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【目的】了解猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的基因组特征及变异规律。【方法】以3只发病仔猪小肠病料作为模板,采用RT-PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织RNA为模板,进行RT-PCR,分段扩增PEDV全基因组,使用DNAStar软件对PEDV基因组测序结果进行剪辑、拼接和相似性分析,利用Mega X 10.0.5软件对PEDV基因组和S基因进行遗传进化分析;利用RDP4软件对PEDV基因组进行重组分析。【结果】PCR检测结果表明,3只病仔猪的小肠组织均检测到PEDV阳性。采用RT-PCR分段扩增成功获得1株PEDV全基因组序列,命名为HB/HEBEU/2020株,基因组大小为28 038 bp,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a基因、复制酶1b基因、S基因、ORF3基因、E基因、M基因和N基因。相似性分析结果显示,HB/HEBEU/2020与SNJ-P、USA/Colorado/2013和HB2018等变异毒株全基因组和S基因的相似性均较高,分别为97.8%~99.3%和95.7%~98.8%,在所有市售疫苗株中,与变异型疫苗株AJ1102毒株全基因组和S基因的相似性分别为98.3%和97.3%;遗传进化分析结果显示,21株PEDV可划分为G1群和G2群2个分支,G1群进一步分化为G1a亚群和G1b亚群,G2群进一步分化为G2a亚群和G2b亚群,HB/HEBEU/2020属于G2a亚群。在G2群内,所有流行株均为2010年后出现,HB/HEBEU/2020与市售疫苗株AJ1102遗传距离较近,其次是LW/L,与CV777和attenuated CV777株遗传距离较远;经重组分析,HB/HEBEU/2020基因组可能为重组毒株,存在3个潜在的重组事件,重组事件1~3的断点分别为15 918—22 119、100—734和2 214—2 729 bp,其中重组事件1和2发生概率较大。【结论】HB/HEBEU/2020为1株变异型PEDV,与以CV777为代表的经典毒株亲缘关系较远,与2010年后中国发生的变异型毒株亲缘性较近,并且存在潜在重组事件。本研究结果可为调研中国当前PEDV进化和变异提供重要资料,为遏制PEDV蔓延与进化、制定合理防控方案提供理论和现实依据。 相似文献
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通过巢式PCR方法获得猪PI。E1基因5’端上游启动子序列，通过T／A克隆法对PI。E1基因的启动子进行克隆，并对PCR鉴定为阳性的克隆子进行测序，参考人、啮齿类的羧酸酯酶家族的启动子结构，并利用启动子在线分析软件对其进行生物信息学分析。结果成功克隆得到PI。E1基因5’端上游1153bp的调控片段，分析表明该调控区没有CpG岛，也不存在典型的TATA盒结构；有2个转录起始位点分别位于翻译起始密码子ATG上游-39bp和-37bp处，潜在的转录因子结合位点有C／EBP、Spl、USF、CdxA、GATA-X、GATA-1、GATA-2、GATA-3、MZFl、AML-la、SRY、Nkx-2、LyLl、deltaE等。另外还发现了7种基序分别为EGF-1、INTEGRINBETA、CTCKl、ANA—PHYIJATOXIN-1、THIOLASE-3、TUBUI，IN、VWFC-1。研究结果可为进-步揭示PLEl基因转录调控机制提供理论参考。 相似文献
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为了监测河北省及周边地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus 2,PCV-2)的流行性和遗传变异性,试验采集河北省及周边地区猪场疑似患断奶仔猪多系统衰竭综合征(PCVAD)仔猪的组织病料,提取DNA,采用PCR方法进行PCV-2全基因组扩增、克隆和测序,采用DNAStar软件对PCV-2测序结果进行剪辑、拼接和同源性分析,利用MEGA X 10.0.5软件对PCV-2基因组进行遗传进化分析,利用RDP4软件对PCV-2基因组进行重组分析。结果表明：成功扩增并克隆出6株PCV-2毒株的基因组序列,6株分离株分别为河北沧州株HB/NG/2020(OM524507)、HB/WT/2020(OM524511)和HB/CZ/2020(OM524512),河北邯郸株HB/WA/2020(OM524508),河北邢台株HB/ZZ/2020(OM524509)及内蒙古乌兰察布株NMG/QQ/2020(OM524510);经测序和全长拼接,PCV-2基因组长度均为1 768 bp。经同源性分析,6株PCV-2毒株基因组核苷酸序列的同源性为97.8%～100%,与4株国产疫苗参考株LG、Z... 相似文献
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