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为了了解鸡促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor, GnRHR)基因的密码子特性,以便于为GnRHR基因的表达选择合适的外源表达系统,本研究使用在线工具CUSP、CHIPS及CodonW软件对鸡GnRHR基因的密码子特性进行分析,并与鸡、模式动物基因组和其他动物GnRHR基因密码子特性进行比较.结果显示,京海黄鸡GnRHR基因的ENc值较小,具有较强的密码子偏好性,且偏好以G/C结尾的密码子, GnRHR基因CDS序列中,GC含量大于AT含量;CodonW软件计算结果表明,京海黄鸡GnRHR基因密码子中,密码子GCC、ATC、CTC、CTG、CGC、CGG、AGC、TCC和GTG(RSCU>2)偏好性较强,且均以G/C结尾.对31条鸡基因分析表明鸡偏好密码子中有12种G/C结尾的密码子.与大肠杆菌、酵母菌和小鼠基因组密码子使用频率比较显示,京海黄鸡GnRHR基因密码子偏好性与3种生物相差很大,不适合进行外源表达.与其他动物GnRHR基因密码子偏好性比较显示,禽类GnRHR基因偏好含有或以G/C结尾的密码子,而其他物种的GnRHR基因无强烈的偏好性.聚类分析结果表明,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相同的密码子偏好性. 相似文献
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为了寻找影响鸡(Gallus gallus)繁殖性状的候选基因,本研究利用单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片分型技术,利用已报道的影响鸡繁殖性状的29个位点对396只京海黄鸡母鸡的29个位点直接进行SNP分型,并对11个繁殖性状进行关联分析。结果发现,29个SNP中,有12个SNP与至少1个繁殖性状关联显著(P0.05),其中有7个SNP同时与2个繁殖性状关联显著(P0.05)。所有繁殖性状中,与京海黄鸡开产体重关联显著的SNP有1个,与京海黄鸡462 d产蛋数关联显著的SNP有2个,与蛋重关联显著的SNP有6个,与开产体重关联显著的SNP有6个,与综合选择指数关联显著的SNP有2个,与后代健雏率关联显著的SNP有1个,没有发现与300 d产蛋数、300~462 d产蛋数和后代孵化率关联显著的SNP。同时,根据这些位点的群体遗传参数发现,12个SNP的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性。大部分有利基因型为纯合基因型,但有部分基因型为杂合基因型。对与12个SNP最近的功能基因犰狳(Priodontes maximus)重复基因(armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome,ARVCF)、集落刺激因子3受体基因(colony stimulating factor 3receptor,CSF3R)和ODZ同源物2基因(odz,odd Oz/ten-m homolog 2,ODZ2)的功能探讨发现,这些基因可以通过不同的途径影响鸡的繁殖性状。本研究为鸡繁殖性状候选基因的进一步研究提供了基础资料。 相似文献
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旨在根据GenBank 上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构等。同时为GnRHR基因和β-actin基因各设计1对引物,采用RT-qPCR的方法研究GnRHR基因在京海黄鸡12个组织和器官中的表达情况。最终成功克隆了京海黄鸡GnRHR基因完整的编码区序列和部分侧翼序列,Blast结果显示,京海黄鸡GnRHR基因与原鸡、番鸭、藏羚羊、野猪、马、小鼠、大鼠、家兔、绵羊、人、牛、黑猩猩和斑马鱼的同源性分别为99．7％,86．7％,55．7％,54．6％,52％,51．6％,50．8％,50％,49．9％,49.6％,49．4％,47．4％和39．3％,并成功构建系统发育树。蛋白质结构分析显示,GnRHR蛋白分子量为45．432 kDa,理论等电点为9．55,包含20种氨基酸,其中,亮氨酸含量最高,占13．8％,赖氨酸含量最低,占0．7％;不稳定系数为65．35,显示该蛋白不稳定;脂溶指数为95．54,总平均疏水指数为0．312,为非水溶性蛋白;该蛋白不属于分泌型蛋白,主要存在于胞膜上,没有信号肽结构,存在16个潜在磷酸化位点和11个糖基化位点;保守结构域分析显示存在2个低复杂度序列和7段跨膜结构,跨膜分析显示该蛋白为7次跨膜蛋白,二级结构预测结果显示,在GnRHR二级结构中,α-螺旋占29．83％,β-折叠占17．18％,无规则卷曲占52．98％,GnRHR蛋白三级结构为复杂的7次跨膜螺旋结构,且为单链蛋白。组织表达分析显示,GnRHR基因主要在垂体中高表达,表达量显著高于其他组织,在其他11个组织和器官中表达量较低。 相似文献
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旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。 相似文献
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[目的]检测小尾寒羊多胎基因,探索按照基因型选种,为建立小尾寒羊高繁品系开辟新途径。[方法]以BMPR-IB基因作为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测其在基础群小尾寒羊和育种群小尾寒羊中的多态性分布,分析其与产羔数的相关性。[结果]在基础群中B＋和BB基因型比例分别为77.78%和14.81%,每胎次平均产羔数分别为1.77只和2.40只;在育种群中B＋和BB基因型比例分别为51.79%和40.18%,每胎次平均产羔数分别为2.54只和3.02只。从基础群与育种群对比看,无论纯合个体还是杂合个体,育种群平均产羔数均高于基础群。[结论]BMPR-IB基因可以作为小尾寒羊多胎性的分子遗传标记,并用于建立小尾寒羊的高繁品系。 相似文献
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[目的]建立小尾寒羊高繁品系,检测BMPR-ⅠB基因的多态性,分析FecB基因基因型频率和产羔数的关系。[方法]选取小尾寒羊为研究对象,运用PCR-RFLP方法,分析BMPR-ⅠB基因突变位点。[结果]样品群中BB、B＋和＋＋基因型比例分别为25.45%,54.46%和20.09%;每胎次平均产羔数分别为3.01只、2.81只和2.16只。[结论]FecB基因可以作为小尾寒羊多胎性选育的分子遗传标记,FecB基因能够有效的提高小尾寒羊个体平均产羔数,对产羔数影响呈加性作用。 相似文献
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本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG 基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构和三级结构。最终获得了包括编码区在内的长754 bp的MyoG基因序列,生物信息学分析显示,京海黄鸡MyoG基因的保守性较低,与GenBank中原鸡、火鸡、鹌鹑、马、人、野猪、牛、山羊、大鼠、绵羊的同源性分别为99.7％、94.4％、92.0％、70.0％、70.0％、73.3％、69.0％、67.9％、67.8％、73.5％;氨基酸分析发现,MyoG蛋白为水溶性蛋白,分子质量为25854 u,理论等电点为5.46,不属于跨膜蛋白;亚细胞定位显示,大部分蛋白位于细胞质内,不属于分泌蛋白;预测含有6个潜在的磷酸化位点,1段碱性序列,1段HLH序列,1段低复杂度序列;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示MyoG蛋白的结构域呈螺旋状。 相似文献
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