01);③育成公羊依据表型值选择与依据综合育种值选择的结果差异极显著(P<0.01);④种公羊依据抓绒量和体重的表型值选择结果分别与依据各自性状育种值选择结果的秩相关均未达到显著水平(P>0.05).研究表明:内蒙古白绒山羊应用个体表型值选种存在准确性较差的缺点;动物模型BLUP法适合用于内蒙古白绒山羊的选种.并根据生产实际情况提出了一套选择种公羊的具体方法.  相似文献   

应用BLUP法估测种公猪平均日增重的育种值   总被引：4，自引：0，他引：4  

杨茂成  钱利增 《南京农业大学学报》1987,(1)

用BLUP法估测了10头二花脸种公猪自初生至六月龄平均日增重的育种值,同时用最小二乘常数和离差法作对照。结果表明:用BLUP法所得的819号公猪的育种值为0.0132公斤/天,名列第一;15号公猪的育种值为-0.01公斤/天,名列第十;819号公猪的最小二乘常数为0.0207公斤/天,也名列第一;用离差法所得的育种值为0.0067公斤/天,也名列第一。三种方法所得的结果数值上差别较大,但在名次排列上却十分一致。BLUP法与最小二乘常数,BLUP法与离差法在名次排列上的顺位相关系数分别为0.964和0.952,表明它们之间的相关十分密切。用三种方法所得的结果具有相同的趋势,但BLUP法估测误差较低,精确性较高。  相似文献   

Marker-based screening of maize inbred lines using support vector machine regression     

Steven Maenhout  Bernard De Baets  Geert Haesaert  Erik Van Bockstaele 《Euphytica》2008,161(1-2):123-131

The phenomenon of heterosis is widely used in hybrid breeding programmes, despite the fact that no satisfactory molecular explanation is available. Estimators of quantitative genetic components like GCA and SCA values are tools used by the plant breeder to identify superior parental individuals and to search for high heterosis combinations. Obtaining these estimators usually requires the creation of new parental combinations and testing their offspring in multi-environment field trials. In this study we explore the use of ɛ-insensitive Support Vector Machine Regression (ɛ-SVR) for the prediction of GCA and SCA values from the molecular marker scores of parental inbred lines as an alternative to these field trials. Prediction accuracies are obtained by means of cross-validation on a grain maize data set from the private breeding company RAGT R2n. Results indicate that the proposed method allows the routine screening of new inbred lines despite the fact that predicting the SCA value of an untested hybrid remains problematic with the available molecular marker information and standard kernel functions. The genotypical performance of a testcross hybrid, originating from a cross between an untested inbred line and a well-known complementary tester, can be predicted with moderate to high accuracy while this cannot be said for a cross between two untested inbred lines.  相似文献   

对中国猪育种工作中若干问题的探讨     

王林云 《畜牧与兽医》2007,39(9):1-4

猪的育种工作实际上是人类对猪在世代延续中的一种干预,已有几千年的历史。在中国,BLUP法选种并不是唯一的选种方法,也不是最好的选种方法。分子遗传标记辅助选择目前多数还在实验室内,应用于生产实际还很不成熟。常规选种仍是中国目前猪育种的重要方法,不可忽视。我国多元化的市场要求有多元化的育种目标,而多元化的育种目标要求有多元化的选种方法。在外种猪中适当引入我国地方猪种的血统是一种较好的育种技术路线。生物体(动物品种)遗传资源的"纯"与"杂"是相对的,从核苷酸序列的角度来看,地球上的生物体都是杂合的,没有2个生物体是完全相同的。一个品种永远处于动态平衡与变化之中。  相似文献