牛病毒性腹泻病毒NS3蛋白的生物信息学分析及多表位筛选     

何金科  杨亚军  邓肖玉  何延华  张超  马忠臣  王勇  陈创夫 《中国畜牧兽医》2019,46(12):3475-3485

本研究旨在对牛病毒性腹泻病毒（BVDV）NS3蛋白进行生物信息学分析及T细胞和B细胞表位的筛选。从GenBank数据库中找到NS3蛋白的氨基酸序列，用Expasy ProtParam在线服务器分析所得序列理化性质。使用TMHMM Server分析跨膜结构域，使用DNAStar软件预测NS3蛋白的二级结构，为了更准确地预测蛋白质的二级结构，使用SOPMA分析软件进行了二次预测。使用Phyre2在线服务器预测NS3蛋白的三级结构，并用Raswin软件标出各个元素所处的位置。使用4种预测软件（BCPREDS、ABCpred、BepiPred和SVMTriP）分析NS3蛋白的线性B细胞表位，使用NetMHCⅡpan预测CD4⁺ T细胞表位，使用NetBoLApan和IEDB预测CD8⁺ T细胞表位，将所得到的结果进行T细胞和B细胞表位筛选。结果表明，NS3蛋白质由683个氨基酸组成，分子质量为75 ku，理论等电点（pI）为8.31，化学式为C₃₃₄₇H₅₃₄₆N₉₁₆O₁₀₀₉S₂₈，不稳定系数为35.93，平均亲水性（GRAVY）值为-0.267，表明NS3为稳定性亲水蛋白质。TMHMM结果显示，NS3蛋白不具有跨膜结构域。SOPMA结果表明，在NS3蛋白的二级结构中，α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别约占30.75%、22.55%、8.35%和38.35%，用DNAStar软件分别标出了α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所处的位置。运用4种不同的B细胞预测软件筛选出8个线性表位：12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525和665-679位氨基酸。用NetMHCⅡpan筛选出4个T细胞表位：248-262、315-320、400-414和482-496位氨基酸。本研究为BVDV NS3蛋白优势抗原的筛选提供了理论依据。  相似文献   

RNA干扰及其在寄生线虫研究中的应用     

陈南颖  何延华  薄新文  王新华 《中国畜牧兽医》2011,38(2):64-67

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牛Toll样受体实时荧光定量PCR检测方法的建立   总被引：1，自引：1，他引：0  

韩猛立  黄新  何延华  宋天增  薄新文  钟发刚 《农业生物技术学报》2011,19(3)

建立检测牛Toll样受体(TLRs)mRNA表达水平的SYBR GreenI实时荧光定量PCR方法.根据GenBank中BoTLR-2、3、4、5、7、8和10的基因序列,在其保守区设计并合成各自特异性引物,以牛3-磷酸甘油脱氢酶基因(GAPDH)为内参,建立实时荧光定量PCR方法.结果表明,在1×102～1×109 copies/μL范围内,BoTLRs和GAPDH基因的Ct值与阳性质粒的浓度均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.991.溶解曲线分析表明,产物为特异的单峰,具有较高的灵敏度和特异性.重复性结果表明,TLRs和GAPDH基因阳性质粒,最小检出浓度达到100和10 copies/μL,组内、组间变异系数值均保持在3.5%以内.临床样品检测结果表明,TLR3和TLR8 mRNA水平在诱导培养早期较高,在4 h达到高峰,而TLR4和TLR7水平与之相反,在诱导培养后期较高,在24 h达到高峰,表明本研究所建立的检测方法成功用于临床样品的检测,为在mRNA水平对BoTLRs的定量分析提供技术平台.  相似文献   

犊牛耐药性大肠杆菌的分离鉴定     

康立超  黄新  何延华  吴卫民  钟发刚  薄新文 《新疆农垦科技》2010,33(2):53-54

<正>近两年,石河子地区某牛场连续出现1月龄犊牛发病死亡,最近一批犊牛发病率为56%,致死率为50%。其临床症状:病初精神沉郁,腹泻下痢。病理变化:小肠粘膜大量出血,其它脏器无明显变化。通过对病死牛采集的病料进行实验室诊断,确诊为大肠杆菌感染,现将结果报告如下。1材料与方法  相似文献   

扩展莫尼茨绦虫不同体节CREB和PICK基因mRNA转录水平研究     

王正荣  薄新文  赵文娟  何延华  康立超  王新华 《西北农业学报》2013,22(11):178-182

为研究CREB和PICK在扩展莫尼茨绦虫不同体节的mRNA转录水平, 以beta Tubulin基因作为内参基因,采用SYBR Green real time RT PCR方法检测该基因在扩展莫尼茨绦虫4个不同发育阶段即头节、幼节、成节、孕节中的表达差异。标准曲线分析显示,CREB、PICK基因和beta Tubulin基因标准质粒实时定量扩增Ct值与标准质粒的质量浓度均呈良好的线性关系,相关系数均大于 0.99;熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰,具有较高的特异性。同时结果还显示,CREB以及PICK基因在虫体各发育阶段中的表达丰度存在差异。CREB基因在扩展莫尼茨绦虫头颈节、幼节、成节和孕节的表达水平依次呈上升趋势,而PICK基因在扩展莫尼茨绦虫成节以及孕节的表达水平较高。  相似文献   

牦牛IL-4基因的克隆及其遗传演化关系分析     

何延华  房永祥  陈国华  段风云  王生富  李小庆  景志忠 《动物医学进展》2008,29(8)

克隆牦牛白细胞介素-4（IL～4）基因,并对其进行遗传演化分析。从刀豆素（ConA）和脂多糖（LPS）联合刺激培养的牦牛外周血淋巴细胞提取总RNA．利用RT—PCR方法扩增牦牛IL-4全长cDNA,将其克隆到pMD18～T载体上,测序后进行序列分析。成功克隆到牦牛IL-4基因全序列,序列分析表明,克隆的牦牛IL-4基因序列与GenBank所登录的牛IL-4核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别这99．8％和100％,与人、猕猴、猪、山羊、马等物种的核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别在44．4％～96．3％和27．4％～91．1％之间。在国内首次成功地从牦牛外周血淋巴细胞中克隆到IL-4的基因,其ORF为408bp,推导编码135个氨基酸。  相似文献   

疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的诊断报告   总被引：1，自引：1，他引：0  

黄新  康立超  韩猛立  何延华  钟发刚  薄新文 《新疆农业科学》2011,48(9):1747-1751

[目的]对一例发生于新疆沙湾某集约化猪场疑似仔猪多系统衰竭综合征( PMWS)的病原进行诊断,为进一步防治该病提供依据.[方法]使用临床剖解、细菌分离、PCR、RT - PCR等方法,同时对PCR产物进行了克隆、测序.[结果]该病的发生是由猪圆环病毒2型(PCV -2)、猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV)、猪肺炎支原体等病原共感染引起的.[结论]该猪场已经存在PMWS的主要病原,是导致仔猪死亡的主要原因.  相似文献   

应用RNA干扰技术抑制捻转血矛线虫H11基因研究     

张平  何延华  王新华  薄新文  陈南颍  韩猛立 《新疆农业科学》2013,50(4):744

[目的]为了检测RNAi沉默H11基因能否模拟H11疫苗免疫效果.[方法]针对H11基因序列设计并合成特异性dsRNA,通过浸泡方式分别将dsRNA导入捻转血矛线虫感染性L3期幼虫体内,利用实时荧光定量PCR分析H11基因在L3期幼虫中的转录抑制效果,同时,将H11-dsRNA浸泡L3期幼虫24 h后感染绵羊,定期采集绵羊粪便检查虫卵数,第30 d后剖检绵羊皱胃,检查荷虫数的变化.研究H11基因的沉默对捻转血矛线虫减虫率和减卵率的疫苗免疫效果.[结果]实时荧光定量PCR检测表明:试验组中H11基因的相对含量显著低于对照组(P＜0.01),在浸泡72 h后,H11-dsRNA组基因的表达量仅为对照组的21.33;.绵羊体内干扰沉默效果显示,试验组H11干扰组虫卵减少率为41.02;,减虫率为39.6;.[结论]研究通过浸泡法导入的dsRNA能有效抑制H11基因的转录,同时H11基因的沉默与幼虫的发育密切相关,为捻转血矛线虫及其它寄生线虫的基因功能研究提供一种新的方法.  相似文献   

BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3生物信息学分析     

张倩  何延华  韩猛立  黄新  张星星  吴桐忠  钟发刚  王震 《黑龙江畜牧兽医》2020,(7)

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牛病毒性腹泻病毒BVDV-LC株的分离与鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

马旭升  何延华  盛金良  黄新  丁金花  豆晓霞  刘贤侠  陈创夫 《中国预防兽医学报》2018,(6)

为分离鉴定新疆地区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)流行株,本研究通过RT-PCR检测、细胞分离培养、直接免疫荧光抗体检测、核苷酸序列测定及生物信息学分析对新疆某奶牛场采集的腹泻牛粪便样品进行了病毒分离和鉴定。结果显示,分离得到一株新的牛源BVDV,命名为BVDV-LC株。该病毒株在MDBK细胞培养时未能引起细胞病变;5'-UTR与N~(pro) PCR扩增为阳性,扩增片段与预期大小一致;直接免疫荧光检测荧光信号为阳性;病毒滴度为10~(5.6) TCID_(50)/0.1 mL;遗传进化分析显示,该分离株与猪源BVDV-SD0803株有较近的亲缘关系,同属于BVDV-1q基因亚型。本研究表明BVDV-LC株的分离鉴定对进一步开展疫苗研发、牛病毒性腹泻致病机理等方面的研究具有重要意义。  相似文献