梨自交不亲和基因cDNA芯片制备及对部分砂梨品种S基因型的鉴定     

江南    谭晓风  张琳  张靖国  胡红菊 《园艺学报》2015,42(12):2341-2352

利用东方梨中已鉴定的52个S等位基因HV区cDNA序列作为靶基因序列设计探针,制备梨S基因cDNA检测芯片,每张芯片上含有240个位点55个cDNA探针,包含所有序列完善的S基因HV区特异的cDNA序列。以被检测品种雌蕊cDNA为模板,采用Cy3荧光修饰引物经S基因特异PCR扩增标记被检测品种的cDNA序列,并与芯片杂交以检测不同品种的S基因型。结果表明：利用cDNA检测芯片与‘丽江黄酸梨’、‘秀玉’、‘弥渡玉梨’、‘白面梨’和‘德胜香’等已知S基因型品种杂交,杂交结果显示与S基因寡核苷酸芯片检测信号一致,与各品种已知S基因型相符合。利用cDNA芯片和进一步完善的S基因寡核苷酸芯片并行检测鉴定了‘文山红梨’等24个未知S基因型的砂梨品种,获得各品种的S基因型。梨S基因cDNA芯片的构建进一步完善了梨S基因检测平台。  相似文献   

cDNA芯片检测棉花纤维发育相关基因的表达     

徐瑜  施永辉  冯建勋  朱玉贤 《分子植物育种》2004,2(3):348-353

利用cDNA芯片技术分析E6、Lipid transfer protein(LTP)、Proline-rich protein(PRP）、Expansin、Tubulin、Annexin等家族的63个棉花纤维发育相关基因,在陆地棉徐州-142开花后10d纤维组织及其无长绒无短绒突变体开花后10d胚珠中的表达差异,发现属于E6、LTP、PRP、Expansin家族的基因在两种组织中存在显著的表达差异,符合前人的报道。其中E6、LTP家族的基因在两种组织中的表达差异最大,个别基因表达差异甚至达到15倍之多。而Tubulin家族的基因在两种组织中的表达差异不大,检测的24个Tubulin家族基因中,仅2个基因在纤维组织和胚珠中存在显著表达差异。cDNA芯片技术可以高通量鉴定棉花纤维相关基因以及研究棉花发育相关基因的表达谱。  相似文献   

Use of gene profiling to evaluate the effects of a feed additive on immune function in periparturient dairy cattle     

Y.‐Q. Wang  S. B. Puntenney  J. L. Burton  N. E. Forsberg 《Journal of animal physiology and animal nutrition》2009,93(1):66-75

  相似文献   

检测cDNA芯片中差异表达基因的非转换方法     

张纪刚  殷宗俊  张勤 《中国畜牧杂志》2006,42(13):2-5

cDNA芯片已经成为生物学试验中一种重要试验手段,与其相应的检测差异表达基因的统计方法也在快速地完善。目前通用的方法是将数据进行对数比转换,并相应进行标准化处理。鉴于对数转换的缺点,本研究提出一种非转换方法,即背景校正后直接进行数据标准化。研究表明:利用这种非转换方法,可以更有效地剔除试验中的“噪音,”提高检测的准确率。本研究利用Apo AI试验的芯片数据进行了效率验证,结果表明:与对数转换方法相比,非转换方法能检测出更多的差异表达基因,可以作为cDNA芯片数据分析的一种简便高效方法。  相似文献   

皖南不同类型土壤植烟成熟期烟叶的基因差异表达和显微结构的比较   总被引：4，自引：0，他引：4  

邱立友  李富欣  祖朝龙  马称心  杨超  冯云  刘国顺  赵会杰 《作物学报》2009,35(4):749-754

以烟草品种云烟97为材料,在皖南烟区典型的植烟土壤麻沙土、麻沙泥、粉沙土种植,以水稻土种植作对照,应用基因芯片技术和显微观察技术对生长成熟期烟叶的基因表达谱和细胞结构进行比较。结果表明,与水稻土相比,麻沙土植烟成熟期烟叶上调表达的基因主要有细胞增殖、生长和分化的基因,以及与氧化胁迫有关的基因,而下调表达的基因主要是光合作用和蛋白质、磷脂合成的基因。麻沙泥植烟成熟期烟叶上调表达的基因主要有与生长素运输和多糖合成有关的基因及与蛋白质和氨基酸分解有关的基因。粉沙土植烟成熟期烟叶与干旱胁迫有关的基因和与纤维素、果胶质、淀粉和蛋白质分解有关的基因上调。叶片的显微和超显微结构表明,粉沙土和水稻土植烟,烟叶长势差,生长衰退迹象明显;而麻沙土和麻泥土植烟,尤其是麻沙土,烟叶生长势较好,生长衰退迹象不明显。  相似文献   

转基因玉米转化体特异性寡核苷酸芯片测试方法的研制   总被引：2，自引：0，他引：2  

路兴波  武海斌  王敏  李宝笃  杨崇良  孙红炜 《作物学报》2009,35(8):1432-1438

根据7种转基因玉米Bt11、Bt176、Mon810、Mon863、TC1507、GA21和NK603的重组DNA结构,利用Primer premier 5.0引物设计软件分别设计转化体特异性引物,优化PCR反应条件,对引物特异性及灵敏度进行验证。结果表明,所设计引物特异性强,灵敏度达0.1%。在植物基因组与外源基因的连接区域,利用Primer premier 5.0和Oligo 6.0软件分别设计和筛选7种转基因玉米40mer oligo转化体特异性探针,制备转基因玉米的寡核苷酸芯片,并对芯片检测的特异性、重复性及检测灵敏度进行检验。证明所设计探针特异性强,灵敏度达0.01%。与PCR检测方法相比,基因芯片检测法灵敏度高、特异性强,可有效检测及鉴定多种转基因玉米,大大提高检测的准确率和效率。  相似文献   

利用斑茅cDNA芯片研究甘蔗受黑穗病菌侵染后基因差异表达   总被引：2，自引：1，他引：1  

阙友雄  许莉萍  林剑伟  徐景升  张积森  张木清  陈如凯 《作物学报》2009,35(5):940-945

为了解甘蔗抗黑穗病的分子机制,利用斑茅干旱胁迫cDNA芯片检测了甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达。经杂交,在cDNA芯片的3 860个模板中,有效差异表达(Ratio值≥2.0或≤0.5)的基因为101个,其中上调55个,下调46个。部分基因的定量PCR验证表明,芯片杂交结果可靠。上调表达基因经测序、冗余序列剔除,一共获得36个unique ESTs。已知功能的22个上调表达基因,涉及多条生理代谢途径,如光合作用、离子转运和核酸代谢途径;以及多种分子水平的进程,如基因转录、蛋白质合成与修饰以及细胞信号转导等。另外,还检测到14个未知功能基因。结果表明,甘蔗对黑穗病的抗性具有复杂的机制。本研究为解释甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达及其网络构建奠定了基础,还可以为今后系统研究甘蔗对生物与非生物胁迫的响应机制提供技术支持。  相似文献   

雌雄半滑舌鳎脑垂体基因表达差异研究     

柳淑芳  马骞  马慧  孙中之  柳学周  庄志猛 《中国水产科学》2012,19(1):174-181

为研究半滑舌鳎雌雄个体大小和生长速度差异悬殊的分子机理,采集来自同一亲本、同一发育阶段的半滑舌鳎雄鱼和雌鱼脑垂体,分别与Affymetrix的斑马鱼基因芯片杂交,筛选差异表达基因。芯片杂交结果显示二者共有1 051个基因检测到明显的杂交信号,其中上调基因486个,下调基因561个。进一步比较雄鱼和雌鱼杂交信号的比值(Ratio值),有39个基因的Ratio值小于0.6或大于1.5,其中sh3gl1b、meis2.1、acta1、Noxa、slc25a5这5种上调基因和col1a2、klf7、acta2这3种下调基因可能与半滑舌鳎雌雄生长差异相关。这一结果为深入研究半滑舌鳎雌雄性别分化与生长调控机制提供了新思路。  相似文献   

弗氏柠檬酸杆菌感染诱导斑马鱼皮肤免疫相关基因的差异表达   总被引：2，自引：1，他引：1  

吕爱军  胡秀彩  朱静榕  薛军  王艺  程超 《水产学报》2012,36(3):359-366

从草鱼肠道中分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特征和16S rDNA序列分析等鉴定为弗氏柠檬酸杆菌,动物试验结果表明,该菌对斑马鱼有致病性;从感染诱导的斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片(affymetrix)杂交筛选分析,获得斑马鱼皮肤免疫相关差异表达基因88个,其中有74个上调表达基因和14个下调表达基因;进一步根据基因功能聚类(GO)分析,初步将88个差异表达基因分为8个生物学功能,其中主要参与补体激活、急性期反应、应激防御反应、细胞凋亡、抗原加工提呈、细胞迁移粘附、凝血因子和血小板激活等免疫应答过程;同时进行信号通路(pathway)分析,结果表明MAPK(hsp70、daxx、nfkbiab)、JAK/STAT(ifn1)和TGF-β(thbs1)等信号通路参与斑马鱼皮肤抗弗氏柠檬酸杆菌感染免疫应答。采用基因芯片方法筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,为将来以斑马鱼为模型研究鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制提供科学依据。  相似文献   

生物芯片应用与发展     

张雯龙  潘连富 《热带作物学报》2011,31(9):27-31

生物芯片具有高通量、高信息量、快速、所需样品少等优点,已经成为科学研究的热点之一。本文介绍生物芯片的概念,并综述4种生物芯片的主要应用领域及应用现状,同时分析生物芯片技术中存在的问题。尽管生物芯片受到很多相关技术的制约,但仍具有非常广阔的应用前景。  相似文献