基于转录组测序分析内蒙古绒山羊毛囊退行期与休止期差异表达基因     

苏蕊  刘燕  范一星  乔贤  李晓凯  张磊  丽春  何利兵  王瑞军  李金泉 《黑龙江畜牧兽医》2018,(17)

为了探究内蒙古绒山羊次级毛囊(SHF)退行期到休止期以及相应时间点的初级毛囊(PHF)的差异表达基因,试验对3只内蒙古绒山羊阿尔巴斯型2周岁成年母羊的退行期和休止期的初、次级毛囊进行转录组测序,并采用生物信息学方法分析数据;在检测测序质量合格的基础上,进行差异表达基因的筛选、GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果表明:在次级毛囊中,退行期(1月份)与休止期(3月份)分别对比到50 626个和50 628个转录本,其中1 199个差异表达基因中有953个上调基因和246个下调基因;初级毛囊在这两个时间点分别比对到50 629个和50 626个转录本,其中1 977个差异表达基因中有1 258个上调、719个下调;这两个时期中,共有100个差异表达基因同时比对到初级毛囊与次级毛囊中。GO功能富集结果显示,次级毛囊两个时期的差异表达基因主要富集在肌肉重建、肌丝滑动等功能上;初级毛囊两个时期差异表达基因主要富集在翻译延伸、转录拼接等功能上。  相似文献   

山羊氨基酸代谢网络的重构与关键代谢基因的解析     

吕琦  李望娇  刘沛昊  彭渝  景献金  武小璐  苏蕊 《家畜生态学报》2023,(5):14-22

氨基酸是参与生物体生命活动的基本物质之一,其代谢对山羊的诸多经济性状(如羊肉品质、山羊绒)有重要影响。随着生物信息学的快速发展,系统生物学方法被广泛用来研究生物体内代谢机制。为了阐明山羊体内氨基酸的代谢机制,本文通过构建代谢网络解析山羊氨基酸代谢机制,并通过网络分析发现关键代谢基因。研究首先使用山羊氨基酸代谢基因重新构建山羊氨基酸代谢网络,其次采用Cytoscape软件对该网络进行可视化,并利用R语言中的igraph程序包对氨基酸代谢网络的聚类系数、接近中心度、网络直径及密度等网络参数进行计算和分析。结果发现,山羊氨基酸代谢网络直径为13,密度为0.03,说明该代谢网络的拓扑结构表现出直径较大、密度较小、整个氨基酸代谢网络较复杂等特征。在该代谢网络中,发现10个相互没有联系的子网络模块,根据子网络的基因个数由多到少及其各自的主要功能将它们分别定义为谷胱甘肽转移酶模块、甲基转移酶模块、硒复合代谢模块、赖氨酸降解模块等。山羊氨基酸代谢网络的结构特点与氨基酸的生理功能是相辅相成的,这是山羊长期进化适应环境的结果。此外,本文从网络拓扑结构的角度确定13个对维持整个山羊氨基酸代谢网络具有重要意义...  相似文献   

内蒙古绒山羊4个群体遗传多样性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵艳红  王梦一  苏蕊  刘志红  武瑞兵  张燕军  李金泉  包跃先 《湖北农业科学》2012,51(8):1681-1683

选用30个微卫星座位,对内蒙古绒山羊4个种群(阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善)的176份样本进行遗传多样性检测,结果表明,内蒙古绒山羊4个群体均具有丰富的遗传多态性.4个种群的期望杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.735 4～0.783 2、0.623 6～0.639 1、2.57～4.92;阿尔巴斯绒山羊与二狼山绒山羊遗传距离较近;阿拉善绒山羊与乌珠穆沁绒山羊遗传距离则较近.此研究为开展内蒙古绒山羊种质特性研究及资源保护和利用提供了科学依据.  相似文献   

Wnt10b参与外源褪黑激素促进绒山羊绒毛生长的研究     

丽春  张文广  常子丽  杨文柱  张燕军  苏蕊  李金泉 《中国畜牧杂志》2012,48(7):5-8

本实验旨在研究Wnt10b在内蒙古成年绒山羊皮肤中的表达变化规律和褪黑激素(MT)对其表达量的影响。每隔1个月按照2 mg/kg BW的剂量在受试内蒙古成年绒山羊耳后皮下埋植MT。连续采集12个月(从2009年8月到2010年7月)的肩胛部皮肤样品,应用实时荧光定量PCR技术检测Wnt10b的表达量。结果表明:Wnt10b在内蒙古成年绒山羊皮肤组织中毛囊生长中期和休止前期高表达;埋植MT提高了Wnt10b在内蒙古成年绒山羊皮肤组织中毛囊休止期和退行期的表达量。结果提示,Wnt10b参与内蒙古绒山羊毛囊生长的信号传递过程,并在退行期和休止期转变过程中发挥作用;Wnt10b参与了外源MT促绒毛生长的毛囊周期性变化过程。  相似文献   

山羊产业可持续发展关键因素分析          下载免费PDF全文

王瑞军  王志英  张燕军  苏蕊 《家畜生态学报》2012,41(2):77-81

  相似文献   

内蒙古绒山羊(阿拉善型)线粒体基因组序列测定及分析     

苏蕊  杨钟  丽春  李晓凯  马宇浩  李金泉 《华北农学报》2018,(5)

为了研究内蒙古绒山羊线粒体基因组序列组成及不同品种系统发育关系,明确绒山羊的起源、进化、不同类群的分化以及特定遗传特性形成机制,以内蒙古绒山羊(阿拉善型)为试验研究对象,对其线粒体基因组进行了序列测定和分析。结果表明,测序共得到2 551 175 100 bp碱基数,Q20为95. 40%,文库构建质量好,测序结果准确性高,得到长度为16 642 bp完整的闭合环状线粒体基因组,其GC含量为39. 17%,K-mer为53 bp。从NCBI下载其他绒山羊品种的线粒体基因组序列信息,进行系统发育分析,结果表明,内蒙古绒山羊的3个类群距离比较近,其中,阿拉善型和二狼山型的关系最近,阿尔巴斯次之;内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊可以分为单独的2个类群,与国外品种San Clemente的距离最远。  相似文献   

动物遗传育种课程体系的改革与实践          下载免费PDF全文

张燕军  苏蕊  赵艳红  张文广  李金泉 《家畜生态学报》2015,36(6):93-96

动物遗传育种系列课程是动物科学专业重要专业基础课。文章结合精品课程建设、资源共享课建设以及国家教学团队建设的要求,着重介绍了该课程体系在教学内容、网络教学资源、实践环节等方面的改革与实践,以期形成完整的课程教学体系,提升教学效果,提高教学质量。  相似文献   

转录组测序技术在绒毛用羊中的应用研究进展     

李晓燕  王晓铄  王乐乐  张燕军  苏蕊  王瑞军  李金泉 《中国畜牧兽医》2015,42(7):1692-1698

高通量转录组测序技术在绒毛用羊参考转录组信息的研究过程中发挥着越来越重要的作用。作者主要介绍采用二代高通量测序技术(以RNA-Seq为主),挖掘绒毛用羊产毛、产绒等重要功能性状的分子标记,重点分析新发现的山羊新基因及与绒毛用性能相关的候选标记,为调控绒毛生长的分子机制、相关基因表达调控网络及绒毛分子育种等工作的深入研究提供参考。  相似文献   

蛋白质组学技术的应用研究     

韩文静  张燕军  王乐乐  李晓燕  苏蕊  王瑞军  李金泉 《中国畜牧兽医》2015,42(11):2928-2934

蛋白质组学是探索细胞内蛋白质之间的相互作用及其变化规律的学科,近年来它被广泛应用于生命科学的各个领域,蛋白质组学还提供了一套在整体、动态水平上研究蛋白质的工具,大规模蛋白质组学技术的建立又极大地推动了蛋白质组学的研究进展。这些技术不但可以进行蛋白质的提取和分离,还可以进行目的蛋白的鉴定和分析。作者简述了蛋白质组学技术在疾病、皮肤、毛囊发育周期等方面的研究成果,以期为深入在绒毛用羊领域的研究提供借鉴。  相似文献   

影响稻谷脂肪酸值测定的因素     

苏蕊雨 《粮油仓储科技通讯》2009,25(6):49-50

脂肪酸值是稻谷储存品质的判定指标之一,测定脂肪酸值时样品的粉碎细度,测定环境的温、湿度,滴定终点的判断等,都会影响测定结果的准确性。  相似文献