H1N1猪流感病毒广西分离株HA基因序列分析     

颜健华  梁丹洁  李春英  徐贤坤  胡巧云  孙翔翔  何奇松  熊毅 《广西农业科学》2013,(7):1196-1200

【目的】了解H1N1猪流感病毒广西分离株的分子特征,为广西猪流感疫情监控提供参考依据。【方法】采用RT-PCR对2011年分离获得的H1N1猪流感病毒广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）的HA基因进行扩增,然后利用DNASTAR分析软件对测序基因片段进行整个阅读框架的核苷酸序列及其推导氨基酸序列同源性比对分析,并用MEGA4.0绘制遗传进化树。【结果】广西分离株HA基因长1701bp,编码566个氨基酸,核苷酸序列与经典SIV的同源性为88.0%~99.6%,与季节性H1N1人流感病毒的同源性为76.3%~77.3%,与欧洲类禽SIV分离株的同源性为72.9%~75.4%,与2009甲型H1N1流感病毒的同源性为99.2%~99.6%;从核苷酸遗传进化树可知,广西分离株与类禽H1N1流感病毒和人H1N1流感病毒分离株的亲缘关系较远,而与2009甲型H1N1流感病毒分离株的亲缘关系最近。广西分离毒株HA基因的裂解位点序列为IPSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子生物学特征;共有8个糖基化位点,其中6个位于HAl区,两个位于HA2区;广西分离株HA蛋白RBS位点的氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。【结论】广西分离株（A/swine/Guangxi/1/2011）属于2009甲型H1N1流感病毒。  相似文献   

2株广西猪源H9N2亚型流感病毒遗传进化及生物学特性分析          下载免费PDF全文

孔子荣  李三木  何奇松  曾咏芳  杨可妍  冯淑萍  孙翔翔  熊毅  颜健华 《南方农业学报》2020,51(9):2304-2310

[目的]明确广西猪源H9N2亚型流感病毒的遗传特征及分子生物学特性(抗原性、耐药性和致病性),为广西猪源H9N2亚型流感病毒的防控提供科学依据.[方法]以分离自广西百色地区的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)为研究对象,运用RT-PCR扩增其全基因组的8个基因片段(HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因),经克隆测序后进行核苷酸序列及氨基酸位点分析.[结果]2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的核苷酸序列开放阅读框(ORF)分别是PB2:2280 bp、PB1:2274 bp、PA:2151 bp、HA:1683 bp、NP:1497 bp、NA:1410 bp、M:982 bp和NS:838 bp.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组仅M基因核苷酸序列与猪源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,而HA、NA、NP、NS、PA、PB2和PB1基因核苷酸序列均与禽源H9N2亚型流感病毒的相似性较高,在基因型分类上属于G57基因型,为我国广泛流行的H9N2亚型基因型.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒的HA蛋白发生R180Q、T213A、D216E、M224L、N285S和V287T突变,NA蛋白抗原决定簇S331V、W403S和Q431K也发生突变;NA蛋白在N2亚型的耐药性关键位点119E、151D、292R、276E和294N位点未发生突变,但在NA蛋白抗原区存在S331V、K367E和Q432K突变,且M2氨基酸位点发生S31N突变.2株广西猪源H9N2亚型流感病毒HA蛋白连接HA1和HA2的氨基酸均为RSSR↓GLF;HA蛋白存在1个因P315S突变而新增的潜在糖基化位点(NCS);NA蛋白未缺失NA潜在糖基化位点,也未出现NA蛋白颈部杆状结构63~65 aa缺失现象,在NA潜在糖基化位点中69、86、146、200和234 aa处非常保守,但发生W402S突变.[结论]从广西百色分离获得的2株猪源H9N2亚型流感病毒(SW/GX/P2/2011株和SW/GX/P3/2011株)虽为低致病力毒株,但在流感病毒基因重组过程中发挥重要作用,且其致病性有增强趋势,已对金刚烷胺类药物产生耐药性.因此,应加强广西地区哺乳动物H9N2亚型流感病毒的监控,并警惕其跨种间传播.  相似文献   

白鹭源禽Ⅰ型副粘病毒L基因的克隆与序列分析     

何奇松  孙翔翔  易春华  蒋家霞  付薇  马琳  熊毅 《南方农业学报》2010,41(5):481-484

根据GenBank中已发表的鹅副粘病毒GPV-SF02株全基因组序列设计5对引物,采用RT-PCR扩增出白鹭源禽Ⅰ型副粘病毒(W13株)L基因的LA(1121 bp)、LB(1481 bp)、LC(1439 bp)、LD(1476 bp)、LE(1608 bp)5个片段,用DNA Star软件比铰分析后进行拼接,获得长约6760 bp包含有L基因全长的核苷酸序列,而W13株L基因的mRNA全长为6704 bp、开放阅读框(ORF)为6615个碱基、编码2204个氨基酸.氨基酸同源性分析表明:W13株L基因与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过97.0%;而核苷酸同源性分析表明:W13株L基因与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的同源性均超过93.0%.可见,W13株与鹅源SF02、ZJl、NA-1株及鸡源Guangxi7株的亲缘关系较近.  相似文献   

广西鹅α干扰素基因的克隆与序列分析     

付薇  蒋家霞  孙翔翔  易春华  何奇松  马琳  徐贤坤  黄胜斌  熊毅 《广西农业科学》2010,41(12):1335-1338

根据GenBank上已发表的东北白鹅α干扰素（IFN-α）基因（AY524422）序列设计1对特异性引物,采用RT-PCR从经鹅副粘病毒（GPMV）刺激培养的鹅外周血淋巴细胞中克隆获得广西鹅IFN-α基因,将其连接pMD18-T载体、转化DH5α感受态细胞后进行序列分析.结果表明,广西鹅IFN-α基因完整的开放阅读框大小为576 bp,共编码192个氨基酸残基,其推导的氨基酸中有7个半胱氨酸残基和2个潜在的糖基化结合位点（NDT和NHT）.与GenBank上已公布的其他IFN-α基因进行同源性比较分析,发现广西鹅IFN-α基因与东北白鹅的同源性最高（核苷酸同源性为98.3%、氨基酸同源性为96.4%）,与鸡、牛、猪、鼠、犬、人等的同源性较低.说明IFN具有种属特异性,且亲缘关系越近同源性越高,这与物种之间的进化亲缘关系一致.  相似文献   

猪瘟病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立   总被引：2，自引：0，他引：2  

马琳  付薇  何奇松  徐贤坤  易春华  孙翔翔  蒋家霞  黄胜斌  熊毅 《广西农业科学》2010,41(11):1223-1225

根据GenBank中5′端非编码区的靶序列设计了用于TaqMan荧光定量PCR的1对引物及TaqMan探针,以猪瘟活疫苗病毒为模板,在常规PCR的基础上优化了TaqMan荧光定量PCR反应条件,建立了猪瘟病毒（CSFV）TaqMan荧光定量PCR检测方法。其敏感性和特异性试验结果表明,所建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法对CSFV具有很高的特异性,其检测灵敏度可达5.03×10-2μg/μL。说明TaqMan荧光定量PCR适用于CSFV的快速检测。  相似文献   

广西壮族自治区部分地区马属动物梨形虫感染的分子流行病学调查     

周庆安  黄胜斌  莫胜兰  胡丽萍  韩银华  何奇松  马琳  钟华训  韦显凯  李剑静  施开创  李军  郭建刚  李健 《中国兽医学报》2022,(1):78-81,94

为了解广西壮族自治区部分地区马属动物携带梨形虫的情况及种类分布,2019-2020年在广西壮族自治区防城港、崇左、百色与河池等地区共采集162份抗凝血,抽提后运用巢式PCR方法扩增18S rRNA基因并进行测序分析,以了解种类情况.结果 显示,防城港、崇左、百色与河池等四地马属动物的马梨形虫平均感染率为26.54％,分...  相似文献   

O型口蹄疫病毒VP1蛋白竞争ELISA诊断方法的初步建立     

何奇松  陈磊  颜健华  冯淑萍  黄胜斌  胡巧云  梁晟  易春华  许瑞胜  韦达有  兰宗宝  熊毅 《福建农业学报》2016,(1):1-6

利用表达的重组融合蛋白pGEX-6P-1-VP1作为抗原,用PET-32a-VP1蛋白免疫家兔获得的阳性血清作为FMDV阳性血清的竞争抗体,建立了检测FMDV抗体的竞争ELISA,并进行了条件优化,利用统计学方法计算竞争ELISA的阳性临界值。结果显示,重组蛋白抗原的最适包被质量浓度为1μg·mL~(-1),待检血清、酶标抗体和高免血清的最佳稀释度分别为1∶40、1∶2000和1∶500;与液相阻断ELISA试剂盒相比较,该方法的敏感性为91.3%,特异性为95.1%,符合率为96.7%。结果表明,该方法敏感性好、特异性强、重复性好,可用于O型FMDV血清抗体水平的检测。  相似文献   

广西种猪场疫病净化的探索     

冯淑萍  郭建刚  熊毅  马琳  胡丽萍  何奇松  韩银华  李军 《广西畜牧兽医》2019,35(1):27-30

动物疫病控制与净化是从源头上控制动物疫病、保障动物源性食品健細主要手段。我国各地将主要动物疫病净化纳入中长期规划动物疫病防治目标。广西积极探索种猪场疫病净化模式,经过多部门十几年持续的共同努力,积累了较为丰富的种猪场疫病净化的经验,取得一定的成效,有效推动动物疫病防控从有效控制到逐步净化的转化,同时在工作中也存在部分问题亟需解决。  相似文献   

两种O型口蹄疫ELISA检测试剂盒的对比     

吕晓丽  姚晓韵  何奇松  冯淑萍  马军  覃雨阳  李雪梅  熊毅  颜健华 《中国动物检疫》2016,33(3):71-73

为比较哪种ELISA试剂盒能够更准确、简便、快捷地检测出口蹄疫病毒抗体,本研究使用液相阻断酶联免疫吸附试验(LB-ELISA)试剂盒和固相竞争酶联免疫吸附试验(SPC-ELISA)试剂盒,对2014年广西各市县动物疫病预防控制中心送检的已免疫过口蹄疫疫苗的猪、牛、羊血清共计1121份进行了检测,对比两种试剂盒的特异性、敏感性、阳性检出率及符合率。检测结果表明,两种口蹄疫ELISA试剂盒的阳性检出率不同,LB-ELISA的阳性检出率比SPC-ELISA高2.4%;LB-ELISA试剂盒对血清抗体滴度水平的要求相比SPC-ELISA试剂盒要低,因此LB-ELISA试剂盒更适合于口蹄疫病毒感染的检测。  相似文献   

2015—2018年广西某巴马香猪场猪瘟病毒流行情况调查     

马琳  谢婷  韦瑛  何奇松  冯淑萍  韦建华 《上海畜牧兽医通讯》2019,(1):30-31

为了解河池市巴马香猪规模场内的猪瘟流行情况,通过RT-PCR方法检测2015—2018年372份病猪样品,其中检测出5份猪瘟病毒阳性样品,经基因扩增、序列测定等试验得到E2基因,并进行核苷酸、氨基酸同源性比对分析。结果显示,本次分离的广西巴马香猪猪瘟GX01毒株属于基因1.1亚群中,与C株是同一个亚群。检测出阳性后该场立刻采取相应措施,制定适合本场实际情况的净化技术方案,之后一年半时间再没有出现猪瘟疫情。  相似文献