南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵娜  马春艳  宋炜  冯春雷  王鲁民  张凤英  蒋科技  赵宪勇  马凌波 《中国水产科学》2018,25(4):728-736

本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。  相似文献   

基于线粒体COⅠ基因的中国近海棱鳀属鱼类DNA条形码     

宫亚运  章群  曹艳  吕金磊  杨喜书 《水产学报》2016,40(10):1513-1520

为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5'端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T:29.0%,C:26.3%,A:25.3%,G:19.4%,A+T含量(54.3%)高于G+C含量(45.7%),转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%(0.0%~0.4%)和17.7%(15.7%~19.0%)。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebert提出的种间遗传距离(15.7%~18.6%)大于或等于10倍种内遗传距离(0.0%~0.3%)的标准,确定了它们的物种有效性。黄吻棱鳀和中颌棱鳀的种内遗传距离皆为0.1%,与其他4种棱鳀的种内遗传距离处于同一水平;但二者种间遗传距离仅为0.6%,明显低于其他物种间的种间遗传距离,属于一般物种的种内遗传距离范围,表明二者亲缘关系很近;由于外部形态存在一定的差异,且在分子系统树上各为单系,二者可作为同一物种的2个不同亚种处理,但也不排除是2个近期分化形成物种的可能,在资源管理上应作为2个不同的进化显著单位分别加以管理。  相似文献   

松材线虫组DNA条形码筛选   总被引：1，自引：0，他引：1  

何洁  顾建锋 《植物检疫》2016,(1):14-20

本文基于Gen Bank中登录的14种松材线虫组线虫的28S、18S和ITS部分基因DNA序列,利用遗传距离法及分子生物学方法评价其各自作为松材线虫组DNA条形码序列的适用性。结果显示,28S(拟松材线虫不分亚种)、28S(拟松材线虫分亚种)、18S和ITS的基因序列种内成对遗传距离平均值分别为0.0071、0.0030、0.0007、0.0043,种间成对遗传距离平均值分别为0.0476、0.0454、0.0052、0.1556,其中28S、18S基因序列种内及种间距离存在一定程度的重叠,ITS具有一定程度的Barcoding gap。3个基因序列构建的NJ进化树显示,28S、ITS构建的系统进化树具有较高的节点支持率,可以有效将14个松材线虫组线虫分离成独立分支,而且28S可以有效鉴别出拟松材线虫的2个亚种;基于18S基因构建的进化树不能对吉拉尼伞滑刃线虫、日本冷杉伞滑刃线虫、拟松材线虫进行有效区分。因此,28S、ITS区具有一定的遗传距离间隔以及相对较高的物种识别率,可以作为松材线虫组线虫候选条形码基因。  相似文献   

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究     

周池  饶力群  杨华 《湖南农业科学》2016,(5):1-4

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。  相似文献   

基于DNA条形码的我国吴茱萸主要栽培种遗传分析和分子鉴别研究     

吴波  罗光明  李永波  曾金祥 《江西农业大学学报》2016,(2)

采用ITS2和psbA-trnH DNA条形码组合分析我国吴茱萸主要栽培种的遗传背景,并对其进行分子鉴别。获得的ITS2序列全长223 bp,共获得7个差异位点,其中特异性鉴别位点2个;psbA-trnH序列全长419 bp,获得特异性鉴别位点3个。基于ITS2碱基序列采用邻接法构建系统聚类树,结果表明:吴茱萸、石虎和疏毛吴茱萸的遗传背景差异较为明显,且吴茱萸与石虎的亲缘关系更为接近;嫁接可以使吴茱萸的遗传背景发生较大的变异;并且序列特异性位点可以准确有效地对吴茱萸正品和伪品进行鉴别。  相似文献   

白条天牛DNA条形码鉴定技术   总被引：1，自引：0，他引：1  

禹海鑫  徐梅  徐宁  孙民琴  安榆林 《福建林业科技》2016,(2)

白条天牛属(鞘翅目:天牛科)昆虫是口岸植物检疫工作中多次截获的类群,为探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mt DNA COI)基因的特定区段作为DNA条形码鉴定白条天牛种类的可行性,尝试应用该技术对国内外13种白条天牛进行分子鉴定,测定各种类mt DNA COI基因序列(其中10种检疫性白条天牛COI基因序列为国内外首次测序)并进行比对,采用MEGA 5.05构建系统进化树。结果表明:基于mt DNA COI基因的DNA条形码技术可实现对白条天牛种类快速、准确的鉴定。  相似文献   

黑麦草属DNA条形码鉴定技术研究     

李阳  吴申懋  陈沁 《植物检疫》2014,(6)

以毒麦、田毒麦、多花黑麦草、多年生黑麦草、硬直黑麦草、高羊茅与狗牙根等禾本科的7种植物为材料,拟采用 DNA 测序、特异性位点比对、种间遗传距离测定、建立系统树等分析候选 DNA 条形码 psbA-trnH 鉴别黑麦草属常见植物的能力。实验结果表明,以 psbA-trnH 为 DNA 条形码时,建立的系统发育树能较好区分毒麦和田毒麦与其他几种植物。psbA-trnH 序列可以作为黑麦草属植物的潜在条形码。  相似文献   

南极鱼亚目鱼类DNA条形码及分子系统学     

姜郦轩  张吉昌  樊钢洲  李昂  柳淑芳  庄志猛 《中国水产科学》2021,28(11):1396-1405

以南极海域“南极海洋生物资源养护委员会”(the Commission for the Conservation Antarctic Marine Living Resources, 简称 CCAMLR) 48.1、48.2 和 48.3 亚区的南极磷虾(Euphausia superba)渔业兼捕所得 97 份南极鱼样品为研究对象, 经形态学特征分析和 DNA 条形码将其鉴定为南极鱼亚目 4 科 17 属 17 个有效种, 其中依据形态学特征只鉴定出 6 个物种, 其余 11 个物种则依据 DNA 条形码得到准确鉴定。可见, 在形态学鉴定经验不足或样品形态不完整的情况下, DNA 条形码可以有效的实现物种鉴定。继而, 分析了南极鱼类 97 条 DNA 条形码的碱基组成特征, 发现 GC 含量第一密码子最高且第二密码子最低可能为南极鱼亚目类群的特有现象, 但其生物学意义尚有待于进一步研究。将本研究采集的南极鱼亚目 17 种鱼类与 BOLD 筛选的 64 种鱼类的 DNA 条形码合并, 构建了南极鱼亚目 4 科 39 属 81 种鱼类的系统关系树, 这是迄今为止包含种类最多的南极鱼亚目鱼类分子鉴别和系统进化关系分析。遗传距离和系统关系树分析进一步证明 DNA 条形码对于南极鱼类物种鉴定的适用性与可行性, 另外还发现南极鱼亚目鱼类的个别物种其分子系统关系与形态学分类地位不一致。本研究结果证实了 DNA 条形码技术对南极鱼亚目分类群的识别效率, 弥补了传统形态学鉴定方法的局限和不足, 丰富了南极鱼类 DNA 条形码数据库, 为南大洋鱼类多样性与适应性进化研究奠定基础, 同时为南极渔业资源保护和可持续开发利用提供科学依据。  相似文献   

银鲳形态特征与DNA条形码研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

李渊  宋娜  KHAN Fozia Siyal  柳本卓  高天翔 《水产学报》2013,37(11):1601-1608

鲳属鱼类广泛分布于中国沿海,为重要经济鱼种,鲳属鱼类因外部形态存在较大的相似性,分类一直存在分歧。本研究于2010年10月—2012年9月采集科威特(科威特北部海域)、巴基斯坦(松米亚尼湾、奥尔马拉和伯斯尼)、北部湾和台湾近海的银鲳样品,对其形态特征进行重新描述,并对其DNA条形码开展了研究。银鲳的主要形态特征为背鳍Ⅶ-Ⅷ-39～43;胸鳍21～29;臀鳍Ⅴ-Ⅵ-35～41;尾鳍26～28。鳃耙细弱、稀疏,2～3 8～9=10～12。头部后上方侧线管的横枕管丛和背分支丛后缘呈浅弧形,腹分支丛较背分支丛略长,向后延伸未达背鳍起点,呈峨眉状。脊椎骨数37～38。结合GenBank中所有拉丁学名为Pampus argenteus的COⅠ基因进行同源序列比较发现,所有个体单倍型明显分为4个组群,而从氨基酸遗传差异和组群间遗传距离可以看出,4个组群应为不同的有效种;GenBank中只有FJ384702与本研究序列结果相近。本研究描述了银鲳形态特征,并给出其正确的COⅠ基因DNA条形码序列,为深入开展鲳属鱼类的分类研究奠定了基础。  相似文献   

基于条形码技术的新型抄表信息盒     

张立鹏 《农村电气化》2012,(5):49-50

1选择课题根据河北省电力公司要求,为保证抄表、核算、收费的有效分离,隆尧县供电公司扎实开展了集中抄表工作。抄表中心负责公司营业区域内215859块电能表的抄录工作,为防止估抄、漏抄现象的发生,近些年实行了扫描条形码抄表。1.1问题的提出  相似文献