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近年来,环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)在水生生态系统生物多样性评估等相关领域中得到广泛应用,因其具有快速测算群落中物种丰度的潜能,eDNA宏条形码技术成为资源保护和管理中颇具应用前景的调查工具。虽然大量证据表明eDNA高通量测序获得的reads数与自然环境中生物相对数量具有相关性,但一直不能得到明确的量化关系结果。eDNA的富集、扩增过程中的偏倚等诸多不确定因素,制约了该技术在生物资源调查领域的推广应用。假定水体中的eDNA全部回收,且PCR扩增时不存在引物偏倚性,这种理想状态下的水体中eDNA组成与其高通量测序reads数是否存在线性关系?为此,本研究在实验室可控条件下,选择2个同属近缘的凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)和墨吉对虾(Penaeus merguiensis),对其DNA样品进行不同比例混合,模拟从自然水体中富集到的eDNA复合样品,既保证了样品的回收率,又降低了引物偏倚的干扰。以此为模板,探究eDNA宏条形码技术检测种群相对数量的准确性。结果显示,当2个物种DNA模板浓度比例为1∶1时,高通量测序结果注释得到的2个物种reads数比值为13/24(墨吉对虾/凡纳滨对虾),可见,即使是同属近缘种间依然存在轻微的引物偏倚现象,引物偏移率为1.5%。同时,根据7个实验组获得的高通量测序结果注释得到的2个物种reads数比值与对应模板中2个物种DNA浓度比值之间的线性回归分析表明,水体中eDNA组成与其高通量测序reads数间呈明显线性关系,即y=0.0716x+0.7043 (r²=0.9824)。综上所述,本研究为验证eDNA宏条形码技术监测水生生物资源量的可行性提供了直接证据,也为后续DNA宏条形码技术的定量研究提供了思路。 相似文献
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基于转录组454 GS FLX测序结果,利用RACE和RT-PCR技术克隆了海蜇(Rhopilema esculentum) Notch基因的cDNA全长,并分析了其mRNA在海蜇不同发育阶段的表达差异,以探讨Notch基因对海蜇无性生殖的影响.结果显示,海蜇Notch基因的cDNA全长为6768 bp,包括90 bp的5'非编码区、6066 bp的开放阅读框及612 bp包含AATAAA加尾信号的3'非翻译区.SMART分析表明,海蜇Notch为分泌蛋白,其信号肽由21个氨基酸组成.成熟肽由2000个氨基酸组成,包括37个结构域、26个表皮生长因子样结构域、3个富含半胱氨酸的Notch/Lin-12(NL)结构域、1个NOD结构域、1个NODP结构域、1个跨膜结构域和6个锚蛋白结构域ANK,并含有25个N-糖基化位点.同源分析表明,海蜇Notch与来自刺胞动物门的海葵(Nematostella vectensis)的Notch相似性为39%,与无脊椎动物和脊椎动物的氨基酸相似度分别为35%-37%和34%-38%.RT-PCR分析表明,Notch基因在海蜇无性繁殖的4个发育时期均有表达,螅状体阶段的表达量最高,横裂体阶段表达量最低,螅状体的表达量是横裂体的1.85倍.这些研究结果为进一步研究Notch信号通路在海蜇无性繁殖中的调控作用奠定了基础. 相似文献
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为揭示金乌贼(Sepia esculenta)早期发育阶段内壳生长发育规律和形态学特征,本研究采集其红珠与黑珠期、心跳期、出膜期、初孵化幼体、5日龄、10日龄6个时期的金乌贼,分别测量其胴腹长(DML)、胴宽(MB)、体重(BW)、壳长(CL)、壳宽(CB),壳重(CW)、生长纹数(LN)7项指标,进行内壳形态学的主成分分析.结果显示,红珠与黑珠期、出膜期和10日龄时期各生长指标间均呈显著性正相关,心跳期、初孵化幼体期和5日龄时期部分生长指标间相关性不显著.主成分分析显示,红珠与黑珠期、心跳期的第1主成分为质量因子(体重和壳重),出膜期、初孵化幼体、5日龄、10日龄等4个时期的第1主成分为长度因子(胴腹长和壳长),这表明金乌贼不同时期内壳形态学各性状的生长速率存在一定差异,出膜前(红珠与黑珠期和心跳期)质量因子的增长优于长度因子的增长,而出膜后(出膜期至10日龄时期)长度因子的增长优于质量因子的增长. 相似文献
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鱼类染色体核型分析在种质资源保护、遗传图谱构建、鱼类分类和育种等方面发挥着重要作用。黄带拟鲹 (Pseudocaranx dentex, Bloch & Schneider, 1801)是具有较高经济价值和遗传育种价值的水产资源物种, 目前与该物种遗传背景相关的研究尚属空白。本研究采用热滴片法制备了黄带拟鲹鳃和鳍条组织的染色体标本, 经 Giemsa 染液染色, 观察其染色体核型特征。分析了 4 尾黄带拟鲹幼鱼的 106 个中期细胞染色体核型, 经统计二倍体染色体数目为 48 条的中期细胞分裂相占所观察细胞分裂相的 86.79%, 48 条染色体均为端部着丝粒染色体, 核型公式为 2n=48t, 染色体臂数 NF=48; 染色体相对长度最大为 5.921±0.276, 最小为 2.052±0.210; 未观察到异型性染色体, 也未观察到随体和次缢痕。与已报道的其他 14 属 33 种鲹科鱼类染色体核型特征比较, 认为黄带拟鲹为鯵科鱼类系统进化中的高位类群。本研究结果不仅丰富了鲹科鱼类染色体核型数据库, 也为系统开展黄带拟鲹细胞遗传学研究提供了基础资料。 相似文献
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鲈鱼冷冻精子诱导半滑舌鳎胚胎发育 总被引:2,自引:0,他引:2
半滑舌鳎是分布在我国黄、渤海的特有鱼类,雌鱼明显具有较雄鱼生长快的特点,利用雌核发育方法诱导产生半滑舌鳎超雌鱼,通过与正常雄鱼交配,最终可培育生长速度快、个体大的全雌性后代,对于提高养殖效益具有重要的意义。为此利用冷冻保存的异源鲈鱼精子诱导半滑舌鳎卵产生雌核发育二倍体、单倍体、杂交胚胎,利用同源精子受精产生普通二倍体,在Olympus显微镜下对它们的胚胎发育进行了观察比较。冷冻解冻的鲈鱼精子,在1000μj/cm2紫外线下照射0·2~1min,诱导半滑舌鳎卵受精,在受精后2~5min将卵置于2~5℃的水浴冷休克20min,获得了雌核发育的胚胎和鱼苗,在21·7~23·6℃水温中,雌核发育胚胎经过2781min孵化出膜。普通胚胎在21·7~23·6℃水温下,经2621min孵化出膜。经紫外线灭活处理的鲈鱼精子诱导半滑舌鳎卵,但不经过冷休克获得的单倍体胚胎,具有明显的单倍体综合症,发育至1949min陆续死亡。鲈鱼精子与半滑舌鳎卵杂交受精,胚胎不能正常发育,相当于胚孔封闭期后全部死亡。实验证明,鲈鱼冷冻精子可刺激半滑舌鳎卵雌核发育。 相似文献
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梭鱼养殖群体与自然群体等位基因酶的遗传变异 总被引:2,自引:2,他引:2
采用水平淀粉凝胶电泳技术研究了梭鱼 (L iza haematochelia)自然群体 (2 9尾 )与养殖群体(31尾 ) 10种酶 2 2个位点的等位基因酶遗传变异情况。自然群体和养殖群体的多态位点比例 (P95)分别为 0 .2 6 2和 0 .131。在养殖群体中的 G3PD- 3和 PGM位点观察到相当多的杂合子 ,导致这两个位点杂合度远大于自然群体 ,进而造成养殖群体平均杂合度 0 .0 92± 0 .0 5 1高于自然群体的平均杂合度0 .0 6 4± 0 .0 36。而养殖群体的平均杂合子缺失指数 - 0 .36 4± 0 .10 4和平均有效等位基因数 1.132±0 .0 5 9高于自然群体的相应各值 :- 0 .0 6 77± 0 .0 76和 1.10 1± 0 .0 36。对两个群体各位点等位基因分布以及杂合度进行相关性检验 ,其相关系数分别为 0 .9838和 0 .816 3,相关程度较高。与其他位点相比 ,G3PD- 3和 PGM位点属于多变异位点 ,养殖群体在这两个位点杂合度较高的原因 ,可能与养殖过程中环境因素造成的蛋白质表达的个体差异有关。两个群体的 Nei遗传距离很近 ,为 0 .0 0 9;遗传相似程度很高 ,遗传相似性系数达 0 .991 相似文献
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长江口及其邻近水域春季虻鲉的食性 总被引:1,自引:0,他引:1
采用碳氮稳定同位素技术和聚类分析法对春季长江口及其邻近海域虻鲉(Erisphex potti)的饵料组成、摄食随体长的变化进行研究,结果表明:(1)虻鲉的食物由大于900 μm的浮游动物、细螯虾(Leptochela gracilis)、太平洋褶柔鱼 (Todarodes pacificus)、双喙耳乌贼 (Sepiola birostrata)、火枪乌贼(Loligo beka)、日本枪乌贼(Loligo japonica)、脊腹褐虾(Crangon affinis)和仔稚鱼组成,优势饵料为浮游动物,其重量贡献率为69%~75%.(2)虻鲉的食物组成及摄食量在体长为60 mm时发生较大变化,脊腹褐虾、仔稚鱼及软体动物等饵料对体长大于60 mm的虻鲉的贡献率增大,增幅为1%~12%. 相似文献
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采用硬骨-软骨双染色技术对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Günther)早期发育阶段仔稚鱼全骨骼进行染色,研究其骨骼畸形发生的时间与部位及相应部位的畸形类型.实验结果表明,1~50日龄半滑舌鳎仔稚鱼的32批次495个骨骼标本中,骨骼畸形类型有14种,主要表现为脊椎骨的融合、增生、局部肥大,髓棘和脉棘的分叉和分离,尾鳍的分叉等.骨骼畸形主要发生于变态后期(25日龄)和变态后(40日龄),2个发育阶段的畸形率分别31.58%和25%.骨骼畸形的部位多见于脊柱的PH、HE和CA区,CE区尚未发现畸形.骨骼畸形会严重影响鱼类的外部形态、减缓生长及降低其市场价值.本研究初步探讨了养殖条件下半滑舌鳎骨骼畸形的发生过程,为阐明其早期发育机制及优化苗种培育和养殖条件等提供基础资料. 相似文献
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虾虎鱼(Gobiidae)是海洋底层食物链中的关键环节, 在生态系统的物质循环和能量流动中发挥重要作用。因虾虎鱼种类繁多、分布广泛、体型较小, 加之形态上存在不同程度的特化, 对形态学分类鉴定带来极大挑战。本研究对采自黄渤海的 73 尾虾虎鱼成鱼和幼鱼样本分别进行了形态学鉴定和 DNA 条形码分析, 依据形态学分类特征, 鉴定出 9 属 12 种; 而运用 DNA 条形码技术, 共鉴定出 13 种, 隶属于虾虎鱼科 10 属。可见, 在形态学鉴定经验不足或幼鱼形态学特征不明显的情况下, DNA 条形码可以有效地实现物种鉴定。同时, 系统整理了黄渤海虾虎鱼科记录种名录, 共计 29 属 47 种。依据物种名录, 从 BOLD 及 NCBI 数据库中筛选并下载了 18 属 29 种虾虎鱼科鱼类的 DNA 条形码, 与本研究鉴定出的 10 属 13 种虾虎鱼类合并分析, 构建了虾虎鱼科 26 属 42 种鱼类的系统关系树, 覆盖了黄渤海虾虎鱼科 89.36%的记录种, 通过对虾虎鱼科鱼类的分子系统发育关系与形态学分类地位进行确认和修订, 初步建立了黄渤海虾虎鱼科 DNA 条形码分类体系。本研究结果证明了 DNA 条形码技术对虾虎鱼物种具有较高识别效率, 有效弥补了传统形态学鉴定方法的缺点和局限, 丰富了虾虎鱼 DNA 条形码数据库, 完善了虾虎鱼 DNA 条形码分类体系, 为虾虎鱼的保护生物学、进化生物学及生物地理学等研究提供了科学依据。 相似文献