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群体结构是引起关联分析假阳性的最主要因素。本研究基于25个EST．SSRs位点,分析了283份橡胶树魏克汉种质群体的哈迪-温伯格平衡和群体分层情况。结果表明,在被检查的25个位点中13个位点偏离哈迪一温伯格平衡;在共祖系数为50％、600／0、700／0~11800／o时,283份种质中具有明确亚群归属的分别只有155份、110份、61份和22份,分别占总种质的54．78％、38．87％、21．55％和7．78％。同时,25个多态位点共形成了300个位点组合,20个位点组合（6．670／01呈显著的连锁不平衡状态,其中5个位点组合（1．67％）达到极显著连锁不平衡。由上可知283份橡胶树魏克汉种质所构成的群体具有一定的群体分层,但分化程度较小,可用于关联分析。 相似文献
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利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P<0.01)。在38个相关标记中,有27个标记与体重相关,25个标记与体厚相关,14个标记与体重、体厚均相关。对同一标记的不同基因型之间进行多重比较,找到了与两种经济性状相关的基因型。将与性状相关的38个标记与斑马鱼(Da-nio rerio)基因组序列进行BLAST同源性比对,找到10条相似性高且功能已知的EST-SSRs序列(EEST-SSRs标记及基因型并找到了与鲫生长相关的候选功能基因,为鲫的分子标记辅助育种(MAS)及目标性状的遗传改良提供依据。 相似文献
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小麦EST-SSRs分子标记的特性及其遗传作图 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解普通小麦EST来源的微卫星的多样性,从大约1 000个包含微卫星的ESTs中设计了300对引物,研究和评估了它们的多态性水平,并且将多态性标记加入到现有的遗传图谱中.在五种不同类型的重复单元中,三个碱基的重复单元出现最多,占到77%.几乎所有的EST SSRs标记(99.3%)的重复单元都含有G-C碱基对.37.4%的微卫星都是四次重复.对于扩增和多态性,300对引物中有60对没有扩增,21.3%的扩增引物没能产生预期的扩增片断.58%的标记至少在所用8个材料的一个中显示出多态性.W7984和Opata组合表现出最高的多态性水平.大多数普通小麦EST-SSRs标记的重复次数小于10,并且4次重复是最为普遍的.81个新的EST-SSR位点被添加到两个已有的参照遗传图谱中(62个加到ITMI,19个加到CTCS).研究结果表明小麦EST-SSRs标记展示了一些不同于基因组微卫星的特异特征,在标记发展和其他遗传应用中,这就使得它们能够成为一种非常有价值的资源. 相似文献
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ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ESTs序列,在其中257条序列中检测到279个SSRs位点,检出率为5.2%。全部SSRs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15～36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总SSRs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3～6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267～0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ESTs序列进行SSRs的开发是一种切实有效的方法,为EST-SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。 相似文献
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从NCBI的dbEST数据库中下载假臭草同族植物的EST序列,经EST序列处理及SSR位点查询,首次设计了27对假臭草EST-SSRs引物,以海南省文昌市假臭草DNA为模板,采用单因素和L16(45)正交试验对其EST-SSRs PCR反应体系进行优化。建立了假臭草EST-SSRs最佳20μLPCR反应体系:Mg2+浓度为2.75 mmol/L,模板DNA用量为35 ng,Tag DNA聚合酶为2.25 U,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,引物浓度为0.6μmmol/L。并用14个不同来源的假臭草样本对其体系进行验证实验,结果均能获得稳定的、清晰明亮的扩增谱带。假臭草EST-SSRs标记的开发为深入研究其遗传多样性提供了基础。 相似文献
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用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构 总被引：4，自引：0，他引：4
从鲤鱼ESTs的数据库（10691个）中进行微卫星序列筛选，共发现微卫星序列127个，占整个ESTs数据库的1.19%，另外从本研究室构建的鲤鱼脑组织cDNA文库中筛选到微卫星序列20个。根据筛选得到的微卫星序列设计引物68对，合成引物40对，其中27对引物能够获得预期的目的片段，20对引物在所检测的群体内及群体间表现出多态性。用此20个多态性标记分析了长江鲤和黑龙江鲤的群体遗传结构，结果表明：长江鲤和黑龙江鲤在多数位点表现出较高的遗传多样性，20个位点的平均有效等位基因数分别为3.9135、3.4820；平均观察杂合度为0.6067、0.5667；平均期望杂合度为0.6737、0.6194；平均多态信息含量为0.6308、0.5714。长江鲤的遗传结构好于黑龙江鲤，两个群体的Hardy-Weinberg偏离指数较小，群体基本保持平衡，群体结构较合理；其中HLJE1、HLJE10位点在长江鲤和黑龙江鲤的扩增结果相差较大，长江鲤的多态性明显高于黑龙江鲤，位点多态信息含量相差一倍以上，可用于群体的鉴别。 相似文献
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Listada de Gandía is one of the most renowned Spanish eggplant (Solanum melongena L.) landraces. Assessing its genetic diversity and relationships, as well as devising tools for its identification, is of great relevance for the enhancement and protection of this landrace. Forty-two eggplant accessions, which included 25 Striped accessions, of which 19 were of the Listada type (six accessions of Listada de Gandía, eight of Other Spanish Listada, and five of Non-Spanish Listada) and six of the Other Non-Spanish Striped group, and 17 Non-Striped accessions were characterized with 17 genomic SSRs and 32 EST-SSRs. Genomic SSRs had, as a mean, a greater polymorphism and polymorphic information content (PIC) than EST-SSRs. Although Listada de Gandía proved to be genetically diverse, specific and universal alleles for two SSR markers were found for this landrace. All the Listada accessions cluster together in the multivariate PCoA and UPGMA phenograms performed, and are separated from the Other Non-Spanish Striped and Non-Striped accessions. Also, Listada de Gandía accessions were clearly differentiated from the Other Spanish Listada and Non-Spanish Listada accessions in these analyses. SSR markers revealed of great utility to obtain a specific fingerprint for the Listada de Gandía eggplant as well as to establish the uniqueness and distinctness of this landrace. This information will be very helpful for the enhancement and protection from imitation of Listada de Gandía, and contributes to support its potential recognition with a Protected Designation of Origin (PDO) status. 相似文献
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橡胶树魏克汉(Wickham)种质是指1976年英国人魏克汉在亚马逊河下游与塔帕若斯(Tapajos)河汇合处的博因(Boim)采集并培育46株母树繁殖的后代中选出的初生代及其后杂交的次生代至多生代栽培品种。本研究利用25对EST-SSRs引物,对中国热带农业科学院橡胶研究所国家橡胶树种质资源圃中保存的来自6个国家的278份魏克汉种质进行遗传多样性和遗传分化分析。种质总群体共检测出等位变异103个,平均等位基因数(Na)4.12个,稀有等位基因占全部等位基因的14.56%;平均期望杂合度(He)值和Nei平均多样性指数(H)值分别为0.4108和0.4100;聚类分析得到种质个体间的遗传距离(GD)为0~1.1632。不同国家种质群体间的遗传多样性指数(H)值:巴西斯里兰卡印度尼西亚中国马来西亚泰国,但经SPSS非参数检验表明6个国家群体之间的种质遗传多样性水平差异并不显著;不同国家种质群体间的遗传一致度(GI)为0.9812~0.9869,与中国种质的亲缘关系最近的是印度尼西亚、其次马来西亚、泰国、斯里兰卡、巴西;仅3%的遗传变异来源于不同国家种质群体间,不同国家种质间的平均基因流(Nm)为4.463,大而通畅的基因流是橡胶树6个国家群体间遗传分化水平很低的主要原因。研究结果表明,中国国家橡胶树种质资源圃保存的魏克汉种质的遗传多样性较差,但通过EST-SSRs可检测到丰富的稀有等位基因。虽然不同国家种质交流频繁,导致种质之间和不同国家来源种质之间遗传距离非常近,但是,种质之间和不同国家来源种质之间依然存在一定的遗传分化,特别是巴西种质与中国种质遗传距离最远,基因流最小,遗传多样性最为丰富。 相似文献
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K.?ChabaneEmail author G.?A.?Ablett G.?M.?Cordeiro J.?Valkoun R.?J.?Henry 《Genetic Resources and Crop Evolution》2005,52(7):903-909
Genetic variation present in wild and cultivated barley populations was investigated using two sources of microsatellite also
known as simple sequence repeat (SSR) markers. EST-SSRs are derived from expressed sequences and genomic SSRs are isolated
from genomic DNA. Genomic SSR markers detected a higher level of polymorphism than those derived from ESTs. Polymorphism information
content was higher in genomic SSRs than EST-derived SSRs. This study showed that the EST-SSR markers developed in cultivated
barley are polymorphic in wild and cultivated varieties and produced high quality markers. Ten of these functional markers
were polymorphic across the accessions studied. EST markers indicated clearer separation between wild and cultivated barley
than genomic SSRs. The EST-SSRs are a valuable source of new polymorphic markers and should be highly applicable to barley
genetic resources, providing a direct estimate of functional biodiversity. 相似文献