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鸽A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是影响养鸽业健康发展的主要病原之一。为实现鸽RVA的高通量快速检测，根据目前国内外流行的鸽RVA VP6基因保守区域设计特异性引物与探针，建立了一种可以特异性检测鸽RVA的实时荧光RT-PCR方法，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了评估。结果显示，该方法灵敏度高，最低检测限为7.22×102 copies/μL；特异性强，与鸽群其他常见病毒无交叉反应；重复性好，组内与组间重复变异系数均小于1.5%。利用该方法和普通RT-PCR方法对200份临床样品进行检测，发现荧光RT-PCR方法的病毒阳性检出率高于普通RT-PCR方法，二者符合率为94.00%。结果表明，本研究建立的实时荧光RT-PCR方法敏感、特异、准确，重复性好，可为开展鸽RVA的临床检测及流行病学调查提供技术支持。 相似文献
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旨在对2021年分离自我国宁夏回族自治区野鸟粪便中的1株低致病性H7N3禽流感病毒(AIV)A/mallard/Ningxia/Y37/2021(H7N3)株进行了全基因组测序、遗传进化分析及对小鼠致病性试验。全基因组序列分析表明，HA基因裂解位点仅有1个碱性氨基酸，符合低致病性AIV的分子特性。遗传进化分析结果表明，HA基因和韩国野鸭源H7N7亚型AIV同源性较高；NA基因与韩国野鸟源H5N3亚型AIV同源性较高；PB2、PA基因与H5N2亚型AIV有较高的同源性；PB1基因与H5N3亚型AIV有较高的同源性；NP基因与H3N2亚型有较高同源性；M、NS基因与H3N8亚型有较高同源性，具有明显的遗传多样性。血凝抑制(HI)试验结果表明，该毒株与H7N9-Re4疫苗株抗血清的HI效价比同源毒株低16倍，抗原性差异显著。小鼠感染性试验结果显示，该病毒能在小鼠的肺部与鼻甲中复制，并引起感染小鼠体重下降，表明该毒株有感染哺乳动物的风险。本试验通过对1株野鸟源H7N3亚型AIV部分生物学特性的分析，为H7N3亚型禽流感的预警和综合防控提供重要理论参考。 相似文献
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鸭星状病毒是近年来危害我国鸭业发展的新发病原之一，给养鸭业造成了较大的经济损失，其中鸭星状病毒3型（DAstV-3）是近年来感染率较高的星状病毒。为实现DAstV-3的快速检测，根据DAstV-3的RNA依赖性核糖核酸聚合酶基因（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）设计特异性探针与引物，建立了DAstV-3的荧光RT-RAA检测方法，并对该方法的特异性、灵敏性、重复性和临床适用性进行了评估。结果显示：建立的RT-RAA方法能够在39 ℃恒温条件下，在20 min内实现对DAstV-3的快速检测，与H9亚型禽流感病毒、新城疫病毒、鹅星状病毒、禽呼肠孤病毒等常见病毒均无交叉反应，最低检测限为101 copies/μL；临床样本检测发现RT-RAA方法阳性检出率高于常规RT-PCR方法，且检测时间较RT-PCR更短。结果表明，本研究建立的RT-RAA方法灵敏度高，特异性强，操作简便，临床适用性好，适合DAstV-3的现场快速检测。 相似文献
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为了建立灵敏、特异的H7亚型禽流感病毒(AIV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法，本研究根据GenBank和GISAID中H7亚型AIV血凝素(HA)基因的核苷酸序列，设计合成H7亚型AIV的引物和探针，对反应条件进行优化，从而建立检测H7亚型AIV的ddPCR方法，并测定其特异性、敏感性和重复性。结果显示，最佳引物浓度和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃,最佳升降温速率为2.0℃/s,最佳反转录时间为20 min。特异性试验结果显示，该方法仅对H7亚型AIV进行特异性检测，对H5亚型AIV、H9亚型AIV、新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒均不能检出。敏感性试验结果显示，该方法对重组质粒标准品检测下限为0.8 copies/μL,比荧光定量PCR(qPCR)方法敏感性高10倍。组内和组间重复性试验结果显示，变异系数均小于3%。对60份临床样品检测显示，该方法与鸡胚分离方法的符合率为100%。结果表明，本研究建立的H7亚型AIV ddPCR检测方法具有较好的特异性、重复性和敏感性，可用于H7亚型AIV的早期诊断、流行病学... 相似文献
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解读病毒基因组信息是探明病毒关键分子特性的重要步骤。然而，解码基因信息，需要在较强的生物信息学背景下，查阅大量文献、选择参考序列、开展序列比对、进行遗传进化分析、验证并集成数据信息等，其过程工作量大、耗时、技术含量高。为解决上述问题，采用Perl语言集成一系列软件和数据集，创建了禽流感病毒基因分析软件（FluSoft），实现了禽流感病毒基因组快速批量注释和分析。本软件通过Web网页对话框输入FASTA格式的禽流感病毒基因序列，可进行关键生物特性和遗传进化分析，实现了以下功能：（1）注释查询序列的基因片段/亚型（针对H5或H7亚型，增加展示其HA基因裂解位点氨基酸序列及碱性氨基酸个数）及基因突变的生物学意义，如耐药性、宿主受体特异性、毒力、糖基化位点及在家禽或哺乳动物中的传播能力等；（2）注释查询序列在命名系统中最密切相关的演化分支。综上所述，FluSoft软件（http://flusoft.hqhuitong.com）为禽流感流行病学调查监测、流行特征分析及风险预警提供了有力的技术支撑。 相似文献
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本研究旨在探究新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株HB株（基因Ⅶ型）与疫苗株La Sota株（基因Ⅱ型）在感染鸡胚成纤维细胞（Chicken embryo fibroblasts,CEF）36 h后宿主细胞microRNA(miRNA)表达谱变化情况。通过高通量测序技术分别对La Sota株与HB株感染CEF后36 h后的样本与参考鸡源基因组进行系统比对，筛选差异表达miRNA并对其靶基因进行GO功能注释以及KEGG通路富集。最后随机筛选5条miRNA通过实时荧光定量PCR(Real-time quantification PCR,RT-qPCR)进行验证。结果表明，La Sota与HB感染组中已知miRNA分别为56.9%和47.8%;La Sota与HB感染组通过差异性比较后共筛选出10条差异表达miRNA；通过对差异表达基因的靶基因进行GO与KEGG富集发现，其主要在细胞代谢、生物合成以及应激信号传导等通路上出现显著富集；RT-qPCR结果与RNA-seq结果趋势一致，证明了测序结果的可靠性。为进一步揭示不同NDV毒株感染CEF以及在感染过程中miRNA发挥的调控作用提供了研究基础。 相似文献
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H5亚型高致病性禽流感(H5-HPAI)是严重危害家禽养殖业和公共卫生健康的一类动物疫病,也是我国高度重视、严格防控的人兽共患病。目前常用检测H5亚型禽流感病毒(H5-AIV)的分子生物学技术包括反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、实时荧光定量PCR (RT-qPCR)、反转录重组酶辅助扩增(RT-RAA)、RTRAA结合侧流层析试纸条(RT-RAA-LFD)、RT-RAA-簇状规则间隔短回文重复序列及其相关蛋白结合侧流层析试纸条(RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD)等。为比较不同检测方法对H5-AIV检测的灵敏度差异,将制备的cRNA标准品进行倍比稀释,分别用RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD、RT-RAA-CRISPR Cas13aLFD进行检测。结果显示:RT-PCR、RT-qPCR、RT-RAA、RT-RAA-LFD与RT-RAA-CRISPR Cas13a-LFD方法的检测灵敏度分别为102、10-1、100、100、10-1 相似文献