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【目的】了解猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的基因组特征及变异规律。【方法】以3只发病仔猪小肠病料作为模板,采用RT-PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织RNA为模板,进行RT-PCR,分段扩增PEDV全基因组,使用DNAStar软件对PEDV基因组测序结果进行剪辑、拼接和相似性分析,利用Mega X 10.0.5软件对PEDV基因组和S基因进行遗传进化分析;利用RDP4软件对PEDV基因组进行重组分析。【结果】PCR检测结果表明,3只病仔猪的小肠组织均检测到PEDV阳性。采用RT-PCR分段扩增成功获得1株PEDV全基因组序列,命名为HB/HEBEU/2020株,基因组大小为28 038 bp,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a基因、复制酶1b基因、S基因、ORF3基因、E基因、M基因和N基因。相似性分析结果显示,HB/HEBEU/2020与SNJ-P、USA/Colorado/2013和HB2018等变异毒株全基因组和S基因的相似性均较高,分别为97.8%~99.3%和95.7%~98.8%,在所有市售疫苗株中,与变异型疫苗株AJ1102毒株全基因组和S基因的相似性分别为98.3%和97.3%;遗传进化分析结果显示,21株PEDV可划分为G1群和G2群2个分支,G1群进一步分化为G1a亚群和G1b亚群,G2群进一步分化为G2a亚群和G2b亚群,HB/HEBEU/2020属于G2a亚群。在G2群内,所有流行株均为2010年后出现,HB/HEBEU/2020与市售疫苗株AJ1102遗传距离较近,其次是LW/L,与CV777和attenuated CV777株遗传距离较远;经重组分析,HB/HEBEU/2020基因组可能为重组毒株,存在3个潜在的重组事件,重组事件1~3的断点分别为15 918—22 119、100—734和2 214—2 729 bp,其中重组事件1和2发生概率较大。【结论】HB/HEBEU/2020为1株变异型PEDV,与以CV777为代表的经典毒株亲缘关系较远,与2010年后中国发生的变异型毒株亲缘性较近,并且存在潜在重组事件。本研究结果可为调研中国当前PEDV进化和变异提供重要资料,为遏制PEDV蔓延与进化、制定合理防控方案提供理论和现实依据。 相似文献
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为了监测河北省及周边地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus 2,PCV-2)的流行性和遗传变异性,试验采集河北省及周边地区猪场疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PCVAD)仔猪的组织病料,提取DNA,采用PCR方法进行PCV-2全基因组扩增、克隆和测序,采用DNAStar软件对PCV-2测序结果进行剪辑、拼接和同源性分析,利用MEGA X 10.0.5软件对PCV-2基因组进行遗传进化分析,利用RDP4软件对PCV-2基因组进行重组分析。结果表明：成功扩增并克隆出6株PCV-2毒株的基因组序列,6株分离株分别为河北沧州株HB/NG/2020(OM524507)、HB/WT/2020(OM524511)和HB/CZ/2020(OM524512),河北邯郸株HB/WA/2020(OM524508),河北邢台株HB/ZZ/2020(OM524509)及内蒙古乌兰察布株NMG/QQ/2020(OM524510);经测序和全长拼接,PCV-2基因组长度均为1 768 bp。经同源性分析,6株PCV-2毒株基因组核苷酸序列的同源性为97.8%～100%,与4株国产疫苗参考株LG、Z... 相似文献
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为了建立一种快速检测猪伪狂犬病病毒(PRV)经典毒株和变异毒株的双重实时荧光定量PCR方法，试验根据GenBank上收录的30株PRV设计gE基因和gC基因的特异性引物和探针，构建含有gE基因和gC基因的标准质粒，优化扩增体系建立双重实时荧光定量PCR方法，并检验该方法的特异性、敏感性和重复性，同时绘制标准曲线，最后采用该方法对临床样品进行检测。结果表明：试验建立的双重实时荧光定量PCR方法的最佳退火温度是60℃,最佳引物体积为0.8μL,最佳探针体积为0.4μL。该方法对猪场常见疫病病原猪蓝耳病病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪圆环病毒3型(PCV-3)、猪细小病毒(PPV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均无交叉反应，特异性强；对两种标准质粒pUC57-gE和pUC57-gC的最低检测限均为1×101copies/μL,gE基因和gC基因对应的标准曲线分别为y=-3.446x+41.920(R2=0.998)和y=-3.255x+39.185(R2... 相似文献
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