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采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统,建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列,选取保守性区域设计具有强特异性的CRISPR RNA(crRNA)序列以及RT-RAA引物,并对检测体系中的主要成分LwaCas13a蛋白、crRNA、TaqMan探针、T7 RNA Polymerase、NTP Buffer Mix含量进行优化,建立了基于RT-RAA的AIV H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法。取105~1 copies·μL-1含有目的基因的质粒标准品和其他亚型禽流感病毒以及其他禽病病毒分别验证和评价该方法的灵敏性和特异性。结果表明,本文设计的RT-RAA引物与crRNA特异且灵敏,其最佳反应体系中主要成分用量分别为LwaCas13a蛋白(60μg·mL-1)2.0μL、crRNA(100μmol·L-1)3.2μL、TaqMan... 相似文献
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为了研究SCoT分子标记技术对甜菜种质资源鉴定的可行性。利用80条SCoT引物对48份甜菜种质资源进行鉴别,同时对种质资源进行了遗传多样性分析和亲缘关系的鉴定。结果表明,80条SCoT引物中有6条能够扩增出清晰、且多态性高的条带,分别为SCoT1、SCoT12、SCoT13、SCoT14、SCoT17和SCoT23,其中引物SCoT1、SCoT12、SCoT14和SCoT23单独使用均可鉴别全部的48份种质资源,引物SCoT13和SCoT17共同使用可以鉴别48个种质资源;聚类分析结果表明,在遗传距离0.15处,95.8%的种质资源均聚为一类,从分子角度上表明甜菜种质资源遗传距离较小。本研究为利用SCoT分子标记技术鉴别甜菜种质资源、对种质资源进行亲缘关系鉴定、杂交组合亲本选配以及分子标记辅助育种等提供相关科学依据。 相似文献
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北川白山羊是在特定生态条件下未经系统繁育而形成的优良地方山羊品种,在生长发育、繁殖和抗逆等性状方面具有突出优势。通过对122只北川白山羊个体基因组的扩增,结果从80条RAPD引物中选出12条多态引物,北川白山羊群体平均遗传相似率和遗传多样性指数分别为0.859 8±0.077 6和0.919 8,表明北川白山羊品种具有一定的遗传分化和较丰富的遗传多样性。在12条多态性引物中,SBS06同时对体质量(P=0.028)、体高(P=0.017)和体长(P=0.037)具有显著影响,SBS02对体质量(P=0.033)和体高(P=0.034)具有显著效应,所以推断影响体质量和体高性状的QTL基因座可能与RAPD标记SBS06和SBS02相连锁,可以应用于北川白山羊体质量和体高性状的标记辅助选择以及相应主效基因的进一步研究。 相似文献
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本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点,进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现,SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著(P0.05);SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著(P0.01);SNP4位点对乳脂率有极显著影响(P0.01);SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著(P0.05)。同时发现TRAPPC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响(P0.05),而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响。该结果进一步表明,TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择。 相似文献
80.
《果树学报》2017,(3)
【目的】建立刺葡萄(Vitis davidii Fo?x.)的ISSR分子标记体系以及分析刺葡萄种质资源的亲缘关系,为刺葡萄的保护和利用提供依据。【方法】以8份外缘葡萄品种或类型为对照,52份刺葡萄类型为材料,采用改良CTAB法提取植物基因组DNA,以基因组DNA为模板,用同一试验考察多个因素及水平的筛选方式对ISSR-PCR扩增反应体系中的Mg2+、d NTPs、引物、模板DNA的浓度及循环数进行优化,建立适用于刺葡萄的最佳ISSR-PCR反应体系;在优化的反应体系中进行多态性引物的筛选并进行分析,同时根据Jaccard遗传相似系数进行UPGMA聚类分析。【结果】采取改良CTAB法提取的刺葡萄DNA质量优于常规的CTAB法,在优化的ISSR-PCR反应体系中,从100条ISSR引物筛选出了13个具有多态性的引物,共检测到139个位点,其中多态性位点116个,多态位点百分率为83.45%。聚类结果显示,对照组8份外缘资源均在刺葡萄种群外,刺葡萄与华东葡萄的遗传距离较腺枝葡萄近;52份刺葡萄类型分为三大组群,两大江西刺葡萄组群及湖南与福建刺葡萄组群,而在湖南与福建刺葡萄种群中又分为4个群组。【结论】刺葡萄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效揭示刺葡萄种质资源的遗传多样性和亲缘关系,对刺葡萄种质资源的保护和利用有重要的意义。 相似文献