刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析          下载免费PDF全文

畅孟阳  李彬  荣小军  王锦锦  于永翔  王印庚  廖梅杰  张正  范瑞用  刘清兵 《渔业科学进展》2023,44(2):107-117

microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。  相似文献   

DNA芯片技术及其应用     

吴昀卓 《畜禽业》2005,(11):20-21

本文介绍了DNA芯片技术的基本过程,主要包括DNA芯片的制备、样品的制备及与探针的杂交、杂交结果的检测与读出。还介绍了其应用前景及目前存在的一些问题。  相似文献   

不同来源嗜水气单胞菌耐药基因检测     

靳晓敏  葛慕湘  张艳英  房海  陈翠珍 《淡水渔业》2015,(3):84-87,92

采用PCR方法,对分离于唐山和秦皇岛养殖场的宽体金线蛭(Whitmania pigra)、中国林蛙(Rana temporaria chensinensis)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellua)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)以及鲤(Cyprinus carpio)肝脏的42株不同水产养殖动物的致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了4种耐药基因β-内酰胺类(TEM)、氨基糖苷类(ant(3″)-I)、磺胺类(Sul3)和四环素类(tet(A))的检测。结果表明:42株嗜水气单胞菌均100%携带TEM、ant(3″)-I和Sul3,不携带tet(A)。所检不同水产动物源嗜水气单胞菌均携带TEM、ant(3″)-I及Sul3耐药基因,从分子层面表明该致病菌多重耐药或潜在耐药严重。  相似文献   

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析     

刁乐  宋炜  蒋科技  黄洪亮  马春艳  张凤英  陈雪忠  马凌波 《海洋渔业》2020,42(3):266-276

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。  相似文献   

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究     

耿波  关云涛  孙效文  匡友谊 《水产学杂志》2011,24(4):50-53

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...  相似文献   

无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗的制备及免疫效果评价     

王蓓  李桂欢  鲁义善  汤菊芬  吴灶和  简纪常 《水产学报》2014,38(11):1926-1936

为了研究无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗对罗非鱼链球菌病的免疫保护作用,本研究通过PCR和重叠延伸拼接技术(SOEing)获得融合基因Sip-GAPDH,连接至真核表达载体pcDNA3.1(+)制备DNA疫苗,通过背鳍肌肉注射方式免疫吉富罗非鱼,免疫后第7、28天取样,采用PCR及RT-PCR方法检测pcDNA-Sip-GAPDH在各个组织(包括肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏)中的表达情况。采用ELISA、Real-time PCR法和体外攻毒法分别分析各实验组不同时间血清抗体效价、免疫基因(IgM、IL-1β和CD8)表达变化规律和相对保护率,研究该嵌合性疫苗对吉富罗非鱼的保护效果。结果显示,实验组在免疫接种第7和第28天时,注射点周围的肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏均能检测到嵌合性质粒,实验组罗非鱼血清抗体效价均高于对照组并于21 d时达到峰值(1∶4 096);qPCR数据表明,实验组鱼体胸腺、头肾和脾脏的IgM、IL-1β和CD8基因的mRNA表达量均出现了上调,并且在胸腺、头肾和脾脏中的表达量分别在免疫后第12和第48 h达到峰值;免疫后42 d进行人工攻毒后计算免疫保护率为93.3%。以上研究结果表明,本研究构建的无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗在罗非鱼链球菌病防治中具有潜在的应用价值。  相似文献   

玉米蛋白粉替代鱼粉对暗纹东方鲀溶菌酶活性及c型溶菌酶mRNA表达的影响   总被引：2，自引：3，他引：2  

钟国防  钱曦  华雪铭  周洪琪 《水产学报》2010,34(7):1121-1128

以初重为(41.26±1.09)g的暗纹东方鲀为实验鱼,配制5种玉米蛋白粉使用量为0%、5%、10%、15%、20%的实验饲料,玉米蛋白粉对饲料中鱼粉的替代水平分别为0%、7.4%、14.8%、22.2%和29.6%。用实验饲料饲养暗纹东方鲀60d,研究玉米蛋白粉替代鱼粉对暗纹东方鲀肝胰脏、头肾和脾脏组织的溶菌酶活性及其c-型溶菌酶mRNA相对表达量的影响。结果表明,(1)暗纹东方鲀肝胰脏、头肾和脾脏的溶菌酶比活力分别为9.14、42.12和40.49U/mgprot,头肾和脾脏组织中c-型溶菌酶mRNA相对表达量分别是肝胰脏的3.76和3.24倍。(2)玉米蛋白粉替代鱼粉显著影响暗纹东方鲀溶菌酶比活力。5%和10%组的肝胰脏和头肾组织溶菌酶比活力显著高于对照组(P<0.05),而15%和20%组肝胰脏和头肾组织溶菌酶比活力则显著低于对照组(P<0.05);5%和10%组的脾脏组织溶菌酶活力与对照组无显著性差异(P>0.05),而15%和20%组显著低于对照组和5%组(P<0.05)。(3)玉米蛋白粉对暗纹东方鲀c型溶菌酶基因mRNA相对表达量有显著影响(P<0.05)。肝胰脏组织中5%和10%组表达量显著高...  相似文献   

文蛤金属硫蛋白基因的克隆与分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

高祥刚  赫崇波  李云峰  王健  朱丹  刘卫东  鲍相渤 《水产学杂志》2009,22(4):8-11

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签（EST）法,首次获得了文蛤金属硫蛋白（Mm—MT）的全长eDNA序列,序列全长657bp,开放阅读框长度为231bp,可以编码76个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达27．6％,含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。  相似文献   

海洋生物技术在水产养殖上的应用     

吴融 《现代渔业信息》1994,9(4):5-8

本文综述了近十年来海洋生物技术在水产养殖上的应用,其中包括:基因转移技术、染色体操作、鱼类性别的控制、鱼病的早期诊断、预防和治疗、贝类的变态和附着、海洋自然产物和药物、经济海藻的原生质体分离和海带单倍体克隆的建立。作者认为,海洋生物技术在水产养殖上的应用,必须依赖于基础的研究。  相似文献   

合浦珠母贝C-型凝集素基因的序列特征和功能分析   总被引：3，自引：1，他引：3  

胡钰婷  张殿昌  崔淑歌  郭华阳  陈明强  江世贵 《水产学报》2011,35(9):1327-1336

通过EST筛选结合重测序法获得合浦珠母贝一种C-型凝集素cDNA的全长序列(命名为PoLEC1)。PoLEC1全长988 bp,5′-UTR为33 bp,3′-UTR为101 bp,开放阅读框为864 bp,编码287个氨基酸,分子量为31.68 ku,理论等电点约5.83。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met¹-Ser¹⁹)和糖结合位点。同源性分析结果表明,PoLEC1与其它物种C-型凝集素的的糖识别结构域序列的同源性在18.8%~28.6%,相似性在28.9%~50.0%之间。进化树分析结果表明,PoLEC1与栉孔扇贝聚为一支。组织表达分析表明,PoLEC1 mRNA在消化腺、外套膜、性腺、闭壳肌、肠、鳃和血淋巴组织均有表达,在消化腺中的表达分析表明,经溶藻弧菌刺激后2 h表达显著下调,而在4和24 h后表达显著上调。利用PoLEC1成熟肽构建原核表达载体,在大肠杆菌中进行重组表达。制备包涵体后,用IDA HisBind 树脂纯化得到单一的重组蛋白,凝菌试验表明该蛋白对大肠杆菌有明显的凝集作用。  相似文献