青稞转录组SSR位点及其基因功能分析     

徐金青  夏腾飞  王蕾  王寒冬  张怀刚  刘登才  昌西  沈裕虎 《麦类作物学报》2017,(2):175-184

为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型,通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明,在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点,SSR发生频率为16.49%,平均每6.63kb出现1个SSR位点,共有119种重复基元(motif)。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元(64.19%),其次是二核苷酸重复基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~25bp,平均长度为21.15bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对,分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。  相似文献   

小麦重要农艺性状在四川和青海两地的表型变异规律   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

高亚婷  刘登才  张怀刚  张波  刘宝龙  李红琴  王延谦  赵德勇 《西北农业学报》2013,22(2):18-23

以3个遗传群体（2套DH群体，1套RIL群体），共435个稳定品系为试材进行表型变异规律研究。结果表明，四川点3个群体的株高、穗长、小穗数、小穗着生密度平均值比青海点分别高5.6~7.6 cm、2.8~3.7 cm、4.0~4.9个、0.1 cm/个，而青海点的千粒质量比四川点高6.2~28.3 g。除个别品系外，四川点的穗长和小穗数高于青海点，而青海点的千粒质量高于四川点。对株高而言，当株高大于四川点的平均值时，除个别株系外，四川点的株高都高于青海点。同时，RIL与2个DH群体在两地的株高分布存在差异，即RIL群体中有更高频率的品系在青海的株高高于四川点，这可能是RIL群体存在的矮秆基因在两地的表达差异所致。  相似文献   

小麦Glu-1D位点HMW-GS近等基因系创制及对品质的影响     

蒋云  张连全  郝明  范超兰  甯顺腙  姜博  杨苗苗  张洁  吕季娟  刘登才 《四川农业大学学报》2023,(6):981-987+1007

【目的】编码高分子量麦谷蛋白亚基（HMW-GS）的Glu-D1位点对面粉加工品质的影响大。其中，5+10和2+12是Glu-D1位点最常见的2个等位基因。为了分析这2个亚基组合在四川小麦品质育种中的利用价值。【方法】创制了综合农艺性状优良的近等基因系蜀麦1764A（具有5+10）和蜀麦1764B（具有2+12）。【结果】单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）分析表明，二者主要的遗传差异位于1D染色体的403～414 MB区间，且该区间包含了Glu-D1位点。四川省多点试验和区域试验表明，二者的田间农艺性状和产量无显著差异，能够排除田间性状差异对品质分析带来的干扰。品质参数分析表明，5+10和2+12亚基差异不会对小麦籽粒蛋白质含量产生显著影响，但是前者提高了面筋强度、降低了延伸性。对于面包和馒头品质，5+10亚基优于2+12亚基。但是，对于面条品质，2+12亚基优于5+10亚基。5+10和2+12亚基差异没有影响饺子和饼干的加工品质。【结论】在面包和馒头品质改良中应采用5+10亚基，但是在面条小麦育种中应优先采用2+12亚基。  相似文献   

四倍体小麦Langdon HMT1基因的克隆及原核表达          下载免费PDF全文

吴丽军  尚玥  刘韬  陈文杰  刘宝龙  张连全  刘登才  张波  张怀刚 《麦类作物学报》2017,(9):1139-1147

硒是人类不可缺少的重要微量元素之一,人类必须补充足够的硒才能保证身体健康。同型半胱氨酸甲基转移酶(homocysteine-S-methyltransferase,HMT)基因与植物富硒关键酶硒代半胱氨酸甲基转移酶(selenocysteine methyltransferase,SMT)基因同源。为了发掘并利用麦类作物中的富硒关键酶基因,基于NCBI已公布的节节麦(Aegilops tauschii Coss.)同型半胱氨酸甲基转移酶1基因(AetHMT1)的序列设计HMT1基因的特异性引物H1-F/H1-R,克隆四倍体小麦Langdon HMT1的开放阅读框(open reading frame,ORF)后进行序列分析,并通过原核表达验证该基因。结果表明,利用H1-F/H1-R从四倍体小麦Langdon(LDN)克隆出两条长度均为975bp的序列,分别命名为LDNHMT1-1和LDNHMT1-2。LDNHMT1-1、LDNHMT1-2与AetHMT1基因一样,均编码342个氨基酸,分子量大小分别为35.19kDa和35.18kDa。通过氨基酸序列比对和进化树分析发现,LDNHMT1-1、LDNHMT1-2与其他HMT、SMT有较高的相似性。构建原核表达载体,并通过SDS-PAGE鉴定,成功获得LDNHMT1-1、LDNHMT1-2的原核表达菌株,且原核表达的蛋白质与预测分子量大小一致。  相似文献   

66份青海审定小麦及86份人工合成小麦抗秆锈病小种Ug99的基因组成分析          下载免费PDF全文

刘韬  尚玥  张波  刘宝龙  陈文杰  张连全  刘登才  张怀刚 《西北农业学报》2017,(4):523-532

为了分析抗秆锈病小种Ug99的基因在青海审定小麦和新合成的人工小麦中的分布状况,采用6个抗Ug99基因(Sr33、Sr36、Sr39、Sr40、Sr42、Sr43)的分子标记对青海省审定的66个小麦品种及86份人工合成小麦材料进行检测。结果表明:在青海审定的66个小麦品种中,有4个品种含Sr33,占检测品种数的6.06%;1个品种含Sr39,占检测品种数的1.52%;5个品种含Sr40,占检测品种数的7.58%;4个品种含Sr42,占检测品种数的6.06%;3个品种含Sr43,占检测品种数的4.55%;同时含有2个抗性基因的品种仅有2个,占检测品种数的3.03%。在86份合成小麦材料中,有38份材料含Sr33,占检测材料的44.19%;31份材料含Sr39,占检测材料的36.05%;9份材料含Sr40,占检测材料的10.47%;3份材料含Sr42,占检测材料的3.49%;6份材料含Sr43,占检测材料的6.98%;同时含有2种抗性基因的材料有17份,占检测材料的19.77%。在66个小麦品种和86份人工合成小麦材料均未检测出Sr36。人工合成小麦提供Ug99抗病基因资源,对改良普通小麦Ug99抗病性具有潜在价值。  相似文献