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【目的】异源表达是植物蛋白功能验证和分子育种的重要手段,而密码子是异源基因高效表达的重要因素,对马尾松转录组基因编码区密码子偏好性分析可以为马尾松分子育种提供一定的理论支持。【方法】利用CodonW、EMBOSS密码子分析软件对马尾松转录组进行密码子参数分析和密码子偏好性分析,根据中性绘图、ENc-GC3s、偏倚性分析推测马尾松密码子偏好性的主要形成原因。通过比较高低表达基因样本同义密码子相对使用度(RSCU)筛选马尾松最优密码子,通过密码子使用频率比值分析马尾松与拟南芥、烟草、欧洲山杨、大肠杆菌、酿酒酵母的密码子偏好性差异。【结果】马尾松转录组编码序列(CDS)密码子平均GC含量为44. 95%,密码子第3位GC含量为38. 95%,尤为偏好A/T。高、低表达基因样本统计分析表明,马尾松转录组RSCU差异较小,筛选出TTA、CAA、TGT、GGT等27个密码子可作为马尾松的最优密码子。中性绘图、ENc-GC3s关联分析以及偏倚分析表明,马尾松密码子偏好性的形成可能主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。密码子使用频率分析表明马尾松密码子偏好性与烟草、拟南芥和欧洲山杨相比差异较小,与大肠杆菌差异最大,与酿酒酵母差异小于大肠杆菌。【结论】马尾松偏好第3位为A/T的密码子,筛选出27个最优密码子,其中25个密码子第3位为A/T。马尾松密码子使用偏好性形成主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。烟草可以作为马尾松基因异源表达的优选植物生物体,而微生物中酿酒酵母可能优于大肠杆菌。 相似文献
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[目的]从霉变中药材(枳壳、泽泻)中分离鉴定黄曲霉菌(Aspergillus flavus),以中药材源黄曲霉菌为研究对象,分析柠檬醛对其抑制效果,为后期开发绿色、高效、安全的植物源防霉剂提供数据支撑.[方法]采用点样法从霉变中药材上分离黄曲霉菌,通过形态学和分子生物学手段鉴定,并测定了其产毒能力;利用孢子计数法定量研究柠檬醛对中药材源黄曲霉菌的体外抑制;通过人为接种的方式研究柠檬醛对实际中药材样本霉变的防治效果.[结果]从霉变中药材上分离了两株菌(ZK和ZX),形态学和分子学鉴定其为黄曲霉菌,该两株中药材源黄曲霉菌的产毒量分别为3.01μg/kg和345μg/kg,危害不容忽视.体外抑菌试验结果表明柠檬醛对ZK和ZX的半数有效抑制浓度分别为719.42 mg/L和689.19 mg/L,具有良好的体外抑制效果;柠檬醛对中药材实际样本具有良好的霉变防控作用,能有效防治泽泻和枳壳霉变的浓度分别是4μL/g和8μL/g.[结论]霉变中药材中分离得到的黄曲霉菌具有产生黄曲霉毒素的能力;柠檬醛对中药材黄曲霉菌有良好抑制作用,具有开发成植物源防霉剂的潜能. 相似文献
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【目的】研究了四种不同林药复合经营模式下的根系土壤真菌群落组成及多样性变化,为科学评价这四种不同林药种植模式的生态风险提供了依据,也为不同林药复合经营模式提供了理论依据。【方法】基于高通量测序技术,分别对杜英套种多花黄精（G）,纯杜英林（g）;杉木套种草珊瑚（T）,纯杉木（t）;杉木套种灵芝（I）,纯杉木（i）;杉木套种铁皮石斛（J）,纯杉木（j）4组的根际土壤进行转录间隔区（ITS）测序,4组处理中分别得到68119、62710、64257、64035、63997、65701、62013和68366条有效序列,注释为1799、1662、1900、2237、2010、2440、1618和2068种真菌可操作分类单元（OTU）。【结果】杜英-多花黄精复合系统根系土壤真菌数量高于纯杜英林,chao 1指数、Ace 指数和Shannon 指数显著增加;与杉木林相比,杉木套种其他药材让土壤样本真菌群落丰富度指数(Ace、Chao)和多样性指数(Simpson、Shannon)降低。不同林药复合种植真菌组成在门分类上优势菌种较一致,均为子囊菌门和担子菌门。在纲分类水平上,杜英套种多花黄精的优势菌群为Sordariomycete（粪壳菌纲）和Mortierellomycetes（被孢霉纲）,与纯杜英林比较,Archaeorhizomycetes（古根菌纲）降低了498.31%。杉木套种其他药材的优势菌群为Agaricomycetes（伞菌纲）、Mortierellomycetes（被孢霉纲）和Sordariomycete（粪壳菌纲）;与纯杉木林相比,杉木套种草珊瑚中Archaeorhizomycetes（古根菌纲）降低了2701.79%。杉木套种灵芝中Geminibasidiomycetes增加了153倍。套种铁皮石斛中,真菌群落组成无明显变化。【结论】杜英-多花黄精复合系统有利于根系土壤真菌的生存,后期可以对此种复合经营模式进行更深的研究。 相似文献
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