基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用     

颜军  焦雄飞  张凯淅  马莹雪  李嫒嫒  程须珍  陈红霖  邓超  雷东阳 《分子植物育种》2023,(2):525-543

小豆是中国重要的食用豆类作物,建立小豆品种鉴定体系有助于品种测试、种子市场监管等工作。本研究选择不同地理来源、表型性状差异较大的12个小豆品种为实验材料,筛选出59对扩增稳定、多态性较高的初选核心引物,在5’端进行荧光标记后,另选择96份小豆品种进行复筛,进一步决选出28对核心引物,构建了182个小豆品种的DNA指纹库。这些引物共检测到245个等位变异,等位变异数范围为2～20个,平均每对引物检测到8.75个等位变异;Nei’s基因多样性指数变化范围为0.27～0.89,平均为0.62;PIC值在0.246～0.877之间,平均为0.583。对核心引物未能区分开的品种进行1个生长周期田间种植对比鉴定,表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果相同。本研究建立的基于毛细管电泳平台的小豆SSR分子标记品种鉴定体系,可用于小豆种质资源鉴定和遗传多样性分析、DUS测试辅助筛选近似品种、品种真实性鉴定等工作。  相似文献   

我国部分地方蛋鸭品种鉴定     

王统苗  张莘  刘本帅  陈博雯  常国斌  白皓  江勇  张扬  王志秀  陈国宏 《江西农业大学学报》2020,42(1):143-149

【目的】研究选取我国部分地方蛋鸭品种(攸县麻鸭、三穗鸭、金定鸭、麻旺鸭、绍兴鸭、荆江麻鸭、山麻鸭),对其5个微卫星位点进行多态性分析,利用Microsatellite-Toolkit分析软件和Excel表格,实现对7个鸭品种的初步鉴别。【方法】以这7种鸭为试验对象,对所选取的5个微卫星DNA座位进行STR分型测序,统计品种间有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(He),辅以各品种共有的基因型对7个鸭品种进行初步鉴别。【结果】STR分型检测结果发现5个微卫星位点共检测到62个等位基因,多态信息含量(PIC)介于0.29～0.622,其中,3个座位为高度多态位点(PIC0.50),2个座位为中度多态位点(0.25PIC0.50);7个鸭品种在微卫星座位的平均杂合度在0.27～0.61;有效等位基因数在1.330～2.762;聚类分析结果表明:金定鸭先与绍兴鸭聚为一类,再与荆江鸭聚为一类;山麻鸭与麻旺鸭聚为一类,攸县麻鸭与三穗鸭聚为一类;5个微卫星位点在7个鸭品种中均有共有基因型,统计不同位点共有基因型频率,绘制柱形图,从图中可以明显的看出7个鸭品种的基因型频率各不相同。【结论】可以通过所选微卫星标记的有效等位基因数,辅以各品种共有的基因型,从而达到初步鉴别7个鸭品种的目的。  相似文献   

用于白菜和大白菜品种鉴定的EST-SSR复合标记的建立   总被引：5，自引：2，他引：3  

李丽  郑晓鹰 《园艺学报》2009,36(11):1627-1634

 为了有效和全面鉴定白菜和大白菜品种, 研制了由3个引物对组成的6套EST-SSR复合标记 组合, 并形成了多重SSR的最佳实用试验条件。经由这6套标记组合完全鉴别了43个白菜和大白菜品种差异的检测, 并在3个大白菜杂交种个体之间的表现一致, 比较了单引物标记与复合标记的鉴定效率, 验证了这套技术和组合可以表达白菜和大白菜品种间多态性、品种内一致性及稳定性和重复性, 确认其可以高效准确和全面地鉴别白菜和大白菜品种的真实性和杂交种纯度。  相似文献   

不结球白菜主栽品种的分子指纹图谱     

陈素娟  宋朝辉  支肖  杨雪梅  陈国元  庞欣 《贵州农业科学》2014,(11)

为鉴定和保存不结球白菜品种资源,利用基因组 DNA 的 SRAP、RAPD 和 SSR-PCR 技术,筛选具有稳定多态性位点的引物,对新培育的耐热1号和苏州地区11个不结球白菜耐热主栽品种构建品种DNA 指纹,并转化为数字指纹图谱。结果表明：筛选出22个 SRAP 引物、16个 RAPD 引物和32个 SSR 引物,通过 PCR 扩增在12个白菜品种中获得了143个多态性位点标记,12个栽培品种间的遗传距离较小,相似系数范围为0．55～0．76。利用筛选出的3对 SRAP 引物组合成功绘制出不结球白菜主栽品种鉴定图,能将供试品种完全区分开。  相似文献   

鉴定水稻品种的微卫星标记筛选   总被引：45，自引：14，他引：45  

施勇烽  应杰政  王磊  朱智伟  庄杰云 《中国水稻科学》2005,19(3):195-201

 选用58个水稻微卫星标记，对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析，并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果。研究表明，所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开，不同标记的多态性检测能力差异较大；两种检测方法所得结果高度一致，但非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨率较高、带型清晰，能更准确反映水稻材料间的差异。对于一般水稻材料而言，选用12个标记可将不同材料区别开的几率大于99.9%，但要区分遗传相似性较高的材料，则可能需挑选高多态性标记和（或）增加检测的标记数。  相似文献   

应用过氧化物同工酶(POD)鉴定马铃薯品种及纯度的研究初报   总被引：5，自引：0，他引：5  

白艳菊  李学湛  吕典秋  于德才  范国权  高艳铃  王文重  马纪  杨希才 《杂粮作物》2005,25(6):370-371

以不同品种马铃薯块茎、叶片和芽为研究对象,通过分析其过氧化物酶的同工酶谱的差异进行品种鉴定.马铃薯叶片和芽的同工酶谱分辨力高,不同品种差异显著,可作为品种鉴定和纯度分析的可靠的理论依据,而块茎可供分析的同工酶谱带少,效果不如用水溶性特异蛋白带鉴定方法好,只作为辅助鉴定,因此,过氧化物同工酶谱与块茎水溶性特异蛋白谱带互为补充作为用生化方法鉴定马铃薯品种和纯度的有效手段.  相似文献   

利用核心SNP位点鉴别玉米自交系的研究   总被引：3，自引：5，他引：3  

宋伟  王凤格  田红丽  易红梅  王璐  赵久然 《玉米科学》2013,21(4):28-32

根据多态性水平、染色体位置等信息从公共数据库上筛选了48个玉米核心SNP位点。利用48重-SNPLex分型系统对105份玉米自交系进行SNP基因分型分析,探索SNP标记在玉米品种鉴定中的应用前景。结果表明,48个SNP位点中有42个位点峰型正常;PIC值在0.019～0.375之间,平均为0.242;任何两份自交系间的遗传距离均在0.015以上,即42个SNP位点的基因分型数据信息可以将105份自交系材料区分开。  相似文献   

The Mining of Citrus EST-SNP and Its Application in Cultivar Discrimination   总被引：2，自引：0，他引：2  

JIANG Dong  YE Qing-liang  WANG Fu-sheng  CAO Li 《中国农业科学(英文版)》2010,9(2):179-190

Single nucleotide polymorphisms （SNPs） are the most abundant sequence variations found in plant genomes and are widely used as molecular genetic markers in cultivar identification and genetic diversity studies. The objective of this study was to identify SNP markers useful for discrimination of citrus cultivars, since large numbers of expressed sequence tags （ESTs） of sweet orange are available from the National Center for Biotechnology Information （NCBI）. We now have the opportunity to discover SNP markers suitable for determining the haplotypes with which to distinguish very closely related cultivars and to assess genetic diversity within or between related species of citrus. SNPs and small insertions/deletions （Indels） from ESTs of sweet orange and satsuma were identified by the in silico SNP discovery strategy. 55 296 EST sequences of sweet orange and 2 575 of satsuma retrieved from the NCBI repository were mined for potential SNPs. Cleaved amplified polymorphic sequences （CAPS） and sequencing approaches were used to validate putative SNPs in a sample of 30 citrus accessions. A total of 3 348 putative SNPs were identified based on the abundance of sequences and haplotype cosegregation. Of these 3 348 SNPs, the transitions, transversions and Indels ratios were 47.9, 36.1 and 16.0%, respectively. The SNPs occurred on average at a frequency of 1 per 164 bp in the coding region of citrus. 14 SNPs were randomly selected and genotyped according to 30 citrus accessions including 23 accessions of sweet orange; 11 SNPs displayed polymorphism with an average polymorphism information content （PIC） of 0.20 among 30 citrus accessions. The genetic diversity present in sweet orange was low, so the 14 SNP markers failed to discriminate different cultivars of sweet orange, but they did succeed in distinguishing accessions of inter-species of citrus. In this study, SNPs were mined from EST sequences of sweet orange and satsuma, which displayed potential capability as molecular markers to discriminate inter-species accessions of citrus. It is anticipated that these putative SNPs could be applied in citrus genetics research and breeding.  相似文献   

柿树遗传资源学研究进展   总被引：4，自引：0，他引：4  

童敏  康志雄  程诗明  陈友吾 《湖北农业科学》2008,47(8)

综述了国内外柿树遗传资源收集、保存以及研究现状。从形态学标记、细胞学标记、生化标记和DNA标记4个方面对柿品种的鉴定进行了阐述及评价;从有性杂交育种、芽变选种种质创新方面阐述了柿育种。对柿种质资源研究及发展方向提出了建议和展望。  相似文献   

12个地方鸡种遗传多态性的AFLP指纹分析   总被引：7，自引：0，他引：7  

高玉时  屠云洁  钱勇  李慧芳  陈宽维  童海兵 《农业生物技术学报》2006,14(4):498-502

利用6对AFLP引物组合对中国12个地方鸡种进行了遗传检测，构建了各个品种的AFLP DNA指纹图谱，根据AFLP分析结果, 统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带，计算了12个地方鸡种的遗传相似系数和遗传距离，并据此构建了UPGMA聚类关系图，分析了所研究鸡种的遗传关系。结果表明：6对AFLP引物组合在12个地方鸡种中共检测到279条多态性条带，平均每个引物组合产生46.5条多态性标记，同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带，其中寿光鸡和东乡黑鸡最多，为9条，旧院黑鸡和兴义矮脚鸡最少，为1条。12 个鸡种聚为3类，鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的。从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种遗传多态性分析、品种的鉴定及品种间的亲缘关系分析是可行的。  相似文献