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植物病原丝状真菌G蛋白偶联受体(GPCR)在实现外界信号感知和传递过程中发挥着重要作用。基于GPCR蛋白所具有的典型7个跨膜保守结构域及非典型保守结构域,通过总结前人已报道的候选GPCR的同源比对方法,对其跨膜结构域数量预测方法及跨膜结构蛋白数据库进行对比,明确TOPCONS是目前预测GPCR跨膜结构域的较好方法。然后,选择NCBI数据库中223个不同真菌的GPCR蛋白序列通过TOPCONS和TMHMM进行对比分析,结果显示,2种软件对GPCR跨膜结构域数量的预测结果不尽相同,TOPCONS预测结果的准确度较高;进一步对上述GPCR蛋白序列的氨基酸数目进行分析,明确具有7个跨膜结构域的GPCR蛋白氨基酸数目为200～1 406个。该研究可为进一步开展植物病原丝状真菌GPCR蛋白的结构预测及其功能研究提供参考。 相似文献
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植物病原真菌分泌蛋白在其致病过程中起着重要的作用。通过NCBI数据库下载前人已报道的24种炭疽属植物病原真菌全基因组序列,利用SignalP v5.0、ProtComp v9.0、TMHMM v2.0等在线分析程序对这些炭疽菌蛋白质的跨膜结构、信号肽、糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定位点、亚细胞定位等进行预测分析,根据分泌蛋白的典型特征筛选获取24种炭疽菌的分泌蛋白。结果显示：在约34万条蛋白序列中,分泌蛋白所占比例为2.14%～3.76%,其氨基酸残基数量多集中于100～300个,并且氨基酸组成相似度较高,其中以丙氨酸残基在分泌蛋白中的含量最高,所占比例达9.72%～10.54%;同时,24种炭疽菌分泌蛋白的信号肽在-3和-1位切割位点处相对比较保守,属于A-X-A类型,其氨基酸残基数量多集中于17～22个。可见,炭疽属不同种之间分泌蛋白的比例、氨基酸组成、信号肽特征等存在差别,但差异并不大。 相似文献
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[目的]Ⅵ型分泌系统（T6SS）作为植物病原细菌发挥重要功能的调控系统之一，主要表现为通过效应子的释放对宿主植物的攻击性和自身在种间竞争过程中面对胁迫反应的防御性等方面，明确重要植物病原细菌的T6SS蛋白及功能差异，有助于推动预防和治疗植物病害的新型农药的开发和利用。[方法]通过对比分析5种重要植物病原细菌（丁香假单胞菌、青枯雷尔氏菌、根癌农杆菌、梨火疫病菌、稻生黄单胞菌）中138个T6SS蛋白的保守结构域以及遗传关系，同时，基于对国内外文献数据库中有关上述5种细菌的T6SS功能研究的文献开展分析。[结果]明确5种植物病原细菌中T6SS蛋白在种类和数量上存在差异性。根据蛋白序列同源性及结构域，上述蛋白分为3大类，其中，含有VgrG、HCP等结构域的T6SS蛋白具有很好的聚类区分度，而含有TssA、TssG等结构域的T6SS蛋白则可分散在不同类别中。[结论]明确5种植物病原细菌中T6SS蛋白及功能具有一定保守性和独特性特征。该研究为进一步开展不同植物病原细菌中T6SS蛋白的预测分析，以及不同T6SS蛋白之间的关系解析提供理论基础。 相似文献
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