Molecular characterization of dimeric alpha-amylase inhibitor genes in wheat and development of genome allele-specific primers for the genes located on chromosome 3BS and 3DS   总被引：1，自引：0，他引：1  

Ji-Rui Wang  Ze-Hong Yan  Yu-Ming Wei  Eviatar Nevo  Bernard R. Baum  You-Liang Zheng   《Journal of Cereal Science》2006,43(3):360-368

Alpha-amylase inhibitors are attractive candidates for the control of seed weevils as these insects are highly dependent on starch as an energy source. For weevil control, alpha-amylase inhibitors and their genes could be used to genetically engineer weevil resistant seeds. Thirty genes encoding dimeric alpha-amylase inhibitors were isolated from Triticum aestivum L. ‘Chinese Spring’ and characterized by nucleotide and amino acid sequence analysis. Eleven representative alpha-amylase inhibitor genes were identified, and the deduced amino acid sequences of these genes were of high coherence (95.1%). These inhibitors and others obtained from the wheat EST database were clustered into three groups, the genes from ‘Chinese Spring’ were present in each group. Specific primer sets were designed for each group, based on the SNPs of these genes, and the chromosome locations of each group of inhibitor genes investigated by amplification of the ‘Chinese Spring’ ditelosomic lines. There were two and one groups of inhibitor genes on chromosomes 3BS and 3DS, respectively, whereas no group of inhibitor genes was found on chromosome 3AS. Thus, the primer set for each group of inhibitor genes was genome allele-specific. The two known inhibitors, 0.53 and 0.19, were located on chromosomes 3BS and 3DS, respectively. The validity of the three genome allele-specific primer sets was confirmed by amplifications in 15 accessions of Triticum urartu, Triticum monococcum, Aegilops tauschii and Triticum dicoccoides. These results gave further support at the molecular level, that the 24 kDa dimeric alpha-amylase inhibitors in cultivated wheat are encoded by a multigene family.  相似文献   

Somatic SNPs of the BRCA2 gene at the fragments encoding RAD51 binding sites of canine mammary tumors          下载免费PDF全文

O. Ozmen  S. Kul  A. Risvanli  G. Ozalp  A. Sabuncu  O. Kul 《Veterinary and comparative oncology》2017,15(4):1479-1486

Mammary tumors are the most common tumor type both in women and in female dogs. In women, heritable breast cancers have been linked mutations in the breast cancer susceptibility gene BRCA2 and it contains eight BRC repeats in exon 11 that bind to RAD51. In this study, we investigated the sequence variations of BRC1‐BRC8 and C‐terminus of canine BRCA2 gene. From a total of 64 canine patients with mammary tumors, 31 mammary tumors with benign and malign carcinomas and the 3 normal mammary glands were used for the study. In this study, 19 SNPs of exon 11 of BRCA2 in canine mammary tumors were detected for the first time. The c.2383A>C (T1425P) SNP was found to be the most probable disease‐associated nsSNP. Our findings suggest that T1425P variation in BRC3 to be the most probable disease‐associated nsSNP and may affect RAD51 binding strength.  相似文献   

家蚕核型多角体病毒bro基因的单核苷多态性研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

王霞  潘国庆  庞敏  李艳红  周泽扬 《蚕业科学》2005,31(3):294-299

bro(baculovirus repeated ORFs)基因家族是一类存在于核型多角体病毒中比较复杂的基因家族。家蚕核型多角体病毒T3BmNPV基因组中有5个bro基因,分别为bro-a,bro-b,bro-c,bro-d,bro-e。对我国的BmNPVCQ1株进行了全基因组测序,与T3序列比较发现两个差异较大区域,分别命名为V1,V2区。在此基础上,对来自国内不同地区的另外5株BmNPV分离株对应的差异区域进行了研究,克隆了包含15个bro基因的10个DNA片段,其中包含了5个bro-c基因序列,5个bro-d基因序列,4个bro-e基因序列,加上公共数据库中已有的2个bro-c、2个bro-d、1个bro-e,合并后对bro-c、bro-d、bro-e分别进行核苷酸多态性分析,结果表明bro-c、d、e类基因都存在高密度的SNP位点。出现在这3类基因中的单核苷酸位点或核苷酸片段的插入/缺失数目分别为9、1、1。(θ,π)分析表明bro-c类基因的多态性在3类bro基因中最高。Tajima’D检验结果说明这些核苷酸变化符合中性突变假说。Pi(a)/Pi(s)分析暗示bro-c,bro-d和bro-e的N端的一些区段受到正向选择。  相似文献   

中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析   总被引：2，自引：1，他引：2  

田璐  岳文斌  李姣  袁峥嵘  高雪  李俊雅  许尚忠 《畜牧兽医学报》2011,42(6)

本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性.试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析.结果发现,CAPN1 316 SNP位点与大理石花纹显著相关(P＜0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P＜0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P＜0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体.结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择.  相似文献   

鸡MC3R基因多态性及其与屠体和肉质性状的相关性   总被引：7，自引：0，他引：7  

王彦  苏毅  刘益平  蒋小松  李亮  杜华锐  朱庆 《畜牧兽医学报》2007,38(10):1027-1031

以四川大恒家禽育种有限公司和四川省畜牧科学研究院培育的5个新品系纯系和3个杂交系鸡群为试验材料,对MC3R基因进行PCR扩增,采用PCR-SSCP技术结合测序分析了MC3R基因在上述鸡群中的多态性.结果表明8个鸡群中存在A 1 424 G的突变.经过基因型与屠体性状的关联分析得知各基因型除与半净膛率(SEP)和腿肌率(LMP)无显著影响(P＞0.05)外,对其它屠体性状则有显著(P＜0.05)和极显著影响(P＜0.01);与肉质性状相关分析结果显示,1 424位点仅对粗蛋白(CP)含量和肌内脂肪含量(IMF)影响显著(P＜0.05).  相似文献   

3个绵羊品种MSTN基因多态性的比较分析     

张晓强  姚继广  张春香  任有蛇  岳文斌 《中国养羊》2012,(2):12-15

对杜泊绵羊、小尾寒羊和晋中绵羊3个品种的MSTN基因编码序列进行克隆测序,并比较分析该基因编码区的SNPs。结果表明：在引物P1、P2、P3扩增的MSTN基因片段中存在10个SNPs,其中4个SNPs位于非编码区,6个SNPs位于编码区;编码区中有2个SNPs为无义突变,其他4个为错义突变。因此,绵羊MSTN基因在进化过程中保守性不强,可能存在较多的变异位点,为进一步群体遗传分析提供了基础。  相似文献   

基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选     

邓伊华  王天娇  王洪亮  董依萌  刘欣  邢秀梅 《中国畜牧兽医》2022,49(4):1413-1421

【目的】 筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】 对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】 全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个。使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】 通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。  相似文献   

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因          下载免费PDF全文

熊和丽  张彦  张斌  相德才  常雅洁  刘韶娜  赵智勇 《中国农业大学学报》2023,28(3):83-93

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异，本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序，并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析，获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异；利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异，138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路；2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控，1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控；3)10个基因共包含936个SNP，其中655个SNP位于基因间区，255个是内含子变异，少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异，为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。  相似文献   

基于SLAF-seq技术分析甜、糯玉米种质遗传多样性          下载免费PDF全文

李余良  索海翠  韩福光  刘建华  胡建广  高磊  李武 《玉米科学》2019,27(4):71-78

利用简化基因组测序技术SLAF-seq,对国内外引进选育的81份鲜食甜、糯玉米自交系进行遗传多样性分析。结果表明,共获得803 058个SLAF标签,其中,多态性SLAF标签373 764个。通过序列分析,获得169 128个有效单核苷酸(SNP)多态标记,利用这些SNP标记分析和构建了81份鲜食甜、糯玉米资源的群体结构和系统发生树,并将其分为2个群。结果表明,简化基因组测序技术SLAF-seq能高效、低廉地开发出大量SNP标记,是作物种质资源群体遗传分析的有效工具。研究结果为甜玉米不同基因的聚合、温-热种质杂交育种、鲜食甜、糯玉米亚种间杂交育种提供依据,有利于鲜食甜、糯玉米自交系的高效利用、品种选育及杂种优势群的建立。  相似文献