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[目的]通过高通量测序技术调研卵形鲳鲹基因组数据并开发SSR分子标记,为卵形鲳鲹全基因组测序与组装、种质资源保护利用及良种选育提供技术支撑.[方法]通过Illumina Hiseq 2500测序平台对卵形鲳鲹基因组进行调研,采用K-mer方法对基因组大小、杂合率、G+C含量及序列重复性等进行分析,从调研数据中分析SSR的分布特征,筛选出多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行遗传多样性分析.[结果]卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31%,重复序列比例为30.19%,G+C含量为41.45%,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组.基因组初步组装结果显示,Contig总长度为627.23 Mb,N50、N90分别为8.21和1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50、N90分别为10.19和2.04 Mb.从卵形鲳鲹基因组调研数据中共检测出190121条SSR序列,SSR序列分布密度为295.8条/Mb.在所有SSR序列中,以二核苷酸重复基元最多(115557条),占60.78%;其次是三核苷酸重复基元(54839条),占28.84%;六核苷酸重复基元最少(1172条),占0.62%.在二核苷酸重复基元中以TG和AC的重复数较多,分别占二核苷酸重复基元总数的22.99%和21.76%.从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多样性分析,结果发现29个SSR位点共检测到98个等位基因,其有效等位基因数(Ne)为1.3998~3.9123(平均为2.6690),期望杂合度(He)为0.2856~0.7444(平均为0.5965),多态信息含量(PIC)为0.2647~0.6968(平均为0.5195);在29个SSR位点中,高度多态性位点(PIC>0.50)有15个,其余14个为中度多态性位点(0.25相似文献
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为改进中国圆田螺保存技术,促进螺蛳粉产业可持续发展。本研究利用初始体质量为（21.71±2.70）g的健康中国圆田螺1 500只,探讨了低温（4℃）无水条件下0 、14、28、42和56 d等不同时间中国圆田螺存活、形体指标、一般营养组成、脂肪酸、消化酶活性和抗氧化指标的影响。结果显示,4℃短期存放（14~28 d）中国圆田螺的存活率均超过93%,但是超过42d后存活率降至78%以下。低温28和42 d的肝重和肝体比均显著高于对照组,与对照组相比,低温56 d体质量降了7.6%,而肝重显著提高。营养成分结果表明,各组间肌肉的粗蛋白、粗灰分和水分均无显著影响。而粗脂肪含量呈现上升趋势,其中28、42和56d的粗脂肪含量显著高于对照组。糖原含量总体呈上升趋势,其中14 与56 d差异显著。脂肪酸结果显示,SFA和MUFA含量总体均呈下降趋势,28~56 d均显著低于对照和14 d组;28 和42 d的PUFA含量显著高于其他处理。本研究中所有消化酶和抗氧化酶活性总体均呈现下降趋势。对照组的淀粉酶活性显著低于14 d,但显著高于42 d。除42 d的胰蛋白酶外,其余处理的脂肪酶和胰蛋白酶含量显著少于对照。42 d的谷胱甘肽过氧化氢酶显著低于其他各组,而且42 d的超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和丙二醛酶活性也均显著低于与对照组。研究表明,在4℃条件下无水保活超过42 d会导致中国圆田螺出现较高的死亡率,由于42 d后体内的消化酶和抗氧化酶活性降低,内环境平衡被打破,进而导致高的死亡率。胁迫期间中国圆田螺主要以蛋白质作为能量来源,其次是大量的饱和脂肪酸与单不饱和脂肪酸作为能量物质被消耗,而多不饱和脂肪酸被更好的保留下来。本研究为了解中国圆田螺在低温无水保活不同时间下的生理生化适应对策及改善其储存运输管理提供科学依据。 相似文献
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通过外源表达并纯化得到红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)卵黄蛋白原(Vitellogenin,Vg)的DUF1943结构域片段,为开展其后续相关功能及机制研究奠定基础。根据GenBank数据库中公布的红螯螯虾卵Vg基因序列(登录号AF306784.1),查找到DUF1943结构域的氨基酸序列(617—918aa),对其理化性质与基本结构等进行了理论评估,结合大肠杆菌密码子偏好对其进行了序列改造和密码子优化,采用全基因合成的方法得到了DUF1943的基因片段,将其连接到Pet28a(+)内构建了Pet28a(+)-DUF1943的融合表达载体,探索了该融合载体在大肠杆菌系统中的最佳表达参数,采用溶解法和上柱层析法对收获到的蛋白包涵体进行复性。全基因合成方法制备得到的DUF1943目的基因为921 bp,成功构建了Pet28a(+)-DUF1943的融合表达载体,诱导Pet28a(+)-DUF1943表达的最佳条件为：当单克隆菌液OD600达到0.6 时,添加0.5 mmol·L-1 的诱导剂IPTG,置于37 ℃条件下培养4 h。表达的DUF1943多肽以包涵体形式为主,在SDS-PAGE胶的35 kDa附近呈现特异性条带,收集包涵体进行破碎,经2 mol·L-1盐酸胍溶解和Ni-NTA层析后最终收获到的活性蛋白浓度为0.6 mg·mL-1。成功构建了Pet28a(+)-DUF1943原核表达载体并优化了表达系统及蛋白复性方案,获得了DUF1943活性多肽,为进一步研究其生物功能及应用奠定了基础。 相似文献
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