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[目的]通过高通量测序技术调研卵形鲳鲹基因组数据并开发SSR分子标记,为卵形鲳鲹全基因组测序与组装、种质资源保护利用及良种选育提供技术支撑.[方法]通过Illumina Hiseq 2500测序平台对卵形鲳鲹基因组进行调研,采用K-mer方法对基因组大小、杂合率、G+C含量及序列重复性等进行分析,从调研数据中分析SSR的分布特征,筛选出多态性SSR位点,并对卵形鲳鲹养殖群体进行遗传多样性分析.[结果]卵形鲳鲹基因组大小为642.68 Mb,杂合率为0.31%,重复序列比例为30.19%,G+C含量为41.45%,提示卵形鲳鲹基因组为简单基因组.基因组初步组装结果显示,Contig总长度为627.23 Mb,N50、N90分别为8.21和1.71 Mb;Scalffold总长度为628.19 Mb,N50、N90分别为10.19和2.04 Mb.从卵形鲳鲹基因组调研数据中共检测出190121条SSR序列,SSR序列分布密度为295.8条/Mb.在所有SSR序列中,以二核苷酸重复基元最多(115557条),占60.78%;其次是三核苷酸重复基元(54839条),占28.84%;六核苷酸重复基元最少(1172条),占0.62%.在二核苷酸重复基元中以TG和AC的重复数较多,分别占二核苷酸重复基元总数的22.99%和21.76%.从合成的50对SSR引物中筛选获得29对多态性SSR引物,采用这29对SSR引物对卵形鲳鲹群体进行遗传多样性分析,结果发现29个SSR位点共检测到98个等位基因,其有效等位基因数(Ne)为1.3998~3.9123(平均为2.6690),期望杂合度(He)为0.2856~0.7444(平均为0.5965),多态信息含量(PIC)为0.2647~0.6968(平均为0.5195);在29个SSR位点中,高度多态性位点(PIC>0.50)有15个,其余14个为中度多态性位点(0.25相似文献
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通过外源表达并纯化得到红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)卵黄蛋白原(Vitellogenin,Vg)的DUF1943结构域片段,为开展其后续相关功能及机制研究奠定基础。根据GenBank数据库中公布的红螯螯虾卵Vg基因序列(登录号AF306784.1),查找到DUF1943结构域的氨基酸序列(617—918aa),对其理化性质与基本结构等进行了理论评估,结合大肠杆菌密码子偏好对其进行了序列改造和密码子优化,采用全基因合成的方法得到了DUF1943的基因片段,将其连接到Pet28a(+)内构建了Pet28a(+)-DUF1943的融合表达载体,探索了该融合载体在大肠杆菌系统中的最佳表达参数,采用溶解法和上柱层析法对收获到的蛋白包涵体进行复性。全基因合成方法制备得到的DUF1943目的基因为921 bp,成功构建了Pet28a(+)-DUF1943的融合表达载体,诱导Pet28a(+)-DUF1943表达的最佳条件为：当单克隆菌液OD600达到0.6 时,添加0.5 mmol·L-1 的诱导剂IPTG,置于37 ℃条件下培养4 h。表达的DUF1943多肽以包涵体形式为主,在SDS-PAGE胶的35 kDa附近呈现特异性条带,收集包涵体进行破碎,经2 mol·L-1盐酸胍溶解和Ni-NTA层析后最终收获到的活性蛋白浓度为0.6 mg·mL-1。成功构建了Pet28a(+)-DUF1943原核表达载体并优化了表达系统及蛋白复性方案,获得了DUF1943活性多肽,为进一步研究其生物功能及应用奠定了基础。 相似文献
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