The pelagic habitat analysis module for ecosystem‐based fisheries science and management          下载免费PDF全文

Daniel P. Harrison  Michael G. Hinton  Suzanne Kohin  Edward M. Armstrong  Stephanie Snyder  Frank O'Brien  Dale K. Kiefer 《Fisheries Oceanography》2017,26(3):316-335

We have developed a set of tools that operate within an aquatic geographic information system to improve the accessibility, and usability of remote‐sensed satellite and computer‐modeled oceanographic data for marine science and ecosystem‐based management. The tools form the Pelagic Habitat Analysis Module (PHAM), which can be applied as a modeling platform, an investigative aid in scientific research, or utilized as a decision support system for marine ecological management. Applications include fisheries, marine biology, physical and biological oceanography, and marine spatial management. The GIS provides a home for diverse data types and automated tools for downloading remote sensed and global circulation model data. Within the GIS environment, PHAM provides a framework for seamless interactive four‐dimensional visualization, for matching between disparate data types, for flexible statistic or mechanistic model development, and for dynamic application of user developed models for habitat, density, and probability predictions. Here we describe PHAM in the context of ecosystem‐based fisheries management, and present results from case study projects which guided development. In the first, an analysis of the purse seine fishery for tropical tuna in the eastern Pacific Ocean revealed oceanographic drivers of the catch distribution and the influence of climate‐driven circulation patterns on the location of fishing grounds. To support management of the Common Thresher Shark (Alopias vulpinus) in the California Current Ecosystem, a simple empirical habitat utilization model was developed and used to dynamically predict the seasonal range expansion of common thresher shark based on oceanographic conditions.  相似文献   

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类   总被引：1，自引：0，他引：1  

吕杨  宋超  刘媛媛  赵峰  张涛  高宇  庄平 《海洋渔业》2016,(1):17-25

为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。  相似文献   

4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析   总被引：15，自引：2，他引：15       下载免费PDF全文

江世贵  刘红艳  苏天凤  龚世园 《中国水产科学》2003,10(3):184-188

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。  相似文献   

马氏珠母贝蛋白的分离及分子量分布研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

郑惠娜  章超桦  刘书成  曹文红 《水产科学》2008,27(9)

试验结果表明,马氏珠母贝全脏器各分离蛋白组分占总蛋白含量分别为:非蛋白氮1.48%,肌浆蛋白33.20%,肌原纤维蛋白13.14%,碱溶性蛋白21.54%,基质蛋白30.65%;贝肌肉各分离蛋白组分占总蛋白含量分别为:非蛋白氮0.83%,肌浆蛋白26.56%,肌原纤维蛋白18.48%,碱溶性蛋白30.34%,基质蛋白23.79%;马氏珠母贝蛋白氨基酸组成均衡,呈味氨基酸及支链氨基酸含量高,但在各蛋白组分中的含量存在一定差异性.利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)测定的分子量分布结果显示,2种原料蛋白的肌浆蛋白分子量分布范围较宽,集中在200～19 kDa,肌原纤维蛋白分子量分布集中在200～45 kDa,碱溶性蛋白集中分布在41～3 kDa.  相似文献   

Genetic heterogeneity of betanodaviruses in juvenile production trials of Pacific bluefin tuna, Thunnus orientalis (Temminck & Schlegel)     

T Sugaya  K Mori  T Nishioka  S Masuma  M Oka  K Mushiake  Y Okinaka  T Nakai 《Journal of fish diseases》2009,32(10):815-824

  相似文献   

头足类分类鉴定的研究进展     

胡飞飞  陈新军  刘必林  李建华 《海洋渔业》2017,39(1)

头足类作为软体动物门中的重要组成,不仅具有很高的经济价值,而且还是海洋生态系统组成中不可或缺的一部分,加大对头足类的开发利用已成为世界各国的目标之一。头足类种类繁多,通常是抹香鲸等高等动物的重要饵料,因此其分类鉴定显得尤为重要。本文从方法和材料两个方面对头足类的分类鉴定进行了系统的回顾与总结。传统的外部形态学与生态学在头足类的分类鉴定已经相当成熟,耳石是头足类信息的良好载体,可作为种类和种群划分的主要依据;角质颚是头足类的主要摄食器官,具有稳定的形态特征、良好的信息储存以及耐腐蚀等特点,不同种类之间有着显著的差别,是分类鉴定的良好材料。头足类的分类鉴定要在发挥传统分类学优势的同时,加大分子水平上的研究力度,并将二者结合,相互佐证。此外,还应加强对头足类硬组织的研究和基础资料积累,并建立完整的数据库及检索系统,使其在分类鉴定中得到更加有效的应用。  相似文献   

皱纹盘鲍脏器多糖的分离纯化及鉴定   总被引：3，自引：0，他引：3  

李冬梅  谭凤芝  杨静峰  殷红玲  李韬  朱蓓薇 《水产科学》2007,26(9):485-488

利用碱性蛋白酶从皱纹盘鲍脏器中提取多糖,采用胃蛋白酶和Sevag相结合的方法脱除蛋白质;经Sephadex G-100凝胶柱层析和DEAE-cellu lose 52离子交换层析分离纯化得到AHP-2;AHP-2经高效液相色谱和比旋光度法鉴定其为均一性多糖;紫外扫描无蛋白质的特征吸收峰;红外光谱分析,AHP-2具有典型的多糖吸收峰和硫酸基吸收峰;凝胶色谱法测定其分子量为10 000~15 000;化学组成分析表明,AHP-2是硫酸酯多糖,硫酸根含量11.55%;气相色谱测定单糖组成为鼠李糖、岩藻糖、木糖、半乳糖和葡萄糖,其摩尔比Rha∶Fuc∶Xyl∶Gal∶G lu=6.7∶2.0∶3.9∶7.4∶1.0。  相似文献   

水生生物近缘种和产地的分子生物学判别     

孙超  苏彦平  刘洪波  杨健 《水产学杂志》2011,24(3):53-59

随着分子生物学技术的发展,渔业生物近缘种及产地的判别由形态学深入到了蛋白质和DNA水平。本文综述了目前已经应用于水生生物的相关分子生物学技术(包括色谱、免疫学判别以及蛋白的电泳、DNA的序列分析、PCR-RFLP、RAPD、AFLP、SNP、SSRI、SSR、Real-Time PCRs、pecies-specific primer PCR和PCRlab-on-a-chip等)以及它们各自的优缺点;在把握了这些研究进展的基础上,展望了相关技术的发展趋势。  相似文献   

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究     

耿波  关云涛  孙效文  匡友谊 《水产学杂志》2011,24(4):50-53

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...  相似文献   

我国五个青蛤地理群体遗传变异的RAPD分析   总被引：17，自引：6，他引：17  

么宗利  周凯  来琦芳  王慧  夏连军 《海洋渔业》2005,27(2):102-108

本文利用RAPD方法对我国浙江、江苏、辽宁、天津和福建沿海青蛤地理群体的遗传变异和遗传结构进行了分析。从60条随机引物中,筛选出其中12条扩增效果好、条带清晰的引物进行扩增。结果表明,青蛤遗传多样性较丰富,五个群体的多态度在0.249～0.307之间,平均为0.278,按递减依次为江苏>福建>辽宁>浙江>天津;经分子方差分析(AMOVA),10.69%的遗传变异来自于群体间,89.31%来自于群体内,遗传分化除辽宁与江苏、天津群体间不显著外,其它群体间分化显著;根据遗传距离,用UPGMA法进行聚类分析表明,浙江群体与江苏群体,辽宁群体与天津群体分别先聚在一起,最后与福建群体聚类;S11、S424、S228、S4254个引物可以区分这五个青蛤地理种群,作为群体特征标记。  相似文献